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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37866 | |||||||||
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タイトル | PaaZ, bifunctional enzyme | |||||||||
マップデータ | Relion sharpened full map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Hydrolase / dehydrogenase / Bi-functional enzyme | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 3-oxo-5,6-dehydrosuberyl-CoA semialdehyde dehydrogenase / oxepin-CoA hydrolase / hydrolase activity, acting on acid carbon-carbon bonds, in ketonic substances / ether hydrolase activity / oxidoreductase activity, acting on CH or CH2 groups, NAD or NADP as acceptor / phenylacetate catabolic process / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / enoyl-CoA hydratase activity / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia coli K-12 (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Yadav S / Vinothkumar KR | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2024 タイトル: Factors affecting macromolecule orientations in thin films formed in cryo-EM. 著者: Swati Yadav / Kutti R Vinothkumar / 要旨: The formation of a vitrified thin film embedded with randomly oriented macromolecules is an essential prerequisite for cryogenic sample electron microscopy. Most commonly, this is achieved using the ...The formation of a vitrified thin film embedded with randomly oriented macromolecules is an essential prerequisite for cryogenic sample electron microscopy. Most commonly, this is achieved using the plunge-freeze method first described nearly 40 years ago. Although this is a robust method, the behaviour of different macromolecules shows great variation upon freezing and often needs to be optimized to obtain an isotropic, high-resolution reconstruction. For a macromolecule in such a film, the probability of encountering the air-water interface in the time between blotting and freezing and adopting preferred orientations is very high. 3D reconstruction using preferentially oriented particles often leads to anisotropic and uninterpretable maps. Currently, there are no general solutions to this prevalent issue, but several approaches largely focusing on sample preparation with the use of additives and novel grid modifications have been attempted. In this study, the effect of physical and chemical factors on the orientations of macromolecules was investigated through an analysis of selected well studied macromolecules, and important parameters that determine the behaviour of proteins on cryo-EM grids were revealed. These insights highlight the nature of the interactions that cause preferred orientations and can be utilized to systematically address orientation bias for any given macromolecule and to provide a framework to design small-molecule additives to enhance sample stability and behaviour. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37866.map.gz | 59.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37866-v30.xml emd-37866.xml | 17.8 KB 17.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_37866_fsc.xml | 9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_37866.png | 39.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37866.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_37866_half_map_1.map.gz emd_37866_half_map_2.map.gz | 49.5 MB 49.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37866 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37866 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37866_validation.pdf.gz | 990.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37866_full_validation.pdf.gz | 990.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37866_validation.xml.gz | 16.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37866_validation.cif.gz | 21.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37866 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37866 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8wv6MC 8wv4C 8wv5C 8wzhC 8wziC 8wzjC 8wzkC 8wzmC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37866.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Relion sharpened full map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Relion sharpened half map
ファイル | emd_37866_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion sharpened half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Relion sharpened half map
ファイル | emd_37866_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Relion sharpened half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : PaaZ, bifunctional enzyme
全体 | 名称: PaaZ, bifunctional enzyme |
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要素 |
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-超分子 #1: PaaZ, bifunctional enzyme
超分子 | 名称: PaaZ, bifunctional enzyme / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 438 KDa |
-分子 #1: Bifunctional protein PaaZ
分子 | 名称: Bifunctional protein PaaZ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 73.969391 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGHHHHHHQQ LASFLSGTWQ SGRGRSRLIH HAISGEALWE VTSEGLDMAA ARQFAIEKGA PALRAMTFIE RAAMLKAVAK HLLSEKERF YALSAQTGAT RADSWVDIEG GIGTLFTYAS LGSRELPDDT LWPEDELIPL SKEGGFAARH LLTSKSGVAV H INAFNFPC ...文字列: MGHHHHHHQQ LASFLSGTWQ SGRGRSRLIH HAISGEALWE VTSEGLDMAA ARQFAIEKGA PALRAMTFIE RAAMLKAVAK HLLSEKERF YALSAQTGAT RADSWVDIEG GIGTLFTYAS LGSRELPDDT LWPEDELIPL SKEGGFAARH LLTSKSGVAV H INAFNFPC WGMLEKLAPT WLGGMPAIIK PATATAQLTQ AMVKSIVDSG LVPEGAISLI CGSAGDLLDH LDSQDVVTFT GS AATGQML RVQPNIVAKS IPFTMEADSL NCCVLGEDVT PDQPEFALFI REVVREMTTK AGQKCTAIRR IIVPQALVNA VSD ALVARL QKVVVGDPAQ EGVKMGALVN AEQRADVQEK VNILLAAGCE IRLGGQADLS AAGAFFPPTL LYCPQPDETP AVHA TEAFG PVATLMPAQN QRHALQLACA GGGSLAGTLV TADPQIARQF IADAARTHGR IQILNEESAK ESTGHGSPLP QLVHG GPGR AGGGEELGGL RAVKHYMQRT AVQGSPTMLA AISKQWVRGA KVEEDRIHPF RKYFEELQPG DSLLTPRRTM TEADIV NFA CLSGDHFYAH MDKIAAAESI FGERVVHGYF VLSAAAGLFV DAGVGPVIAN YGLESLRFIE PVKPGDTIQV RLTCKRK TL KKQRSAEEKP TGVVEWAVEV FNQHQTPVAL YSILTLVARQ HGDFVD UniProtKB: Bifunctional protein PaaZ |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 288 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.8 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot force, 0. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 60.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie mode at 40 frames per second. Total of 25 frames were saved |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 130841 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |