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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-37733 | |||||||||
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タイトル | Structural basis of translation inhibition by a valine tRNA-derived fragment | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Sulfolobus acidocaldarius ribosome / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...ribonuclease P activity / tRNA 5'-leader removal / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of apoptotic signaling pathway / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Sulfolobus acidocaldarius DSM 639 (好気性・好酸性) / Haloferax volcanii (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang YH / Zhou J | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Life Sci Alliance / 年: 2024 タイトル: Structural basis of translation inhibition by a valine tRNA-derived fragment. 著者: Yun Wu / Meng-Ting Ni / Ying-Hui Wang / Chen Wang / Hai Hou / Xing Zhang / Jie Zhou / 要旨: Translational regulation by non-coding RNAs is a mechanism commonly used by cells to fine-tune gene expression. A fragment derived from an archaeal valine tRNA (Val-tRF) has been previously ...Translational regulation by non-coding RNAs is a mechanism commonly used by cells to fine-tune gene expression. A fragment derived from an archaeal valine tRNA (Val-tRF) has been previously identified to bind the small subunit of the ribosome and inhibit translation in Here, we present three cryo-electron microscopy structures of Val-tRF bound to the small subunit of ribosomes at resolutions between 4.02 and 4.53 Å. Within these complexes, Val-tRF was observed to bind to conserved RNA-interacting sites, including the ribosomal decoding center. The binding of Val-tRF destabilizes helices h24, h44, and h45 and the anti-Shine-Dalgarno sequence of 16S rRNA. The binding position of this molecule partially overlaps with the translation initiation factor aIF1A and occludes the mRNA P-site codon. Moreover, we found that the binding of Val-tRF is associated with steric hindrance of the H69 base of 23S rRNA in the large ribosome subunit, thereby preventing 70S assembly. Our data exemplify how tRNA-derived fragments bind to ribosomes and provide new insights into the mechanisms underlying translation inhibition by Val-tRFs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_37733.map.gz | 51.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-37733-v30.xml emd-37733.xml | 46.4 KB 46.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_37733.png | 109.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-37733.cif.gz | 9.5 KB | ||
その他 | emd_37733_half_map_1.map.gz emd_37733_half_map_2.map.gz | 95.7 MB 95.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37733 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-37733 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_37733_validation.pdf.gz | 958.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_37733_full_validation.pdf.gz | 958.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_37733_validation.xml.gz | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_37733_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37733 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-37733 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_37733.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.087 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_37733_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_37733_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Sulfolobus acidocaldarius ribosome
+超分子 #1: Sulfolobus acidocaldarius ribosome
+分子 #1: RNA (1328-MER)
+分子 #2: RNA (26-MER)
+分子 #3: 30S ribosomal protein S2
+分子 #4: 30S ribosomal protein S4e
+分子 #5: 30S ribosomal protein S4
+分子 #6: 30S ribosomal protein S5
+分子 #7: 30S ribosomal protein S6e
+分子 #8: 30S ribosomal protein S8e
+分子 #9: 30S ribosomal protein S11
+分子 #10: 30S ribosomal protein S12
+分子 #11: 30S ribosomal protein S15
+分子 #12: 30S ribosomal protein S17
+分子 #13: 30S ribosomal protein S24e
+分子 #14: 30S ribosomal protein S27e
+分子 #15: 30S ribosomal protein S3Ae
+分子 #16: 30S ribosomal protein S3
+分子 #17: 30S ribosomal protein S7
+分子 #18: 30S ribosomal protein S9
+分子 #19: 30S ribosomal protein S10
+分子 #20: 30S ribosomal protein S13
+分子 #21: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #22: 30S ribosomal protein S17e
+分子 #23: 30S ribosomal protein S19e
+分子 #24: 30S ribosomal protein S19
+分子 #25: 30S ribosomal protein S27ae
+分子 #26: 30S ribosomal protein S28e
+分子 #27: 50S ribosomal protein L7Ae
+分子 #28: Small ribosomal subunit protein uS8
+分子 #29: UNKNOWN
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 2D array |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 26.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9742 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |