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万見
- EMDB-34369: Cryo-EM Structure of Membrane-Bound Aldehyde Dehydrogenase from G... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-34369
タイトルCryo-EM Structure of Membrane-Bound Aldehyde Dehydrogenase from Gluconobacter oxydans
マップデータ
試料
  • 複合体: Aldehyde dehydrogenase from Gluconobacter oxydans
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c subunit of aldehyde dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Small subunit of aldehyde dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Large subunit of aldehyde dehydrogenase
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: (MOLYBDOPTERIN-CYTOSINE DINUCLEOTIDE-S,S)-DIOXO-AQUA-MOLYBDENUM(V)
キーワードComplex / Oxidoreductase / Membrane-bound protein
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / iron ion binding / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Oxidoreductase molybdopterin-binding subunit, IorB-related / : / : / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / : / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily ...Oxidoreductase molybdopterin-binding subunit, IorB-related / : / : / Membrane-bound alcohol dehydrogenase, cytochrome c subunit / : / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead / [2Fe-2S]-binding / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, first molybdopterin binding domain / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead superfamily / [2Fe-2S]-binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, molybdopterin binding domain superfamily / Aldehyde oxidase/xanthine dehydrogenase, second molybdopterin binding domain / [2Fe-2S] binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Molybdopterin cofactor-binding domain / Aldehyde oxidase and xanthine dehydrogenase, a/b hammerhead domain / Cytochrome C oxidase, cbb3-type, subunit III / 2Fe-2S ferredoxin, iron-sulphur binding site / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Cytochrome c / Beta-grasp domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / Cytochrome c-like domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
CO/xanthine dehydrogenase Mo-binding subunit / Isoquinoline 1-oxidoreductase alpha subunit / Aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Gluconobacter oxydans (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Adachi T / Miyata T / Makino F / Tanaka H / Namba K / Sowa K / Kitazumi Y / Shirai O
資金援助 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP22ama121003 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP21H01961 日本
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: Experimental and Theoretical Insights into Bienzymatic Cascade for Mediatorless Bioelectrochemical Ethanol Oxidation with Alcohol and Aldehyde Dehydrogenases
著者: Adachi T / Miyata T / Makino F / Tanaka H / Namba K / Kano K / Sowa K / Kitazumi Y / Shirai O
履歴
登録2022年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月2日-
マップ公開2023年8月2日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_34369.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_34369.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 278.4 Å		0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 278.4 Å		0.87 Å/pix.
x 320 pix.
= 278.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.87 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.23456362 - 0.66902375
平均 (標準偏差)0.00066653406 (±0.013812292)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 278.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_34369_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_34369_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_34369_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Aldehyde dehydrogenase from Gluconobacter oxydans

全体名称: Aldehyde dehydrogenase from Gluconobacter oxydans
要素
  • 複合体: Aldehyde dehydrogenase from Gluconobacter oxydans
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c subunit of aldehyde dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Small subunit of aldehyde dehydrogenase
    • タンパク質・ペプチド: Large subunit of aldehyde dehydrogenase
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: UBIQUINONE-10
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: (MOLYBDOPTERIN-CYTOSINE DINUCLEOTIDE-S,S)-DIOXO-AQUA-MOLYBDENUM(V)

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超分子 #1: Aldehyde dehydrogenase from Gluconobacter oxydans

超分子名称: Aldehyde dehydrogenase from Gluconobacter oxydans / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: Cytochrome c subunit of aldehyde dehydrogenase

分子名称: Cytochrome c subunit of aldehyde dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: aldehyde dehydrogenase (FAD-independent)
由来(天然)生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
分子量理論値: 48.5195 KDa
組換発現生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
配列文字列: MLKRIAAAVI GLGAVGGIGF LAYAWYPAIA PIPRPAASSF SADAISRGEI VANGGYCAEC HTRVDGKPGP ELAGDFKMAT PFGDIFSSN ITPDEEWGIG NWSLAAFKRA MNKGIARDGS QLYPAFPFDH FTKVSDQDVS DLYAYLMTRP AVHLKPRDNT V PFPINIRL ...文字列:
MLKRIAAAVI GLGAVGGIGF LAYAWYPAIA PIPRPAASSF SADAISRGEI VANGGYCAEC HTRVDGKPGP ELAGDFKMAT PFGDIFSSN ITPDEEWGIG NWSLAAFKRA MNKGIARDGS QLYPAFPFDH FTKVSDQDVS DLYAYLMTRP AVHLKPRDNT V PFPINIRL IGQGFWKLLF FTPGRYQNDP KHDAQWNRGA YLAEGNEHCG ACHTPRNLLG AEKMSSVYDG AVIDGWIAPP LN DHNPTPV VWTEDELFQY LRFGVAPLHG SAAGPMSPVP HRFLSKIPEE DVHAIAHYYA DVDKAAQRSS GDQAAITRAM QMS GRDLTG PQPLDEDARL YQGACGACHY NSGPNPVLGR PELALNNALW LDEPNNLYQV MLHGITAEEG QDHISMPSFY SGLS DHDMA RIAAYLRRTR TTLPPWTDLE KKAASARATL EAPPVNASH

UniProtKB: Aldehyde dehydrogenase

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分子 #2: Small subunit of aldehyde dehydrogenase

分子名称: Small subunit of aldehyde dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: aldehyde dehydrogenase (FAD-independent)
由来(天然)生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
分子量理論値: 16.799998 KDa
組換発現生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
配列文字列:
MTTKFELNGQ PVTVDAPADT PLLWVIRDDL NLTGTKFGCG IGECGACTVH VGGRATRSCI TPLSAVEGAS ITTIEGLDPA GNHVVQVAW RDQQVPQCGY CQSGQIMQAA SLLKDYPNPT DDQIDGVMGG SLCRCMTYIR IRKAIKEAAS RQQEGANNG

UniProtKB: Isoquinoline 1-oxidoreductase alpha subunit

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分子 #3: Large subunit of aldehyde dehydrogenase

分子名称: Large subunit of aldehyde dehydrogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: aldehyde dehydrogenase (FAD-independent)
由来(天然)生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
分子量理論値: 83.302164 KDa
組換発現生物種: Gluconobacter oxydans (バクテリア)
配列文字列: MAKIEQIAKK SDATRLSRRN FLMTAAGAGL MFGFARKAGA ATTLPSAMPP EAAFEPNIWC AIAPDGSINV NIVRAEMGQH VGTALARII ADEMDADWDK IKITQVDTAP KWAGKYVTGG SWSVWDTWDT FRQAGAAARS VMIEEGAKLL GTTPDRCTAH E SVVSAGSK ...文字列:
MAKIEQIAKK SDATRLSRRN FLMTAAGAGL MFGFARKAGA ATTLPSAMPP EAAFEPNIWC AIAPDGSINV NIVRAEMGQH VGTALARII ADEMDADWDK IKITQVDTAP KWAGKYVTGG SWSVWDTWDT FRQAGAAARS VMIEEGAKLL GTTPDRCTAH E SVVSAGSK SISFGDIVAR AKPTRTFTPE EMAKLPLKPT GNRRLISKQV PALDIPDKTT GKAIYGIDVK LDGMVYGRPK MP PTRYAAK VISVDDSAAK KIPGYLRYVV LDDPSGIVPG WVVALAKTYP AAIRAADALK VQWNPGPTIN VSEADIIEHG RKL AADPKN GTRVFNDKGV DEALTIHPGQ VFERSYTCAS VAHYQLEPVN AVARHIDGMW EIHTGNQWQS LILPQLAKSL QVPE EQVVM RTYMLGGGFG RRLNGDYCIP AALASKAIGG APVKLILTRS DDMELDSIRS PSIQTIKVAL DNDRKKIVGM DYVAV AGWP TQVMAPAFLA TGEDGKKYDP FAIAGADHWY ETGPTRVRAI SNDLANATFR PGWLRSVSAG WTPWALECFL DELAHS TKQ DPLAFRLSMF TAQGRNAGQA PNSVGGAKRQ AAVLQRLADK IGYANKQLPA DTGIGIATSF GQERGMPTWT AAAAQIH VD RKTGVVTCQK LWLVLDAGTI VDPGGALAQT EGAALWGFSM ALFEGTEIVN GTIKDRNLNT YTPLRIPDVP DIDIEFIQ N TEKPTGLGEP GVTVVAPAIG NAIFNAVGIR LRHMPMRPAD VRRELQQHTS

UniProtKB: CO/xanthine dehydrogenase Mo-binding subunit

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分子 #4: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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分子 #5: UBIQUINONE-10

分子名称: UBIQUINONE-10 / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: U10
分子量理論値: 863.343 Da
Chemical component information

ChemComp-U10:
UBIQUINONE-10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略)

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分子 #6: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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分子 #7: (MOLYBDOPTERIN-CYTOSINE DINUCLEOTIDE-S,S)-DIOXO-AQUA-MOLYBDENUM(V)

分子名称: (MOLYBDOPTERIN-CYTOSINE DINUCLEOTIDE-S,S)-DIOXO-AQUA-MOLYBDENUM(V)
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: PCD
分子量理論値: 844.471 Da
Chemical component information

ChemComp-PCD:
(MOLYBDOPTERIN-CYTOSINE DINUCLEOTIDE-S,S)-DIOXO-AQUA-MOLYBDENUM(V)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
88.0 mmol / LNaH2PO4Sodium dihydrogen phosphate
12.0 mmol / LNa2HPO4Sodium hydrogen phosphate
0.3 mmol / LC14H22O(C2H4O)n2-[4-(2,4,4-trimethylpentan-2-yl)phenoxy]ethanol
1.0 mmol / LC2H4OAcetaldehyde
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
温度最低: 80.0 K / 最高: 80.0 K
アライメント法Coma free - Residual tilt: 0.01 mrad
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12747 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 56754 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 6871333
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: 3D initial model from cryoSPARC 3.3.2
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 189414
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 300000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8gy3:
Cryo-EM Structure of Membrane-Bound Aldehyde Dehydrogenase from Gluconobacter oxydans

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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