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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Portal-tail complex of phage GP4 | |||||||||||||||
![]() | portal tail complex of phage GP4 | |||||||||||||||
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![]() | Complex / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||||||||
![]() | Liu H / Chen W | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Asymmetric Structure of Podophage GP4 Reveals a Novel Architecture of Three Types of Tail Fibers. 著者: Jing Zheng / Wenyuan Chen / Hao Xiao / Fan Yang / Jingdong Song / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu / ![]() 要旨: Bacteriophage tail fibers (or called tail spikes) play a critical role in the early stage of infection by binding to the bacterial surface. Podophages with known structures usually possess one or two ...Bacteriophage tail fibers (or called tail spikes) play a critical role in the early stage of infection by binding to the bacterial surface. Podophages with known structures usually possess one or two types of fibers. Here, we resolved an asymmetric structure of the podophage GP4 to near-atomic resolution by cryo-EM. Our structure revealed a symmetry-mismatch relationship between the components of the GP4 tail with previously unseen topologies. In detail, two dodecameric adaptors (adaptors I and II), a hexameric nozzle, and a tail needle form a conserved tail body connected to a dodecameric portal occupying a unique vertex of the icosahedral head. However, five chain-like extended fibers (fiber I) and five tulip-like short fibers (fiber II) are anchored to a 15-fold symmetric fiber-tail adaptor, encircling the adaptor I, and six bamboo-like trimeric fibers (fiber III) are connected to the nozzle. Five fibers I, each composed of five dimers of the protein gp80 linked by an elongated rope protein, are attached to the five edges of the tail vertex of the icosahedral head. In this study, we identified a new structure of the podophage with three types of tail fibers, and such phages with different types of fibers may have a broad host range and/or infect host cells with considerably high efficiency, providing evolutionary advantages in harsh environments. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 153.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 101.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 221.9 MB 221.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 985 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 984.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | portal tail complex of phage GP4 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.27 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map1
ファイル | emd_36463_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map2
ファイル | emd_36463_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ralstonia phage GP4
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Ralstonia phage GP4
超分子 | 名称: Ralstonia phage GP4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2282904 / 生物種: Ralstonia phage GP4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Portal protein
分子 | 名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 87.929188 KDa |
配列 | 文字列: MFDLRDDQNT RVIADHPEAR MPTEEPGKDD APPSHPLDSE EMKELHRRLR SYLHQELDRQ AENRFQMAVD EDYYDSIQWT EADAQVLKE RGQAPLVFNV IAQSVNWIIG SEKRGRTDFN ILPRKKADAK PAEAKTKLLK YLSDVNRLPF HRSRSFEDTV K VGLGWIED ...文字列: MFDLRDDQNT RVIADHPEAR MPTEEPGKDD APPSHPLDSE EMKELHRRLR SYLHQELDRQ AENRFQMAVD EDYYDSIQWT EADAQVLKE RGQAPLVFNV IAQSVNWIIG SEKRGRTDFN ILPRKKADAK PAEAKTKLLK YLSDVNRLPF HRSRSFEDTV K VGLGWIED SYDDSTDGEP IYSRYESWRN VIFDSASTEL DGTDMRYIFR PKWLDVDVAC ALVPDRADEI KKAAVAAERY GN YSEEDGD EAMDWAEFDR DTYSQSRTVS THKRQRVRLI ECWYRKPMRA TKFLSGDLRG ETLDESNPAH VEARDSGLYS LGE RITMRV RVAIFTSRDL LFEGASPFRH NRFSLTPIWG FRRGRDNLPY GVIRWMRDIQ DDINKRASKA LYILSSNKVV MDEG AVEDI EEFREEVARP DAVLVKKPGK QIELNVDREL AAAHMDMMSR DIQMLQQVGG VTDELMGRST NAVSGVAIQA RQEQG TVAT NKLFDNLRFA VQMQGEIQLS LIEQFVTEEK TFRITNERGK ADFITVNDGL PENDIVRTKA DFIIGESDWR ATYRQA ASE QLSQMIMKMP PQVGLVMLDL WADSTDLPNR DEIVKRIRQI NGMRDPDATE PTPEELQQQQ AAAEQAQAQK AMFMAEL SE KQGKADKAQA DAVAAQANAD LRAAQAEQVR RQTVNTNVTS IAAAMEAATA IVTMPTIAKV GDAVLVEAGY ENNGIAPA G GLHTPAPQQA VNPAAQGLPP QQPQPQQPQE PAVSPSPEQL NGAAPSNTGE PVTPDQTLQQ UniProtKB: Portal protein |
-分子 #2: Putative tail fiber protein
分子 | 名称: Putative tail fiber protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 45.894781 KDa |
配列 | 文字列: MAAVQFANNA ASRLVGPLAP SGTSLTVTPG DGALFPTLGA GDWFMATLIR SDGAREIVKV TSRTVDAMSI TRAQEGSSAL SFNPNDRIE ARLTAGELGD FRDGIASAQS AASAAQGTAD GKISKAGDTM TGNLNMEGAA PIITFRETDQ AAPAGRWRLV A DGGNWSLR ...文字列: MAAVQFANNA ASRLVGPLAP SGTSLTVTPG DGALFPTLGA GDWFMATLIR SDGAREIVKV TSRTVDAMSI TRAQEGSSAL SFNPNDRIE ARLTAGELGD FRDGIASAQS AASAAQGTAD GKISKAGDTM TGNLNMEGAA PIITFRETDQ AAPAGRWRLV A DGGNWSLR RSTAGEFASE NSTMWFGPDD SVHFLNDILI GRGNLGSVYD ALASKATSAA LASGLSAKPD ADGVSVTGFV NG NFYEPYF RKSSDNTVRR LVANTSANGI ALSWSGSFLS RTIDNTATAT IWDTANAPGA GTTNLDKTFY CGDGTRIGRS WVP GSGFLS ITVDGTNYGI SISASDERLK REIAPSEASA LSKLGRIELF SFRYKEGNAF LDPSQHHDIG FIAQQLASVD PTFV AGGGE TMLSPNLQPI VATLVKAVQE LRSQVDALKA QVGA UniProtKB: Putative tail fiber protein |
-分子 #3: Virion associated protein
分子 | 名称: Virion associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.545262 KDa |
配列 | 文字列: MAFPASVVLS RAATLLQDED HERWTVDELL EWLTDGTREI VVRKPSAYMK TTTAALVAGS KQALPEDAIQ LIDVPRNLKT DGSPGRAVT ATDRRLLDTE NPDWHSMKPA GQIRHYTYDS NVPTVFYTYP PAAAGVQVEL VCAWRHPALT TQNDVVQMGA E FVSALVSW ...文字列: MAFPASVVLS RAATLLQDED HERWTVDELL EWLTDGTREI VVRKPSAYMK TTTAALVAGS KQALPEDAIQ LIDVPRNLKT DGSPGRAVT ATDRRLLDTE NPDWHSMKPA GQIRHYTYDS NVPTVFYTYP PAAAGVQVEL VCAWRHPALT TQNDVVQMGA E FVSALVSW CLYRASSKDS EFANGAVAAA HYSAFSDALG AQATGTPTTQ AAAAAAAAGA AQ UniProtKB: Virion associated protein |
-分子 #4: Virion-associated phage protein
分子 | 名称: Virion-associated phage protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 62.764598 KDa |
配列 | 文字列: MTTLKLTAYS GEVPRTLPRL LPDTASQRAL NVRLDNGGLT PTRQPRFEAN ISVDNAKTIY KHNGAWLAWQ NVVHAAPGPV AQDRLYYMG DGKPKMIVDG TTYDLAVPMP TAAPALTVTG TGTGNVTSIA YVYTFVTAFG EESEPSALSN VAGWQSGQTR T LTGIQAPP ...文字列: MTTLKLTAYS GEVPRTLPRL LPDTASQRAL NVRLDNGGLT PTRQPRFEAN ISVDNAKTIY KHNGAWLAWQ NVVHAAPGPV AQDRLYYMG DGKPKMIVDG TTYDLAVPMP TAAPALTVTG TGTGNVTSIA YVYTFVTAFG EESEPSALSN VAGWQSGQTR T LTGIQAPP AGRNITKQRF YRSQTGSGGT DLFFIEERAA SAANFVDTHA TNDFGEMLPS LEYNAPPDGL KGLISLPNGM MA AFTGKDL YFCEPFIPHA WPEKYILTMD YQIVALGAYG TTIVVMTEGL PYIVSGTAPE NMQQQRVELN LPCINARGVI DLG YSVAYP SHDGLVMAGS NGMQVITEQL MTRNDWMKTG PGNIVGGQFN GRYFASYEYI EPSGAAFSGT LIFDTTGAAP FIIR SNHKA DAFFHELQTG ALYFLVGKEI FEWDALGQVN ETLSWRSKQF VLPMPTNFGA ILIEGSTAAS EEEQAAYDAE RQRIE VENA TNFALPSIGG EMNGAEVNLF AVNGDMMQRL PAEGFVSVSI YADGKLVKTV SKMNRMARLP SGFLARIWEI EVNSNI NIS DIVLATTGQE LRNV UniProtKB: Virion-associated phage protein |
-分子 #5: gp81 of phage GP4
分子 | 名称: gp81 of phage GP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.197357 KDa |
配列 | 文字列: MKPLDVFMPI IHRFAPGCPE PTAFAAIREA AIKFCERTRL WRCDDEFNVG ADECAEVAVP YGAALYEMEL VQFNGRNMRP VSTQWLDEQ VPDWRTTTQS GQAQYVTQQS EDTLTFVPAE AGSVRVYGLL KPTLDADSLP DLLADTYRKT IADGALSELL I IPGKAWMS ...文字列: MKPLDVFMPI IHRFAPGCPE PTAFAAIREA AIKFCERTRL WRCDDEFNVG ADECAEVAVP YGAALYEMEL VQFNGRNMRP VSTQWLDEQ VPDWRTTTQS GQAQYVTQQS EDTLTFVPAE AGSVRVYGLL KPTLDADSLP DLLADTYRKT IADGALSELL I IPGKAWMS ADLAVFFGTR FDRELDRLST KTIKGQQRAP VRTRAQFF UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 3.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.1 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 39883 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |