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- PDB-7y5o: Crystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup P21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7y5o
タイトルCrystal structure of human CAF-1 core complex in spacegroup P21
要素
  • Chromatin assembly factor 1 subunit A
  • Chromatin assembly factor 1 subunit B
  • Histone-binding protein RBBP4
キーワードREPLICATION / Histone chaperone / Chromatin assembly factor
機能・相同性
機能・相同性情報


CAF-1 complex / chromo shadow domain binding / NuRD complex / NURF complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / DNA replication-dependent chromatin assembly / ESC/E(Z) complex / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / regulation of stem cell differentiation ...CAF-1 complex / chromo shadow domain binding / NuRD complex / NURF complex / regulation of cell fate specification / negative regulation of stem cell population maintenance / DNA replication-dependent chromatin assembly / ESC/E(Z) complex / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / regulation of stem cell differentiation / Polo-like kinase mediated events / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / ATPase complex / Sin3-type complex / G1/S-Specific Transcription / positive regulation of stem cell population maintenance / Transcriptional Regulation by E2F6 / RNA Polymerase I Transcription Initiation / histone deacetylase complex / G0 and Early G1 / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / Regulation of TP53 Activity through Acetylation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / negative regulation of cell migration / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Regulation of PTEN gene transcription / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / brain development / PKMTs methylate histone lysines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / histone deacetylase binding / HCMV Early Events / unfolded protein binding / nucleosome assembly / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / Potential therapeutics for SARS / chromosome, telomeric region / DNA replication / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of cell population proliferation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Chromatin assembly factor 1 subunit B, C-terminal domain / Chromatin assembly factor complex 1 subunit p60, C-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, N-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, C-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit Cac2/CHAF1B/FAS2 / CAF1 complex subunit p150, region binding to CAF1-p60 at C-term / CAF1 complex subunit p150, region binding to PCNA / : / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 complex p150 subunit, acidic region ...Chromatin assembly factor 1 subunit B, C-terminal domain / Chromatin assembly factor complex 1 subunit p60, C-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, N-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit p150, C-terminal / Chromatin assembly factor 1 subunit Cac2/CHAF1B/FAS2 / CAF1 complex subunit p150, region binding to CAF1-p60 at C-term / CAF1 complex subunit p150, region binding to PCNA / : / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 complex p150 subunit, acidic region / Chromatin assembly factor 1 subunit A dimerization domain / : / CAF1B/HIR1 beta-propeller domain / Histone-binding protein RBBP4, N-terminal / Histone-binding protein RBBP4 or subunit C of CAF1 complex / : / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone-binding protein RBBP4 / Chromatin assembly factor 1 subunit A / Chromatin assembly factor 1 subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.57 Å
データ登録者Liu, C.P. / Wang, M.Z. / Xu, R.M.
資金援助 中国, 9件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31991162 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91853204 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)92153302 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31300614 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2019YFA0508900 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2018YFE0203300 中国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0506600 中国
Chinese Academy of SciencesXDB37010100 中国
Chinese Academy of Sciences2018125 中国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural insights into histone binding and nucleosome assembly by chromatin assembly factor-1.
著者: Chao-Pei Liu / Zhenyu Yu / Jun Xiong / Jie Hu / Aoqun Song / Dongbo Ding / Cong Yu / Na Yang / Mingzhu Wang / Juan Yu / Peini Hou / Kangning Zeng / Zhenyu Li / Zhuqiang Zhang / Xinzheng Zhang ...著者: Chao-Pei Liu / Zhenyu Yu / Jun Xiong / Jie Hu / Aoqun Song / Dongbo Ding / Cong Yu / Na Yang / Mingzhu Wang / Juan Yu / Peini Hou / Kangning Zeng / Zhenyu Li / Zhuqiang Zhang / Xinzheng Zhang / Wei Li / Zhiguo Zhang / Bing Zhu / Guohong Li / Rui-Ming Xu /
要旨: Chromatin inheritance entails de novo nucleosome assembly after DNA replication by chromatin assembly factor-1 (CAF-1). Yet direct knowledge about CAF-1's histone binding mode and nucleosome assembly ...Chromatin inheritance entails de novo nucleosome assembly after DNA replication by chromatin assembly factor-1 (CAF-1). Yet direct knowledge about CAF-1's histone binding mode and nucleosome assembly process is lacking. In this work, we report the crystal structure of human CAF-1 in the absence of histones and the cryo-electron microscopy structure of CAF-1 in complex with histones H3 and H4. One histone H3-H4 heterodimer is bound by one CAF-1 complex mainly through the p60 subunit and the acidic domain of the p150 subunit. We also observed a dimeric CAF-1-H3-H4 supercomplex in which two H3-H4 heterodimers are poised for tetramer assembly and discovered that CAF-1 facilitates right-handed DNA wrapping of H3-H4 tetramers. These findings signify the involvement of DNA in H3-H4 tetramer formation and suggest a right-handed nucleosome precursor in chromatin replication.
履歴
登録2022年6月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromatin assembly factor 1 subunit A
B: Chromatin assembly factor 1 subunit B
C: Histone-binding protein RBBP4
D: Chromatin assembly factor 1 subunit A
E: Chromatin assembly factor 1 subunit B
F: Histone-binding protein RBBP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)251,90111
ポリマ－251,4416
非ポリマー4605
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)100.613, 176.092, 100.913
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 115.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
d_1ens_1
d_2ens_1
d_1ens_2
d_2ens_2
d_1ens_3
d_2ens_3

NCSアンサンブル:
ID
ens_2
ens_1
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.427484680971, 0.00855616711953, -0.903982101338), (0.00045170553369, -0.999957106924, -0.00925096073347), (-0.904022479531, 0.00354631028029, -0.427470209706)12.1159483512, -0.457687104456, 18.9926233398
2given(0.430681524607, -0.00106179024117, -0.902503350112), (-0.00202256629513, -0.999997932285, 0.000211307924857), (-0.902501708357, 0.00173436643794, -0.430682781621)11.8427197758, -0.328664266448, 18.8310939271
3given(0.430142429646, 0.0100085963357, -0.902705554551), (-0.00758418810753, -0.999863189978, -0.0146997081074), (-0.902729178829, 0.0131692568918, -0.430007674773)12.264788257, -0.666058946612, 19.3652642417

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要素

#1: タンパク質 Chromatin assembly factor 1 subunit A / CAF-1 subunit A


分子量: 31295.924 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHAF1A
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13111
#2: タンパク質 Chromatin assembly factor 1 subunit B / CAF-1 subunit B


分子量: 46714.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHAF1B
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q13112
#3: タンパク質 Histone-binding protein RBBP4 / Retinoblastoma-binding protein 4 / RBBP-4


分子量: 47709.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RBBP4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q09028
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.31 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 7% Tacsimate, pH 6.0, 18% (w/v) PEG 3350, 0.12 M lithium citrate and 0.13 M sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.57→50 Å / Num. obs: 56505 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.4 % / Biso Wilson estimate: 50.77 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.584 / Num. unique obs: 2062

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.20_4459: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7Y5K

7y5k


解像度: 3.57→26.98 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2321 3289 5.82 %
Rwork0.2142 --
obs0.2153 56505 75.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.57→26.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15514 0 30 17 15561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.46421611
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.2092102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0442356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032790
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.57-3.620.2818620.2813804X-RAY DIFFRACTION27
3.62-3.680.2363740.28231073X-RAY DIFFRACTION36
3.68-3.740.3572660.27591270X-RAY DIFFRACTION40
3.74-3.80.2238860.26551304X-RAY DIFFRACTION45
3.8-3.870.2753970.27381544X-RAY DIFFRACTION49
3.87-3.950.2912930.26121615X-RAY DIFFRACTION54
3.95-4.030.28761240.25781842X-RAY DIFFRACTION60
4.03-4.110.26681250.24591965X-RAY DIFFRACTION66
4.11-4.210.25621360.24392158X-RAY DIFFRACTION70
4.21-4.310.28151550.23782260X-RAY DIFFRACTION74
4.31-4.430.24761450.22282431X-RAY DIFFRACTION81
4.43-4.560.22281310.20352556X-RAY DIFFRACTION82
4.56-4.710.17841600.20622609X-RAY DIFFRACTION86
4.71-4.870.20141300.19212760X-RAY DIFFRACTION91
4.87-5.070.2211580.19452921X-RAY DIFFRACTION94
5.07-5.30.2331940.20422962X-RAY DIFFRACTION97
5.3-5.570.23881900.21793008X-RAY DIFFRACTION99
5.57-5.920.26461770.23273060X-RAY DIFFRACTION100
5.92-6.370.26812040.22483008X-RAY DIFFRACTION100
6.37-70.23741960.22413028X-RAY DIFFRACTION100
7-7.990.24511960.20123010X-RAY DIFFRACTION100
7.99-9.980.18741950.17243038X-RAY DIFFRACTION99
9.99-26.980.15421950.15562990X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 9.8915 Å / Origin y: -0.2377 Å / Origin z: 7.0164 Å
111213212223313233
T0.3551 Å2-0.0077 Å20.0114 Å2-0.2827 Å2-0.0283 Å2--0.3283 Å2
L0.6644 °20.1498 °2-0.0219 °2-0.2968 °20.1311 °2--0.4721 °2
S0.0641 Å °-0.0772 Å °0.0484 Å °0.0271 Å °-0.0259 Å °-0.03 Å °-0.0309 Å °-0.0621 Å °-0.0274 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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