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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-36881 | |||||||||
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タイトル | Structure of Banna virus core | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | core particle / capsid protein / reovirus / complex / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Structural protein Vp10, Seadornavirus / Seadornavirus VP8 protein / Seadornavirus Vp10 / Seadornavirus VP2 protein / VP10 / Vp2 / VP8 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Banna virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Z / Cao S | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of Banna virus in multiple states reveal stepwise detachment of viral spikes. 著者: Zhiqiang Li / Han Xia / Guibo Rao / Yan Fu / Tingting Chong / Kexing Tian / Zhiming Yuan / Sheng Cao / 要旨: Banna virus (BAV) is the prototype Seadornavirus, a class of reoviruses for which there has been little structural study. Here, we report atomic cryo-EM structures of three states of BAV virions- ...Banna virus (BAV) is the prototype Seadornavirus, a class of reoviruses for which there has been little structural study. Here, we report atomic cryo-EM structures of three states of BAV virions-surrounded by 120 spikes (full virions), 60 spikes (partial virions), or no spikes (cores). BAV cores are double-layered particles similar to the cores of other non-turreted reoviruses, except for an additional protein component in the outer capsid shell, VP10. VP10 was identified to be a cementing protein that plays a pivotal role in the assembly of BAV virions by directly interacting with VP2 (inner capsid), VP8 (outer capsid), and VP4 (spike). Viral spikes (VP4/VP9 heterohexamers) are situated on top of VP10 molecules in full or partial virions. Asymmetrical electrostatic interactions between VP10 monomers and VP4 trimers are disrupted by high pH treatment, which is thus a simple way to produce BAV cores. Low pH treatment of BAV virions removes only the flexible receptor binding protein VP9 and triggers significant conformational changes in the membrane penetration protein VP4. BAV virions adopt distinct spatial organization of their surface proteins compared with other well-studied reoviruses, suggesting that BAV may have a unique mechanism of penetration of cellular endomembranes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_36881.map.gz | 327.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-36881-v30.xml emd-36881.xml | 18.4 KB 18.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_36881.png | 198.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-36881.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_36881_additional_1.map.gz emd_36881_half_map_1.map.gz emd_36881_half_map_2.map.gz | 192.3 MB 294.9 MB 294.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36881 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-36881 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_36881_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_36881_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_36881_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_36881_validation.cif.gz | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36881 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-36881 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8k4aMC 8k42C 8k43C 8k44C 8k49C 8w9pC 8w9qC 8w9rC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_36881.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.95 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_36881_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_36881_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_36881_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Banna virus
全体 | 名称: Banna virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Banna virus
超分子 | 名称: Banna virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 77763 / 生物種: Banna virus / Sci species strain: YN15-126-01 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: VP2
分子 | 名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: OR004519 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Banna virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 108.031008 KDa |
配列 | 文字列: MPRKKDQVTK NDDGNQTSDV QTQDFKTAVQ PDTNTAQLIK TYSNPKQRGD KGEIIYDGGL SSKLADVVDK TTEPHNADGA VKDGRIAPV KLDLEKQKLD KLKLFETSPF DPLTIKNNQD VVDKLYATQS SSIQEVVPTK TFATELQFGV TSEDMAKIYG A VAAVSKNV ...文字列: MPRKKDQVTK NDDGNQTSDV QTQDFKTAVQ PDTNTAQLIK TYSNPKQRGD KGEIIYDGGL SSKLADVVDK TTEPHNADGA VKDGRIAPV KLDLEKQKLD KLKLFETSPF DPLTIKNNQD VVDKLYATQS SSIQEVVPTK TFATELQFGV TSEDMAKIYG A VAAVSKNV NSSVTYEVKR GTHELIKVPT IPHNLVLIQS DNGKHALIKE DLGQWPVETG ISLVNQAGVF AVQLANKLGI DK PFVLDAG SNYFTDTSFI DTRKYCTDGL SPREIQKALN RQRAYYDRPE LTISENKTLL SQSIIYPDAD GNDVSIIFSG AMS HAIFTY AQSQWNKNII KLDDYIREIT LTVPKQYRPR RFKEIEHTHG YVYRELNQGS LLPLVDANLK ESSSYYFKKL MSSI SNVPV DARTLQSATA ALAADTGQAV NRAQHVSMLT NRLTTANAPT VRAITVLTCM FKQFRIGMTY ALDPNIMDVA AATCM LLFR PAQSISDEQY RYCLQTMAVF LTNTTYDIVN NDTIDVLKMK LRNQGWPFVE RYNAVEIDMS VEPLRSPGQV GRYYNP FNI DPLTKKHVED RLEEFINQVQ VGRFRNASGN AVGTTLAAFL RACRDKTSAN WRGYSVLVSR YRSLIPNELF ESLRNIS GE YNINPQDEHS FFFALAQINA DDEFIGAIDK ESAEYLDEYA TLARDISNSL TLVKAAFGPL ERTSGSIINH ANNLNKVI N HVFADKPLIS ETMLKILTID GTTGKDGYRN WLDKLVGHNY PVYVEPVVNI MNFISARFVA DSSYFGYTNE IMIMPNHIN VPVDDRFGFR DSPFCTSLPR TIMGNDVRRI SYNVFSMMED IDDVISEGFI LYDAYFNFSY DIMTTDGVTR LKEDILIVTD TGNDIKPIH FYIYFENRND KKLRYESKMN VSYRLYIKTP ACLLPLSDYM RAQHDYVSPS SSRVYIKDPA VVYTRS UniProtKB: Vp2 |
-分子 #2: VP8
分子 | 名称: VP8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: OR004525 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Banna virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 32.885305 KDa |
配列 | 文字列: MANRATSAFL DNPHPVGVNY VDEGSRQFVA VAELLASKLI DSSRESDESN SDVPFVQAYS KFADDNPRHL RVKTGGKMAN ALTNVIRSY YSINAPAIVP QVEIDRLASK ATVSGDMYNS YAIFNSVPIV EVLSPARTTV SIVGSDRADV TMLNTGAGAA N ITFNFGQI ...文字列: MANRATSAFL DNPHPVGVNY VDEGSRQFVA VAELLASKLI DSSRESDESN SDVPFVQAYS KFADDNPRHL RVKTGGKMAN ALTNVIRSY YSINAPAIVP QVEIDRLASK ATVSGDMYNS YAIFNSVPIV EVLSPARTTV SIVGSDRADV TMLNTGAGAA N ITFNFGQI AETVILKGSV PFQLARLNQP MPAARFTYKL RPLDGPFIVV LPVGNPLVIS ATAATRIQVP LAFNKALVES GF QTAMNDG LFDIQNVNYY SSFDEFIISQ YHAQDGINRV STCVILGLAL QAYDQMRRAL PVRRV UniProtKB: VP8 |
-分子 #3: VP10
分子 | 名称: VP10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: OR004527 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Banna virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 28.65577 KDa |
配列 | 文字列: MDVLSKGSLK ELLAHLEKTP LEEAISYRIG TVPYQNVLIS RNEYYNQLYP DTTSLIDGVS REGQRNVNGL IMSIISYVVS GSGHYIPNI GFMLLRRSIL DILTKHDTGL VTNNLNYGII ARNLTVSKMN CEQRKRMLIC FKLLAYKDGN QNDYEIYLNQ N IPLKQIAP ...文字列: MDVLSKGSLK ELLAHLEKTP LEEAISYRIG TVPYQNVLIS RNEYYNQLYP DTTSLIDGVS REGQRNVNGL IMSIISYVVS GSGHYIPNI GFMLLRRSIL DILTKHDTGL VTNNLNYGII ARNLTVSKMN CEQRKRMLIC FKLLAYKDGN QNDYEIYLNQ N IPLKQIAP NFIPGDMRTV IHNQDQLAIV GIPAYRLTQS TELSIRDDNA KSYKLGYVDW YNSNSFLRER SEFNLIRLKD RD TKYGKLN GW UniProtKB: VP10 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 289 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用した粒子像数: 508374 |
初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |