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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34369 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of Membrane-Bound Aldehyde Dehydrogenase from Gluconobacter oxydans | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Complex / Oxidoreductase / Membrane-bound protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Gluconobacter oxydans (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Adachi T / Miyata T / Makino F / Tanaka H / Namba K / Sowa K / Kitazumi Y / Shirai O | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023 タイトル: Experimental and Theoretical Insights into Bienzymatic Cascade for Mediatorless Bioelectrochemical Ethanol Oxidation with Alcohol and Aldehyde Dehydrogenases 著者: Adachi T / Miyata T / Makino F / Tanaka H / Namba K / Kano K / Sowa K / Kitazumi Y / Shirai O | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34369.map.gz | 62.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34369-v30.xml emd-34369.xml | 23.9 KB 23.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34369_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34369.png | 87.4 KB | ||
マスクデータ | emd_34369_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_34369_half_map_1.map.gz emd_34369_half_map_2.map.gz | 116.1 MB 116.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34369 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34369 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_34369_validation.pdf.gz | 923 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_34369_full_validation.pdf.gz | 922.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_34369_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_34369_validation.cif.gz | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34369 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-34369 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8gy3MC 8gy2C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34369.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.87 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_34369_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_34369_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_34369_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Aldehyde dehydrogenase from Gluconobacter oxydans
全体 | 名称: Aldehyde dehydrogenase from Gluconobacter oxydans |
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要素 |
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-超分子 #1: Aldehyde dehydrogenase from Gluconobacter oxydans
超分子 | 名称: Aldehyde dehydrogenase from Gluconobacter oxydans / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Cytochrome c subunit of aldehyde dehydrogenase
分子 | 名称: Cytochrome c subunit of aldehyde dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: aldehyde dehydrogenase (FAD-independent) |
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由来(天然) | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 48.5195 KDa |
組換発現 | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) |
配列 | 文字列: MLKRIAAAVI GLGAVGGIGF LAYAWYPAIA PIPRPAASSF SADAISRGEI VANGGYCAEC HTRVDGKPGP ELAGDFKMAT PFGDIFSSN ITPDEEWGIG NWSLAAFKRA MNKGIARDGS QLYPAFPFDH FTKVSDQDVS DLYAYLMTRP AVHLKPRDNT V PFPINIRL ...文字列: MLKRIAAAVI GLGAVGGIGF LAYAWYPAIA PIPRPAASSF SADAISRGEI VANGGYCAEC HTRVDGKPGP ELAGDFKMAT PFGDIFSSN ITPDEEWGIG NWSLAAFKRA MNKGIARDGS QLYPAFPFDH FTKVSDQDVS DLYAYLMTRP AVHLKPRDNT V PFPINIRL IGQGFWKLLF FTPGRYQNDP KHDAQWNRGA YLAEGNEHCG ACHTPRNLLG AEKMSSVYDG AVIDGWIAPP LN DHNPTPV VWTEDELFQY LRFGVAPLHG SAAGPMSPVP HRFLSKIPEE DVHAIAHYYA DVDKAAQRSS GDQAAITRAM QMS GRDLTG PQPLDEDARL YQGACGACHY NSGPNPVLGR PELALNNALW LDEPNNLYQV MLHGITAEEG QDHISMPSFY SGLS DHDMA RIAAYLRRTR TTLPPWTDLE KKAASARATL EAPPVNASH UniProtKB: Aldehyde dehydrogenase |
-分子 #2: Small subunit of aldehyde dehydrogenase
分子 | 名称: Small subunit of aldehyde dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: aldehyde dehydrogenase (FAD-independent) |
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由来(天然) | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 16.799998 KDa |
組換発現 | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) |
配列 | 文字列: MTTKFELNGQ PVTVDAPADT PLLWVIRDDL NLTGTKFGCG IGECGACTVH VGGRATRSCI TPLSAVEGAS ITTIEGLDPA GNHVVQVAW RDQQVPQCGY CQSGQIMQAA SLLKDYPNPT DDQIDGVMGG SLCRCMTYIR IRKAIKEAAS RQQEGANNG UniProtKB: Isoquinoline 1-oxidoreductase alpha subunit |
-分子 #3: Large subunit of aldehyde dehydrogenase
分子 | 名称: Large subunit of aldehyde dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: aldehyde dehydrogenase (FAD-independent) |
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由来(天然) | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 83.302164 KDa |
組換発現 | 生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア) |
配列 | 文字列: MAKIEQIAKK SDATRLSRRN FLMTAAGAGL MFGFARKAGA ATTLPSAMPP EAAFEPNIWC AIAPDGSINV NIVRAEMGQH VGTALARII ADEMDADWDK IKITQVDTAP KWAGKYVTGG SWSVWDTWDT FRQAGAAARS VMIEEGAKLL GTTPDRCTAH E SVVSAGSK ...文字列: MAKIEQIAKK SDATRLSRRN FLMTAAGAGL MFGFARKAGA ATTLPSAMPP EAAFEPNIWC AIAPDGSINV NIVRAEMGQH VGTALARII ADEMDADWDK IKITQVDTAP KWAGKYVTGG SWSVWDTWDT FRQAGAAARS VMIEEGAKLL GTTPDRCTAH E SVVSAGSK SISFGDIVAR AKPTRTFTPE EMAKLPLKPT GNRRLISKQV PALDIPDKTT GKAIYGIDVK LDGMVYGRPK MP PTRYAAK VISVDDSAAK KIPGYLRYVV LDDPSGIVPG WVVALAKTYP AAIRAADALK VQWNPGPTIN VSEADIIEHG RKL AADPKN GTRVFNDKGV DEALTIHPGQ VFERSYTCAS VAHYQLEPVN AVARHIDGMW EIHTGNQWQS LILPQLAKSL QVPE EQVVM RTYMLGGGFG RRLNGDYCIP AALASKAIGG APVKLILTRS DDMELDSIRS PSIQTIKVAL DNDRKKIVGM DYVAV AGWP TQVMAPAFLA TGEDGKKYDP FAIAGADHWY ETGPTRVRAI SNDLANATFR PGWLRSVSAG WTPWALECFL DELAHS TKQ DPLAFRLSMF TAQGRNAGQA PNSVGGAKRQ AAVLQRLADK IGYANKQLPA DTGIGIATSF GQERGMPTWT AAAAQIH VD RKTGVVTCQK LWLVLDAGTI VDPGGALAQT EGAALWGFSM ALFEGTEIVN GTIKDRNLNT YTPLRIPDVP DIDIEFIQ N TEKPTGLGEP GVTVVAPAIG NAIFNAVGIR LRHMPMRPAD VRRELQQHTS UniProtKB: CO/xanthine dehydrogenase Mo-binding subunit |
-分子 #4: HEME C
分子 | 名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: HEC |
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分子量 | 理論値: 618.503 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEC: |
-分子 #5: UBIQUINONE-10
分子 | 名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: U10 |
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分子量 | 理論値: 863.343 Da |
Chemical component information |
-分子 #6: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子 | 名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: FES |
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分子量 | 理論値: 175.82 Da |
Chemical component information | ChemComp-FES: |
-分子 #7: (MOLYBDOPTERIN-CYTOSINE DINUCLEOTIDE-S,S)-DIOXO-AQUA-MOLYBDENUM(V)
分子 | 名称: (MOLYBDOPTERIN-CYTOSINE DINUCLEOTIDE-S,S)-DIOXO-AQUA-MOLYBDENUM(V) タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PCD |
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分子量 | 理論値: 844.471 Da |
Chemical component information | ChemComp-PCD: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 10 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K |
アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 0.01 mrad |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12747 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 倍率(補正後): 56754 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-8gy3: |