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- EMDB-3683: Structure of a pre-catalytic spliceosome (B2 map) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3683
タイトルStructure of a pre-catalytic spliceosome (B2 map)
マップデータunsharpened B2 map
試料
  • 複合体: Pre-catalytic B complex Spliceosome
    • RNA: x 5種
    • タンパク質・ペプチド: x 39種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / maturation of 5S rRNA / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of RNA binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step ...spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / snoRNA splicing / maturation of 5S rRNA / snoRNA guided rRNA 2'-O-methylation / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / positive regulation of primary miRNA processing / positive regulation of RNA binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / box C/D sno(s)RNA 3'-end processing / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / P-body assembly / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U4 snRNA binding / poly(U) RNA binding / box C/D methylation guide snoRNP complex / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / commitment complex / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / positive regulation of mRNA splicing, via spliceosome / tRNA processing / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U2-type prespliceosome / positive regulation of miRNA metabolic process / precatalytic spliceosome / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / mRNA 5'-splice site recognition / regulation of RNA splicing / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / spliceosomal complex / P-body / mRNA splicing, via spliceosome / rRNA processing / metallopeptidase activity / nucleic acid binding / cytosolic large ribosomal subunit / RNA helicase activity / RNA helicase / response to xenobiotic stimulus / GTPase activity / mRNA binding / nucleolus / GTP binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / PRP38 family / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / Sm-like protein Lsm8 ...Pre-mRNA-splicing factor Prp9, N-terminal / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 N-terminus / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component Snu23 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / PRP38 family / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / Sm-like protein Lsm8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / RNA recognition motif. (a.k.a. RRM, RBD, or RNP domain) / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / SF3A2 domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Pre-mRNA-splicing factor SF3a complex subunit 2 (Prp11) / Splicing factor SF3a60 /Prp9 subunit, C-terminal / SF3A3 domain / SF3B4, RNA recognition motif 1 / SF3a60/Prp9 C-terminal / Pre-mRNA-splicing factor SF3A3, of SF3a complex, Prp9 / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / Splicing factor 3A subunit 1 / Splicing factor 3A subunit 1, conserved domain / Pre-mRNA splicing factor PRP21 like protein / Domain of unknown function DUF382 / Domain of unknown function (DUF382) / SWAP/Surp / SWAP/Surp superfamily / Surp module / Zinc-finger of C2H2 type / SURP motif repeat profile. / Suppressor-of-White-APricot splicing regulator / PHF5-like / PHF5-like protein / PSP, proline-rich / PSP / proline-rich domain in spliceosome associated proteins / Splicing factor 3B subunit 5/RDS3 complex subunit 10 / Splicing factor 3B subunit 10 (SF3b10) / Splicing factor 3B subunit 1-like / Matrin/U1-C, C2H2-type zinc finger / Zinc finger matrin-type profile. / Zinc-finger double-stranded RNA-binding / Zinc finger, double-stranded RNA binding / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / NOSIC / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Sec63 Brl domain / Snu114, GTP-binding domain / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Matrin/U1-C-like, C2H2-type zinc finger / U1-like zinc finger / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat
類似検索 - ドメイン・相同性
U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor 6 / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 ...U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / RDS3 complex subunit 10 / Pre-mRNA-splicing factor 6 / Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Pre-mRNA-splicing factor SPP381 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / Small nuclear ribonucleoprotein G / U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / Pre-mRNA-processing factor 31 / U2 snRNP component HSH155 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / Small nuclear ribonucleoprotein F / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / Pre-mRNA-splicing factor 38 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Spliceosomal protein DIB1 / Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / Pre-mRNA-splicing factor PRP11 / U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Small nuclear ribonucleoprotein E / 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component / 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Protein HSH49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å
データ登録者Plaschka C / Lin P-C / Nagai K
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184330 英国
European Research Council693087 - SPLICE3D 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure of a pre-catalytic spliceosome.
著者: Clemens Plaschka / Pei-Chun Lin / Kiyoshi Nagai /
要旨: Intron removal requires assembly of the spliceosome on precursor mRNA (pre-mRNA) and extensive remodelling to form the spliceosome's catalytic centre. Here we report the cryo-electron microscopy ...Intron removal requires assembly of the spliceosome on precursor mRNA (pre-mRNA) and extensive remodelling to form the spliceosome's catalytic centre. Here we report the cryo-electron microscopy structure of the yeast Saccharomyces cerevisiae pre-catalytic B complex spliceosome at near-atomic resolution. The mobile U2 small nuclear ribonucleoprotein particle (snRNP) associates with U4/U6.U5 tri-snRNP through the U2/U6 helix II and an interface between U4/U6 di-snRNP and the U2 snRNP SF3b-containing domain, which also transiently contacts the helicase Brr2. The 3' region of the U2 snRNP is flexibly attached to the SF3b-containing domain and protrudes over the concave surface of tri-snRNP, where the U1 snRNP may reside before its release from the pre-mRNA 5' splice site. The U6 ACAGAGA sequence forms a hairpin that weakly tethers the 5' splice site. The B complex proteins Prp38, Snu23 and Spp381 bind the Prp8 N-terminal domain and stabilize U6 ACAGAGA stem-pre-mRNA and Brr2-U4 small nuclear RNA interactions. These results provide important insights into the events leading to active site formation.
履歴
登録2017年4月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年5月31日-
マップ公開2017年5月31日-
更新2023年5月24日-
現状2023年5月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0258
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0258
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5nrl
  • 表面レベル: 0.0258
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3683.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3683.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened B2 map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.43 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0258 / ムービー #1: 0.0258
最小 - 最大-0.01883009 - 0.080454715
平均 (標準偏差)-7.166218e-05 (±0.0032017468)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 686.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.431.431.43
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z686.400686.400686.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0190.080-0.000

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添付データ

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追加マップ: sharpened B2 map

ファイルemd_3683_additional.map
注釈sharpened B2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pre-catalytic B complex Spliceosome

全体名称: Pre-catalytic B complex Spliceosome
要素
  • 複合体: Pre-catalytic B complex Spliceosome
    • RNA: U2 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
    • RNA: U4 snRNA
    • RNA: U5 snRNA
    • RNA: U6 snRNA
    • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
    • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor 8
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SNU114
    • タンパク質・ペプチド: Spliceosomal protein DIB1
    • タンパク質・ペプチド: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 31
    • タンパク質・ペプチド: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3
    • タンパク質・ペプチド: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4
    • RNA: Yeast UBC4 gene for ubiquitin-conjugating enzyme
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor 6
    • タンパク質・ペプチド: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
    • タンパク質・ペプチド: 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor 38
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor SPP381
    • タンパク質・ペプチド: U2 snRNP component HSH155
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor RSE1
    • タンパク質・ペプチド: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1
    • タンパク質・ペプチド: Protein HSH49
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor RDS3
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor PRP9
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor PRP11
    • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-splicing factor PRP21
    • タンパク質・ペプチド: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
    • タンパク質・ペプチド: Unknown
    • タンパク質・ペプチド: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''
    • タンパク質・ペプチド: RDS3 complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein E
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein F
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein G
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
    • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
    • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
    • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
    • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Pre-catalytic B complex Spliceosome

超分子名称: Pre-catalytic B complex Spliceosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#44
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: BCY123
分子量理論値: 2.5 MDa

+
分子 #1: U2 snRNA

分子名称: U2 snRNA / タイプ: rna / ID: 1 / 詳細: Saccharomyces cerevisiae U2 snRNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 376.267406 KDa
配列文字列: ACGAAUCUCU UUGCCUUUUG GCUUAGAUCA AGUG(PSU)AGUAU C(PSU)G(PSU)UCUUUU CAGUGUAACA ACUGAAAU G ACCUCAAUGA GGCUCAUUAC CUUUUAAUUU GUUACAAUAC ACAUUUUUUG GCACCCAAAA UAAUAAAAUG GACGGGAAG AGACUUUUUA ...文字列:
ACGAAUCUCU UUGCCUUUUG GCUUAGAUCA AGUG(PSU)AGUAU C(PSU)G(PSU)UCUUUU CAGUGUAACA ACUGAAAU G ACCUCAAUGA GGCUCAUUAC CUUUUAAUUU GUUACAAUAC ACAUUUUUUG GCACCCAAAA UAAUAAAAUG GACGGGAAG AGACUUUUUA AGCAAGUUGU UUUCCGCUAA UGUCAGGUCU CACUACUUUU UGCUGCUAUU UUUCUUCGCU CAUGGUUUCU UCAUAAGGC GUUUUUAUGA UGGUUUUUCG AAAUUGGUUU UUGAGACGAC GGUUGCUCAA GGUUAUUGUU UUUGUUUUCU U CUGGUUGU UUUCUAUUUU CUUUUUUUUA GCUUUCUGUU UCUCCCUUAG UUUGGCUUUU UGCUUCAUAC UCUUCCCUGU CU UUCCGAG CCGUUUAUGU CCAACGCGGG AUUUGGUUUU UCUUUAUCGA UGGGAAGAAA UGGUGCUAUA GUAGGUUGGG AGA UAAUAU UUAUGGUAUG GGGUGCUAGU GCGGAUGGGG CGCUCUUAUU GUUGAUUUCU UCGCUCGUCU UCUUUUUCUG GUGG CGCUG CAAGAGGAAG UUUUUCGACU UUGUUAUGAU UUUUGGUUUG CAAGGAAAGG UGUCUUACGA UUCUUUUUUU GAUGU AAUA GGAUAAGCUU GCUUAUCCCC CAAGUAUCGG CCAAAGUUGU UGAUUUUCCU UUUGAAGUGU CCUCGGUUUG AGGGGG UGU AGGGUGGGGU UGGUCUACAA UAAGAGUGUU CCAUUGUUAA CGUGCUGGCG UCUUUUACUA UAUUUUUUUU CCCAGUU UA UUUUGUGCUU AUUUUCUCAU UGAGGAGAAG GAGCUCUUCU CGCAGGAUAU AAAUGGAGGU UUGCUAAAGG GGAGGAGA U GUGUUUGUGA GAAUACUGCU GAGAGAGUUC UGGAAGAGAA AAAAAGGAGG CAAUGGAAGG CGUUUGCUGG GAAAAGAGA AGAGCCAUGA CUGCAUCUGU UGUUUCAAGG CCAGUUUUAU UAACCGCCUA UGUCAUAGAG GCGUUUUUUU UGGAGGGAUU UGAAGAAUG CCGGCGGCAU CAAGAAACGG ACUUGAUGGU UGACGCCUGU UUUUAAAGUU AGAGACGUCG CGACCCUCGC A CUUGUGGA GUCGUUCUUG ACUUUUACUU UGGUCGCUUG AUGUUUCUCU CGUCUUCCCG UUCGCUCUU

+
分子 #3: U4 snRNA

分子名称: U4 snRNA / タイプ: rna / ID: 3 / 詳細: Saccharomyces cerevisiae U4 snRNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 51.186023 KDa
配列文字列:
AUCCUUAUGC ACGGGAAAUA CGCAUAUCAG UGAGGAUUCG UCCGAGAUUG UGUUUUUGCU GGUUGAAAUU UAAUUAUAAA CCAGACCGU CUCCUCAUGG UCAAUUCGGU GUUCGCUUUU GAAUACUUCA AGACUAUGUA GGGAAUUUUU GGAAUACCUU U

+
分子 #4: U5 snRNA

分子名称: U5 snRNA / タイプ: rna / ID: 4 / 詳細: Saccharomyces cerevisiae U5 snRNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 68.643344 KDa
配列文字列: AAGCAGCUUU ACAGAUCAAU GGCGGAGGGA GGUCAACAUC AAGAACUGUG GGCCUUUUAU UGCCUAUAGA ACUUAUAACG AACAUGGUU CUUGCCUUUU ACCAGAACCA UCCGGGUGUU GUCUCCAUAG AAACAGGUAA AGCUGUCCGU UACUGUGGGC U UGCCAUAU ...文字列:
AAGCAGCUUU ACAGAUCAAU GGCGGAGGGA GGUCAACAUC AAGAACUGUG GGCCUUUUAU UGCCUAUAGA ACUUAUAACG AACAUGGUU CUUGCCUUUU ACCAGAACCA UCCGGGUGUU GUCUCCAUAG AAACAGGUAA AGCUGUCCGU UACUGUGGGC U UGCCAUAU UUUUUGGAAC UUUUCUGCCC UUUUUCUCAA UGAGUAAGGA GGGCGU

+
分子 #5: U6 snRNA

分子名称: U6 snRNA / タイプ: rna / ID: 5 / 詳細: Saccharomyces cerevisiae U6 snRNA / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 35.883176 KDa
配列文字列:
GUUCGCGAAG UAACCCUUCG UGGACAUUUG GUCAAUUUGA AACAAUACAG AGAUGAUCAG CAGUUCCCCU GCAUAAGGAU GAACCGUUU UACAAAGAGA UUUAUUUCGU UUU

+
分子 #16: Yeast UBC4 gene for ubiquitin-conjugating enzyme

分子名称: Yeast UBC4 gene for ubiquitin-conjugating enzyme / タイプ: rna / ID: 16
詳細: Saccharomyces cerevisiae UBC4 pre-mRNA for ubiquitin-conjugating enzyme, in vitro transcribed.
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 30.20073 KDa
配列文字列:
GUAUGUCUAA AGUUAUGGCC ACGUUUCAAA UGCGUGCUUU UUUUUUAAAA CUUAUGCUCU UAUUUACUAA CAAAAUCAAC AUGCUAUUG AACUAG

+
分子 #2: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 10.039262 KDa
配列文字列:
METPLDLLKL NLDERVYIKL RGARTLVGTL QAFDSHCNIV LSDAVETIYQ LNNEELSESE RRCEMVFIRG DTVTLISTPS EDDDGAVEI

+
分子 #6: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 13.027045 KDa
配列文字列:
MHQQHSKSEN KPQQQRKKFE GPKREAILDL AKYKDSKIRV KLMGGKLVIG VLKGYDQLMN LVLDDTVEYM SNPDDENNTE LISKNARKL GLTVIRGTIL VSLSSAEGSD VLYMQK

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分子 #7: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 12.403378 KDa
配列文字列:
MSATLKDYLN KRVVIIKVDG ECLIASLNGF DKNTNLFITN VFNRISKEFI CKAQLLRGSE IALVGLIDAE NDDSLAPIDE KKVPMLKDT KNKIENEHVI WEKVYESKTK

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分子 #8: Pre-mRNA-splicing factor 8

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 279.867469 KDa
配列文字列: MSGLPPPPPG FEEDSDLALP PPPPPPPGYE IEELDNPMVP SSVNEDTFLP PPPPPPSNFE INAEEIVDFT LPPPPPPPGL DELETKAEK KVELHGKRKL DIGKDTFVTR KSRKRAKKMT KKAKRSNLYT PKAEMPPEHL RKIINTHSDM ASKMYNTDKK A FLGALKYL ...文字列:
MSGLPPPPPG FEEDSDLALP PPPPPPPGYE IEELDNPMVP SSVNEDTFLP PPPPPPSNFE INAEEIVDFT LPPPPPPPGL DELETKAEK KVELHGKRKL DIGKDTFVTR KSRKRAKKMT KKAKRSNLYT PKAEMPPEHL RKIINTHSDM ASKMYNTDKK A FLGALKYL PHAILKLLEN MPHPWEQAKE VKVLYHTSGA ITFVNETPRV IEPVYTAQWS ATWIAMRREK RDRTHFKRMR FP PFDDDEP PLSYEQHIEN IEPLDPINLP LDSQDDEYVK DWLYDSRPLE EDSKKVNGTS YKKWSFDLPE MSNLYRLSTP LRD EVTDKN YYYLFDKKSF FNGKALNNAI PGGPKFEPLY PREEEEDYNE FNSIDRVIFR VPIRSEYKVA FPHLYNSRPR SVRI PWYNN PVSCIIQNDE EYDTPALFFD PSLNPIPHFI DNNSSLNVSN TKENGDFTLP EDFAPLLAEE EELILPNTKD AMSLY HSPF PFNRTKGKMV RAQDVALAKK WFLQHPDEEY PVKVKVSYQK LLKNYVLNEL HPTLPTNHNK TKLLKSLKNT KYFQQT TID WVEAGLQLCR QGHNMLNLLI HRKGLTYLHL DYNFNLKPTK TLTTKERKKS RLGNSFHLMR ELLKMMKLIV DTHVQFR LG NVDAFQLADG IHYILNHIGQ LTGIYRYKYK VMHQIRACKD LKHIIYYKFN KNLGKGPGCG FWQPAWRVWL NFLRGTIP L LERYIGNLIT RQFEGRSNEI VKTTTKQRLD AYYDLELRNS VMDDILEMMP ESIRQKKART ILQHLSEAWR CWKANIPWD VPGMPAPIKK IIERYIKSKA DAWVSAAHYN RERIKRGAHV EKTMVKKNLG RLTRLWIKNE QERQRQIQKN GPEITPEEAT TIFSVMVEW LESRSFSPIP FPPLTYKNDT KILVLALEDL KDVYASKVRL NASEREELAL IEEAYDNPHD TLNRIKKYLL T QRVFKPVD ITMMENYQNI SPVYSVDPLE KITDAYLDQY LWYEADQRKL FPNWIKPSDS EIPPLLVYKW TQGINNLSEI WD VSRGQSA VLLETTLGEM AEKIDFTLLN RLLRLIVDPN IADYITAKNN VVINFKDMSH VNKYGLIRGL KFASFIFQYY GLV IDLLLL GQERATDLAG PANNPNEFMQ FKSKEVEKAH PIRLYTRYLD RIYMLFHFEE DEGEELTDEY LAENPDPNFE NSIG YNNRK CWPKDSRMRL IRQDVNLGRA VFWEIQSRVP TSLTSIKWEN AFVSVYSKNN PNLLFSMCGF EVRILPRQRM EEVVS NDEG VWDLVDERTK QRTAKAYLKV SEEEIKKFDS RIRGILMASG STTFTKVAAK WNTSLISLFT YFREAIVATE PLLDIL VKG ETRIQNRVKL GLNSKMPTRF PPAVFYTPKE LGGLGMISAS HILIPASDLS WSKQTDTGIT HFRAGMTHED EKLIPTI FR YITTWENEFL DSQRVWAEYA TKRQEAIQQN RRLAFEELEG SWDRGIPRIS TLFQRDRHTL AYDRGHRIRR EFKQYSLE R NSPFWWTNSH HDGKLWNLNA YRTDVIQALG GIETILEHTL FKGTGFNSWE GLFWEKASGF EDSMQFKKLT HAQRTGLSQ IPNRRFTLWW SPTINRANVY VGFLVQLDLT GIFLHGKIPT LKISLIQIFR AHLWQKIHES IVFDICQILD GELDVLQIES VTKETVHPR KSYKMNSSAA DITMESVHEW EVSKPSLLHE TNDSFKGLIT NKMWFDVQLR YGDYDSHDIS RYVRAKFLDY T TDNVSMYP SPTGVMIGID LAYNMYDAYG NWFNGLKPLI QNSMRTIMKA NPALYVLRER IRKGLQIYQS SVQEPFLNSS NY AELFNND IKLFVDDTNV YRVTVHKTFE GNVATKAING CIFTLNPKTG HLFLKIIHTS VWAGQKRLSQ LAKWKTAEEV SAL VRSLPK EEQPKQIIVT RKAMLDPLEV HMLDFPNIAI RPTELRLPFS AAMSIDKLSD VVMKATEPQM VLFNIYDDWL DRIS SYTAF SRLTLLLRAL KTNEESAKMI LLSDPTITIK SYHLWPSFTD EQWITIESQM RDLILTEYGR KYNVNISALT QTEIK DIIL GQNIKAPSVK RQKMAELEAA RSEKQNDEEA AGASTVMKTK TINAQGEEIV VVASADYESQ TFSSKNEWRK SAIANT LLY LRLKNIYVSA DDFVEEQNVY VLPKNLLKKF IEISDVKIQV AAFIYGMSAK DHPKVKEIKT VVLVPQLGHV GSVQISN IP DIGDLPDTEG LELLGWIHTQ TEELKFMAAS EVATHSKLFA DKKRDCIDIS IFSTPGSVSL SAYNLTDEGY QWGEENKD I MNVLSEGFEP TFSTHAQLLL SDRITGNFII PSGNVWNYTF MGTAFNQEGD YNFKYGIPLE FYNEMHRPVH FLQFSELAG DEELEAEQID VFS

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分子 #9: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

分子名称: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / 詳細: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 246.470266 KDa
配列文字列: MTEHETKDKA KKIREIYRYD EMSNKVLKVD KRFMNTSQNP QRDAEISQPK SMSGRISAKD MGQGLCNNIN KGLKENDVAV EKTGKSASL KKIQQHNTIL NSSSDFRLHY YPKDPSNVET YEQILQWVTE VLGNDIPHDL IIGTADIFIR QLKENEENED G NIEERKEK ...文字列:
MTEHETKDKA KKIREIYRYD EMSNKVLKVD KRFMNTSQNP QRDAEISQPK SMSGRISAKD MGQGLCNNIN KGLKENDVAV EKTGKSASL KKIQQHNTIL NSSSDFRLHY YPKDPSNVET YEQILQWVTE VLGNDIPHDL IIGTADIFIR QLKENEENED G NIEERKEK IQHELGINID SLKFNELVKL MKNITDYETH PDNSNKQAVA ILADDEKSDE EEVTEMSNNA NVLGGEINDN ED DDEEYDY NDVEVNSKKK NKRALPNIEN DIIKLSDSKT SNIESVPIYS IDEFFLQRKL RSELGYKDTS VIQDLSEKIL NDI ETLEHN PVALEQKLVD LLKFENISLA EFILKNRSTI FWGIRLAKST ENEIPNLIEK MVAKGLNDLV EQYKFRETTH SKRE LDSGD DQPQSSEAKR TKFSNPAIPP VIDLEKIKFD ESSKLMTVTK VSLPEGSFKR VKPQYDEIHI PAPSKPVIDY ELKEI TSLP DWCQEAFPSS ETTSLNPIQS KVFHAAFEGD SNMLICAPTG SGKTNIALLT VLKALSHHYN PKTKKLNLSA FKIVYI APL KALVQEQVRE FQRRLAFLGI KVAELTGDSR LSRKQIDETQ VLVSTPEKWD ITTRNSNNLA IVELVRLLII DEIHLLH DD RGPVLESIVA RTFWASKYGQ EYPRIIGLSA TLPNYEDVGR FLRVPKEGLF YFDSSFRPCP LSQQFCGIKE RNSLKKLK A MNDACYEKVL ESINEGNQII VFVHSRKETS RTATWLKNKF AEENITHKLT KNDAGSKQIL KTEAANVLDP SLRKLIESG IGTHHAGLTR SDRSLSEDLF ADGLLQVLVC TATLAWGVNL PAHTVIIKGT DVYSPEKGSW EQLSPQDVLQ MLGRAGRPRY DTFGEGIII TDQSNVQYYL SVLNQQLPIE SQFVSKLVDN LNAEVVAGNI KCRNDAVNWL AYTYLYVRML ASPMLYKVPD I SSDGQLKK FRESLVHSAL CILKEQELVL YDAENDVIEA TDLGNIASSF YINHASMDVY NRELDEHTTQ IDLFRIFSMS EE FKYVSVR YEEKRELKQL LEKAPIPIRE DIDDPLAKVN VLLQSYFSQL KFEGFALNSD IVFIHQNAGR LLRAMFEICL KRG WGHPTR MLLNLCKSAT TKMWPTNCPL RQFKTCPVEV IKRLEASTVP WGDYLQLETP AEVGRAIRSE KYGKQVYDLL KRFP KMSVT CNAQPITRSV MRFNIEIIAD WIWDMNVHGS LEPFLLMLED TDGDSILYYD VLFITPDIVG HEFTLSFTYE LKQHN QNNL PPNFFLTLIS ENWWHSEFEI PVSFNGFKLP KKFPPPTPLL ENISISTSEL GNDDFSEVFE FKTFNKIQSQ VFESLY NSN DSVFVGSGKG TGKTAMAELA LLNHWRQNKG RAVYINPSGE KIDFLLSDWN KRFSHLAGGK IINKLGNDPS LNLKLLA KS HVLLATPVQF ELLSRRWRQR KNIQSLELMI YDDAHEISQG VYGAVYETLI SRMIFIATQL EKKIRFVCLS NCLANARD F GEWAGMTKSN IYNFSPSERI EPLEINIQSF KDVEHISFNF SMLQMAFEAS AAAAGNRNSS SVFLPSRKDC MEVASAFMK FSKAIEWDML NVEEEQIVPY IEKLTDGHLR APLKHGVGIL YKGMASNDER IVKRLYEYGA VSVLLISKDC SAFACKTDEV IILGTNLYD GAEHKYMPYT INELLEMVGL ASGNDSMAGK VLILTSHNMK AYYKKFLIEP LPTESYLQYI IHDTLNNEIA N SIIQSKQD CVDWFTYSYF YRRIHVNPSY YGVRDTSPHG ISVFLSNLVE TCLNDLVESS FIEIDDTEAE VTAEVNGGDD EA TEIISTL SNGLIASHYG VSFFTIQSFV SSLSNTSTLK NMLYVLSTAV EFESVPLRKG DRALLVKLSK RLPLRFPEHT SSG SVSFKV FLLLQAYFSR LELPVDFQND LKDILEKVVP LINVVVDILS ANGYLNATTA MDLAQMLIQG VWDVDNPLRQ IPHF NNKIL EKCKEINVET VYDIMALEDE ERDEILTLTD SQLAQVAAFV NNYPNVELTY SLNNSDSLIS GVKQKITIQL TRDVE PENL QVTSEKYPFD KLESWWLVLG EVSKKELYAI KKVTLNKETQ QYELEFDTPT SGKHNLTIWC VCDSYLDADK ELSFEI NVK

+
分子 #10: Pre-mRNA-splicing factor SNU114

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 114.174008 KDa
配列文字列: MEGDDLFDEF GNLIGVDPFD SDEEESVLDE QEQYQTNTFE GSGNNNEIES RQLTSLGSKK ELGISLEHPY GKEVEVLMET KNTQSPQTP LVEPVTERTK LQEHTIFTQL KKNIPKTRYN RDYMLSMANI PERIINVGVI GPLHSGKTSL MDLLVIDSHK R IPDMSKNV ...文字列:
MEGDDLFDEF GNLIGVDPFD SDEEESVLDE QEQYQTNTFE GSGNNNEIES RQLTSLGSKK ELGISLEHPY GKEVEVLMET KNTQSPQTP LVEPVTERTK LQEHTIFTQL KKNIPKTRYN RDYMLSMANI PERIINVGVI GPLHSGKTSL MDLLVIDSHK R IPDMSKNV ELGWKPLRYL DNLKQEIDRG LSIKLNGSTL LCTDLESKSR MINFLDAPGH VNFMDETAVA LAASDLVLIV ID VVEGVTF VVEQLIKQSI KNNVAMCFVI NKLDRLILDL KLPPMDAYLK LNHIIANINS FTKGNVFSPI DNNIIFASTK LGF TFTIKE FVSYYYAHSI PSSKIDDFTT RLWGSVYYHK GNFRTKPFEN VEKYPTFVEF ILIPLYKIFS YALSMEKDKL KNLL RSNFR VNLSQEALQY DPQPFLKHVL QLIFRQQTGL VDAITRCYQP FELFDNKTAH LSIPGKSTPE GTLWAHVLKT VDYGG AEWS LVRIYSGLLK RGDTVRILDT SQSESRQKRQ LHDISKTETS NEDEDEDDET PSCEVEEIGL LGGRYVYPVH EAHKGQ IVL IKGISSAYIK SATLYSVKSK EDMKQLKFFK PLDYITEAVF KIVLQPLLPR ELPKLLDALN KISKYYPGVI IKVEESG EH VILGNGELYM DCLLYDLRAS YAKIEIKISD PLTVFSESCS NESFASIPVS NSISRLGEEN LPGLSISVAA EPMDSKMI Q DLSRNTLGKG QNCLDIDGIM DNPRKLSKIL RTEYGWDSLA SRNVWSFYNG NVLINDTLPD EISPELLSKY KEQIIQGFY WAVKEGPLAE EPIYGVQYKL LSISVPSDVN IDVMKSQIIP LMKKACYVGL LTAIPILLEP IYEVDITVHA PLLPIVEELM KKRRGSRIY KTIKVAGTPL LEVRGQVPVI ESAGFETDLR LSTNGLGMCQ LYFWHKIWRK VPGDVLDKDA FIPKLKPAPI N SLSRDFVM KTRRRKGIST GGFMSNDGPT LEKYISAELY AQLRENGLVP

+
分子 #11: Spliceosomal protein DIB1

分子名称: Spliceosomal protein DIB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 詳細: Spliceosomal protein DIB1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 16.798387 KDa
配列文字列:
MASVLLPQLR TGWHVDQAIV TETKRLVVIR FGRKNDRQCM IMDELLSSIA ERVRNFAVIY LCDIDEVSDF DEMYELTDPM TVMFFYHNK HMMCDFGTGN NNKLNFIVDD KQEMIDILET IFRGARKNKG LVVSPYDYNH KRVS

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分子 #12: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component

分子名称: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12
詳細: 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 66.544047 KDa
配列文字列: MNKTENLSIE ETNEIREKLG MKPIPVFQEK NTDHKESLSI EETNELRASL GLKLIPPQQN FNSSPPNVHN TSKIDELREK ITKFQKKAN APLRMAHLLE ETNVNDDSSW LENMDAIPSS HESKRSSTLP RKGATKEDEN IDLHNVQVSY NIEALSPKKD T ILTLKESS ...文字列:
MNKTENLSIE ETNEIREKLG MKPIPVFQEK NTDHKESLSI EETNELRASL GLKLIPPQQN FNSSPPNVHN TSKIDELREK ITKFQKKAN APLRMAHLLE ETNVNDDSSW LENMDAIPSS HESKRSSTLP RKGATKEDEN IDLHNVQVSY NIEALSPKKD T ILTLKESS IFDDTDSTEV LENVKAAEEN ADREKLRLRQ MNKDRRQKKK ILNVSSLDIE EEEEGEKHSI TTTHLIIGAE QG VMKAPNT ISAKPPTGKV KVNFDSANNM SDEDGGDFKP LKIKKRKIKD PRSTKARKSK ITDKMEIVKL VDEDESLSWM EEE QPVTII NPRTSSNNEL KGPEDLAREI EKARDEEKRR TESILKMREI SNSIVVDEKV TFLNTLDTSL SERSATENKV KVHG EGEKN IGDVTNGHTK EGSGNNTLTE AVNNEPNYEG DAENAPNFFS GLASTLGYLR KKSVFTTGDV DLKPGKDVNN SESLR RDVR NKEHTGTGTY TKDKLHGLEQ FTSSDSSNAN THSKRQDHYD PDIKLVYRDE KGNRLTTKEA YKKLSQKFHG TKSNKK KRA KMKSRIEARK NTPENGSLFE FDDN

+
分子 #13: Pre-mRNA-processing factor 31

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / 詳細: Pre-mRNA-processing factor 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 56.382516 KDa
配列文字列: MSSEEDYFDE LEYDLADEVN EEKEDIQTKK LTTVNCQTEK FNPFEILPES IELFRTLALI SPDRLSLSET AQILPKIVDL KRILQQQEI DFIKLLPFFN EIIPLIKSNI KLMHNFLISL YSRRFPELSS LIPSPLQYSK VISILENENY SKNESDELFF H LENKAKLT ...文字列:
MSSEEDYFDE LEYDLADEVN EEKEDIQTKK LTTVNCQTEK FNPFEILPES IELFRTLALI SPDRLSLSET AQILPKIVDL KRILQQQEI DFIKLLPFFN EIIPLIKSNI KLMHNFLISL YSRRFPELSS LIPSPLQYSK VISILENENY SKNESDELFF H LENKAKLT REQILVLTMS MKTSFKNKEP LDIKTRTQIL EANSILENLW KLQEDIGQYI ASKISIIAPN VCFLVGPEIA AQ LIAHAGG VLEFSRIPSC NIASIGKNKH LSHELHTLES GVRQEGYLFA SDMIQKFPVS VHKQMLRMLC AKVSLAARVD AGQ KNGDRN TVLAHKWKAE LSKKARKLSE APSISETKAL PIPEDQPKKK RAGRKFRKYK EKFRLSHVRQ LQNRMEFGKQ EQTV LDSYG EEVGLGMSNT SLQQAVGATS GSRRSAGNQA KLTKVMKHRI SEANQQADEF LISLGHNTEQ PNLSPEMVQM HKKQH TNPE EETNWFSGHG

+
分子 #14: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

分子名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / 詳細: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 55.97432 KDa
配列文字列: MPPRNTYEKG NPKRQNSPYY KPSFLRREET TNDEEKFQGH GLKTELHSAL KSSNLNLIRR TYQTGENPYL SDPHDRGSSS RFNRRYERG LKFYQKGEIS KRIAQERTLQ KQQEEEELKR KLKQEEDEKD KRKLIESGDL PNLELHEDKF LLDLSKFKIY Y DNNHGYEW ...文字列:
MPPRNTYEKG NPKRQNSPYY KPSFLRREET TNDEEKFQGH GLKTELHSAL KSSNLNLIRR TYQTGENPYL SDPHDRGSSS RFNRRYERG LKFYQKGEIS KRIAQERTLQ KQQEEEELKR KLKQEEDEKD KRKLIESGDL PNLELHEDKF LLDLSKFKIY Y DNNHGYEW WDTAYLDEKG ELMEKYDMNG TSPAEEKLAE DIDEVDDDDD DEHPSIRYVA HPLPEKINEA KVSIKAYLTQ HE RKRLRRN RRKMAREARE IKIKLGLLPK PEPKVKLSNM MSVFENDQNI TDPTAWEKVV KDQVDLRKRK HLEENERRHE DAI KRRKEA VNMNVEKPTV YHCKVFQFKN LQNPKIRFKL KMNSKELSLK GLCLRIRDDG PGIIIVVGNE KSCKFYENLV MKRI KWNED FELHTNTGDI KMDMHNNSIS KTWEGYLQDC KFKGWFMKVC NDQDSLLRTL GQFDSEHFYS PVQT

+
分子 #15: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4

分子名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / 詳細: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 52.506984 KDa
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MSKYIALENL PVDLQHKGAT QNESTADILK QLPHERLQAV LEKIPEEDLE VRRLLSILKK PEVVENEDVQ QRRIRLAEIL MVDEIDLEN INNMENINGE EVDEEDDEDF FTPATSELIF ARRFLINYSL ERSRKRLQKE MERHQKFNTR QELLSRRTEL Q RMANLELA GSQLVSTKPI SAVSLSTDDM VVATGSWAGD LQVLNSQTLQ PLTQKLDSHV GKIGAIDWHP DSNNQMISCA ED GLIKNFQ YSNEEGGLRL LGDLVGHERR ISDVKYHPSG KFIGSASHDM TWRLWDASTH QELLLQEGHD KGVFSLSFQC DGS LVCSGG MDSLSMLWDI RSGSKVMTLA GHSKPIYTVA WSPNGYQVAT GGGDGIINVW DIRKRDEGQL NQILAHRNIV TQVR FSKED GGKKLVSCGY DNLINVYSSD TWLKMGSLAG HTDKIISLDI SNNSHFLVSG GWDRSIKLWN

+
分子 #17: Pre-mRNA-splicing factor 6

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 104.370133 KDa
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MERPSFLDQE PPAGYVPGIG RGATGFSTKE KQVVSNDDKG RRIPKRYREN LNNHLQSQPK DDEDDEAANV FKTLELKLAQ KKKKRANEK DDDNSVDSSN VKRQFADLKE SLAAVTESEW MDIPDATDFT RRNKRNRIQE QLNRKTYAAP DSLIPGNVDL N KLTEEREK LLQSQIDENL AQLTKNASNP IQVNKPNAAT DALSYLKDLE NDRVNSLSDA TLEDLQKMRT ILKSYRKADP TN PQGWIAS ARLEEKARKF SVAKKIIENG CQECPRSSDI WLENIRLHES DVHYCKTLVA TAINFNPTSP LLWFKAIDLE STT VNKYRV VRKALQEIPR DEGLWKLAVS FEADKAQVIK MLEKATQFIP QSMDLLTAYT NLQSYHNAKM TLNSFRKILP QEPE IWIIS TLLEERNNPD IPVDKLVSLL KEGLLELSKN GYKATLSAWL KRAEALNDAP NSNLTCQAIV YAILEWLRES GEYES ELNN VDQILEKMPH SKVQIAVLKK LIQWDPCDTV LWSRLKMATE SYHKIEELLA FFQELLFQTK NSDDIRANMR EKSPGL LMM YVSEYWKAQK GDTRQTLVLI DQIIDFAPHN LDLRFFKIKL LGRSLQLDEL RDFFQQTFSS LEDFKISGTE RLYYKYV NF LRYQDLNEEA IKFLNERCLK SFPICHKFFL QLGQIYHSMG NIEMSRETYL SGTRLVPNCP LLWVSLSKID EIDLKNPV R ARSILDRGLL KNPDDVLFYI AKIQMEIRLG NLDQAELLVT QALQKFPSNA LLWVEQIKLF KHGNKSSLKK TIFQDALRR TQNDHRVLLE IGVSFYAEAQ YETSLKWLER ALKKCSRYGD TWVWLFRTYA RLGKDTVDLY NMFDQCEPTY GPEWIAASKN VKMQYCTPR EILLRLMNDK

+
分子 #18: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein

分子名称: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / 詳細: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 13.582855 KDa
配列文字列:
MSAPNPKAFP LADAALTQQI LDVVQQAANL RQLKKGANEA TKTLNRGISE FIIMAADCEP IEILLHLPLL CEDKNVPYVF VPSRVALGR ACGVSRPVIA ASITTNDASA IKTQIYAVKD KIETLLI

+
分子 #19: 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component

分子名称: 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 19
詳細: 23 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 22.717799 KDa
配列文字列: MSNFGRRTWD REEYAEQARS GYDDRSLKAT LTPIELQALK SKYTNYDHLI KGSLKDLNKR KLTANTESLS SFKRGKKFGF YCDICNLTF KDTLQYIDHL NHKVHAIKFE NLFDEPLIID IRDNDDVPQE EFELCYHNLI KDFVEVRSME TQSKRKRLLD T DVEKAKKV ...文字列:
MSNFGRRTWD REEYAEQARS GYDDRSLKAT LTPIELQALK SKYTNYDHLI KGSLKDLNKR KLTANTESLS SFKRGKKFGF YCDICNLTF KDTLQYIDHL NHKVHAIKFE NLFDEPLIID IRDNDDVPQE EFELCYHNLI KDFVEVRSME TQSKRKRLLD T DVEKAKKV ATKPSIESES KVSQMMGFSN FATSKK

+
分子 #20: Pre-mRNA-splicing factor 38

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor 38 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 27.995619 KDa
配列文字列: MAVNEFQVES NISPKQLNNQ SVSLVIPRLT RDKIHNSMYY KVNLSNESLR GNTMVELLKV MIGAFGTIKG QNGHLHMMVL GGIEFKCIL MKLIEIRPNF QQLNFLLNVK NENGFDSKYI IALLLVYARL QYYYLNGNNK NDDDENDLIK LFKVQLYKYS Q HYFKLKSF ...文字列:
MAVNEFQVES NISPKQLNNQ SVSLVIPRLT RDKIHNSMYY KVNLSNESLR GNTMVELLKV MIGAFGTIKG QNGHLHMMVL GGIEFKCIL MKLIEIRPNF QQLNFLLNVK NENGFDSKYI IALLLVYARL QYYYLNGNNK NDDDENDLIK LFKVQLYKYS Q HYFKLKSF PLQVDCFAHS YNEELCIIHI DELVDWLATQ DHIWGIPLGK CQWNKIYNSD EESSSSESES NGDSEDDNDT SS ES

+
分子 #21: Pre-mRNA-splicing factor SPP381

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor SPP381 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor SPP381 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 33.830926 KDa
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MSFRHFKRRL DTSSADESSS ADEEHPDQNV SLTEKSASLS HSDLGGEILN GTGKNRTPND GQESNESDGS PESDESPESE ESSDNSDSS DSDDMRPLPR PLFMKKKANN LQKATKIDQP WNAQDDARVL QTKKENMIKN IDKANQVAKN YETMKLRLNT N YSTNEELI KQCLLLDDND EVDSEKERQK WFERQNERKQ KHRRIQLAKQ RESEEYEAKR FEAMQKGKDG NTKYDVILDK EK EKLDHKK QRSAEKVEKS HNNNRYKITR TKNVEFGDLG KNSRDYEETE YSVI

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分子 #22: U2 snRNP component HSH155

分子名称: U2 snRNP component HSH155 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / 詳細: U2 snRNP component HSH155 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 110.166672 KDa
配列文字列: MSHPIQFVNA NNSDKSHQLG GQYSIPQDLR ENLQKEAARI GENEKDVLQE KMETRTVQNR EDSYHKRRFD MKFEPDSDTQ TVTSSENTQ DAVVPRKRKS RWDVKGYEPP DESSTAVKEN SDSALVNVEG IHDLMFFKPS DHKYFADVIS KKPIDELNKD E KKERTLSM ...文字列:
MSHPIQFVNA NNSDKSHQLG GQYSIPQDLR ENLQKEAARI GENEKDVLQE KMETRTVQNR EDSYHKRRFD MKFEPDSDTQ TVTSSENTQ DAVVPRKRKS RWDVKGYEPP DESSTAVKEN SDSALVNVEG IHDLMFFKPS DHKYFADVIS KKPIDELNKD E KKERTLSM LLLKIKNGNT ASRRTSMRIL TDKAVTFGPE MIFNRLLPIL LDRSLEDQER HLMIKTIDRV LYQLGDLTKP YV HKILVVA APLLIDEDPM VRSTGQEIIT NLSTVAGLKT ILTVMRPDIE NEDEYVRNVT SRAAAVVAKA LGVNQLLPFI NAA CHSRKS WKARHTGIKI VQQIGILLGI GVLNHLTGLM SCIKDCLMDD HVPVRIVTAH TLSTLAENSY PYGIEVFNVV LEPL WKGIR SHRGKVLSSF LKAVGSMIPL MDPEYAGYYT TEAMRIIRRE FDSPDDEMKK TILLVLQKCS AVESITPKFL REEIA PEFF QKFWVRRVAL DRPLNKVVTY TTVTLAKKLG CSYTIDKLLT PLRDEAEPFR TMAVHAVTRT VNLLGTADLD ERLETR LID ALLIAFQEQT NSDSIIFKGF GAVTVSLDIR MKPFLAPIVS TILNHLKHKT PLVRQHAADL CAILIPVIKN CHEFEML NK LNIILYESLG EVYPEVLGSI INAMYCITSV MDLDKLQPPI NQILPTLTPI LRNKHRKVEV NTIKFVGLIG KLAPTYAP P KEWMRICFEL LELLKSTNKE IRRSANATFG FIAEAIGPHD VLVALLNNLK VQERQLRVCT AVAIGIVAKV CGPYNVLPV IMNEYTTPET NVQNGVLKAM SFMFEYIGNM SKDYIYFITP LLEDALTDRD LVHRQTASNV ITHLALNCSG TGHEDAFIHL MNLLIPNIF ETSPHAIMRI LEGLEALSQA LGPGLFMNYI WAGLFHPAKN VRKAFWRVYN NMYVMYQDAM VPFYPVTPDN N EEYIEELD LVL

+
分子 #23: Pre-mRNA-splicing factor RSE1

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor RSE1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 153.956781 KDa
配列文字列: MWGGGKMAVV SLSPHTAKMR KLFGQASTTM AYDGLKREAE RRTRSDHNIT MVAKDDELYL YHLTLKKQTN FVHSCIGHFV DLEAGSKRE QSQLCVATET HLELYDTADG ELKLIAKFQN LFATITSMKS LDLPHSGSRA KASNWPTFLA LTSDSGNLSI V QIIMHAGA ...文字列:
MWGGGKMAVV SLSPHTAKMR KLFGQASTTM AYDGLKREAE RRTRSDHNIT MVAKDDELYL YHLTLKKQTN FVHSCIGHFV DLEAGSKRE QSQLCVATET HLELYDTADG ELKLIAKFQN LFATITSMKS LDLPHSGSRA KASNWPTFLA LTSDSGNLSI V QIIMHAGA LRLKTLVNQP LTRTTLRRVS PISYMEIDPN GRCIILSSVE QNKLCFLVDY AQKLRISSPL EIIRPHMVTL DM AVVDVNF NNPCFVTLEI DNAATQLSVH LIFYVLELGL NHIVKKADYL VNPSANFVLS LPDLSRYNIT TSLSDNNYDA DYD TLFNPF VVIGFENHIL VKDMNGFFSL KVEIPKRSIT NSRHKNVTII SGIVQKLKND FFVLLQSNHG DLFKLTVSPD TNDR NRPLV QLSYFDTIQN SHQLHIFKNG YLFALSEMNN NFLFQFEKLG VEKNDFSNVL TSKDPNKSLV FEPSIKLQNL SILSQ QLNL NPSIKSQIVS DSPLSIATKH FTNNKIITLT NAVNYSNLIS TSLPPNATKL WLIPDPATTG DNNTLLFITF PKKTMI LQI DNESMEELTP DEATRSAFKL SQDTTIHTCL MGSHSIIQVC TAELRHIVPT GKSRYSNKLT WVPPAGIRIV CATSSKT QL IISLSNYELV YFKIDVSSDS LIELTTHPEL DTMPSKVAIV QDTQHADLLA IADNEGMIKI MSLKDQKEDF LTVISLQL V SEKISDMIMV RDSSIGQLNL HVGLENGVYM KFHIGDVDGS FTDIKRRFLG LKPVSLSYLR EISVSLNNEE EEEEEEDDD DEKEEEEINS SGAKWMSCVV CHSSSTWVSY TWKNVWTIRQ LKDQNMLSCS KFVNADVAIN GVCSISSSGR LNIGRVSNFP TLDNWFHVH ESSVNKQENG GGDESNEEEE DEMEEEMEML QISTFRPRTI LSFPNNPKSI LFIDNHSGKK QCRISLQIDG E CLKFGSSD HLYKILDDID CVSAAIIDFT RQADHLIICA GDKRLLTYKI LVNKDKLSFD IELLHQTEII SPIHAMLKFK NF LLTAMGS TIVLYGLGKK QLLRRSVTQT PVSITKIVSM HQWNYERLAV GDIHESVTLF IWDPAGNVFI PYVDDSVKRH VTV LKFLDE ATVIGADRYG NAWTLRSPPE CEKIMSNHDP SELSNGAIKY PLDVITLQQK LPNTYDCKFK FQLLNHFFVN DIIT DFHIL DSLSNSDRPG CIYMGLQGTV GCFIPLLSKG NVFMMGNIEN IMAEADDTFY LDYESRKKNN NMRKEDDEEE SGSVV LQGR HGIEDEIICE GSCSILGRDH QEYRSYYAPV RKVIDGDLCE NFLRLSLNEQ EFLAKNLKSV QVEDIIQTIN EVRTNY M

+
分子 #24: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1

分子名称: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / 詳細: Cold sensitive U2 snRNA suppressor 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 50.210699 KDa
配列文字列: MARTKSRKRS GNNQNKNASV VNNKAEIAAM IDARRLEQKK KGGVTNSKGK TNKVVDAKLE KEFKDVLQRF QVQENDTPKE ITKDEKNNH VVIVEKNPVM NRKHTAEDEL EDTPSDGIEE HLSARKRRKT EKPSLSQLKS QVPYPQIIEW YDCDARYPGL L ASIKCTKN ...文字列:
MARTKSRKRS GNNQNKNASV VNNKAEIAAM IDARRLEQKK KGGVTNSKGK TNKVVDAKLE KEFKDVLQRF QVQENDTPKE ITKDEKNNH VVIVEKNPVM NRKHTAEDEL EDTPSDGIEE HLSARKRRKT EKPSLSQLKS QVPYPQIIEW YDCDARYPGL L ASIKCTKN VIPVPSHWQS KKEYLSGRSL LGKRPFELPD IIKKTNIEQM RSTLPQSGLD GQDEKSLKEA SRARVQPKMG AL DLDYKKL HDVFFKIGAN WKPDHLLCFG DVYYENRNLF EETNWKRMVD HKRPGRISQE LRAIMNLPEG QLPPWCMKMK DIG LPTGYP DLKIAGLNWD ITNLKGDVYG KIIPNHHSRS KKQGRNYFGA LISFETPEFE NSKEDTQANA ENGRQDDKID DEVE HKLDH FQEDISEVTS AEEKLERNEE ESEKQLYTVL

+
分子 #25: Protein HSH49

分子名称: Protein HSH49 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / 詳細: Protein HSH49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 24.534152 KDa
配列文字列: MNYSADSGNT VYVGNIDPRI TKEQLYELFI QINPVLRIKY PKDKVLQAYQ GYAFIEFYNQ GDAQYAIKIM NNTVRLYDRL IKVRQVTNS TGTTNLPSNI SKDMILPIAK LFIKNLADSI DSDQLVKIFN KFGKLIREPE IFYLSNGKLK CAYVYFEDFE K ADLAIKSL ...文字列:
MNYSADSGNT VYVGNIDPRI TKEQLYELFI QINPVLRIKY PKDKVLQAYQ GYAFIEFYNQ GDAQYAIKIM NNTVRLYDRL IKVRQVTNS TGTTNLPSNI SKDMILPIAK LFIKNLADSI DSDQLVKIFN KFGKLIREPE IFYLSNGKLK CAYVYFEDFE K ADLAIKSL NNQLVANNRI TVDYAFKENG KGNAKYGDDV DRLLNKEALK HNMLK

+
分子 #26: Pre-mRNA-splicing factor RDS3

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor RDS3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 12.283573 KDa
配列文字列:
MSRHQFDLIM CLKQPGVQTG LLCEKCDGKC PICDSYVRPK RKVRVCENCS FGKQAKNCII CNLNVGVNDA FYCWECCRLG KDKDGCPRI LNLGSNRLDR HFEKKKKV

+
分子 #27: Pre-mRNA-splicing factor PRP9

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor PRP9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 63.126445 KDa
配列文字列: MNLLETRRSL LEEMEIIENA IAERIQRNPE LYYHYIQESS KVFPDTKLPR SSLIAENKIY KFKKVKRKRK QIILQQHEIN IFLRDYQEK QQTFNKINRP EETQEDDKDL PNFERKLQQL EKELKNEDEN FELDINSKKD KYALFSSSSD PSRRTNILSD R ARDLDLNE ...文字列:
MNLLETRRSL LEEMEIIENA IAERIQRNPE LYYHYIQESS KVFPDTKLPR SSLIAENKIY KFKKVKRKRK QIILQQHEIN IFLRDYQEK QQTFNKINRP EETQEDDKDL PNFERKLQQL EKELKNEDEN FELDINSKKD KYALFSSSSD PSRRTNILSD R ARDLDLNE IFTRDEQYGE YMELEQFHSL WLNVIKRGDC SLLQFLDILE LFLDDEKYLL TPPMDRKNDR YMAFLLKLSK YV ETFFFKS YALLDAAAVE NLIKSDFEHS YCRGSLRSEA KGIYCPFCSR WFKTSSVFES HLVGKIHKKN ESKRRNFVYS EYK LHRYLK YLNDEFSRTR SFVERKLAFT ANERMAEMDI LTQKYEAPAY DSTEKEGAEQ VDGEQRDGQL QEEHLSGKSF DMPL GPDGL PMPYWLYKLH GLDREYRCEI CSNKVYNGRR TFERHFNEER HIYHLRCLGI EPSSVFKGIT KIKEAQELWK NMQGQ SQLT SIAAVPPKPN PSQLKVPTEL ELEEEDEEGN VMSKKVYDEL KKQGLV

+
分子 #28: Pre-mRNA-splicing factor PRP11

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor PRP11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor PRP11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 29.962809 KDa
配列文字列: MNYLEGVGSK KGGGGIASES QFNLQRRKEV ESLLSKGENV PYTFQDEKDD QVRSNPYIYK NHSGKLVCKL CNTMHMSWSS VERHLGGKK HGLNVLRRGI SIEKSSLGRE GQTTHDFRQQ QKIIEAKQSL KNNGTIPVCK IATVKNPKNG SVGLAIQVNY S SEVKENSV ...文字列:
MNYLEGVGSK KGGGGIASES QFNLQRRKEV ESLLSKGENV PYTFQDEKDD QVRSNPYIYK NHSGKLVCKL CNTMHMSWSS VERHLGGKK HGLNVLRRGI SIEKSSLGRE GQTTHDFRQQ QKIIEAKQSL KNNGTIPVCK IATVKNPKNG SVGLAIQVNY S SEVKENSV DSDDKAKVPP LIRIVSGLEL SDTKQKGKKF LVIAYEPFEN IAIELPPNEI LFSENNDMDN NNDGVDELNK KC TFWDAIS KLYYVQFFFK QAEQEQADV

+
分子 #29: Pre-mRNA-splicing factor PRP21

分子名称: Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / 詳細: Pre-mRNA-splicing factor PRP21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 33.111512 KDa
配列文字列: MEPEDTQLKE DIKTTVNYIK QHGVEFENKL LEDERFSFIK KDDPLHEYYT KLMNEPTDTV SGEDNDRKSE REIARPPDFL FSQYDTGIS RRDMEVIKLT ARYYAKDKSI VEQMISKDGE ARLNFMNSSH PLHKTFTDFV AQYKRVYSFT GQEIKKSKRT I LDNCFERT ...文字列:
MEPEDTQLKE DIKTTVNYIK QHGVEFENKL LEDERFSFIK KDDPLHEYYT KLMNEPTDTV SGEDNDRKSE REIARPPDFL FSQYDTGIS RRDMEVIKLT ARYYAKDKSI VEQMISKDGE ARLNFMNSSH PLHKTFTDFV AQYKRVYSFT GQEIKKSKRT I LDNCFERT QYWEFEKDKD REHDKLVELC KIQFAAIPWD KFTQVAKFSI PEDTEIFEGS LDLEQMRLRR VQTGIKLFDS IK PTNEEEK IVSDQGKQKG GDSKGKKRKI RAVGETRLKK SKK

+
分子 #30: U2 small nuclear ribonucleoprotein A'

分子名称: U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / 詳細: U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 27.232252 KDa
配列文字列: MKFTPSIVID APQYYVDHFN GKYNVDKCVI LRDLQLETDS ESMPSSLKHL TKPTHILDLT NNDLIMIPDL SRRDDIHTLL LGRNNIVEV DGRLLPMNVQ NLTLSNNSIR RFEDLQRLRR APRTLKNLTL IGNQVCHLAN YREHVLRLVP HLETLDFQNV T AEERKSAM ...文字列:
MKFTPSIVID APQYYVDHFN GKYNVDKCVI LRDLQLETDS ESMPSSLKHL TKPTHILDLT NNDLIMIPDL SRRDDIHTLL LGRNNIVEV DGRLLPMNVQ NLTLSNNSIR RFEDLQRLRR APRTLKNLTL IGNQVCHLAN YREHVLRLVP HLETLDFQNV T AEERKSAM SFPRQADGDT LGPVNTAIRD NGSRDKTMEI MNLVVSKMTV ERRNELKKQL AEATSLEEIA RLEKLLSGGV

+
分子 #31: Unknown

分子名称: Unknown / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / 詳細: Unknown protein helices within B complex / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 7.907637 KDa
配列文字列:
AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAA AAAAAAAAAA AAAAAAAAAA AA

+
分子 #32: U2 small nuclear ribonucleoprotein B''

分子名称: U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / 詳細: U2 small nuclear ribonucleoprotein B'' / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 12.850944 KDa
配列文字列:
MVEPARKKQR IDRDTHHTVA EPVTEAKNTL YVSQLNEKIN MQRLRVNLFL LFATFGEVLK VSMNFKKQRG QAFITMRTID QASLAQISL NGERFFGKPL KVEFSKSETK TL

+
分子 #33: RDS3 complex subunit 10

分子名称: RDS3 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / 詳細: RDS3 complex subunit 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 10.045401 KDa
配列文字列:
MAEKQRQLKL QKIYKQKYIG LGDESTTREQ WQRNVRNDTL NTLQGHSASL EYVSLSRGDL SIRDTRIHLL KSMSPGYKAY LREER

+
分子 #34: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 11.177888 KDa
配列文字列:
MLFFSFFKTL VDQEVVVELK NDIEIKGTLQ SVDQFLNLKL DNISCTDEKK YPHLGSVRNI FIRGSTVRYV YLNKNMVDTN LLQDATRRE VMTERK

+
分子 #35: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 35
詳細: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 22.42699 KDa
配列文字列: MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN ...文字列:
MSKIQVAHSS RLANLIDYKL RVLTQDGRVY IGQLMAFDKH MNLVLNECIE ERVPKTQLDK LRPRKDSKDG TTLNIKVEKR VLGLTILRG EQILSTVVED KPLLSKKERL VRDKKEKKQA QKQTKLRKEK EKKPGKIAKP NTANAKHTSS NSREIAQPSS S RYNGGNDN IGANRSRFNN EAPPQTRKFQ PPPGFKRK

+
分子 #36: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 11.240139 KDa
配列文字列:
MTMNGIPVKL LNEAQGHIVS LELTTGATYR GKLVESEDSM NVQLRDVIAT EPQGAVTHMD QIFVRGSQIK FIVVPDLLKN APLFKKNSS RPMPPIRGPK RR

+
分子 #37: Small nuclear ribonucleoprotein E

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein E / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 10.385098 KDa
配列文字列:
MSNKVKTKAM VPPINCIFNF LQQQTPVTIW LFEQIGIRIK GKIVGFDEFM NVVIDEAVEI PVNSADGKED VEKGTPLGKI LLKGDNITL ITSAD

+
分子 #38: Small nuclear ribonucleoprotein F

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein F / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 9.669945 KDa
配列文字列:
MSESSDISAM QPVNPKPFLK GLVNHRVGVK LKFNSTEYRG TLVSTDNYFN LQLNEAEEFV AGVSHGTLGE IFIRCNNVLY IRELPN

+
分子 #39: Small nuclear ribonucleoprotein G

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein G / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 8.490809 KDa
配列文字列:
MVSTPELKKY MDKKILLNIN GSRKVAGILR GYDIFLNVVL DDAMEINGED PANNHQLGLQ TVIRGNSIIS LEALDAI

+
分子 #40: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 16.296798 KDa
配列文字列:
MKLVNFLKKL RNEQVTIELK NGTTVWGTLQ SVSPQMNAIL TDVKLTLPQP RLNKLNSNGI AMASLYLTGG QQPTASDNIA SLQYINIRG NTIRQIILPD SLNLDSLLVD QKQLNSLRRS GQIANDPSKK RRRDFGAPAN KRPRRGL

+
分子 #41: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / 詳細: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 12.876066 KDa
配列文字列:
MSSQIIDRPK HELSRAELEE LEEFEFKHGP MSLINDAMVT RTPVIISLRN NHKIIARVKA FDRHCNMVLE NVKELWTEKK GKNVINRER FISKLFLRGD SVIVVLKTPV E

+
分子 #42: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 21.29807 KDa
配列文字列:
MLPLYLLTNA KGQQMQIELK NGEIIQGILT NVDNWMNLTL SNVTEYSEES AINSEDNAES SKAVKLNEIY IRGTFIKFIK LQDNIIDKV KQQINSNNNS NSNGPGHKRY YNNRDSNNNR GNYNRRNNNN GNSNRRPYSQ NRQYNNSNSS NINNSINSIN S NNQNMNNG LGGSVQHHFN SSSPQKVEF

+
分子 #43: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 10.432954 KDa
配列文字列:
MSLPEILPLE VIDKTINQKV LIVLQSNREF EGTLVGFDDF VNVILEDAVE WLIDPEDESR NEKVMQHHGR MLLSGNNIAI LVPGGKKTP TEAL

+
分子 #44: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / 詳細: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母)
分子量理論値: 9.406579 KDa
配列文字列:
MSGKASTEGS VTTEFLSDII GKTVNVKLAS GLLYSGRLES IDGFMNVALS SATEHYESNN NKLLNKFNSD VFLRGTQVMY ISEQKI

+
分子 #45: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #46: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 7 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度式
20.0 mMHEPES
50.0 mMKCl
0.2 mMEDTA
1.0 mMDTT
2.5 mMDesthiobiotin

詳細: Buffer pH: HEPES, 7.9; EDTA, 8.0
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ...詳細: Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ethane with a Vitrobot Mark III (FEI) operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity..

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 実像数: 5115 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 56.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 5.3 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.35000000000000003 µm
照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

詳細Movies were binned once and aligned using MOTIONCORR.
粒子像選択選択した数: 496581
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The negative stain map of human B-delta-U1 (EMD-1066) was used as an initial reference for three-dimensional refinement of a 12229 particle negative stain data set of the yeast B complex. A ...詳細: The negative stain map of human B-delta-U1 (EMD-1066) was used as an initial reference for three-dimensional refinement of a 12229 particle negative stain data set of the yeast B complex. A single round of 3D classification revealed a B complex density from 3707 particles that was refined to an estimated resolution of 50 A. This density was low-pass filtered to 60 A and used for processing of cryo-EM data.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
詳細: A temperature factor of -170 A2 was applied (sharpened B2 map).
使用した粒子像数: 9559
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / 温度因子: 170
得られたモデル

PDB-5nrl:
Structure of a pre-catalytic spliceosome.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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