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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-34267 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human Pannexin1 resembling Pannexin2 pore with W74R/R75Dmutations | |||||||||
マップデータ | main map for coordinates | |||||||||
試料 |
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キーワード | Pannexin1 / ATP release / large-pore ion channel. / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / monoatomic anion channel activity / bleb / wide pore channel activity / monoatomic anion transmembrane transport / ギャップ結合 ...ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / monoatomic anion channel activity / bleb / wide pore channel activity / monoatomic anion transmembrane transport / ギャップ結合 / gap junction channel activity / positive regulation of macrophage cytokine production / response to ATP / oogenesis / monoatomic cation transport / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / calcium channel activity / calcium ion transport / actin filament binding / cell-cell signaling / scaffold protein binding / protease binding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / 小胞体 / protein-containing complex / 生体膜 / identical protein binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Hussain N / Penmatsa A | |||||||||
資金援助 | インド, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structures of pannexin 1 and 3 reveal differences among pannexin isoforms. 著者: Nazia Hussain / Ashish Apotikar / Shabareesh Pidathala / Sourajit Mukherjee / Ananth Prasad Burada / Sujit Kumar Sikdar / Kutti R Vinothkumar / Aravind Penmatsa / 要旨: Pannexins are single-membrane large-pore channels that release ions and ATP upon activation. Three isoforms of pannexins 1, 2, and 3, perform diverse cellular roles and differ in their pore lining ...Pannexins are single-membrane large-pore channels that release ions and ATP upon activation. Three isoforms of pannexins 1, 2, and 3, perform diverse cellular roles and differ in their pore lining residues. In this study, we report the cryo-EM structure of pannexin 3 at 3.9 Å and analyze its structural differences with pannexin isoforms 1 and 2. The pannexin 3 vestibule has two distinct chambers and a wider pore radius in comparison to pannexins 1 and 2. We further report two cryo-EM structures of pannexin 1, with pore substitutions W74R/R75D that mimic the pore lining residues of pannexin 2 and a germline mutant of pannexin 1, R217H at resolutions of 3.2 Å and 3.9 Å, respectively. Substitution of cationic residues in the vestibule of pannexin 1 results in reduced ATP interaction propensities to the channel. The germline mutant R217H in transmembrane helix 3 (TM3), leads to a partially constricted pore, reduced ATP interaction and weakened voltage sensitivity. The study compares the three pannexin isoform structures, the effects of substitutions of pore and vestibule-lining residues and allosteric effects of a pathological substitution on channel structure and function thereby enhancing our understanding of this vital group of ATP-release channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_34267.map.gz | 167.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-34267-v30.xml emd-34267.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_34267_fsc.xml | 13.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_34267.png | 35 KB | ||
Filedesc metadata | emd-34267.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_34267_half_map_1.map.gz emd_34267_half_map_2.map.gz | 165 MB 165 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34267 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-34267 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_34267.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main map for coordinates | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.84 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: half map partA
ファイル | emd_34267_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map partA | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map part B
ファイル | emd_34267_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map part B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pannexin 1 (W74R/R75D)
全体 | 名称: Pannexin 1 (W74R/R75D) |
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要素 |
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-超分子 #1: Pannexin 1 (W74R/R75D)
超分子 | 名称: Pannexin 1 (W74R/R75D) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: human isoform 1 of Pannexin. Expressed in plasma membranes involved in ATP release |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 48 kDa/nm |
-分子 #1: Pannexin-1
分子 | 名称: Pannexin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 49.127902 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAIAQLATEY VFSDFLLKEP TEPKFKGLRL ELAVDKMVTC IAVGLPLLLI SLAFAQEISI GTQISCFSPS SFSRDQAAFV DSYCWAAVQ QKNSLQSESG NLPLWLHKFF PYILLLFAIL LYLPPLFWRF AAAPHICSDL KFIMEELDKV YNRAIKAAKS A RDLDMRDG ...文字列: MAIAQLATEY VFSDFLLKEP TEPKFKGLRL ELAVDKMVTC IAVGLPLLLI SLAFAQEISI GTQISCFSPS SFSRDQAAFV DSYCWAAVQ QKNSLQSESG NLPLWLHKFF PYILLLFAIL LYLPPLFWRF AAAPHICSDL KFIMEELDKV YNRAIKAAKS A RDLDMRDG ACSVPGVTEN LGQSLWEVSE SHFKYPIVEQ YLKTKKNSNN LIIKYISCRL LTLIIILLAC IYLGYYFSLS SL SDEFVCS IKSGILRNDS TVPDQFQCKL IAVGIFQLLS VINLVVYVLL APVVVYTLFV PFRQKTDVLK VYEILPTFDV LHF KSEGYN DLSLYNLFLE ENISEVKSYK CLKVLENIKS SGQGIDPMLL LTNLGMIKMD VVDGKTPMSA EMREEQGNQT AELQ GMNID SETKANNGEK NARQRLLDSS CHHHHHHHH UniProtKB: Pannexin-1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: Fresh solution containing detergent was prepared for every prep. | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3.5 s single blot. | |||||||||||||||
詳細 | Sample is homoheptamer purified to homogeneity. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
特殊光学系 | 位相板: OTHER / 球面収差補正装置: None / 色収差補正装置: None / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV / 詳細: Gatan k3 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15550 / 平均電子線量: 39.84 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 106.6 / 当てはまり具合の基準: Correlation coeficient |
得られたモデル | PDB-8gtt: |