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- EMDB-3746: The archaellum of Pyrococcus furiosus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3746
タイトルThe archaellum of Pyrococcus furiosus
マップデータhelical segment of the Pyrococcus furiosus archaellum
試料
  • 複合体: archaellum
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin
キーワードarchaellar flagellum glycoprotein helical filament / Cell adhesion
機能・相同性archaeal-type flagellum / Flagellin, archaea / Archaebacterial flagellin / Flagellin/pilin, N-terminal / archaeal or bacterial-type flagellum-dependent cell motility / structural molecule activity / membrane / Flagellin
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Daum B / Vonck J / Bellack A / Chaudhuri P / Reichelt R / Albers S-V / Rachel R / Kuehlbrandt W
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Structure and organisation of the archaellum machinery.
著者: Bertram Daum / Janet Vonck / Annett Bellack / Paushali Chaudhury / Robert Reichelt / Sonja-Verena Albers / Reinhard Rachel / Werner Kühlbrandt /
要旨: The archaellum is the macromolecular machinery that Archaea use for propulsion or surface adhesion, enabling them to proliferate and invade new territories. The molecular composition of the ...The archaellum is the macromolecular machinery that Archaea use for propulsion or surface adhesion, enabling them to proliferate and invade new territories. The molecular composition of the archaellum and of the motor that drives it appears to be entirely distinct from that of the functionally equivalent bacterial flagellum and flagellar motor. Yet, the structure of the archaellum machinery is scarcely known. Using combined modes of electron cryo-microscopy (cryoEM), we have solved the structure of the archaellum filament at 4.2 Å resolution and visualise the architecture and organisation of its motor complex . This allows us to build a structural model combining the archaellum and its motor complex, paving the way to a molecular understanding of archaeal swimming motion.
履歴
登録2017年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年6月7日-
マップ公開2017年7月5日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0344
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0344
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5o4u
  • 表面レベル: 0.0344
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5o4u
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3746.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3746.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈helical segment of the Pyrococcus furiosus archaellum
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 200 pix.
= 224. Å		1.12 Å/pix.
x 200 pix.
= 224. Å		1.12 Å/pix.
x 200 pix.
= 224. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0344 / ムービー #1: 0.0344
最小 - 最大-0.15379982 - 0.21714751
平均 (標準偏差)0.00059139624 (±0.013378559)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 224.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.121.121.12
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z224.000224.000224.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.1540.2170.001

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1 for helical segment of the Pyrococcus furiosus archaellum

ファイルemd_3746_half_map_1.map
注釈half map 1 for helical segment of the Pyrococcus furiosus archaellum
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 for helical segment of the Pyrococcus furiosus archaellum

ファイルemd_3746_half_map_2.map
注釈half map 2 for helical segment of the Pyrococcus furiosus archaellum
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : archaellum

全体名称: archaellum
要素
  • 複合体: archaellum
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin

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超分子 #1: archaellum

超分子名称: archaellum / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: helical fragment of the archaellum
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
分子量理論値: 21.7 KDa

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分子 #1: Flagellin

分子名称: Flagellin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus furiosus DSM 3638 (古細菌)
分子量理論値: 22.28335 KDa
配列文字列: MAKKGAVGIG TLIVFIAMVL VAAVAAAVLI QTSGYLQQKS QATGRETTQE VASGIKVLSV VGKTDSNKTY VEKLAIYISP NAGSEGIDL NNTRVVLSNG TVQAVLKYEK TAYHKGAVGD VFNASTAWNL SNTNFGIIVL QDADNSVDQN YPTLNKGDIV V ITVKVGEG ...文字列:
MAKKGAVGIG TLIVFIAMVL VAAVAAAVLI QTSGYLQQKS QATGRETTQE VASGIKVLSV VGKTDSNKTY VEKLAIYISP NAGSEGIDL NNTRVVLSNG TVQAVLKYEK TAYHKGAVGD VFNASTAWNL SNTNFGIIVL QDADNSVDQN YPTLNKGDIV V ITVKVGEG NGVFGKGIPP RTKITGKVIP EFGAPGVIEF TTPSTYTSEV IELQ

UniProtKB: Flagellin

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: blotting for 7-10 seconds.

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FSC
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 297 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 44642 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 4.2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL 3200FSC CRYOHOLDER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.5 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 108 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 13965
Segment selection選択した数: 74823
ソフトウェア:
名称詳細
EMANHelixboxer, 4712 helices selected
RELION (ver. 2.0)74823 overlapping segments
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5tfy


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: Some built de novo, some based on 5TFY
得られたモデル

PDB-5o4u:
The flagellin of Pyrococcus furiosus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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