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万見
- EMDB-35254: ACE2-SIT1 complex bound with proline -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35254
タイトルACE2-SIT1 complex bound with proline
マップデータ
試料
  • 複合体: ACE2-SIT1 complex bound with proline
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: SIT1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PROLINE
  • リガンド: CHLORIDE ION
キーワードtransporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


solute:sodium symporter activity / L-isoleucine import across plasma membrane / L-proline import across plasma membrane / Variant SLC6A20 affecting neurotransmitter transport contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / Variant SLC6A20 affecting amino acid transport contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / amino-acid betaine transport / proline import across plasma membrane / L-isoleucine transmembrane transporter activity / proline:sodium symporter activity / L-proline transmembrane transporter activity ...solute:sodium symporter activity / L-isoleucine import across plasma membrane / L-proline import across plasma membrane / Variant SLC6A20 affecting neurotransmitter transport contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / Variant SLC6A20 affecting amino acid transport contributes towards hyperglycinuria (HG) and iminoglycinuria (IG) / amino-acid betaine transport / proline import across plasma membrane / L-isoleucine transmembrane transporter activity / proline:sodium symporter activity / L-proline transmembrane transporter activity / amino-acid betaine transmembrane transporter activity / glycine transport / glycine import across plasma membrane / proline transport / amino acid import across plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / amino acid transmembrane transporter activity / SLC-mediated transport of neurotransmitters / positive regulation of amino acid transport / angiotensin-converting enzyme 2 / positive regulation of L-proline import across plasma membrane / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / angiotensin-mediated drinking behavior / amino acid transport / positive regulation of gap junction assembly / tryptophan transport / regulation of systemic arterial blood pressure by renin-angiotensin / maternal process involved in female pregnancy / regulation of cardiac conduction / peptidyl-dipeptidase activity / regulation of vasoconstriction / transporter activator activity / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / transport across blood-brain barrier / carboxypeptidase activity / angiotensin maturation / viral life cycle / Attachment and Entry / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / metallocarboxypeptidase activity / positive regulation of cardiac muscle contraction / regulation of cytokine production / blood vessel diameter maintenance / sodium ion transmembrane transport / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / brush border membrane / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / metallopeptidase activity / endocytic vesicle membrane / regulation of cell population proliferation / virus receptor activity / regulation of inflammatory response / endopeptidase activity / Induction of Cell-Cell Fusion / Potential therapeutics for SARS / membrane fusion / Attachment and Entry / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / apical plasma membrane / cilium / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / symbiont entry into host cell / cell surface / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / : / extracellular exosome / extracellular region / zinc ion binding / membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neutral amino acid SLC6 transporter / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. ...Neutral amino acid SLC6 transporter / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 2. / Sodium:neurotransmitter symporter family signature 1. / Sodium:neurotransmitter symporter / Sodium:neurotransmitter symporter superfamily / Sodium:neurotransmitter symporter family / Sodium:neurotransmitter symporter family profile. / Collectrin domain / Renal amino acid transporter / Collectrin-like domain profile. / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A / Angiotensin-converting enzyme / Peptidase family M2 domain profile. / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Angiotensin-converting enzyme 2 / Sodium- and chloride-dependent transporter XTRP3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Li YN / Zhang YY / Shen YP / Yan RH
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92169204 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Structural insight into the substrate recognition and transport mechanism of amino acid transporter complex ACE2-BAT1 and ACE2-SIT1.
著者: Yaning Li / Yiming Chen / Yuanyuan Zhang / Yaping Shen / Kangtai Xu / Yaqi Liu / Zilong Wang / Renhong Yan /
履歴
登録2023年2月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月27日-
マップ公開2023年9月27日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35254.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35254.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 313.056 Å		1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 313.056 Å		1.09 Å/pix.
x 288 pix.
= 313.056 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-5.6422253 - 6.5181656
平均 (標準偏差)0.006662431 (±0.11652838)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 313.056 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_35254_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_35254_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ACE2-SIT1 complex bound with proline

全体名称: ACE2-SIT1 complex bound with proline
要素
  • 複合体: ACE2-SIT1 complex bound with proline
    • タンパク質・ペプチド: Angiotensin-converting enzyme 2
    • タンパク質・ペプチド: SIT1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PROLINE
  • リガンド: CHLORIDE ION

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超分子 #1: ACE2-SIT1 complex bound with proline

超分子名称: ACE2-SIT1 complex bound with proline / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Angiotensin-converting enzyme 2

分子名称: Angiotensin-converting enzyme 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: angiotensin-converting enzyme 2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 95.379828 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MRSSSSWLLL SLVAVTAAWS HPQFEKQSTI EEQAKTFLDK FNHEAEDLFY QSSLASWNYN TNITEENVQN MNNAGDKWSA FLKEQSTLA QMYPLQEIQN LTVKLQLQAL QQNGSSVLSE DKSKRLNTIL NTMSTIYSTG KVCNPDNPQE CLLLEPGLNE I MANSLDYN ...文字列:
MRSSSSWLLL SLVAVTAAWS HPQFEKQSTI EEQAKTFLDK FNHEAEDLFY QSSLASWNYN TNITEENVQN MNNAGDKWSA FLKEQSTLA QMYPLQEIQN LTVKLQLQAL QQNGSSVLSE DKSKRLNTIL NTMSTIYSTG KVCNPDNPQE CLLLEPGLNE I MANSLDYN ERLWAWESWR SEVGKQLRPL YEEYVVLKNE MARANHYEDY GDYWRGDYEV NGVDGYDYSR GQLIEDVEHT FE EIKPLYE HLHAYVRAKL MNAYPSYISP IGCLPAHLLG DMWGRFWTNL YSLTVPFGQK PNIDVTDAMV DQAWDAQRIF KEA EKFFVS VGLPNMTQGF WENSMLTDPG NVQKAVCHPT AWDLGKGDFR ILMCTKVTMD DFLTAHHEMG HIQYDMAYAA QPFL LRNGA NEGFHEAVGE IMSLSAATPK HLKSIGLLSP DFQEDNETEI NFLLKQALTI VGTLPFTYML EKWRWMVFKG EIPKD QWMK KWWEMKREIV GVVEPVPHDE TYCDPASLFH VSNDYSFIRY YTRTLYQFQF QEALCQAAKH EGPLHKCDIS NSTEAG QKL FNMLRLGKSE PWTLALENVV GAKNMNVRPL LNYFEPLFTW LKDQNKNSFV GWSTDWSPYA DQSIKVRISL KSALGDK AY EWNDNEMYLF RSSVAYAMRQ YFLKVKNQMI LFGEEDVRVA NLKPRISFNF FVTAPKNVSD IIPRTEVEKA IRMSRSRI N DAFRLNDNSL EFLGIQPTLG PPNQPPVSIW LIVFGVVMGV IVVGIVILIF TGIRDRKKKN KARSGENPYA SIDISKGEN NPGFQNTDDV QTSFLEHHHH HHHHHH

UniProtKB: Angiotensin-converting enzyme 2

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分子 #2: SIT1

分子名称: SIT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 68.22482 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMEKARPLWA NSLQFVFACI SYAVGLGNVW RFPYLCQMYG GGSFLVPYII MLIVEGMPLL YLELAVGQR MRQGSIGAWR TISPYLSGVG VASVVVSFFL SMYYNVINAW AFWYLFHSFQ DPLPWSVCPL NGNHTGYDEE C EKASSTQY ...文字列:
MADYKDDDDK SGPDEVDASG RMEKARPLWA NSLQFVFACI SYAVGLGNVW RFPYLCQMYG GGSFLVPYII MLIVEGMPLL YLELAVGQR MRQGSIGAWR TISPYLSGVG VASVVVSFFL SMYYNVINAW AFWYLFHSFQ DPLPWSVCPL NGNHTGYDEE C EKASSTQY FWYRKTLNIS PSLQENGGVQ WEPALCLLLA WLVVYLCILR GTESTGKVVY FTASLPYCVL IIYLIRGLTL HG ATNGLMY MFTPKIEQLA NPKAWINAAT QIFFSLGLGF GSLIAFASYN EPSNNCQKHA IIVSLINSFT SIFASIVTFS IYG FKATFN YENCLKKVSL LLTNTFDLED GFLTASNLEQ VKGYLASAYP SKYSEMFPQI KNCSLESELD TAVQGTGLAF IVYT EAIKN MEVSQLWSVL YFFMLLMLGI GSMLGNTAAI LTPLTDSKII SSHLPKEAIS GLVCLVNCAI GMVFTMEAGN YWFDI FNDY AATLSLLLIV LVETIAVCYV YGLRRFESDL KAMTGRAVSW YWKVMWAGVS PLLIVSLFVF YLSDYILTGT LKYQAW DAS QGQLVTKDYP AYALAVIGLL VASSTMCIPL AALGTFVQRR LKRGDADPVA

UniProtKB: Sodium- and chloride-dependent transporter XTRP3

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #6: PROLINE

分子名称: PROLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PRO
分子量理論値: 115.13 Da
Chemical component information

ChemComp-PRO:
PROLINE

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分子 #7: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッド材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4) / 使用した粒子像数: 992519
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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