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- EMDB-35216: Yeast 40S-eIF4B - partially open conformation of the 40S head -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-35216
タイトルYeast 40S-eIF4B - partially open conformation of the 40S head
マップデータThis is the cryo-EM map of the 40S-eIF4B complex from yeast.
試料
  • 複合体: The binary complex of the yeast 40S small ribosomal subunit with the eukaryotic initiation factor 4B.
    • 複合体: Eukaryotic Initiation Factor 4B (eIF4B).
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: yeast 40S small ribosomal subunit
      • RNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 33種
  • リガンド: x 2種
キーワードRIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding ...endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / positive regulation of protein phosphorylation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. ...: / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S14/S29
類似検索 - ドメイン・相同性
KLLA0B11231p / Small ribosomal subunit protein eS32A / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 ...KLLA0B11231p / Small ribosomal subunit protein eS32A / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / KLLA0E12277p / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0D10659p / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / KLLA0B08173p / KLLA0B07931p / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / KLLA0A10483p / KLLA0A07194p / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Kluyveromyces lactis Saccharomyces cerevisiae S288c (酵母) / Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Datey A / Khaja FT / Hussain T
資金援助 インド, 1件
OrganizationGrant number国
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/17/2/503313 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Yeast eukaryotic initiation factor 4B remodels the mRNA entry site on the small ribosomal subunit
著者: Datey A / Hussain T
履歴
登録2023年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年2月7日-
現状2024年2月7日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_35216.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_35216.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the cryo-EM map of the 40S-eIF4B complex from yeast.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.17 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.022837931 - 0.07513961
平均 (標準偏差)0.00005679381 (±0.0030674885)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 421.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: auto-refined map of the 40S-eIF4B complex

ファイルemd_35216_additional_1.map
注釈auto-refined map of the 40S-eIF4B complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2 of the 40S-eIF4B complex

ファイルemd_35216_half_map_1.map
注釈Half-map 2 of the 40S-eIF4B complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1 of the 40S-eIF4B complex

ファイルemd_35216_half_map_2.map
注釈Half-map 1 of the 40S-eIF4B complex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The binary complex of the yeast 40S small ribosomal subunit with ...

全体名称: The binary complex of the yeast 40S small ribosomal subunit with the eukaryotic initiation factor 4B.
要素
  • 複合体: The binary complex of the yeast 40S small ribosomal subunit with the eukaryotic initiation factor 4B.
    • 複合体: Eukaryotic Initiation Factor 4B (eIF4B).
      • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L41-A
    • 複合体: yeast 40S small ribosomal subunit
      • RNA: RNA (1780-MER)
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S0
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S1
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0F09812p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0D08305p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0D10659p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0E23673p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B08173p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0A10483p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0F18040p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0F07843p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B01474p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B01562p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0A07194p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0F25542p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B07931p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B11231p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S29
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
      • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0E12277p
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: The binary complex of the yeast 40S small ribosomal subunit with ...

超分子名称: The binary complex of the yeast 40S small ribosomal subunit with the eukaryotic initiation factor 4B.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
詳細: 40S purified from Kluyveromyces lactis and Saccharomyces cerevisiae eIF4B overexpressed and purified from Escherichia coli
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / 株: S288c / 組織: Single cell yeast / 細胞中の位置: cytoplasm

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超分子 #2: Eukaryotic Initiation Factor 4B (eIF4B).

超分子名称: Eukaryotic Initiation Factor 4B (eIF4B). / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #35
詳細: eIF4B is a part of the binary complex along with the 40S ribosomal subunit. eIF4B is present and associated with the 40S near its mRNA channel entry site on the solvent-exposed side. The ...詳細: eIF4B is a part of the binary complex along with the 40S ribosomal subunit. eIF4B is present and associated with the 40S near its mRNA channel entry site on the solvent-exposed side. The Saccharomyces cerevisiae eIF4B was recombinantly expressed and purified from the E. coli expression system.
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis Saccharomyces cerevisiae S288c (酵母)
株: NRRL Y-1140 / 器官: yeast / 組織: yeast / Organelle: ribosome / 細胞中の位置: cytoplasm

+
超分子 #3: yeast 40S small ribosomal subunit

超分子名称: yeast 40S small ribosomal subunit / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#34

+
分子 #1: RNA (1780-MER)

分子名称: RNA (1780-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 579.545875 KDa
配列文字列: UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGAUAUCU GUGGUAAUUC U AGAGCUAA ...文字列:
UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGAUAUCU GUGGUAAUUC U AGAGCUAA UACAUGCUUA AAAUCUCGAC CCUUUGGAAG AGAUGUAUUU AUUAGAUAAA AAAUCAAUGU CUUCGGACUC CU UGAUGAU UCAUAAUAAC UUUUCGAAUC GCAUGGCCUU GUGCUGGCGA UGGUUCAUUC AAAUUUCUGC CCUAUCAACU UUC GAUGGU AGGAUAGUGG CCUACCAUGG UUUCAACGGG UAACGGGGAA UAAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAA CGGCU ACCACAUCCA AGGAAGGCAG CAGGCGCGCA AAUUACCCAA UCCUAAUUCA GGGAGGUAGU GACAAUAAAU AACGA UACA GGGCCCAUUC GGGUCUUGUA AUUGGAAUGA GUACAAUGUA AAUACCUUAA CGAGGAACAA CUGGAGGGCA AGUCUG GUG CCAGCAGCCG CGGUAAUUCC AGCUCCAGUA GCGUAUAUUA AAGUUGUUGC AGUUAAAAAG CUCGUAGUUG AACUUUG GG UCUGGUUGUC CGGUCCGACU UUAUGUCGCG CACUGGUUUU UCAACCGGAU CUUUCCUUCU GGCUAACCUG UACUCCUU G UGGGUGCAGG CGAACCAGGA CUUUUACUUU GAAAAAAUUA GAGUGUUCAA AGCAGGCGAA AGCUCGAAUA UAUUAGCAU GGAAUAAUGG AAUAGGACGU UUGGUUCUAU UUUGUUGGUU UCUAGGACCA UCGUAAUGAU UAAUAGGGAC GGUCGGGGGC AUCAGUAUU CAAUUGUCAG AGGUGAAAUU CUUGGAUUUA UUGAAGACUA ACUACUGCGA AAGCAUUUGC CAAGGACGUU U UCAUUAAU CAAGAACGAA AGUUAGGGGA UCGAAGAUGA UCAGAUACCG UCGUAGUCUU AACCAUAAAC UAUGCCGACU AG GGAUCGG GUGGUGUUUU UCUUAUGACC CACUCGGCAC CUUACGAGAA AUCAAAGUCU UUGGGUUCUG GGGGGAGUAU GGU CGCAAG GCUGAAACUU AAAGGAAUUG ACGGAAGGGC ACCACCAGGA GUGGAGCCUG CGGCUUAAUU UGACUCAACA CGGG GAAAC UCACCAGGUC CAGACACAAU AAGGAUUGAC AGAUUGAGAG CUCUUUCUUG AUUUUGUGGG UGGUGGUGCA UGGCC GUUC UUAGUUGGUG GAGUGAUUUG UCUGCUUAAU UGCGAUAACG AACGAGACCU UAACCUACUA AAUAGGGUUG CUGGCA CUU GCCGGUUGAC UCUUCUUAGA GGGACUAUCG GUUUCAAGCC GAUGGAAGUU UGAGGCAAUA ACAGGUCUGU GAUGCCC UU AGACGUUCUG GGCCGCACGC GCGCUACACU GACGGAGCCA GCGAGUACAA CCUUGGCCGA GAGGUCUGGG UAAUCUUG U GAAACUCCGU CGUGCUGGGG AUAGAGCAUU GUAAUUAUUG CUCUUCAACG AGGAAUUCCU AGUAAGCGCA AGUCAUCAG CUUGCGUUGA UUACGUCCCU GCCCUUUGUA CACACCGCCC GUCGCUAGUA CCGAUUGAAU GGCUUAGUGA GGCCUCAGGA UUUGCUUAG AGAAGGGGGC AACUCCAUCU CAGAGCGAAG AAUCUGGUCA AACUUGGUCA UUUAGAGGAA CUAAAAGUCG U AACAAGGU UUCCGUAGGU GAACCUGCGG AAGGAUCAUU A

+
分子 #2: 40S ribosomal protein S0

分子名称: 40S ribosomal protein S0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 28.264525 KDa
配列文字列: MSLPSTFDLT SEDAQLLLAA RVHLGAKNVQ VHQEPYVYKA RPDGVNVINV GKTWEKIVLA ARIIAAIPNP EDVVAISSRT YGQRAVLKY AAHTGATPIA GRFTPGSFTN YITRSFKEPR LVIVTDPRSD AQAIKESSYV NIPVIALTDL DSPSEYVDVA I PCNNRGKH ...文字列:
MSLPSTFDLT SEDAQLLLAA RVHLGAKNVQ VHQEPYVYKA RPDGVNVINV GKTWEKIVLA ARIIAAIPNP EDVVAISSRT YGQRAVLKY AAHTGATPIA GRFTPGSFTN YITRSFKEPR LVIVTDPRSD AQAIKESSYV NIPVIALTDL DSPSEYVDVA I PCNNRGKH SIGLIWYLLA REVLRLRGAL PDRTQPWAIM PDLYFYRNPE EIEQQTAEEE AVASGEQTEE AVDATEEQTE AA EWAEEGQ AQEEEWN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S1

分子名称: 40S ribosomal protein S1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 28.971643 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLS KGKKGLKKRV VDPFTRKEWY DIKAPSTFEN RNVGKTLVNK SVGLKNASDS LKGRVVEVCL ADLQGSEDHS FRKVKLRVD EVQGKNLLTN FHGMDFTTDK LRSMVRKWQT LIEANVTVKT SDDYVLRIFA IAFTRKQANQ VKRTSYAQSS H IRQIRKVI ...文字列:
MAVGKNKRLS KGKKGLKKRV VDPFTRKEWY DIKAPSTFEN RNVGKTLVNK SVGLKNASDS LKGRVVEVCL ADLQGSEDHS FRKVKLRVD EVQGKNLLTN FHGMDFTTDK LRSMVRKWQT LIEANVTVKT SDDYVLRIFA IAFTRKQANQ VKRTSYAQSS H IRQIRKVI SEILTREVQN STLAQLTSKL IPEVINKEIE NATKDIFPLQ NVHIRKVKLL KQPKFDLGSL LSLHGEASAE EK GKKVAGF KDEILETV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #4: KLLA0F09812p

分子名称: KLLA0F09812p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 27.649979 KDa
配列文字列: MSAPQAQGQQ APRRGGFGGA NRGGRGGRRG GRRDQEEKGW VPVTKLGRLV KAGKISSIEE IFLHSLPVKE FQIIDQLLPN LKDEVMNIK PVQKQTRAGQ RTRFKAVVVV GDSNGHVGLG IKTAKEVAGA IRAGIIIAKL SVIPIRRGYW GTNLGQPHSL A TKTSGKCG ...文字列:
MSAPQAQGQQ APRRGGFGGA NRGGRGGRRG GRRDQEEKGW VPVTKLGRLV KAGKISSIEE IFLHSLPVKE FQIIDQLLPN LKDEVMNIK PVQKQTRAGQ RTRFKAVVVV GDSNGHVGLG IKTAKEVAGA IRAGIIIAKL SVIPIRRGYW GTNLGQPHSL A TKTSGKCG SVSVRLIPAP RGSGIVASPA VKKLMQLAGV EDVYTSSTGS TRTLENTLKA AFVAIGNTYG FLTPNLWEVQ AL TPSPMDV YADYATASKK KL

UniProtKB: KLLA0F09812p

+
分子 #5: KLLA0D08305p

分子名称: KLLA0D08305p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 26.300535 KDa
配列文字列: MVAIISKKRK LVADGVFYAE LNEFFTRELA EEGYSGVEVR VTPTKTEIII RATKVQDVVG ENGRRINELT LLIEKRFKYK RGTIALYAE RVHDRGLSAV AQAESMKFKL LNGLAIRRAA YGVVRYVMES GAKGCEVVIS GKLRAARAKS MKFADGFLIH S GQPVNDFI ...文字列:
MVAIISKKRK LVADGVFYAE LNEFFTRELA EEGYSGVEVR VTPTKTEIII RATKVQDVVG ENGRRINELT LLIEKRFKYK RGTIALYAE RVHDRGLSAV AQAESMKFKL LNGLAIRRAA YGVVRYVMES GAKGCEVVIS GKLRAARAKS MKFADGFLIH S GQPVNDFI ETATRHVLLR QGVLGIKVKI MKDPSRNTSG PKALPDAVTI IEPKEEEPVL EPSVKDYRPT EPVEAAESA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S3

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S4

分子名称: 40S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 29.617514 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RLAAPHHWML DKLSGCYAPR PSAGPHKLRE SLPLIVFLRN RLKYALNGRE VKAILMQRHV KVDGKVRTDT TFPAGFMDV ITLEATNENF RLVYDVKGRF AVHRITDEEA SYKLAKVKKV QLGKKGIPYV VTHDGRTIRY PDPNIKVNDT V KVDLATGT ...文字列:
MARGPKKHLK RLAAPHHWML DKLSGCYAPR PSAGPHKLRE SLPLIVFLRN RLKYALNGRE VKAILMQRHV KVDGKVRTDT TFPAGFMDV ITLEATNENF RLVYDVKGRF AVHRITDEEA SYKLAKVKKV QLGKKGIPYV VTHDGRTIRY PDPNIKVNDT V KVDLATGT ITDFIKFDTG KLVYVTGGRN LGRVGTIVHR ERHEGGFDLV HIKDSLENTF VTRLNNVFVI GEPGRPWISL PK GKGIKLT ISEERDRRRA QHGL

UniProtKB: 40S ribosomal protein S4

+
分子 #7: KLLA0D10659p

分子名称: KLLA0D10659p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 25.385975 KDa
配列文字列: MSEHEAQVEV EVQEDFEVVQ EFVPVELATT IPVEIQQAQQ EIKLFNKWSF EDVEVKDASL VDYIQISKPI YVAHTAGRYA NKRFRKAQC PIVERLTNSL MMNGRNNGKK LKAVRIVKHT LEIINVLTDQ NPLQVVVDAI INSGPREDTT RVGGGGAARR Q AVDVSPLR ...文字列:
MSEHEAQVEV EVQEDFEVVQ EFVPVELATT IPVEIQQAQQ EIKLFNKWSF EDVEVKDASL VDYIQISKPI YVAHTAGRYA NKRFRKAQC PIVERLTNSL MMNGRNNGKK LKAVRIVKHT LEIINVLTDQ NPLQVVVDAI INSGPREDTT RVGGGGAARR Q AVDVSPLR RVNQSIALLT IGAREAAFRN IKTIAETLAE ELINAAKGSS TSYAIKKKDE LERVAKSNR

UniProtKB: KLLA0D10659p

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S6

分子名称: 40S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 26.970391 KDa
配列文字列: MKLNISYPIN GTQKCIEIDD EHRVRVFYDK RIGQEVDGES VGDEFKGYVF KIAGGNDKQG FPMKQGVLLP TRVKLLLAKG HSCYRPRRN GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALIITKKGEQ EIEGITNDTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLTK EDDVRDYVIR R EVTKGDKS ...文字列:
MKLNISYPIN GTQKCIEIDD EHRVRVFYDK RIGQEVDGES VGDEFKGYVF KIAGGNDKQG FPMKQGVLLP TRVKLLLAKG HSCYRPRRN GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALIITKKGEQ EIEGITNDTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLTK EDDVRDYVIR R EVTKGDKS YTKAPKIQRL VTPQRLQRKR QQKSLKIKNA QAQREAAAEY AQLLAKRLSE RKAEKAEVRK RRASSLKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 21.735297 KDa
配列文字列: MSDPQAKILS QAPTELELQV AQAFIDLENN SPELKADLRA LQFKSIREIE VAGGKKALAV FVPVPSLAAY HKVQIKLTRE LEKKFQDRH VIFLAERRIL PKPSRKSRQT QKRPRSRTLT AVHDKILEDL VFPTEIVGKR VRYLVGGNKI QKILLNSKDV Q HIDNKLES ...文字列:
MSDPQAKILS QAPTELELQV AQAFIDLENN SPELKADLRA LQFKSIREIE VAGGKKALAV FVPVPSLAAY HKVQIKLTRE LEKKFQDRH VIFLAERRIL PKPSRKSRQT QKRPRSRTLT AVHDKILEDL VFPTEIVGKR VRYLVGGNKI QKILLNSKDV Q HIDNKLES FQAVYNKLTG KQIVFEIPSE TH

UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 22.642727 KDa
配列文字列: MGISRDSRHK RAATGAKRAQ FRKKRKFELG RQAANTKIGT KRIHPVRTRG GNQKFRALRI ETGNFSWASE GVARKTRITG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWYESHYGQ SLGKKKNTKA EEETATTSKN TERKWAARAA EAKIEHAVDS Q FGAGRLYA ...文字列:
MGISRDSRHK RAATGAKRAQ FRKKRKFELG RQAANTKIGT KRIHPVRTRG GNQKFRALRI ETGNFSWASE GVARKTRITG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWYESHYGQ SLGKKKNTKA EEETATTSKN TERKWAARAA EAKIEHAVDS Q FGAGRLYA AISSRPGQSG RCDGYILEGE ELAFYLRRLT AKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

+
分子 #11: KLLA0E23673p

分子名称: KLLA0E23673p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 21.587049 KDa
配列文字列:
MPRAPRTYSK TYSTPKRPYE SARLDAELKL AGEYGLKNKR EIYRISFQLS KIRRAARDLL TRDEKDPKRL FEGNALIRRL VRIGVLSED KKKLDYVLAL KVEDFLERRL QTQVYKLGLA KSVHHARVLI SQRHIAVGKQ IVNIPSFMVR LESEKHIDFA R TSPFGGAR PGRVARKRAA AAGGEEADEE

UniProtKB: KLLA0E23673p

+
分子 #12: KLLA0B08173p

分子名称: KLLA0B08173p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 12.584377 KDa
配列文字列:
MLIPKEDRKK IYQHLFQEGV LVAKKDFNQP KHEEIDTKNL FVIKALQSLT SKGFVKTQFS WQYYYYTLTE EGVVYLREYL NLPEHIFPA TYLAGQSGDQ RPQGKKY

UniProtKB: KLLA0B08173p

+
分子 #13: KLLA0A10483p

分子名称: KLLA0A10483p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 17.84393 KDa
配列文字列:
MSTELTVQSE RAFQKQPHIF TNPKAKANRK TKRWYKNVGL GFKTPKTAIE GSYIDKKCPF TGLVSIRGKI LTGTVVSTRM HRTIVIRRD YLHYVPKYNR YEKRHKNVPA HVSPAFRVQV GDIVTVGQCR PISKTVRFNV LKVASATGKA NKQFAKF

UniProtKB: KLLA0A10483p

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 14.466398 KDa
配列文字列:
MSDVEEVQQV PVAELTIEDA LKVVLRTSLV HDGLARGLRE SAKALTRGEG QLAVLVESVT EEAISKLVQG LATENNVPLI KVADAKQLG EWAGLGKIDR DGNARKVVGA SVVVVKNWGA DTQEREILLE HFSQQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S12

+
分子 #15: KLLA0F18040p

分子名称: KLLA0F18040p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 16.989875 KDa
配列文字列:
MGRMHSKGKG MSSSAIPYSR NAPAWFKGSS DGVVEQIIKY ARKGLTPSQI GVLLRDAHGV TQAKVITGNK ILRILKSNGL APEIPEDLY FLIKKAVSVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY RTVSVLPPNW KYESATASAL VN

UniProtKB: KLLA0F18040p

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S14

分子名称: 40S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 14.530655 KDa
配列文字列:
MANVVQAKDN SQVFGVARIF ASFNDTFVHV TDLSGRETIA RVTGGMKVKA DRDESSPYAA MLAAQDVAAK CKEVGITAVH IKIRATGGT RSKTPGPGGQ AALRALARSG LRIGRIEDVT PVPSDSTRKK GGRRGRRL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #17: KLLA0F07843p

分子名称: KLLA0F07843p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 15.986796 KDa
配列文字列:
MSEAAAPRKR SFKTYSYKGV DLEKLLEMPT EDFVKLAPAR VRRKFARGLS EKPAGLMKKL RAAKLSAPEN EKPAVVRTHL RNMIIVPEM IGSVVGVYNG KVFNQVEIRP EMVGHYLGEF SITYTPVRHG RAGATTSRFI PLR

UniProtKB: KLLA0F07843p

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S16

分子名称: 40S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 15.874531 KDa
配列文字列:
MSTVPSVQTF GKKKSATAVA HVKAGKGLIK VNGSPITLVQ PEILRFKVYE PLLLVGLDKF ANIDIRVKVT GGGHVSQVYA IRQAIAKGL VAYHQKFVDE QSKNELKKAF TSYDRTLLIA DSRRPEPKKF GGRGARSRFQ KSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #19: KLLA0B01474p

分子名称: KLLA0B01474p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 15.722216 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK RASKALIEKY YPKLTMDFQT NKRLCDEIAT IQSKRLRNKI AGYTTHLMKR IQKGPVRGIS FKLQEEERER KDQYVPDVS ALDLSHSNDV LNVDTQTAEL VNSLGLKLPL SVSSVSAVRD RRFRKRN

UniProtKB: KLLA0B01474p

+
分子 #20: KLLA0B01562p

分子名称: KLLA0B01562p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 17.084602 KDa
配列文字列:
MSLVVQEQGS FQHILRLLNT NVDGNINVVY ALTTIRGVGR RYANLVCKKA DVDLHKRAGE LTQEELERIV QIMQNPTHYK IPAWFLNRQ KDVNDGKDYH SLANNLESKL RDDLERLKKI RSHRGIRHFW GLRVRGQHTK TTGRRRA

UniProtKB: KLLA0B01562p

+
分子 #21: KLLA0A07194p

分子名称: KLLA0A07194p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 15.87901 KDa
配列文字列:
MPGVSVRDVP AQDFINNYAS FLQRQGKLEV PGYVDIVKTS AGNELPPQDS EGWFYKRAAS VARHIYLRKQ VGVGKLNKLY GGAKNRGVR PHKHVDASGS INRKVLQSLE KLGVVEISPK GGRRISDNGL RDLDRIAAAT LEDEE

UniProtKB: KLLA0A07194p

+
分子 #22: KLLA0F25542p

分子名称: KLLA0F25542p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 13.337604 KDa
配列文字列:
MSQVEKKSEQ QQEVVIHKIR INLTSTKVKQ LENVSANIIK NAETFKLVKK GPVRLPTKVL KISTRKTPNG EGSKTWDTYE MRIHKRYID LEAPAHIVKR ITQITIEPGV DVEVIIAA

UniProtKB: KLLA0F25542p

+
分子 #23: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 9.797949 KDa
配列文字列:
MENDKGQLVE LYVPRKCSAT NRIIKAKDHS SVQINIAQVD EEGRAIPGEY VTYALSGYIR ARGEADDSLN RLAQQDGLLK NVWSYSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21

+
分子 #24: KLLA0B07931p

分子名称: KLLA0B07931p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 14.645041 KDa
配列文字列:
MTRTSVLADA LNAINNAEKT GKRQVLIRPS SKVIIKFLQV MQKHGYIGEF EYIDDHRSGK IVVQLNGRLN KCGVISPRFN VKIADVEKW TANLLPARQF GYVILTTSAG IMDHEEAHRK HVSGKILGFV Y

UniProtKB: KLLA0B07931p

+
分子 #25: KLLA0B11231p

分子名称: KLLA0B11231p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 16.047897 KDa
配列文字列:
MGKGKPRGLN SARKLRVHRR NNRWAETTYK KRLLGTAFKS SPFGGSSHAK GIVLEKIGIE SKQPNSAIRK CVRVQLIKNG KKVTAFVPN DGCLNFVDEN DEVLLAGFGR KGKAKGDIPG VRFKVVKVSG VSLLALWKEK KEKPRS

UniProtKB: KLLA0B11231p

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 15.194549 KDa
配列文字列:
MSDAITIRTR KVISNPLLAR KQFVVDVLHP NRANVSKDEL REKLAEAYKA EKDAVSVFGF RTQYGGGKST GFGLVYNSVA DAKKFEPAY RLVRYGLAEK VEKASRQQRK QRKNRGKKIF GTGKSIAKKA ARRNAD

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24

+
分子 #27: 40S ribosomal protein S25

分子名称: 40S ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 12.002116 KDa
配列文字列:
MPPKQQLSKA AKAAAAMAGG KKSKKKWSKK SHKDKAKHAV VLDQDKFDRI MKEAPTYRYV SVSVLVDRFK LGGSLARVAL RHLENEGII KPVSKHSKQA IYTRATASE

UniProtKB: 40S ribosomal protein S25

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 13.539957 KDa
配列文字列:
MPKKRASNGR NKKGRGHVKP VRCVNCSRSV PKDKAIKRMA IRNIVEAAAI RDLSEASVYA EYALPKTYNK LHYCISCAIH ARIVRVRSR TDRRIRAPPQ RPRFNRDNKV SPADAAKKAL

UniProtKB: 40S ribosomal protein S26

+
分子 #29: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 8.884362 KDa
配列文字列:
MVLVQDLLHP TAASEARKHK LKTLVQSPRS HFLDVKCPGC LNITTVFSHA QTAVTCESCS TVLCTPTGGK AKLSEGTSFR RK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S27

+
分子 #30: 40S ribosomal protein S28

分子名称: 40S ribosomal protein S28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 7.549824 KDa
配列文字列:
MDTKTPVTLA KVIKVLGRTG SRGGVTQVRV EFLEDTTRTI VRNVKGPVRE GDILVLMESE REARRLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S29

分子名称: 40S ribosomal protein S29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 6.66257 KDa
配列文字列:
MAHENVWYSH PRKFGKGSRQ CRISGSHSGL IRKYGLNIDR QSFREKANDI GFYKYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #32: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 7.141421 KDa
配列文字列:
MGKVHGSLAR AGKVKSQTPK VEKQEKPKQP KGRAYKRLLY TRRFVNVTLT NGKRKMNPSP SSQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S30

+
分子 #33: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

分子名称: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 17.110977 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKSKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGGKKR KKKVYTTPK KIRHKHKKVK LAVLNYYKVD DEGKVAKLRK ECPNCGPGIF LANHGDRFYC GKCHSTFATQ K

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

+
分子 #34: KLLA0E12277p

分子名称: KLLA0E12277p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
分子量理論値: 35.830945 KDa
配列文字列: MSSSNIMLVL RGTLEGHNGW VTSLSTSAAQ PNLLVSGSRD KTLISWRLTE NEQQFGVPVR SYKGHSHIVQ DVVVSADGNY AVSASWDKT LRLWNLATGN SEARFVGHTG DVLSVAIDAN SSKIISASRD KTIRVWNTVG DCAYVLLGHT DWVTKVRVAP K NLEDGEVD ...文字列:
MSSSNIMLVL RGTLEGHNGW VTSLSTSAAQ PNLLVSGSRD KTLISWRLTE NEQQFGVPVR SYKGHSHIVQ DVVVSADGNY AVSASWDKT LRLWNLATGN SEARFVGHTG DVLSVAIDAN SSKIISASRD KTIRVWNTVG DCAYVLLGHT DWVTKVRVAP K NLEDGEVD DGRITFVSAG MDKIVRSWSL NEDSYRIEAD FIGHNNYINV VQPSPDGSLA ASAGKDGQIY VWNLKHKSAF MN FDAKDEV FALAFSPSRF WLTAATASGI KIYDLENEVL IDELKPEFAG YTKAQDPHAV SLAWSADGQT LFAGYTDNVI RVW QVMTAN

UniProtKB: KLLA0E12277p

+
分子 #35: 60S ribosomal protein L41-A

分子名称: 60S ribosomal protein L41-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: S288c
分子量理論値: 3.354243 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MRAKWRKKRT RRLKRKRRKV RARSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS32A

+
分子 #36: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMCH3CO2KPotassium acetate
2.5 mMC2H6O4MgMagnesium acetate
2.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol

詳細: 20 mM HEPES pH7.4, 100 mM potassium acetate pH7.6, 2.5 mM Magnesium acetate, 2 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 100.0 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Vitrification was carried out in nitrogen atmosphere..
詳細This class of empty or only 40S was a part of the reaction mixture containing 40S and the Saccharomyces cerevisiae eukaryotic initiation factor 4B present in a 1:10 molar ratio

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
温度最低: 77.0 K / 最高: 98.0 K
詳細Preliminary grid screening was done manually using the Latitude-S
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 4-16 / 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 7975 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 20 frames in 8 seconds
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 42000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 42000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1492547
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3jam


詳細: map generated from 3JAM was low-pass filtered and used as a reference for 3D autorefinement
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1) / 使用した粒子像数: 108616
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 3次元分類クラス数: 2
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8i7j:
Yeast 40S-eIF4B - partially open conformation of the 40S head

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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