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- EMDB-37559: Cryo- EM structure of Mycobacterium smegmatis 70S ribosome, bS1 a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37559
タイトルCryo- EM structure of Mycobacterium smegmatis 70S ribosome, bS1 and RafH.
マップデータMycobacterium smegmatis 70S ribosome, bS1 and RafH.
試料
  • 複合体: 70S ribosome + RafH protein
    • 複合体: 70S ribosome
      • タンパク質・ペプチド: x 47種
      • RNA: x 3種
    • 複合体: RafH
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
キーワードRibosome / protein synthesis / Mycobacterium smegmatis / hibernation promotion factor / HPF / RafH / hypoxia stress / Cryo- EM / Single particle reconstruction
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding ...nucleotidyltransferase activity / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / transferase activity / cytosolic small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein S1-like / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal ...: / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / : / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Ribosomal protein S1-like / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / : / S1 domain profile. / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 RNA binding domain / Ribosomal protein L31 type A / S1 domain / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein bS6 / Conserved domain protein / Large ribosomal subunit protein bL33A / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 ...Small ribosomal subunit protein bS6 / Conserved domain protein / Large ribosomal subunit protein bL33A / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS1 / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C-terminal domain-containing protein / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS14A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein bS18B / Large ribosomal subunit protein bL34
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Kumar N / Sharma S / Kaushal PS
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB) インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo- EM structure of the mycobacterial 70S ribosome in complex with ribosome hibernation promotion factor RafH.
著者: Niraj Kumar / Shivani Sharma / Prem S Kaushal /
要旨: Ribosome hibernation is a key survival strategy bacteria adopt under environmental stress, where a protein, hibernation promotion factor (HPF), transitorily inactivates the ribosome. Mycobacterium ...Ribosome hibernation is a key survival strategy bacteria adopt under environmental stress, where a protein, hibernation promotion factor (HPF), transitorily inactivates the ribosome. Mycobacterium tuberculosis encounters hypoxia (low oxygen) as a major stress in the host macrophages, and upregulates the expression of RafH protein, which is crucial for its survival. The RafH, a dual domain HPF, an orthologue of bacterial long HPF (HPF), hibernates ribosome in 70S monosome form, whereas in other bacteria, the HPF induces 70S ribosome dimerization and hibernates its ribosome in 100S disome form. Here, we report the cryo- EM structure of M. smegmatis, a close homolog of M. tuberculosis, 70S ribosome in complex with the RafH factor at an overall 2.8 Å resolution. The N- terminus domain (NTD) of RafH binds to the decoding center, similarly to HPF NTD. In contrast, the C- terminus domain (CTD) of RafH, which is larger than the HPF CTD, binds to a distinct site at the platform binding center of the ribosomal small subunit. The two domain-connecting linker regions, which remain mostly disordered in earlier reported HPF structures, interact mainly with the anti-Shine Dalgarno sequence of the 16S rRNA.
履歴
登録2023年9月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37559.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37559.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mycobacterium smegmatis 70S ribosome, bS1 and RafH.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å		1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å		1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.03256641 - 0.21181397
平均 (標準偏差)0.003114808 (±0.013082688)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 406.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Mycobacterium smegmatis 70S ribosome, bS1 and RafH (half 1).

ファイルemd_37559_half_map_1.map
注釈Mycobacterium smegmatis 70S ribosome, bS1 and RafH (half 1).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Mycobacterium smegmatis 70S ribosome, bS1 and RafH (half 2).

ファイルemd_37559_half_map_2.map
注釈Mycobacterium smegmatis 70S ribosome, bS1 and RafH (half 2).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : 70S ribosome + RafH protein

全体名称: 70S ribosome + RafH protein
要素
  • 複合体: 70S ribosome + RafH protein
    • 複合体: 70S ribosome
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33A
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
      • RNA: 23S rRNA
      • RNA: 5S rRNA
      • RNA: 16S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein bS1
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S22
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14A
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18B
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
      • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • 複合体: RafH
      • タンパク質・ペプチド: Ribosome hibernation promotion factor RafH

+
超分子 #1: 70S ribosome + RafH protein

超分子名称: 70S ribosome + RafH protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#51
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155

+
超分子 #2: 70S ribosome

超分子名称: 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#50

+
超分子 #3: RafH

超分子名称: RafH / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #51

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 30.425945 KDa
配列文字列: MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK ...文字列:
MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK EGTYAALRMP SGEIRRVDVR CRATVGEVGN AEQSNINWGK AGRMRWKGKR PTVRGVVMNP VDHPHGGGEG KT SGGRHPV SPWGKPEGRT RKPNKPSDKL IVRRRRTGKK R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 23.011393 KDa
配列文字列: MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG ...文字列:
MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG RMGNDRVTTQ NLKVHKVDAE NGVLLIKGAI PGRNGGLVVV RSAIKRGEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 22.920949 KDa
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MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS VRNLPGVHVI SPDQLNTYDV LNADDVVFSV EALNAYISAN SKEGASV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 21.152328 KDa
配列文字列:
MTTTEKALPR LKQRYREEIR EALQQEFNYA NVMQIPGVVK VVVNMGVGDA ARDAKLINGA INDLALITGQ KPEVRRARKS IAQFKLREG MPIGARVTLR GDRMWEFLDR LISIALPRIR DFRGLSPKQF DGTGNYTFGL NEQSMFHEID VDSIDRPRGM D ITVVTTAT NDAEGRALLR ALGFPFKEN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 19.483361 KDa
配列文字列:
MSRIGKQPVP VPSGVDVTIN GQNLSVKGPK GTLTLDVAEP ISVSRAEDGA IVVTRPDDER RSRSLHGLSR TLIANLVTGV TEGYTQKME IFGVGYRVQL KGQNLEFALG YSHPVLIEAP EGITFAVESP TKFSVSGIDK QKVGQISAVI RRLRRPDPYK G KGVRYEGE QIRRKVGKTG K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.949253 KDa
配列文字列:
MKLILTAEVE HLGAAGDTVE VKDGYGRNYL LPRGLAIVAS RGAERQAEEI RRARESKVIR DIEHANELKT ALEGLGDVTL SVNAAGDTG KLFGSVTAAD VVNAIKKAGG PNLDKRTVQL AKAHIKSVGT HPVTVKLHTG VEAKVSLNVV AQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.146689 KDa
配列文字列:
MPTYTPKAGD TTRSWYVIDA SDVVLGRLAS AAATLLRGKH KPTFTPNVDG GDFVIVINAD KIAVSGDKLT KKFAYRHSGY PGGLRKRTI GELLEKHPTR VVENAIIGML PHNKLGRQIQ KKLKVYAGPD HPHAAQQPIP FEIKQVAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.400625 KDa
配列文字列:
MIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RADGSYIKFD ENAAVIIKN DNDPRGTRIF GPVGRELREK KFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 15.602244 KDa
配列文字列:
MSVIKLHDLK PAPGEKKAKT RVGRGEGSKG KTAGRGTKGT KARKNVPVMF EGGQMPIHMR LPKLKGFKNR FRTEYQVVNV GDINKAFPQ GGTVGVDELV AKGLVRKNSL VKVLGDGKLT VKVDVTANKF SGSAREAITA AGGSATEL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 21.892246 KDa
配列文字列: MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA ...文字列:
MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA AAEETVEETT EAPAEESTEA AEESEAKDDT K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.711728 KDa
配列文字列:
MAHKPVGQNI SEVRRNARLR RHARLRKKVA GTAEVPRLVV NRSARHIHVQ LVNDLNGTTL AAASSIEADV RAIDGDKKAH SVRVGQLIA ERAKAAGVET VVFDRGGYTY GGRIAALADA AREAGLKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 12.892806 KDa
配列文字列:
MNTLDFVDQA SLRDDIPTFS PGDTVNVHVK VIEGSKERIQ VFKGVVIRRQ GGGISETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIDVLTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.494693 KDa
配列文字列:
MARVKRALNA QKKRRTVLKA SKGYRGQRSR LYRKAKEQQL HSLTYAYRDR RARKGEFRKL WISRINAAAR ANDITYNRLI QGLKAAGVE VDRKNLAELA VSDPAAFTAL VDVARAALPE DVNAPSGEAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.055894 KDa
配列文字列:
MATYAIVKTG GKQYKVAAGD VVKVEKLDSE PGASVSLPVA LVVDGANVTS KADDLAKVAV TAEVLEHTKG PKIRIHKFKN KTGYHKRQG HRQQLTVLKV TGIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.3536 KDa
配列文字列:
MSTVTEFPSA TAKARYVRVS ATKARRVIDL VRGKSVEEAL DILRWAPQAA SEPVAKVIAS AAANAQNNEG LDPSTLVVAT VYADEGPTA KRIRPRAQGR AFRIRKRTSH ITVIVESRPP KQKGASAASA RSRRAQGSKA AATKKSAETK EGSE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.047836 KDa
配列文字列:
MATITDPRDI ILAPVISEKS YGLIEDNVYT FVVHPDSNKT QIKIAIEKIF DVKVDSVNTA NRQGKRKRTR TGFGKRKSTK RAIVKLAAG SKPIDLFGAP A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.228946 KDa
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLVAYPDR NKVLVEGVNR IKKHTAVSAN ERGASSGGIV TQEAPIHVSN VMVVDSDGKP TRVGYRIDD ETGKKVRIAK TNGKDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.249582 KDa
配列文字列:
MAHKKGASSS RNGRDSAAQR LGVKRFGGQV VKAGEILVRQ RGTHFHPGVN VGRGGDDTLF ALAPGAVEFG AKRGRKTVNI VPVARPEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.891016 KDa
配列文字列:
MAAVCDICGK GPGFGKSVSH SHRRTSRRWN PNIQPVRAVT RPGGNKQRIN ACTSCIKAGK VSRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 8.790895 KDa
配列文字列:
MAVGTTPGEL RELTDDELKD KLRESKEELF NLRFQMATGQ LSNNRRLRTV RQEIARVYTV LRERELGLAS GPAGEES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 7.022147 KDa
配列文字列:
MAELKITQVR STIGARWKQR ESLRTLGLKK IRQSVVREDN AQTRGLINTV HHLVEVEEVG K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.467719 KDa
配列文字列:
MAVPKRRMSR ANTRSRRAQW KAEAPGLVTV SVAGQQRKVP RRLLKAARLG LVDLDKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L33A

分子名称: 50S ribosomal protein L33A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 6.468501 KDa
配列文字列:
MASSTDVRPK ITLACEVCKH RNYITKKNRR NDPDRLEIKK FCPNCGTHQP HKESR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 5.52258 KDa
配列文字列:
MAKGKRTFQP NNRRRARVHG FRLRMRTRAG RAIVANRRSK GRRALTA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 7.298505 KDa
配列文字列:
MPKAKTHSGA SKRFRRTGTG KIVRQKANRR HLLEHKPTKR TRRLDGRTTV SAADNSRINK LLNG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 8.312485 KDa
配列文字列:
MKTGIHPEYV DTTVQCGCGH SFTTRSTKQS GTIVVEVCSQ CHPFYTGKQK ILDSGGRVAR FEKRYGKRNK AAADK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #30: 30S ribosomal protein bS1

分子名称: 30S ribosomal protein bS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc2(155)
分子量理論値: 53.383695 KDa
配列文字列: MPSPSVTSPQ VAVNDIGSAE DFLAAIDKTI KYFNDGDIVE GTIVKVDRDE VLLDIGYKTE GVIPSRELSI KHDVDPNEVV SVGDEVEAL VLTKEDKEGR LILSKKRAQY ERAWGTIEEL KEKDEAVKGT VIEVVKGGLI LDIGLRGFLP ASLVEMRRVR D LQPYIGKE ...文字列:
MPSPSVTSPQ VAVNDIGSAE DFLAAIDKTI KYFNDGDIVE GTIVKVDRDE VLLDIGYKTE GVIPSRELSI KHDVDPNEVV SVGDEVEAL VLTKEDKEGR LILSKKRAQY ERAWGTIEEL KEKDEAVKGT VIEVVKGGLI LDIGLRGFLP ASLVEMRRVR D LQPYIGKE IEAKIIELDK NRNNVVLSRR AWLEQTQSEV RSEFLNQLQK GAIRKGVVSS IVNFGAFVDL GGVDGLVHVS EL SWKHIDH PSEVVQVGDE VTVEVLDVDM DRERVSLSLK ATQEDPWRHF ARTHAIGQIV PGKVTKLVPF GAFVRVEEGI EGL VHISEL SERHVEVPDQ VVQVGDDAMV KVIDIDLERR RISLSLKQAN EDYTEEFDPS KYGMADSYDE QGNYIFPEGF DPET NEWLE GFDKQREEWE ARYAEAERRH KMHTAQMEKF AAAEAEAANA PVSNGSSRSE ESSGGTLASD AQLAALREKL AGNA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS1

+
分子 #31: 30S ribosomal protein S22

分子名称: 30S ribosomal protein S22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 4.1643 KDa
配列文字列:
MGSVIKKRRK RMSKKKHRKL LRRTRVQRRK LGK

UniProtKB: Conserved domain protein

+
分子 #32: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 30.191227 KDa
配列文字列: MGQKINPHGF RLGITTEWKS RWYADKQYKD YVKEDVAIRK LLATGLERAG IADVEIERTR DRVRVDIHTA RPGIVIGRRG TEADRIRAD LEKLTGKQVQ LNILEVKNPE SQAQLVAQGV AEQLSNRVAF RRAMRKAIQS AMRQPNVKGI RVQCSGRLGG A EMSRSEFY ...文字列:
MGQKINPHGF RLGITTEWKS RWYADKQYKD YVKEDVAIRK LLATGLERAG IADVEIERTR DRVRVDIHTA RPGIVIGRRG TEADRIRAD LEKLTGKQVQ LNILEVKNPE SQAQLVAQGV AEQLSNRVAF RRAMRKAIQS AMRQPNVKGI RVQCSGRLGG A EMSRSEFY REGRVPLHTL RADIDYGLYE AKTTFGRIGV KVWIYKGDIV GGKRELAAAA PASDRPRRER PSGTRPRRSG SA GTTATST EAGRAATSDA PAAGTAAAAE APAESTES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 23.415787 KDa
配列文字列: MARYTGPATR KSRRLGVDLV GGDQSFEKRP YPPGQHGRAR IKESEYRQQL QEKQKARFSY GVMEKQFRRY YEEANRQPGK TGDNLLRIL ESRLDNVVYR AGLARTRRMA RQLVSHGHFL VNGVKVDIPS YRVSQYDIID VKEKSLNTLP FQIARETAGE R PIPSWLQV ...文字列:
MARYTGPATR KSRRLGVDLV GGDQSFEKRP YPPGQHGRAR IKESEYRQQL QEKQKARFSY GVMEKQFRRY YEEANRQPGK TGDNLLRIL ESRLDNVVYR AGLARTRRMA RQLVSHGHFL VNGVKVDIPS YRVSQYDIID VKEKSLNTLP FQIARETAGE R PIPSWLQV VGERQRILVH QLPERAQIDV PLTEQLIVEL YSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 21.94609 KDa
配列文字列: MAEQAGAGSA QDNRGGRGRR DDRGGRGRDG GDKSNYIERV VSINRVSKVV KGGRRFSFTA LVIVGDGKGM VGVGYGKAKE VPAAIAKGV EEARKNFFRV PLIGSTITHP VQGEAAAGVV MLRPASPGTG VIAGGAARAV LECAGVHDIL AKSLGSDNAI N VVHATVAA ...文字列:
MAEQAGAGSA QDNRGGRGRR DDRGGRGRDG GDKSNYIERV VSINRVSKVV KGGRRFSFTA LVIVGDGKGM VGVGYGKAKE VPAAIAKGV EEARKNFFRV PLIGSTITHP VQGEAAAGVV MLRPASPGTG VIAGGAARAV LECAGVHDIL AKSLGSDNAI N VVHATVAA LKLLQRPEEV AARRGLPIED VAPAGMLKAR RESEALAAAA AREGSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.991637 KDa
配列文字列:
MRPYEIMVIL DPTLDERTVA PSLETFLNVI RKDGGTVDKV DIWGRRRLAY EIAKHAEGIY AVIDVKAEPA TVSELDRQLN LNESVLRTK VLRTDKH

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 17.660375 KDa
配列文字列:
MPRKGPAPKR PLVNDPVYGS QLVTQLVNKV LLEGKKSLAE RIVYGALEQA REKTGTDPVV TLKRALDNVK PALEVRSRRV GGATYQVPV EVRPDRSTTL ALRWLVNFSR QRREKTMVER LANEILDASN GLGASVKRRE DTHKMAEANR AFAHYRW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.492638 KDa
配列文字列:
MTMTDPIADF LTRLRNANSA YHDEVTLPHS KLKANIAEIL KREGYISDYR TEDARVGKSL VVQLKYGPSR ERSIAGLRRV SKPGLRVYA KSTNLPRVLG GLGVAIISTS SGLLTDRQAA RQGVGGEVLA YVW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.794365 KDa
配列文字列:
MTDVTETEVV TESAEPREPV IIDRPIQTVG RRKEAVVRVR LVPGTGQFNL DGRTLENYFP NKVHQQLIKA PLVTVDRVDQ FDIYAHLDG GGPSGQAGAL RLAIARALIL VQPEDRPALK KAGFLTRDPR AIERKKYGLK KARKAPQYSK R

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.454313 KDa
配列文字列:
MAGQKIRIRL KAYDHEAIDA SARKIVETVT RTGASVVGPV PLPTEKNVYC VIRSPHKYKD SREHFEMRTH KRLIDILDPT PKTVDALMR IDLPASVDVN IQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.671762 KDa
配列文字列:
MAQAKKGGTA AKKGQKTRRR EKKNVPHGAA HIKSTFNNTI VSITDPQGNV IAWASSGHVG FKGSRKSTPF AAQLAAENAA RKAQEHGVK KVDVFVKGPG SGRETAIRSL QAAGLEVGTI SDVTPQPHNG CRPPKRRRV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 13.896366 KDa
配列文字列:
MPTIQQLVRK GRRDKIAKVK TAALKGSPQR RGVCTRVYTT TPKKPNSALR KVARVKLTSQ VEVTAYIPGE GHNLQEHSMV LVRGGRVKD LPGVRYKIIR GSLDTQGVKN RKQARSRYGA KKEKS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 14.249619 KDa
配列文字列:
MARLVGVDLP RDKRMEIALT YIYGIGRTRS NEILAATGID KNMRTKDLTD DQVTVLRDYI EGNLKVEGDL RREVQADIRR KIEIGCYQG LRHRRGLPVR GQRTKTNART RKGPKRTIAG KKKAR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S14A

分子名称: 30S ribosomal protein S14A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.792728 KDa
配列文字列:
MAKKSKIVKN EQRRELVQRY AERRAELKRT IRDPASSPER RAAAVSALQR LPRDSSPVRL RNRDVVDGRP RGHLRKFGLS RVRVREMAH RGELPGVRKA SW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14A

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.368097 KDa
配列文字列:
MALTAEQKKE ILGQYGLHDT DTGSPEAQVA LLTKRIQDLT EHLKVHKHDH HSRRGLLLLV GRRRRLLKYV AQVDVARYRS LIERLGLRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 16.795207 KDa
配列文字列:
MAVKIKLTRL GKIRNPQYRI IVADARTRRD GRAIEVIGRY HPKEEPSLIQ IDSERAQYWL GVGAQPTEPV LALLKITGDW QKFKGLPGA EGTLKVKEPK PSKLDLFNAA LAEAESGTTA AATTPKKKKA PKKDEAAEAP AEAAEAPAEA ADAASES

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 11.127002 KDa
配列文字列:
MADQKGPKYT PAAEKPRGRR KTAIGYVVSD KMQKTIVVEL EDRKSHPLYG KIIRTTKKVK AHDENGEAGI GDRVSLMETR PLSATKRWR LVEILEKAK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S18B

分子名称: 30S ribosomal protein S18B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.524188 KDa
配列文字列:
MAKSNKRRPA PEKPVKTRKC VFCSKKGQTI DYKDTALLRT YISERGKIRA RRVTGNCVQH QRDIAVAVKN AREVALLPFG SSTR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18B

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 10.800602 KDa
配列文字列:
MPRSLKKGPF VDDHLLKKVD VQNEKNTKQV IKTWSRRSTI IPDFIGHTFA VHDGRKHVPV FVTEAMVGHK LGEFAPTRTF KGHIKDDRK SKRR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 9.556104 KDa
配列文字列:
MANIKSQIKR IRTNERRRLR NQSVKSSLRT AIRGFREAVD AGDKDKASEL LHATSRKLDK AASKGVIHPN QAANKKSALA LALNKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS20

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 30.14523 KDa
配列文字列: MAVVTMKQLL DSGAHFGHQT RRWNPKMKRF IFTDRNGIYI IDLQQTLTYI DKAYEFVKET VAHGGTVLFV GTKKQAQESI AEEATRVGM PYVNQRWLGG MLTNFSTVHK RLQRLKELEA MEQTGGFEGR TKKEILMLTR EKNKLERSLG GIRDMQKVPS A VWVVDTNK ...文字列:
MAVVTMKQLL DSGAHFGHQT RRWNPKMKRF IFTDRNGIYI IDLQQTLTYI DKAYEFVKET VAHGGTVLFV GTKKQAQESI AEEATRVGM PYVNQRWLGG MLTNFSTVHK RLQRLKELEA MEQTGGFEGR TKKEILMLTR EKNKLERSLG GIRDMQKVPS A VWVVDTNK EHIAVGEARK LGIPVIAILD TNCDPDVVDY PIPGNDDAIR SAALLTKVIA SAVAEGLQAR AGQGSGEKPA EG AEPLAEW EQELLAGATA GAADASAEGA AAPESSTDAS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #51: Ribosome hibernation promotion factor RafH

分子名称: Ribosome hibernation promotion factor RafH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 29.898936 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDVDVSTDGE LPGAAEYARE KIGRLSRRAH RPVLHARVRL TRHGDPAVER PVIAQANLDV NGRQVRAQVE GVNAREAVDR LEARLRSRL ERIAEHWEAR RGGVPAEAGR EWRHESEPAR RPGYFPRPPE ERRIIRRKSF SMVPCTVDEA ALEMEMLDYD F HLFTEKGT ...文字列:
MDVDVSTDGE LPGAAEYARE KIGRLSRRAH RPVLHARVRL TRHGDPAVER PVIAQANLDV NGRQVRAQVE GVNAREAVDR LEARLRSRL ERIAEHWEAR RGGVPAEAGR EWRHESEPAR RPGYFPRPPE ERRIIRRKSF SMVPCTVDEA ALEMEMLDYD F HLFTEKGT GFAAVLYKGG PTGYRLVLVI PVPADELSPF EKPITISTHP APCLTQRDAV ERLGLLGLPF LFYIDAAEGR AS VIYRRYD GHYGLITPAD GHHHHHH

UniProtKB: Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C-terminal domain-containing protein

+
分子 #27: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 27 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 1.01183475 MDa
配列文字列: AAGUGUUUAA GGGCGCAUGG UGGAUGCCUU GGCACUGGGA GCCGAUGAAG GACGUAGGAG GCUGCGAUAA GCCUCGGGGA GCUGUCAAC CGAGCGUUGA UCCGAGGAUG UCCGAAUGGG GAAACCCGGC ACGAGUGAUG UCGUGUCACC AGGCGCUGAA U AUAUAGGC ...文字列:
AAGUGUUUAA GGGCGCAUGG UGGAUGCCUU GGCACUGGGA GCCGAUGAAG GACGUAGGAG GCUGCGAUAA GCCUCGGGGA GCUGUCAAC CGAGCGUUGA UCCGAGGAUG UCCGAAUGGG GAAACCCGGC ACGAGUGAUG UCGUGUCACC AGGCGCUGAA U AUAUAGGC GUCUGGGGGG AACGCGGGGA AGUGAAACAU CUCAGUACCC GUAGGAAGAG AAAACAAAAU GUGAUUCCGU GA GUAGUGG CGAGCGAAAG CGGAGGAUGG CUAAACCGUA UGCAUGUGAU ACCGGGUAGG GGUUGUGUGU GCGGGGUUGU GGG ACCUAU CUUUCCGGCU CUACCUGGCU GGAGGGCAGU GAGAAAAUGU UGUGGUUAGC GGAAAUGGCU UGGGAUGGCC UGCC GUAGA CGGUGAGAGC CCGGUACGUG AAAACCCGAC GUCUGUCUUG AUGGUGUUCC CGAGUAGCAG CGGGCCCGUG GAAUC UGCU GUGAAUCUGC CGGGACCACC CGGUAAGCCU GAAUACUUCC CAGUGACCGA UAGCGGAUUA GUACCGUGAG GGAAUG GUG AAAAGUACCC CGGGAGGGGA GUGAAAGAGU ACCUGAAACC GUGCGCUUAC AAUCCGUCAG AGCCCUCGAC GUGUCGU GG GGUGAUGGCG UGCCUUUUGA AGAAUGAGCC UGCGAGUCAG GGACAUGUCG CGAGGUUAAC CCGGGUGGGG UAGCCGCA G CGAAAGCGAG UCUGAAUAGG GCGUAUCCAC ACAAGAGUGU GUGGUGUAGU GGUGUGUUCU GGACCCGAAG CGGAGUGAU CUACCCAUGG CCAGGGUGAA GCGCGGGUAA GACCGCGUGG AGGCCCGAAC CCACUUAGGU UGAAGACUGA GGGGAUGAGC UGUGGGUAG GGGUGAAAGG CCAAUCAAAC UCCGUGAUAG CUGGUUCUCC CCGAAAUGCA UUUAGGUGCA GCGUCGCAUG U UUCUUGCC GGAGGUAGAG CUACUGGAUG GCCGAUGGGC CCCACAGGGU UACUGACGUC AGCCAAACUC CGAAUGCCGG UA AGUCCAA GAGUGCGGCA GUGAGACGGC GGGGGAUAAG CUCCGUGCGU CGAGAGGGAA ACAGCCCAGA UCGCCGGCUA AGG CCCCUA AGCGUGUGCU AAGUGGAAAA GGAUGUGCAG UCGCGAAGAC AACCAGGAGG UUGGCUUAGA AGCAGCCACC CUUG AAAGA GUGCGUAAUA GCUCACUGGU CAAGUGAUUG UGCGCCGAUA AUGUAGCGGG GCUCAAGCAC ACCGCCGAAG CCGCG GCAG CCAACGUGUU GGCUGGGUAG GGGAGCGUCC UGCAUCCGGU GAAGCCGCCG AGUGAUCGAG UGGUGGAGGG UGUGGG AGU GAGAAUGCAG GCAUGAGUAG CGAUUAGGCA AGUGAGAACC UUGCCCGCCG AAAGACCAAG GGUUCCUGGG CCAGGCC AG UCCGCCCAGG GUGAGUCGGG ACCUAAGGCG AGGCCGACAG GCGUAGUCGA UGGACAACGG GUUGAUAUUC CCGUACCC G UGUAUGUGCG UCCAUGAUGA AUCAGCGGUA CUAACCAUCC AAAACCACCG UGACCGCACC UUUCGGGGUG UGGCGUUGG UGGGGCUGCA UGGGACCUUC GUUGGUAGUA GUCAAGCGAU GGGGUGACGC AGGAAGGUAG CCGUACCGGU CAGUGGUAAU ACCGGGGUA AGCCUGUAGG GAGUCAGAUA GGUAAAUCCG UCUGGCAUAU AUCCUGAGAG GUGAUGCAUA GCCGAGUGAG G CGAAUUCG GUGAUCCUAU GCUGCCGAGA AAAGCCUCUA GCGAGGACAU ACACGGCCCG UACCCCAAAC CAACACAGGU GG UCAGGUA GAGAAUACUA AGGCGUACGA GUGAACUAUG GUUAAGGAAC UCGGCAAAAU GCCCCCGUAA CUUCGGGAGA AGG GGGACC CACAUGGCGU GUAAGCCUUU ACGGCCCAAG CGUGAGUGGG UGGCACAAAC CAGUGAGAAG CGACUGUUUA CUAA AAACA CAGGUCCGUG CGAAGUCGCA AGACGAUGUA UACGGACUGA CGCCUGCCCG GUGCUGGAAG GUUAAGAGGA CCCGU UAAC UCCCUUUGGG GGUGAAGCGG AGAAUUUAAG CCCCAGUAAA CGGCGGUGGU AACUAUAACC AUCCUAAGGU AGCGAA AUU CCUUGUCGGG UAAGUUCCGA CCUGCACGAA UGGCGUAACG ACUUCUCAAC UGUCUCAACC AUAGACUCGG CGAAAUU GC ACUACGAGUA AAGAUGCUCG UUACGCGCGG CAGGACGAAA AGACCCCGGG ACCUUCACUA CAACUUGGUA UUGGUGCU C GAUACGGUUU GUGUAGGAUA GGUGGGAGAC UGUGAAGCUC ACACGCCAGU GUGGGUGGAG UCGUUGUUGA AAUACCACU CUGAUCGUAU UGGGCCUCUA ACCUCGGACC GUAUAUCCGG UUCAGGGACA GUGCCUGGUG GGUAGUUUAA CUGGGGCGGU UGCCUCCUA AAAUGUAACG GAGGCGCCCA AAGGUUCCCU CAACCUGGAC GGCAAUCAGG UGUUGAGUGU AAGUGCACAA G GGAGCUUG ACUGCGAGAC GGACAUGUCG AGCAGGGACG AAAGUCGGGA CUAGUGAUCC GGCACCUCUG AGUGGAAGGG GU GUCGCUC AACGGAUAAA AGGUACCCCG GGGAUAACAG GCUGAUCUUC CCCAAGAGUC CAUAUCGACG GGAUGGUUUG GCA CCUCGA UGUCGGCUCG UCGCAUCCUG GGGCUGGAGC AGGUCCCAAG GGUUGGGCUG UUCGCCCAUU AAAGCGGCAC GCGA GCUGG GUUUAGAACG UCGUGAGACA GUUCGGUCUC UAUCCGCCGC GCGCGUCAGA AGCUUGAGGA AACCUGUCCC UAGUA CGAG AGGACCGGGA CGGACGAACC UCUGGUAUAC CAGUUGUCCC ACCAGGGGCA CGGCUGGAUA GCCACGUUCG GACAGG AUA ACCGCUGAAA GCAUCUAAGC GGGAAACCUC UUCCAAGACC AGGCUUCUCA CCCUCUAGGA GGGAUAAGGC CCCCCGC AG ACCACGGGAU UGAUAGACCA GACCUGGAAG CCUAGUAAUA GGUGCAGGGA ACUGGCACUA ACCGGCCGAA AACUUAC

+
分子 #28: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 28 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 38.061816 KDa
配列文字列:
GUUACGGCGG UCCAUAGCGG CAGGGAAACG CCCGGUCCCA UCCCGAACCC GGAAGCUAAG CCUGCCAGCG CCGAUGAUAC UACCCAUCC GGGUGGAAAA GUAGGACACC GCCGAACAC

GENBANK: GENBANK: CP000480.1

+
分子 #29: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 29 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 495.373656 KDa
配列文字列: UUUUUGUUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUUUCGGGG GUACUCGAGU GGCGAACGGG UGAGUAACAC GUGGGUGAUC UGCCCUGCAC UUUGGGAUAA GCCUGGGAAA C UGGGUCUA ...文字列:
UUUUUGUUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUUUCGGGG GUACUCGAGU GGCGAACGGG UGAGUAACAC GUGGGUGAUC UGCCCUGCAC UUUGGGAUAA GCCUGGGAAA C UGGGUCUA AUACCGAAUA CACCCUGCUG GUCGCAUGGC CUGGUAGGGG AAAGCUUUUG CGGUGUGGGA UGGGCCCGCG GC CUAUCAG CUUGUUGGUG GGGUGAUGGC CUACCAAGGC GACGACGGGU AGCCGGCCUG AGAGGGUGAC CGGCCACACU GGG ACUGAG AUACGGCCCA GACUCCUACG GGAGGCAGCA GUGGGGAAUA UUGCACAAUG GGCGCAAGCC UGAUGCAGCG ACGC CGCGU GAGGGAUGAC GGCCUUCGGG UUGUAAACCU CUUUCAGCAC AGACGAAGCG CAAGUGACGG UAUGUGCAGA AGAAG GACC GGCCAACUAC GUGCCAGCAG CCGCGGUAAU ACGUAGGGUC CGAGCGUUGU CCGGAAUUAC UGGGCGUAAA GAGCUC GUA GGUGGUUUGU CGCGUUGUUC GUGAAAACUC ACAGCUUAAC UGUGGGCGUG CGGGCGAUAC GGGCAGACUA GAGUACU GC AGGGGAGACU GGAAUUCCUG GUGUAGCGGU GGAAUGCGCA GAUAUCAGGA GGAACACCGG UGGCGAAGGC GGGUCUCU G GGCAGUAACU GACGCUGAGG AGCGAAAGCG UGGGGAGCGA ACAGGAUUAG AUACCCUGGU AGUCCACGCC GUAAACGGU GGGUACUAGG UGUGGGUUUC CUUCCUUGGG AUCCGUGCCG UAGCUAACGC AUUAAGUACC CCGCCUGGGG AGUACGGCCG CAAGGCUAA AACUCAAAGG AAUUGACGGG GGCCCGCACA AGCGGCGGAG CAUGUGGAUU AAUUCGAUGC AACGCGAAGA A CCUUACCU GGGUUUGACA UGCACAGGAC GCCGGCAGAG AUGUCGGUUC CCUUGUGGCC UGUGUGCAGG UGGUGCAUGG CU GUCGUCA GCUCGUGUCG UGAGAUGUUG GGUUAAGUCC CGCAACGAGC GCAACCCUUG UCUCAUGUUG CCAGCACGUU AUG GUGGGG ACUCGUGAGA GACUGCCGGG GUCAACUCGG AGGAAGGUGG GGAUGACGUC AAGUCAUCAU GCCCCUUAUG UCCA GGGCU UCACACAUGC UACAAUGGCC GGUACAAAGG GCUGCGAUGC CGUGAGGUGG AGCGAAUCCU UUCAAAGCCG GUCUC AGUU CGGAUCGGGG UCUGCAACUC GACCCCGUGA AGUCGGAGUC GCUAGUAAUC GCAGAUCAGC AACGCUGCGG UGAAUA CGU UCCCGGGCCU UGUACACACC GCCCGUCACG UCAUGAAAGU CGGUAACACC CGAAGCCGGU GGCCUAACCC UUGUGGA GG GAGCCGUCGA AGGUGGGAUC GGCGAUUGGG ACGAAGUCGU AACAAGGUAG CCGUACCGGA AGGUGCGGCU GGAUCACC U CCUUUCU

GENBANK: GENBANK: CP000480.1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM HEPES, 20mM MgCl2, 100mM NH4Cl, 3mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 1.34 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3750

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4) / 使用した粒子像数: 110934
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8whx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細phenix.real_space_refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8wi7:
Cryo- EM structure of Mycobacterium smegmatis 70S ribosome, bS1 and RafH.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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