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- EMDB-33802: Cyanophage Pam3 baseplate proteins -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33802
タイトルCyanophage Pam3 baseplate proteins
マップデータ
試料
  • ウイルス: uncultured cyanophage (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 baseplate wedge gp22
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 baseplate wedge gp23
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 sheath initiator gp21
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 tube initiator gp17
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 plug gp18
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 hub gp19
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 spike gp20
キーワードbaseplate / VIRUS / VIRAL PROTEIN
生物種uncultured cyanophage (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.19 Å
データ登録者Yang F / Jiang YL / Zhou CZ
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFA0903100 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023
タイトル: Fine structure and assembly pattern of a minimal myophage Pam3.
著者: Feng Yang / Yong-Liang Jiang / Jun-Tao Zhang / Jie Zhu / Kang Du / Rong-Cheng Yu / Zi-Lu Wei / Wen-Wen Kong / Ning Cui / Wei-Fang Li / Yuxing Chen / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou /
要旨: The myophage possesses a contractile tail that penetrates its host cell envelope. Except for investigations on the bacteriophage T4 with a rather complicated structure, the assembly pattern and tail ...The myophage possesses a contractile tail that penetrates its host cell envelope. Except for investigations on the bacteriophage T4 with a rather complicated structure, the assembly pattern and tail contraction mechanism of myophage remain largely unknown. Here, we present the fine structure of a freshwater cyanophage Pam3, which has an icosahedral capsid of ~680 Å in diameter, connected via a three-section neck to an 840-Å-long contractile tail, ending with a three-module baseplate composed of only six protein components. This simplified baseplate consists of a central hub-spike surrounded by six wedge heterotriplexes, to which twelve tail fibers are covalently attached via disulfide bonds in alternating upward and downward configurations. In vitro reduction assays revealed a putative redox-dependent mechanism of baseplate assembly and tail sheath contraction. These findings establish a minimal myophage that might become a user-friendly chassis phage in synthetic biology.
履歴
登録2022年7月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月18日-
マップ公開2023年1月18日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33802.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33802.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 480 pix.
= 513.6 Å		1.07 Å/pix.
x 480 pix.
= 513.6 Å		1.07 Å/pix.
x 480 pix.
= 513.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.008
最小 - 最大-0.02305705 - 0.05986155
平均 (標準偏差)0.00018664611 (±0.002715909)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 513.60004 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33802_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33802_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : uncultured cyanophage

全体名称: uncultured cyanophage (ファージ)
要素
  • ウイルス: uncultured cyanophage (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 baseplate wedge gp22
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 baseplate wedge gp23
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 sheath initiator gp21
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 tube initiator gp17
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 plug gp18
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 hub gp19
    • タンパク質・ペプチド: Pam3 spike gp20

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超分子 #1: uncultured cyanophage

超分子名称: uncultured cyanophage / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 215796 / 生物種: uncultured cyanophage / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pseudanabaena mucicola (バクテリア)

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分子 #1: Pam3 baseplate wedge gp22

分子名称: Pam3 baseplate wedge gp22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: uncultured cyanophage (ファージ)
分子量理論値: 32.686787 KDa
配列文字列: MTYGVQPTGY VKKPLAVHLA EIEASMVDLF GPGVIQTEQS PLGQLNGLYA DLSYDLDERG EDLYQSFDPE QAEGSRLDIL ARYRLLSRR AGESDESFRR AITNVDRARI DLSDLSTALS AINGVSWSRV YVNEDATTDA DGIPPNTVSV AVIGGDDDEV A QLVRRYVV ...文字列:
MTYGVQPTGY VKKPLAVHLA EIEASMVDLF GPGVIQTEQS PLGQLNGLYA DLSYDLDERG EDLYQSFDPE QAEGSRLDIL ARYRLLSRR AGESDESFRR AITNVDRARI DLSDLSTALS AINGVSWSRV YVNEDATTDA DGIPPNTVSV AVIGGDDDEV A QLVRRYVV PGVGMYGNTT IETTIGGFCR RIRVIRPVLI PTSVEIDVQS RPLKNGCPPP SVNAMAAGLY TELTGPDRPG NG EDGTVYL FRKIMERLYP NVEVVDVRLS QAPAAPTTPP LVMSFFQMMS FNADDILVEI VP

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分子 #2: Pam3 baseplate wedge gp23

分子名称: Pam3 baseplate wedge gp23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: uncultured cyanophage (ファージ)
分子量理論値: 26.194811 KDa
配列文字列: MSNLCADPEA LVEARIDEVL TQYRESPYLL NLIRAYLSKL AETSMSYCDM VEKFDLDTAV GDQLTIIGRI LGFPRCHCVC DTIPVVGYD CGGSYAGSYQ LAGYCEPGSS WIHCSPYGNS ELCVDEDEIY RSLLKARRYQ MLGLYDIESL HEALQIVWGE D AMVAETKV ...文字列:
MSNLCADPEA LVEARIDEVL TQYRESPYLL NLIRAYLSKL AETSMSYCDM VEKFDLDTAV GDQLTIIGRI LGFPRCHCVC DTIPVVGYD CGGSYAGSYQ LAGYCEPGSS WIHCSPYGNS ELCVDEDEIY RSLLKARRYQ MLGLYDIESL HEALQIVWGE D AMVAETKV GQVVVTPGRS LTATETRYLP IVFRALPIAP GIKGMIHIDQ GPIAGYGDGW AGYCGGDWLC PVDPHAYTCS

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分子 #3: Pam3 sheath initiator gp21

分子名称: Pam3 sheath initiator gp21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: uncultured cyanophage (ファージ)
分子量理論値: 13.889669 KDa
配列文字列:
MAAPSRIGLA LKKNEQGIAD IYLDASGNLS MVQNTEAVGQ HARQRLMTYL GEWFLNKNVG VPWLRDLLGK GYDPVLAEAV IKAEILSTD GVTEITSFSI RFDQGRRALE AFDIEVTTEY DEETVL

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分子 #4: Pam3 tube initiator gp17

分子名称: Pam3 tube initiator gp17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: uncultured cyanophage (ファージ)
分子量理論値: 19.854342 KDa
配列文字列: MIIAFSSAIG PVPLTVVISE KHTSKVELTT NPIESGADVT DHAYVKGKEI ELEVADRNAA ATWAALVAFQ ESRVPFVLMT GLSMYRNMI ITEIDATRNA QHSKILKGTV RLREVKIVET GTAEDSSGKD GTDKNKSSNP SKDKAADAKT ADKANSGVNA G DKGGTTVA ...文字列:
MIIAFSSAIG PVPLTVVISE KHTSKVELTT NPIESGADVT DHAYVKGKEI ELEVADRNAA ATWAALVAFQ ESRVPFVLMT GLSMYRNMI ITEIDATRNA QHSKILKGTV RLREVKIVET GTAEDSSGKD GTDKNKSSNP SKDKAADAKT ADKANSGVNA G DKGGTTVA APRAQSLLKG VFGGSSASGG AAP

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分子 #5: Pam3 plug gp18

分子名称: Pam3 plug gp18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: uncultured cyanophage (ファージ)
分子量理論値: 11.724286 KDa
配列文字列:
MIELEVLDES KQKFSVILND RRVTIELWYN TTNDRWSFSL ALDGDNVVTG RRLVTGVDLL APFGLGIGAL FLLSENGEPP TRANLPLGL VKLYHATQEE IDAAISA

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分子 #6: Pam3 hub gp19

分子名称: Pam3 hub gp19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: uncultured cyanophage (ファージ)
分子量理論値: 25.201736 KDa
配列文字列: MLEVGYTPPG GGNNIGIIAK GKIRDYQHDR EGGDIISTVS CGDGDKAYRR ATISKTIPKG TPLTEVVDEI HKEMKKEGIA KGEWSFPDK VKNTQLKRPY SMCGSCTREL DTLGRSHGFY WNIQNETMEI IPGNGHLPGS LLITPDTGLI GTPTITDNGI K VKALINPE ...文字列:
MLEVGYTPPG GGNNIGIIAK GKIRDYQHDR EGGDIISTVS CGDGDKAYRR ATISKTIPKG TPLTEVVDEI HKEMKKEGIA KGEWSFPDK VKNTQLKRPY SMCGSCTREL DTLGRSHGFY WNIQNETMEI IPGNGHLPGS LLITPDTGLI GTPTITDNGI K VKALINPE ARPNRMMKVK SQVLKMNRKG EDYRISEVSF NGDNQEGDWI MTLTGEAIGG DKKVDEGKKA K

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分子 #7: Pam3 spike gp20

分子名称: Pam3 spike gp20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: uncultured cyanophage (ファージ)
分子量理論値: 23.537537 KDa
配列文字列: MTGYLGKTTN QDRDVVSAVA QSERESVWGE MPGRVVSVSA DGRTVTVQPL YKPKFNGVPT DMPVLQEVPL RQALMGGVGV TVPVKPGQN VTLRPQMRSM DNYHVEGDGS ASDSRSFSLS DMEAHIAGGE SLKDVIPNLD SENVHVRANA DGSKGMKLSP E GKVEFQGP ...文字列:
MTGYLGKTTN QDRDVVSAVA QSERESVWGE MPGRVVSVSA DGRTVTVQPL YKPKFNGVPT DMPVLQEVPL RQALMGGVGV TVPVKPGQN VTLRPQMRSM DNYHVEGDGS ASDSRSFSLS DMEAHIAGGE SLKDVIPNLD SENVHVRANA DGSKGMKLSP E GKVEFQGP EGNLLDLIAD FMELVANDKL QINYGSSAGT NHAMANKAAM LALAAKVRTT GTI

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 300 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.19 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 45155
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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