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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33603 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM Structure of biliverdin-bound mitochondrial ABC transporter ABCB10 from Biortus | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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キーワード | ABC transporter / biliverdin / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of heme biosynthetic process / Mitochondrial ABC transporters / mitochondrial unfolded protein response / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / heme biosynthetic process / mitochondrial transport / ABC-type transporter activity / erythrocyte development / positive regulation of erythrocyte differentiation / mitochondrial membrane ...positive regulation of heme biosynthetic process / Mitochondrial ABC transporters / mitochondrial unfolded protein response / positive regulation of hemoglobin biosynthetic process / heme biosynthetic process / mitochondrial transport / ABC-type transporter activity / erythrocyte development / positive regulation of erythrocyte differentiation / mitochondrial membrane / mitochondrial inner membrane / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å | |||||||||
データ登録者 | Cao S / Yang Y | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structures of mitochondrial ABC transporter ABCB10 in apo and biliverdin-bound form. 著者: Sheng Cao / Yihu Yang / Lili He / Yumo Hang / Xiaodong Yan / Hui Shi / Jiaquan Wu / Zhuqing Ouyang / 要旨: ABCB10, a member of ABC transporter superfamily that locates in the inner membrane of mitochondria, plays crucial roles in hemoglobin synthesis, antioxidative stress and stabilization of the iron ...ABCB10, a member of ABC transporter superfamily that locates in the inner membrane of mitochondria, plays crucial roles in hemoglobin synthesis, antioxidative stress and stabilization of the iron transporter mitoferrin-1. Recently, it was found that ABCB10 is a mitochondrial biliverdin exporter. However, the molecular mechanism of biliverdin export by ABCB10 remains elusive. Here we report the cryo-EM structures of ABCB10 in apo (ABCB10-apo) and biliverdin-bound form (ABCB10-BV) at 3.67 Å and 2.85 Å resolution, respectively. ABCB10-apo adopts a wide-open conformation and may thus represent the apo form structure. ABCB10-BV forms a closed conformation and biliverdin situates in a hydrophobic pocket in one protomer and bridges the interaction through hydrogen bonds with the opposing one. We also identify cholesterols sandwiched by BVs and discuss the export dynamics based on these structural and biochemical observations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33603.map.gz | 181.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33603-v30.xml emd-33603.xml | 18.5 KB 18.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33603_fsc.xml | 12.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33603.png | 26.1 KB | ||
マスクデータ | emd_33603_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-33603.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_33603_additional_1.map.gz emd_33603_half_map_1.map.gz emd_33603_half_map_2.map.gz | 106.9 MB 200.1 MB 200.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33603 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33603 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33603_validation.pdf.gz | 745.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33603_full_validation.pdf.gz | 744.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33603_validation.xml.gz | 21.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33603_validation.cif.gz | 27.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33603 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33603 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7y48MC 7y49C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33603.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_33603_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: original map
ファイル | emd_33603_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | original map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33603_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33603_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Complex of ABCB10 binding with biliverdin
全体 | 名称: Complex of ABCB10 binding with biliverdin |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of ABCB10 binding with biliverdin
超分子 | 名称: Complex of ABCB10 binding with biliverdin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: ATP-binding cassette sub-family B member 10, mitochondrial
分子 | 名称: ATP-binding cassette sub-family B member 10, mitochondrial タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 67.180125 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAGLPEARKL LGLAYPERRR LAAAVGFLTM SSVISMSAPF FLGKIIDVIY TNPTVDYSDN LTRLCLGLSA VFLCGAAANA IRVYLMQTS GQRIVNRLRT SLFSSILRQE VAFFDKTRTG ELINRLSSDT ALLGRSVTEN LSDGLRAGAQ ASVGISMMFF V SPNLATFV ...文字列: MAGLPEARKL LGLAYPERRR LAAAVGFLTM SSVISMSAPF FLGKIIDVIY TNPTVDYSDN LTRLCLGLSA VFLCGAAANA IRVYLMQTS GQRIVNRLRT SLFSSILRQE VAFFDKTRTG ELINRLSSDT ALLGRSVTEN LSDGLRAGAQ ASVGISMMFF V SPNLATFV LSVVPPVSII AVIYGRYLRK LTKVTQDSLA QATQLAEERI GNVRTVRAFG KEMTEIEKYA SKVDHVMQLA RK EAFARAG FFGATGLSGN LIVLSVLYKG GLLMGSAHMT VGELSSFLMY AFWVGISIGG LSSFYSELMK GLGAGGRLWE LLE REPKLP FNEGVILNEK SFQGALEFKN VHFAYPARPE VPIFQDFSLS IPSGSVTALV GPSGSGKSTV LSLLLRLYDP ASGT ISLDG HDIRQLNPVW LRSKIGTVSQ EPILFSCSIA ENIAYGADDP SSVTAEEIQR VAEVANAVAF IRNFPQGFNT VVGEK GVLL SGGQKQRIAI ARALLKNPKI LLLDQATSAL DAENEYLVQE ALDRLMDGRT VLVIAHRLST IKNANMVAVL DQGKIT EYG KHEELLSKPN GIYRKLMNKQ SFISAENLYF QGDYKDDDDK HHHHHHHHHH UniProtKB: ATP-binding cassette sub-family B member 10, mitochondrial |
-分子 #2: CHOLESTEROL
分子 | 名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: CLR |
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分子量 | 理論値: 386.654 Da |
Chemical component information | ChemComp-CLR: |
-分子 #3: Biliverdine IX Alpha
分子 | 名称: Biliverdine IX Alpha / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: IE5 |
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分子量 | 理論値: 582.646 Da |
Chemical component information | ChemComp-BLA: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4.78 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 支持フィルム - Film thickness: 10 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 70 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa / 詳細: 5W |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.5 sec. / 平均電子線量: 55.21 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |