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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | The "5+1" heteromeric structure of Lon protease consisting of a spiral pentamer with Y224S mutation and an N-terminal-truncated monomeric E613K mutant | |||||||||
![]() | heteromeric 5 1 complex | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Li S / Hsieh KY / Kuo CI / Zhang K / Chang CI | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A 5+1 assemble-to-activate mechanism of the Lon proteolytic machine. 著者: Shanshan Li / Kan-Yen Hsieh / Chiao-I Kuo / Tzu-Chi Lin / Szu-Hui Lee / Yi-Ru Chen / Chun-Hsiung Wang / Meng-Ru Ho / See-Yeun Ting / Kaiming Zhang / Chung-I Chang / ![]() ![]() 要旨: Many AAA+ (ATPases associated with diverse cellular activities) proteins function as protein or DNA remodelers by threading the substrate through the central pore of their hexameric assemblies. In ...Many AAA+ (ATPases associated with diverse cellular activities) proteins function as protein or DNA remodelers by threading the substrate through the central pore of their hexameric assemblies. In this ATP-dependent translocating state, the substrate is gripped by the pore loops of the ATPase domains arranged in a universal right-handed spiral staircase organization. However, the process by which a AAA+ protein is activated to adopt this substrate-pore-loop arrangement remains unknown. We show here, using cryo-electron microscopy (cryo-EM), that the activation process of the Lon AAA+ protease may involve a pentameric assembly and a substrate-dependent incorporation of the sixth protomer to form the substrate-pore-loop contacts seen in the translocating state. Based on the structural results, we design truncated monomeric mutants that inhibit Lon activity by binding to the native pentamer and demonstrated that expressing these monomeric mutants in Escherichia coli cells containing functional Lon elicits specific phenotypes associated with lon deficiency, including the inhibition of persister cell formation. These findings uncover a substrate-dependent assembly process for the activation of a AAA+ protein and demonstrate a targeted approach to selectively inhibit its function within cells. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 62.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 55.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 115.9 MB 115.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8k3yMC ![]() 7yphC ![]() 7ypiC ![]() 7ypjC ![]() 7ypkC ![]() 7yuhC ![]() 7yumC ![]() 7yupC ![]() 7yutC ![]() 7yuuC ![]() 7yuvC ![]() 7yuwC ![]() 7yuxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | heteromeric 5 1 complex | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.061 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_36867_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_36867_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Spiral pentamer of Lon protease with a Y224S mutation in complex ...
全体 | 名称: Spiral pentamer of Lon protease with a Y224S mutation in complex with the N-terminal-truncated monomeric E613K mutant of Lon. |
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要素 |
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-超分子 #1: Spiral pentamer of Lon protease with a Y224S mutation in complex ...
超分子 | 名称: Spiral pentamer of Lon protease with a Y224S mutation in complex with the N-terminal-truncated monomeric E613K mutant of Lon. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Lon protease
分子 | 名称: Lon protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 89.307383 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRLELPVIPL RNTVILPHTT TPVDVGRAKS KRAVEEAMGA DRLIFLVAQR DPEVDDPAPD DLYTWGVQAV VKQAMRLPDG TLQVMVEAR ARAQVTDYIP GPYLRARGEV FSEIFPIDEA VVRVLVEELK EAFEKYVANH KSLRLDRYQL EAVKGTSDPA M LADTIAYH ...文字列: MRLELPVIPL RNTVILPHTT TPVDVGRAKS KRAVEEAMGA DRLIFLVAQR DPEVDDPAPD DLYTWGVQAV VKQAMRLPDG TLQVMVEAR ARAQVTDYIP GPYLRARGEV FSEIFPIDEA VVRVLVEELK EAFEKYVANH KSLRLDRYQL EAVKGTSDPA M LADTIAYH ATWTVAEKQE ILELTDLEAR LKKVLGLLSR DLERFELDKR VAQRVKEQMD TNQRESYLRE QMKAIQKELG GE DGLSDLE ALRKKIEEVG MPEAVKTKAL KELDRLERMQ QGSPEATVAR TYLDWLTEVP WSKADPEVLD INHTRQVLDE DHY GLKDVK ERILEYLAVR QLTQGLDVRN KAPILVLVGP PGVGKTSLGR SIARSMNRKF HRISLGGVRD EAEIRGHRRT YIGA MPGKL IHAMKQVGVI NPVILLDEID KMSSDWRGDP ASAMLEVLDP EQNNTFTDHY LDVPYDLSKV FFITTANTLQ TIPRP LLDR MEVIEIPGYT NMEKQAIARQ YLWPKQVRES GMEGRIEVTD AAILRVISEY TREAGVRGLE RELGKIARKG AKFWLE GAW EGLRTIDASD IPTYLGIPRY RPDKAETEPQ VGTAQGLAWT PVGGTLLTIE VAAVPGSGKL SLTGQLGEVM KESAQAA LT YLRAHTQDYG LPEDFYNKVD LHVHVPDGAT PKDGPSAGIT MATAIASALS RRPARMDIAM TGEVSLRGKV MPIGGVKE K LLAAHQAGIH KIVLPKDNEA QLEELPKEVL EGLEIKLVED VGEVLEYLLL PEPTMPPVVQ PSDNRQQPGA GAHHHHHH UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: Lon protease
分子 | 名称: Lon protease / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ![]() |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 63.185266 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() ![]() |
配列 | 文字列: HHHHHHSSGE NLYFQGHMGL SDLEALRKKI EEVGMPEAVK TKALKELDRL ERMQQGSPEA TVARTYLDWL TEVPWSKADP EVLDINHTR QVLDEDHYGL KDVKERILEY LAVRQLTQGL DVRNKAPILV LVGPPGVGKT SLGRSIARSM NRKFHRISLG G VRDEAEIR ...文字列: HHHHHHSSGE NLYFQGHMGL SDLEALRKKI EEVGMPEAVK TKALKELDRL ERMQQGSPEA TVARTYLDWL TEVPWSKADP EVLDINHTR QVLDEDHYGL KDVKERILEY LAVRQLTQGL DVRNKAPILV LVGPPGVGKT SLGRSIARSM NRKFHRISLG G VRDEAEIR GHRRTYIGAM PGKLIHAMKQ VGVINPVILL DEIDKMSSDW RGDPASAMLE VLDPEQNNTF TDHYLDVPYD LS KVFFITT ANTLQTIPRP LLDRMEVIEI PGYTNMEKQA IARQYLWPKQ VRESGMEGRI EVTDAAILRV ISEYTREAGV RGL ERELGK IARKGAKFWL EGAWEGLRTI DASDIPTYLG IPRYRPDKAE TEPQVGTAQG LAWTPVGGTL LTIKVAAVPG SGKL SLTGQ LGEVMKESAQ AALTYLRAHT QDYGLPEDFY NKVDLHVHVP DGATPKDGPS AGITMATAIA SALSRRPARM DIAMT GEVS LRGKVMPIGG VKEKLLAAHQ AGIHKIVLPK DNEAQLEELP KEVLEGLEIK LVEDVGEVLE YLLLPEPTMP PVVQPS DNR QQPGAGA UniProtKB: ![]() |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 20 mM Tris-HCl, 200 mM NaCl, 10 mM MgCl2, 1 mM DTT | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 81000 |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |