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万見
- EMDB-33631: Cryo-EM structure of the two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33631
タイトルCryo-EM structure of the two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome
マップデータmap
試料
  • 複合体: Two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome
    • 複合体: Histone H4/H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • 複合体: DNA
      • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)
      • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)
    • 複合体: Chromatin assembly factor 1 subunit A/B
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin assembly factor 1 subunit A
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin assembly factor 1 subunit B
キーワードREPLICATION-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


CAF-1 complex / chromo shadow domain binding / DNA replication-dependent chromatin assembly / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine ...CAF-1 complex / chromo shadow domain binding / DNA replication-dependent chromatin assembly / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / telomere organization / Meiotic synapsis / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / unfolded protein binding / nucleosome assembly / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / histone binding / gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / DNA replication / chromosome, telomeric region / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / DNA repair / chromatin binding / chromatin / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromatin assembly factor 1 subunit B, C-terminal domain / Chromatin assembly factor complex 1 subunit p60, C-terminal / : / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, N-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, C-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit Cac2/CHAF1B/FAS2 / Chromatin assembly factor 1 complex p150 subunit, N-terminal / CAF1 complex subunit p150, region binding to CAF1-p60 at C-term / CAF1 complex subunit p150, region binding to PCNA / Chromatin assembly factor 1 subunit A ...Chromatin assembly factor 1 subunit B, C-terminal domain / Chromatin assembly factor complex 1 subunit p60, C-terminal / : / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, N-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, C-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit Cac2/CHAF1B/FAS2 / Chromatin assembly factor 1 complex p150 subunit, N-terminal / CAF1 complex subunit p150, region binding to CAF1-p60 at C-term / CAF1 complex subunit p150, region binding to PCNA / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / G-protein, beta subunit / Histone-fold / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H4 / Histone H3.1 / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Liu CP / Yu ZY / Yu C / Xu RM
資金援助 中国, 10件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31991162 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91853204 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92153302 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31300614 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFE0203300 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0506600 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37010100 中国
Chinese Academy of Sciences2018125 中国
Chinese Academy of Sciences2017131 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural insights into histone binding and nucleosome assembly by chromatin assembly factor-1.
著者: Chao-Pei Liu / Zhenyu Yu / Jun Xiong / Jie Hu / Aoqun Song / Dongbo Ding / Cong Yu / Na Yang / Mingzhu Wang / Juan Yu / Peini Hou / Kangning Zeng / Zhenyu Li / Zhuqiang Zhang / Xinzheng Zhang ...著者: Chao-Pei Liu / Zhenyu Yu / Jun Xiong / Jie Hu / Aoqun Song / Dongbo Ding / Cong Yu / Na Yang / Mingzhu Wang / Juan Yu / Peini Hou / Kangning Zeng / Zhenyu Li / Zhuqiang Zhang / Xinzheng Zhang / Wei Li / Zhiguo Zhang / Bing Zhu / Guohong Li / Rui-Ming Xu /
要旨: Chromatin inheritance entails de novo nucleosome assembly after DNA replication by chromatin assembly factor-1 (CAF-1). Yet direct knowledge about CAF-1's histone binding mode and nucleosome assembly ...Chromatin inheritance entails de novo nucleosome assembly after DNA replication by chromatin assembly factor-1 (CAF-1). Yet direct knowledge about CAF-1's histone binding mode and nucleosome assembly process is lacking. In this work, we report the crystal structure of human CAF-1 in the absence of histones and the cryo-electron microscopy structure of CAF-1 in complex with histones H3 and H4. One histone H3-H4 heterodimer is bound by one CAF-1 complex mainly through the p60 subunit and the acidic domain of the p150 subunit. We also observed a dimeric CAF-1-H3-H4 supercomplex in which two H3-H4 heterodimers are poised for tetramer assembly and discovered that CAF-1 facilitates right-handed DNA wrapping of H3-H4 tetramers. These findings signify the involvement of DNA in H3-H4 tetramer formation and suggest a right-handed nucleosome precursor in chromatin replication.
履歴
登録2022年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年9月6日-
現状2023年9月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33631.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33631.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å		1 Å/pix.
x 256 pix.
= 256. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.038549755 - 0.30651388
平均 (標準偏差)0.0025579096 (±0.01770919)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 256.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_33631_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: sharped map

ファイルemd_33631_additional_1.map
注釈sharped map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half A map

ファイルemd_33631_half_map_1.map
注釈half_A map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half B map

ファイルemd_33631_half_map_2.map
注釈half_B map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome

全体名称: Two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome
要素
  • 複合体: Two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome
    • 複合体: Histone H4/H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3.1
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
    • 複合体: DNA
      • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)
      • DNA: Widom 601 DNA (147-MER)
    • 複合体: Chromatin assembly factor 1 subunit A/B
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin assembly factor 1 subunit A
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin assembly factor 1 subunit B

+
超分子 #1: Two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome

超分子名称: Two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: Histone H4/H3.1

超分子名称: Histone H4/H3.1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Chromatin assembly factor 1 subunit A/B

超分子名称: Chromatin assembly factor 1 subunit A/B / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5-#6

+
分子 #1: Histone H3.1

分子名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.437167 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRRYQKSTE LLIRKLPFQR LVREIAQDFK TDLRFQSSA VMALQEACEA YLVGLFEDTN LCAIHAKRVT IMPKDIQLAR RIRGERA

UniProtKB: Histone H3.1

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

UniProtKB: Histone H4

+
分子 #5: Chromatin assembly factor 1 subunit A

分子名称: Chromatin assembly factor 1 subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.228848 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: KAEITRFFQK PKTPQAPKTL AGSCGKFAPF EIKEHMVLAP RRRTAFHPDL CSQLDQLLQQ QSGEFSFLKD LKGRQPLRSG PTHVSTRNA DIFNSDVVIV ERGKGDGVPE RRKFGRMKLL QFCENHRPAY WGTWNKKTAL IRARDPWAQD TKLLDYEVDS D EEWEEEEP ...文字列:
KAEITRFFQK PKTPQAPKTL AGSCGKFAPF EIKEHMVLAP RRRTAFHPDL CSQLDQLLQQ QSGEFSFLKD LKGRQPLRSG PTHVSTRNA DIFNSDVVIV ERGKGDGVPE RRKFGRMKLL QFCENHRPAY WGTWNKKTAL IRARDPWAQD TKLLDYEVDS D EEWEEEEP GESLSHSEGD DDDDMGEDED EDDGFFVPHG YLSEDEGVTE ECADPENHKV RQKLKAKEWD EFLAKGKRFR VL QPVKIGC VWAADRDCAG DDLKVLQQFA ACFLETLPAQ EEQTPKASKR ERRDEQILAQ LLPLLHGNVN GSKVIIREFQ EHC RRGLLS NHTGSPRSPS TTYLHTPTPS EDAAIPSKSR LKRLISENSV YEKRPDFRMC WYVHPQVLQS FQQEHLPVPC QWSY VTSVP SAPKEDS

UniProtKB: Chromatin assembly factor 1 subunit A

+
分子 #6: Chromatin assembly factor 1 subunit B

分子名称: Chromatin assembly factor 1 subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.714941 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MKVITCEIAW HNKEPVYSLD FQHGTAGRIH RLASAGVDTN VRIWKVEKGP DGKAIVEFLS NLARHTKAVN VVRFSPTGEI LASGGDDAV ILLWKVNDNK EPEQIAFQDE DEAQLNKENW TVVKTLRGHL EDVYDICWAT DGNLMASASV DNTAIIWDVS K GQKISIFN ...文字列:
MKVITCEIAW HNKEPVYSLD FQHGTAGRIH RLASAGVDTN VRIWKVEKGP DGKAIVEFLS NLARHTKAVN VVRFSPTGEI LASGGDDAV ILLWKVNDNK EPEQIAFQDE DEAQLNKENW TVVKTLRGHL EDVYDICWAT DGNLMASASV DNTAIIWDVS K GQKISIFN EHKSYVQGVT WDPLGQYVAT LSCDRVLRVY SIQKKRVAFN VSKMLSGIGA EGEARSYRMF HDDSMKSFFR RL SFTPDGS LLLTPAGCVE SGENVMNTTY VFSRKNLKRP IAHLPCPGKA TLAVRCCPVY FELRPVVETG VELMSLPYRL VFA VASEDS VLLYDTQQSF PFGYVSNIHY HTLSDISWSS DGAFLAISST DGYCSFVTFE KDELGIPLKE KPVLNMRTPD TAKK TKSQT HRGSSPGPRP VEGT

UniProtKB: Chromatin assembly factor 1 subunit B

+
分子 #3: Widom 601 DNA (147-MER)

分子名称: Widom 601 DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.105727 KDa
配列文字列: (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC) ...文字列:
(DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA) (DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA) (DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT) (DA)(DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG) (DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT) (DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC) (DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT) (DA)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC) (DC)(DT)(DG)(DT)

+
分子 #4: Widom 601 DNA (147-MER)

分子名称: Widom 601 DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 45.64407 KDa
配列文字列: (DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT) ...文字列:
(DA)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG) (DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC) (DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG) (DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT) (DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC) (DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT) (DC)(DC)(DA)(DG)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Hepes, pH 7.5, 50 mM NaCl and 1 mM DTT
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 76910
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7y61:
Cryo-EM structure of the two CAF1LCs bound right-handed Di-tetrasome

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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