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- EMDB-37552: Cryo- EM structure of Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-37552
タイトルCryo- EM structure of Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit (body 1) of 70S ribosome and RafH.
マップデータMycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit (body 1) of 70S ribosome and RafH complex
試料
  • 複合体: 70S ribosome + RafH protein
    • タンパク質・ペプチド: x 26種
    • RNA: x 2種
キーワードRibosome / protein synthesis / Mycobacterium smegmatis / hibernation promotion factor / RafH / hypoxia stress / Cryo- EM / Single particle reconstruction
機能・相同性
機能・相同性情報


large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L6, conserved site ...: / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / : / : / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L2 signature. / Ribosomal protein L29, conserved site / Ribosomal protein L29 signature. / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L5, N-terminal / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5, C-terminal / ribosomal L5P family C-terminus / Ribosomal protein L5 / Ribosomal protein L5 domain superfamily / Ribosomal protein L6, alpha-beta domain / Ribosomal protein L6
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 ...Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Large ribosomal subunit protein bL34
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kumar N / Sharma S / Kaushal PS
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Science and Engineering Research Board (SERB) インド
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo- EM structure of the mycobacterial 70S ribosome in complex with ribosome hibernation promotion factor RafH.
著者: Niraj Kumar / Shivani Sharma / Prem S Kaushal /
要旨: Ribosome hibernation is a key survival strategy bacteria adopt under environmental stress, where a protein, hibernation promotion factor (HPF), transitorily inactivates the ribosome. Mycobacterium ...Ribosome hibernation is a key survival strategy bacteria adopt under environmental stress, where a protein, hibernation promotion factor (HPF), transitorily inactivates the ribosome. Mycobacterium tuberculosis encounters hypoxia (low oxygen) as a major stress in the host macrophages, and upregulates the expression of RafH protein, which is crucial for its survival. The RafH, a dual domain HPF, an orthologue of bacterial long HPF (HPF), hibernates ribosome in 70S monosome form, whereas in other bacteria, the HPF induces 70S ribosome dimerization and hibernates its ribosome in 100S disome form. Here, we report the cryo- EM structure of M. smegmatis, a close homolog of M. tuberculosis, 70S ribosome in complex with the RafH factor at an overall 2.8 Å resolution. The N- terminus domain (NTD) of RafH binds to the decoding center, similarly to HPF NTD. In contrast, the C- terminus domain (CTD) of RafH, which is larger than the HPF CTD, binds to a distinct site at the platform binding center of the ribosomal small subunit. The two domain-connecting linker regions, which remain mostly disordered in earlier reported HPF structures, interact mainly with the anti-Shine Dalgarno sequence of the 16S rRNA.
履歴
登録2023年9月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_37552.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_37552.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit (body 1) of 70S ribosome and RafH complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å		1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å		1.07 Å/pix.
x 380 pix.
= 406.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045
最小 - 最大-0.04162318 - 0.2797405
平均 (標準偏差)0.002174491 (±0.011432372)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 406.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit (half 1, body...

ファイルemd_37552_half_map_1.map
注釈Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit (half 1, body 1) of 70S ribosome and RafH complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit (half 2, body...

ファイルemd_37552_half_map_2.map
注釈Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit (half 2, body 1) of 70S ribosome and RafH complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 70S ribosome + RafH protein

全体名称: 70S ribosome + RafH protein
要素
  • 複合体: 70S ribosome + RafH protein
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L9
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33A
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • RNA: 23S rRNA
    • RNA: 5S rRNA

+
超分子 #1: 70S ribosome + RafH protein

超分子名称: 70S ribosome + RafH protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155

+
分子 #1: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 30.425945 KDa
配列文字列: MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK ...文字列:
MGIRKYKPTT PGRRGASVSD FAEITRSTPE KSLVRPLHGK GGRNAHGRIT TRHKGGGHKR AYRVIDFRRH DKDGVNAKVA HIEYDPNRT ANIALLHYLD GEKRYIIAPQ GLKQGDVIES GANADIKPGN NLPLRNIPAG TVIHAVELRP GGGAKLARSA G VSIQLLGK EGTYAALRMP SGEIRRVDVR CRATVGEVGN AEQSNINWGK AGRMRWKGKR PTVRGVVMNP VDHPHGGGEG KT SGGRHPV SPWGKPEGRT RKPNKPSDKL IVRRRRTGKK R

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #2: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 23.011393 KDa
配列文字列: MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG ...文字列:
MARKGILGTK LGMTQVFDEN NKVVPVTVVK AGPNVVTRIR TTERDGYSAV QLAYGEISPR KVIKPVAGQF AAAGVNPRRH VAELRLDDE AAVAEYEVGQ ELTAEIFSDG AYVDVTGTSK GKGFAGTMKR HGFRGQGAAH GAQAVHRRPG SIGGCATPGR V FKGTRMSG RMGNDRVTTQ NLKVHKVDAE NGVLLIKGAI PGRNGGLVVV RSAIKRGEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 22.920949 KDa
配列文字列: MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS ...文字列:
MTLKVDVKTP AGKTDGSVEL PAELFDVEPN IALMHQVVTA QLAAKRQGTH STKTRGEVSG GGKKPYRQKG TGRARQGSTR APQFTGGGT VHGPKPRDYS QRTPKKMIAA ALRGALSDRA RNDRIHAVTE LVEGQTPSTK SAKTFLGTLT ENKKVLVVIG R TDEVGAKS VRNLPGVHVI SPDQLNTYDV LNADDVVFSV EALNAYISAN SKEGASV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 21.152328 KDa
配列文字列:
MTTTEKALPR LKQRYREEIR EALQQEFNYA NVMQIPGVVK VVVNMGVGDA ARDAKLINGA INDLALITGQ KPEVRRARKS IAQFKLREG MPIGARVTLR GDRMWEFLDR LISIALPRIR DFRGLSPKQF DGTGNYTFGL NEQSMFHEID VDSIDRPRGM D ITVVTTAT NDAEGRALLR ALGFPFKEN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL5

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 19.483361 KDa
配列文字列:
MSRIGKQPVP VPSGVDVTIN GQNLSVKGPK GTLTLDVAEP ISVSRAEDGA IVVTRPDDER RSRSLHGLSR TLIANLVTGV TEGYTQKME IFGVGYRVQL KGQNLEFALG YSHPVLIEAP EGITFAVESP TKFSVSGIDK QKVGQISAVI RRLRRPDPYK G KGVRYEGE QIRRKVGKTG K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL6

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L9

分子名称: 50S ribosomal protein L9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 15.949253 KDa
配列文字列:
MKLILTAEVE HLGAAGDTVE VKDGYGRNYL LPRGLAIVAS RGAERQAEEI RRARESKVIR DIEHANELKT ALEGLGDVTL SVNAAGDTG KLFGSVTAAD VVNAIKKAGG PNLDKRTVQL AKAHIKSVGT HPVTVKLHTG VEAKVSLNVV AQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL9

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 16.146689 KDa
配列文字列:
MPTYTPKAGD TTRSWYVIDA SDVVLGRLAS AAATLLRGKH KPTFTPNVDG GDFVIVINAD KIAVSGDKLT KKFAYRHSGY PGGLRKRTI GELLEKHPTR VVENAIIGML PHNKLGRQIQ KKLKVYAGPD HPHAAQQPIP FEIKQVAQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 13.400625 KDa
配列文字列:
MIQQESRLKV ADNTGAKEIL CIRVLGGSSR RYAGIGDVIV ATVKDAIPGG NVKRGDVVKA VVVRTVKERR RADGSYIKFD ENAAVIIKN DNDPRGTRIF GPVGRELREK KFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 15.602244 KDa
配列文字列:
MSVIKLHDLK PAPGEKKAKT RVGRGEGSKG KTAGRGTKGT KARKNVPVMF EGGQMPIHMR LPKLKGFKNR FRTEYQVVNV GDINKAFPQ GGTVGVDELV AKGLVRKNSL VKVLGDGKLT VKVDVTANKF SGSAREAITA AGGSATEL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 21.892246 KDa
配列文字列: MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA ...文字列:
MPKPTKGPRL GGSSSHQSAL LANLATSLFE HGRIKTTEPK ARALRPYAEK LITHAKKGAL HNRREVMKKI RDKDVVHTLF AEIGPFYAD RNGGYTRIIK VENRKGDNAP MAVIELVREK TVTDEANRAR RAAASQAKAD ERADEKADEK AEETVEETTE A PAEESTEA AAEETVEETT EAPAEESTEA AEESEAKDDT K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 13.711728 KDa
配列文字列:
MAHKPVGQNI SEVRRNARLR RHARLRKKVA GTAEVPRLVV NRSARHIHVQ LVNDLNGTTL AAASSIEADV RAIDGDKKAH SVRVGQLIA ERAKAAGVET VVFDRGGYTY GGRIAALADA AREAGLKF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 12.892806 KDa
配列文字列:
MNTLDFVDQA SLRDDIPTFS PGDTVNVHVK VIEGSKERIQ VFKGVVIRRQ GGGISETFTV RKESYGVGVE RTFPVHSPNI DHIDVLTRG DVRRAKLYYL RELRGKKAKI KEKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 14.494693 KDa
配列文字列:
MARVKRALNA QKKRRTVLKA SKGYRGQRSR LYRKAKEQQL HSLTYAYRDR RARKGEFRKL WISRINAAAR ANDITYNRLI QGLKAAGVE VDRKNLAELA VSDPAAFTAL VDVARAALPE DVNAPSGEAA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 11.055894 KDa
配列文字列:
MATYAIVKTG GKQYKVAAGD VVKVEKLDSE PGASVSLPVA LVVDGANVTS KADDLAKVAV TAEVLEHTKG PKIRIHKFKN KTGYHKRQG HRQQLTVLKV TGIK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 16.3536 KDa
配列文字列:
MSTVTEFPSA TAKARYVRVS ATKARRVIDL VRGKSVEEAL DILRWAPQAA SEPVAKVIAS AAANAQNNEG LDPSTLVVAT VYADEGPTA KRIRPRAQGR AFRIRKRTSH ITVIVESRPP KQKGASAASA RSRRAQGSKA AATKKSAETK EGSE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 11.047836 KDa
配列文字列:
MATITDPRDI ILAPVISEKS YGLIEDNVYT FVVHPDSNKT QIKIAIEKIF DVKVDSVNTA NRQGKRKRTR TGFGKRKSTK RAIVKLAAG SKPIDLFGAP A

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 11.228946 KDa
配列文字列:
MKVHKGDTVL VISGKDKGAK GKVLVAYPDR NKVLVEGVNR IKKHTAVSAN ERGASSGGIV TQEAPIHVSN VMVVDSDGKP TRVGYRIDD ETGKKVRIAK TNGKDI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 9.249582 KDa
配列文字列:
MAHKKGASSS RNGRDSAAQR LGVKRFGGQV VKAGEILVRQ RGTHFHPGVN VGRGGDDTLF ALAPGAVEFG AKRGRKTVNI VPVARPEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 6.891016 KDa
配列文字列:
MAAVCDICGK GPGFGKSVSH SHRRTSRRWN PNIQPVRAVT RPGGNKQRIN ACTSCIKAGK VSRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 8.790895 KDa
配列文字列:
MAVGTTPGEL RELTDDELKD KLRESKEELF NLRFQMATGQ LSNNRRLRTV RQEIARVYTV LRERELGLAS GPAGEES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 7.022147 KDa
配列文字列:
MAELKITQVR STIGARWKQR ESLRTLGLKK IRQSVVREDN AQTRGLINTV HHLVEVEEVG K

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 6.467719 KDa
配列文字列:
MAVPKRRMSR ANTRSRRAQW KAEAPGLVTV SVAGQQRKVP RRLLKAARLG LVDLDKR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L33A

分子名称: 50S ribosomal protein L33A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 6.468501 KDa
配列文字列:
MASSTDVRPK ITLACEVCKH RNYITKKNRR NDPDRLEIKK FCPNCGTHQP HKESR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL33A

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 5.52258 KDa
配列文字列:
MAKGKRTFQP NNRRRARVHG FRLRMRTRAG RAIVANRRSK GRRALTA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 7.298505 KDa
配列文字列:
MPKAKTHSGA SKRFRRTGTG KIVRQKANRR HLLEHKPTKR TRRLDGRTTV SAADNSRINK LLNG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 8.312485 KDa
配列文字列:
MKTGIHPEYV DTTVQCGCGH SFTTRSTKQS GTIVVEVCSQ CHPFYTGKQK ILDSGGRVAR FEKRYGKRNK AAADK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL31

+
分子 #27: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 27 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
分子量理論値: 1.01183475 MDa
配列文字列: AAGUGUUUAA GGGCGCAUGG UGGAUGCCUU GGCACUGGGA GCCGAUGAAG GACGUAGGAG GCUGCGAUAA GCCUCGGGGA GCUGUCAAC CGAGCGUUGA UCCGAGGAUG UCCGAAUGGG GAAACCCGGC ACGAGUGAUG UCGUGUCACC AGGCGCUGAA U AUAUAGGC ...文字列:
AAGUGUUUAA GGGCGCAUGG UGGAUGCCUU GGCACUGGGA GCCGAUGAAG GACGUAGGAG GCUGCGAUAA GCCUCGGGGA GCUGUCAAC CGAGCGUUGA UCCGAGGAUG UCCGAAUGGG GAAACCCGGC ACGAGUGAUG UCGUGUCACC AGGCGCUGAA U AUAUAGGC GUCUGGGGGG AACGCGGGGA AGUGAAACAU CUCAGUACCC GUAGGAAGAG AAAACAAAAU GUGAUUCCGU GA GUAGUGG CGAGCGAAAG CGGAGGAUGG CUAAACCGUA UGCAUGUGAU ACCGGGUAGG GGUUGUGUGU GCGGGGUUGU GGG ACCUAU CUUUCCGGCU CUACCUGGCU GGAGGGCAGU GAGAAAAUGU UGUGGUUAGC GGAAAUGGCU UGGGAUGGCC UGCC GUAGA CGGUGAGAGC CCGGUACGUG AAAACCCGAC GUCUGUCUUG AUGGUGUUCC CGAGUAGCAG CGGGCCCGUG GAAUC UGCU GUGAAUCUGC CGGGACCACC CGGUAAGCCU GAAUACUUCC CAGUGACCGA UAGCGGAUUA GUACCGUGAG GGAAUG GUG AAAAGUACCC CGGGAGGGGA GUGAAAGAGU ACCUGAAACC GUGCGCUUAC AAUCCGUCAG AGCCCUCGAC GUGUCGU GG GGUGAUGGCG UGCCUUUUGA AGAAUGAGCC UGCGAGUCAG GGACAUGUCG CGAGGUUAAC CCGGGUGGGG UAGCCGCA G CGAAAGCGAG UCUGAAUAGG GCGUAUCCAC ACAAGAGUGU GUGGUGUAGU GGUGUGUUCU GGACCCGAAG CGGAGUGAU CUACCCAUGG CCAGGGUGAA GCGCGGGUAA GACCGCGUGG AGGCCCGAAC CCACUUAGGU UGAAGACUGA GGGGAUGAGC UGUGGGUAG GGGUGAAAGG CCAAUCAAAC UCCGUGAUAG CUGGUUCUCC CCGAAAUGCA UUUAGGUGCA GCGUCGCAUG U UUCUUGCC GGAGGUAGAG CUACUGGAUG GCCGAUGGGC CCCACAGGGU UACUGACGUC AGCCAAACUC CGAAUGCCGG UA AGUCCAA GAGUGCGGCA GUGAGACGGC GGGGGAUAAG CUCCGUGCGU CGAGAGGGAA ACAGCCCAGA UCGCCGGCUA AGG CCCCUA AGCGUGUGCU AAGUGGAAAA GGAUGUGCAG UCGCGAAGAC AACCAGGAGG UUGGCUUAGA AGCAGCCACC CUUG AAAGA GUGCGUAAUA GCUCACUGGU CAAGUGAUUG UGCGCCGAUA AUGUAGCGGG GCUCAAGCAC ACCGCCGAAG CCGCG GCAG CCAACGUGUU GGCUGGGUAG GGGAGCGUCC UGCAUCCGGU GAAGCCGCCG AGUGAUCGAG UGGUGGAGGG UGUGGG AGU GAGAAUGCAG GCAUGAGUAG CGAUUAGGCA AGUGAGAACC UUGCCCGCCG AAAGACCAAG GGUUCCUGGG CCAGGCC AG UCCGCCCAGG GUGAGUCGGG ACCUAAGGCG AGGCCGACAG GCGUAGUCGA UGGACAACGG GUUGAUAUUC CCGUACCC G UGUAUGUGCG UCCAUGAUGA AUCAGCGGUA CUAACCAUCC AAAACCACCG UGACCGCACC UUUCGGGGUG UGGCGUUGG UGGGGCUGCA UGGGACCUUC GUUGGUAGUA GUCAAGCGAU GGGGUGACGC AGGAAGGUAG CCGUACCGGU CAGUGGUAAU ACCGGGGUA AGCCUGUAGG GAGUCAGAUA GGUAAAUCCG UCUGGCAUAU AUCCUGAGAG GUGAUGCAUA GCCGAGUGAG G CGAAUUCG GUGAUCCUAU GCUGCCGAGA AAAGCCUCUA GCGAGGACAU ACACGGCCCG UACCCCAAAC CAACACAGGU GG UCAGGUA GAGAAUACUA AGGCGUACGA GUGAACUAUG GUUAAGGAAC UCGGCAAAAU GCCCCCGUAA CUUCGGGAGA AGG GGGACC CACAUGGCGU GUAAGCCUUU ACGGCCCAAG CGUGAGUGGG UGGCACAAAC CAGUGAGAAG CGACUGUUUA CUAA AAACA CAGGUCCGUG CGAAGUCGCA AGACGAUGUA UACGGACUGA CGCCUGCCCG GUGCUGGAAG GUUAAGAGGA CCCGU UAAC UCCCUUUGGG GGUGAAGCGG AGAAUUUAAG CCCCAGUAAA CGGCGGUGGU AACUAUAACC AUCCUAAGGU AGCGAA AUU CCUUGUCGGG UAAGUUCCGA CCUGCACGAA UGGCGUAACG ACUUCUCAAC UGUCUCAACC AUAGACUCGG CGAAAUU GC ACUACGAGUA AAGAUGCUCG UUACGCGCGG CAGGACGAAA AGACCCCGGG ACCUUCACUA CAACUUGGUA UUGGUGCU C GAUACGGUUU GUGUAGGAUA GGUGGGAGAC UGUGAAGCUC ACACGCCAGU GUGGGUGGAG UCGUUGUUGA AAUACCACU CUGAUCGUAU UGGGCCUCUA ACCUCGGACC GUAUAUCCGG UUCAGGGACA GUGCCUGGUG GGUAGUUUAA CUGGGGCGGU UGCCUCCUA AAAUGUAACG GAGGCGCCCA AAGGUUCCCU CAACCUGGAC GGCAAUCAGG UGUUGAGUGU AAGUGCACAA G GGAGCUUG ACUGCGAGAC GGACAUGUCG AGCAGGGACG AAAGUCGGGA CUAGUGAUCC GGCACCUCUG AGUGGAAGGG GU GUCGCUC AACGGAUAAA AGGUACCCCG GGGAUAACAG GCUGAUCUUC CCCAAGAGUC CAUAUCGACG GGAUGGUUUG GCA CCUCGA UGUCGGCUCG UCGCAUCCUG GGGCUGGAGC AGGUCCCAAG GGUUGGGCUG UUCGCCCAUU AAAGCGGCAC GCGA GCUGG GUUUAGAACG UCGUGAGACA GUUCGGUCUC UAUCCGCCGC GCGCGUCAGA AGCUUGAGGA AACCUGUCCC UAGUA CGAG AGGACCGGGA CGGACGAACC UCUGGUAUAC CAGUUGUCCC ACCAGGGGCA CGGCUGGAUA GCCACGUUCG GACAGG AUA ACCGCUGAAA GCAUCUAAGC GGGAAACCUC UUCCAAGACC AGGCUUCUCA CCCUCUAGGA GGGAUAAGGC CCCCCGC AG ACCACGGGAU UGAUAGACCA GACCUGGAAG CCUAGUAAUA GGUGCAGGGA ACUGGCACUA ACCGGCCGAA AACUUAC

+
分子 #28: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 28 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: mc(2)155
分子量理論値: 38.061816 KDa
配列文字列:
GUUACGGCGG UCCAUAGCGG CAGGGAAACG CCCGGUCCCA UCCCGAACCC GGAAGCUAAG CCUGCCAGCG CCGAUGAUAC UACCCAUCC GGGUGGAAAA GUAGGACACC GCCGAACAC

GENBANK: GENBANK: CP000480.1

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 20mM HEPES, 20mM MgCl2, 100mM NH4Cl, 3mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 12343 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 1.34 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1202461
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

8932

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4) / 使用した粒子像数: 110934
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8whx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細phenix.real_space_refinement
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8why:
Cryo- EM structure of Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit (body 1) of 70S ribosome and RafH.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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