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- PDB-8i7j: Yeast 40S-eIF4B - partially open conformation of the 40S head -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8i7j
タイトルYeast 40S-eIF4B - partially open conformation of the 40S head
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 17
  • 60S ribosomal protein L41-A
  • KLLA0A07194p
  • KLLA0A10483p
  • KLLA0B01474p
  • KLLA0B01562p
  • KLLA0B07931p
  • KLLA0B08173p
  • KLLA0B11231p
  • KLLA0D08305p
  • KLLA0D10659p
  • KLLA0E12277p
  • KLLA0E23673p
  • KLLA0F07843p
  • KLLA0F09812p
  • KLLA0F18040p
  • KLLA0F25542p
  • RNA (1780-MER)
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
キーワードRIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


90S preribosome / translation regulator activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit ...90S preribosome / translation regulator activity / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / rRNA processing / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily ...: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / : / Ribosomal protein S7e signature. / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / : / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / Ribosomal protein S8e
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / KLLA0B11231p / Small ribosomal subunit protein eS32A / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS10 ...RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / KLLA0B11231p / Small ribosomal subunit protein eS32A / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein uS10 / KLLA0F18040p / Small ribosomal subunit protein uS5 / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / RP21 / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein RACK1 / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0D10659p / Small ribosomal subunit protein uS3 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / KLLA0B08173p / 40S ribosomal protein S22 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / RP41 / S16a / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Datey, A. / Khaja, F.T. / Hussain, T.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/17/2/503313 インド
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2025
タイトル: Yeast Eukaryotic Initiation Factor 4B Remodels the MRNA Entry Site on the Small Ribosomal Subunit.
著者: Ayushi Datey / Prafful Sharma / Faisal Tarique Khaja / Huma Rahil / Tanweer Hussain /
要旨: Eukaryotic Initiation Factor 4 (eIF4) is a group of factors that activates mRNA for translation and recruit 43S preinitiation complex (PIC) to the mRNA 5' end, forming the 48S PIC. The eIF4 factors ...Eukaryotic Initiation Factor 4 (eIF4) is a group of factors that activates mRNA for translation and recruit 43S preinitiation complex (PIC) to the mRNA 5' end, forming the 48S PIC. The eIF4 factors include mRNA 5' cap-binding protein eIF4E, ATP-dependent RNA helicase eIF4A, and scaffold protein eIF4G, which anchors eIF4A and eIF4E. Another eIF4 factor, eIF4B, stimulates the RNA helicase activity of eIF4A and facilitates mRNA recruitment. However, the mechanisms by which eIF4B binds the 40S ribosomal subunit and promotes mRNA recruitment remain poorly understood. Using cryo-Eletron Microscopy (cryo-EM), we obtained a map of the yeast 40S ribosomal subunit in a complex with eIF4B (40S-eIF4B complex). An extra density, tentatively assigned to yeast eIF4B, was observed near the mRNA entry channel of the 40S, contacting ribosomal proteins uS10, uS3, and eS10 as well as rRNA helix h16. Predictive modeling of the 40S-eIF4B complex suggests that the N-terminal domain of eIF4B binds near the mRNA entry channel, overlapping with the extra density observed in the 40S-eIF4B map. The partially open conformation of 40S in the 40S-eIF4B map is incompatible with eIF3j binding observed in the 48S PIC. Additionally, the extra density at the mRNA entry channel poses steric hindrance for eIF3g binding in the 48S PIC. Thus, structural insights suggest that eIF4B facilitates the release of eIF3j and the relocation of the eIF3b-g-i module during mRNA recruitment, thereby advancing our understanding of eIF4B's role in translation initiation.
履歴
登録2023年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年2月5日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
2: RNA (1780-MER)
A: 40S ribosomal protein S0
B: 40S ribosomal protein S1
C: KLLA0F09812p
D: KLLA0D08305p
E: 40S ribosomal protein S4
F: KLLA0D10659p
G: 40S ribosomal protein S6
H: 40S ribosomal protein S7
I: 40S ribosomal protein S8
J: KLLA0E23673p
K: KLLA0B08173p
L: KLLA0A10483p
M: 40S ribosomal protein S12
N: KLLA0F18040p
O: 40S ribosomal protein S14
P: KLLA0F07843p
Q: 40S ribosomal protein S16
R: KLLA0B01474p
S: KLLA0B01562p
T: KLLA0A07194p
U: KLLA0F25542p
V: 40S ribosomal protein S21
W: KLLA0B07931p
X: KLLA0B11231p
Y: 40S ribosomal protein S24
Z: 40S ribosomal protein S25
a: 40S ribosomal protein S26
b: 40S ribosomal protein S27
c: 40S ribosomal protein S28
d: 40S ribosomal protein S29
e: 40S ribosomal protein S30
f: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
g: KLLA0E12277p
h: 60S ribosomal protein L41-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,176,97840
ポリマ－1,176,73335
非ポリマー2455
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: The evidence of the assembly has been reported in earlier studies published by Walker et al., in 2013.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
40S ribosomal protein ... , 17種, 17分子 ABEGHIMOQVYZabcde

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S0


分子量: 28264.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CN12
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S1


分子量: 28971.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CWD0
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29617.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CWJ2
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 26970.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CM04
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21735.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CTD6
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 22642.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CMG3
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 14466.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CLU4
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / RP59


分子量: 14530.655 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: P27069
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 15874.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q875N2
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9797.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CXT6
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15194.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CU44
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 12002.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CW78
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 13539.957 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CS01
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 8884.362 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CNL2
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / S33


分子量: 7549.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: P33285
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6662.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CPG3
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 7141.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CUH5

-
タンパク質 , 16種, 16分子 CDFJKLNPRSTUWXfg

#4: タンパク質 KLLA0F09812p


分子量: 27649.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CKL3
#5: タンパク質 KLLA0D08305p


分子量: 26300.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CRK7
#7: タンパク質 KLLA0D10659p


分子量: 25385.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CRA3
#11: タンパク質 KLLA0E23673p


分子量: 21587.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CM18
#12: タンパク質 KLLA0B08173p


分子量: 12584.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CVZ5
#13: タンパク質 KLLA0A10483p


分子量: 17843.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CX80
#15: タンパク質 KLLA0F18040p


分子量: 16989.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CJK0
#17: タンパク質 KLLA0F07843p


分子量: 15986.796 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CKV4
#19: タンパク質 KLLA0B01474p


分子量: 15722.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CWU3
#20: タンパク質 KLLA0B01562p


分子量: 17084.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CWT9
#21: タンパク質 KLLA0A07194p


分子量: 15879.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CXM0
#22: タンパク質 KLLA0F25542p


分子量: 13337.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CIM1
#24: タンパク質 KLLA0B07931p


分子量: 14645.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CW06
#25: タンパク質 KLLA0B11231p


分子量: 16047.897 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: F2Z602
#33: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a


分子量: 17110.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: P69061
#34: タンパク質 KLLA0E12277p


分子量: 35830.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140 / 参照: UniProt: Q6CNI7

-
RNA鎖 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 2h

#1: RNA鎖 RNA (1780-MER)


分子量: 579545.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / 株: NRRL Y-1140
#35: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41-A / L47 / Large ribosomal subunit protein eL41-A / YL41


分子量: 3354.243 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: RPL41A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0CX86

-
非ポリマー , 2種, 5分子

#36: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#37: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1The binary complex of the yeast 40S small ribosomal subunit with the eukaryotic initiation factor 4B.RIBOSOME40S purified from Kluyveromyces lactis and Saccharomyces cerevisiae eIF4B overexpressed and purified from Escherichia coli#1-#350MULTIPLE SOURCES
2Eukaryotic Initiation Factor 4B (eIF4B).COMPLEXeIF4B is a part of the binary complex along with the 40S ribosomal subunit. eIF4B is present and associated with the 40S near its mRNA channel entry site on the solvent-exposed side. The Saccharomyces cerevisiae eIF4B was recombinantly expressed and purified from the E. coli expression system.#351RECOMBINANT
3yeast 40S small ribosomal subunitCOMPLEX#1-#341NATURAL
分子量
IDEntity assembly-ID実験値
11NO
21NO
由来(天然)

細胞内の位置: cytoplasm

IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株組織器官Organelle
21Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)559292S288cSingle cell yeast
32Kluyveromyces lactis Saccharomyces cerevisiae S288c (酵母)28985NRRL Y-1140yeastyeastribosome
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta(DE3)pLysS / プラスミド: pTYB2
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES pH7.4, 100 mM potassium acetate pH7.6, 2.5 mM Magnesium acetate, 2 mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMPotassium acetateCH3CO2K1
32.5 mMMagnesium acetateC2H6O4Mg1
42 mMDithiothreitolC4H10O2S21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: This class of empty or only 40S was a part of the reaction mixture containing 40S and the Saccharomyces cerevisiae eukaryotic initiation factor 4B present in a 1:10 molar ratio
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 295 K
詳細: Vitrification was carried out in nitrogen atmosphere.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
詳細: Preliminary grid screening was done manually using the Latitude-S
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: DIFFRACTION / 倍率（公称値）: 42000 X / 倍率（補正後）: 42000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: OTHER
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN / 最高温度: 98 K / 最低温度: 77 K
撮影平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 7975
詳細: Images were collected in movie-mode at 20 frames in 8 seconds
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 4-16

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1.1粒子像選択
2LatitudeS画像取得
4RELION3.1.1CTF補正
7UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
9RELION3.1.1初期オイラー角割当
10RELION3.1.1最終オイラー角割当
12RELION3.1.1３次元再構成
13PHENIX1.18.2-3874モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1492547
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 108616 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / Target criteria: Cross-correlation coefficient
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00681414
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.964118539
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d22.58426729
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05114812
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0068500

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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