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万見
- PDB-8jou: Fiber I and fiber-tail-adaptor of phage GP4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jou
タイトルFiber I and fiber-tail-adaptor of phage GP4
要素
  • (Virion-associated phage protein) x 2
  • rope protein of phage GP4
キーワードVIRAL PROTEIN / Complex
機能・相同性: / : / Podophage GP4 fiber I protein gp80 / Podophage GP4 fiber-tail adaptor protein gp77 / Virion-associated phage protein / Virion-associated phage protein
機能・相同性情報
生物種Ralstonia phage GP4 (ファージ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Liu, H. / Chen, W.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)12034006 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32071209 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971122 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32200994 中国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Asymmetric Structure of Podophage GP4 Reveals a Novel Architecture of Three Types of Tail Fibers.
著者: Jing Zheng / Wenyuan Chen / Hao Xiao / Fan Yang / Jingdong Song / Lingpeng Cheng / Hongrong Liu /
要旨: Bacteriophage tail fibers (or called tail spikes) play a critical role in the early stage of infection by binding to the bacterial surface. Podophages with known structures usually possess one or two ...Bacteriophage tail fibers (or called tail spikes) play a critical role in the early stage of infection by binding to the bacterial surface. Podophages with known structures usually possess one or two types of fibers. Here, we resolved an asymmetric structure of the podophage GP4 to near-atomic resolution by cryo-EM. Our structure revealed a symmetry-mismatch relationship between the components of the GP4 tail with previously unseen topologies. In detail, two dodecameric adaptors (adaptors I and II), a hexameric nozzle, and a tail needle form a conserved tail body connected to a dodecameric portal occupying a unique vertex of the icosahedral head. However, five chain-like extended fibers (fiber I) and five tulip-like short fibers (fiber II) are anchored to a 15-fold symmetric fiber-tail adaptor, encircling the adaptor I, and six bamboo-like trimeric fibers (fiber III) are connected to the nozzle. Five fibers I, each composed of five dimers of the protein gp80 linked by an elongated rope protein, are attached to the five edges of the tail vertex of the icosahedral head. In this study, we identified a new structure of the podophage with three types of tail fibers, and such phages with different types of fibers may have a broad host range and/or infect host cells with considerably high efficiency, providing evolutionary advantages in harsh environments.
履歴
登録2023年6月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02024年1月3日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年7月16日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月16日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Virion-associated phage protein
b: Virion-associated phage protein
c: Virion-associated phage protein
d: Virion-associated phage protein
e: Virion-associated phage protein
f: Virion-associated phage protein
g: Virion-associated phage protein
h: Virion-associated phage protein
i: Virion-associated phage protein
j: Virion-associated phage protein
A: rope protein of phage GP4
D: Virion-associated phage protein
B: Virion-associated phage protein
C: Virion-associated phage protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,56414
ポリマ－183,56414
非ポリマー00
水00
1
a: Virion-associated phage protein
b: Virion-associated phage protein
c: Virion-associated phage protein
d: Virion-associated phage protein
e: Virion-associated phage protein
f: Virion-associated phage protein
g: Virion-associated phage protein
h: Virion-associated phage protein
i: Virion-associated phage protein
j: Virion-associated phage protein
A: rope protein of phage GP4
D: Virion-associated phage protein
B: Virion-associated phage protein
C: Virion-associated phage protein
x 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)917,82170
ポリマ－917,82170
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C5 (5回回転対称))

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要素

#1: タンパク質
Virion-associated phage protein / gp80


分子量: 14360.909 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ralstonia phage GP4 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A345GU11
#2: タンパク質 rope protein of phage GP4


分子量: 10230.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ralstonia phage GP4 (ファージ)
#3: タンパク質 Virion-associated phage protein / gp77


分子量: 9908.155 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ralstonia phage GP4 (ファージ) / 参照: UniProt: A0A345GU08
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ralstonia phage GP4 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Ralstonia phage GP4 (ファージ)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 100 nm
撮影電子線照射量: 35 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 39883 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00312720
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66817469
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.8891839
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0462068
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0072308

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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