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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34978 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of streptavidin | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptomyces avidinii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.56 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu J / Liu N / Wang HW | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Self-assembled monolayers guided free-standing atomic-crystal/molecule superstructure 著者: Zheng L / Xu J / Wang W / Gao X / Liu N / Wang HW / Peng HL | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34978.map.gz | 28.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34978-v30.xml emd-34978.xml | 12.6 KB 12.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_34978.png | 87.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34978.cif.gz | 4.8 KB | ||
その他 | emd_34978_half_map_1.map.gz emd_34978_half_map_2.map.gz | 27.2 MB 27.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34978 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34978 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34978_validation.pdf.gz | 832.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34978_full_validation.pdf.gz | 832.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34978_validation.xml.gz | 10.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34978_validation.cif.gz | 12.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34978 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34978 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34978.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.5191 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34978_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34978_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : streptavidin
全体 | 名称: streptavidin |
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要素 |
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-超分子 #1: streptavidin
超分子 | 名称: streptavidin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: on graphene/SAMs membranes |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア) |
-分子 #1: Streptavidin
分子 | 名称: Streptavidin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces avidinii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 12.596641 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GITGTWYNQL GSTFIVTAGA DGALTGTYES AVGNAESRYV LTGRYDSAPA TDGSGTALGW TVAWKNNYRN AHSATTWSGQ YVGGAEARI NTQWLLTSGT TEANAWKSTL VGHDTFTKVK UniProtKB: Streptavidin |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 19 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 99871 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |