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- EMDB-33493: TSHR-K1-70 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33493
タイトルTSHR-K1-70 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: TSHR-thyroid stimulating hormone-Gs-ML109 complex
    • タンパク質・ペプチド: Thyrotropin receptor
  • タンパク質・ペプチド: K1-70 scFv
キーワードthyroid-stimulating hormone / thyroid-stimulating hormone receptor / THS / THSR / GPCR / Gs / k1-70 / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


thyroid-stimulating hormone signaling pathway / cellular response to glycoprotein / cellular response to thyrotropin-releasing hormone / thyroid-stimulating hormone receptor activity / Hormone ligand-binding receptors / G protein-coupled peptide receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / hormone-mediated signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell-cell signaling ...thyroid-stimulating hormone signaling pathway / cellular response to glycoprotein / cellular response to thyrotropin-releasing hormone / thyroid-stimulating hormone receptor activity / Hormone ligand-binding receptors / G protein-coupled peptide receptor activity / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / hormone-mediated signaling pathway / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell-cell signaling / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / G alpha (s) signalling events / basolateral plasma membrane / cell surface receptor signaling pathway / receptor complex / G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / cell surface / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Thyrotropin receptor / Glycoprotein hormone receptor family / BspA type Leucine rich repeat region / BspA type Leucine rich repeat region (6 copies) / Leucine-rich repeat domain superfamily / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Thyrotropin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo (哺乳類) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.5 Å
データ登録者Duan J / Xu P / Luan X / Ji Y / Yuan Q / He X / Ye J / Cheng X / Jiang H / Zhang S ...Duan J / Xu P / Luan X / Ji Y / Yuan Q / He X / Ye J / Cheng X / Jiang H / Zhang S / Jiang Y / Xu HE
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32130022 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Hormone- and antibody-mediated activation of the thyrotropin receptor.
著者: Jia Duan / Peiyu Xu / Xiaodong Luan / Yujie Ji / Xinheng He / Ning Song / Qingning Yuan / Ye Jin / Xi Cheng / Hualiang Jiang / Jie Zheng / Shuyang Zhang / Yi Jiang / H Eric Xu /
要旨: Thyroid-stimulating hormone (TSH), through activation of its G-protein-coupled thyrotropin receptor (TSHR), controls the synthesis of thyroid hormone-an essential metabolic hormone. Aberrant ...Thyroid-stimulating hormone (TSH), through activation of its G-protein-coupled thyrotropin receptor (TSHR), controls the synthesis of thyroid hormone-an essential metabolic hormone. Aberrant signalling of TSHR by autoantibodies causes Graves' disease (hyperthyroidism) and hypothyroidism, both of which affect millions of patients worldwide. Here we report the active structures of TSHR with TSH and the activating autoantibody M22, both bound to the allosteric agonist ML-109, as well as an inactivated TSHR structure with the inhibitory antibody K1-70. Both TSH and M22 push the extracellular domain (ECD) of TSHR into an upright active conformation. By contrast, K1-70 blocks TSH binding and cannot push the ECD into the upright conformation. Comparisons of the active and inactivated structures of TSHR with those of the luteinizing hormone/choriogonadotropin receptor (LHCGR) reveal a universal activation mechanism of glycoprotein hormone receptors, in which a conserved ten-residue fragment (P10) from the hinge C-terminal loop mediates ECD interactions with the TSHR transmembrane domain. One notable feature is that there are more than 15 cholesterols surrounding TSHR, supporting its preferential location in lipid rafts. These structures also highlight a similar ECD-push mechanism for TSH and autoantibody M22 to activate TSHR, therefore providing the molecular basis for Graves' disease.
履歴
登録2022年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33493.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33493.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-0.0020833781 - 1.4259893
平均 (標準偏差)0.0060049323 (±0.043728396)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33493_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33493_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TSHR-thyroid stimulating hormone-Gs-ML109 complex

全体名称: TSHR-thyroid stimulating hormone-Gs-ML109 complex
要素
  • 複合体: TSHR-thyroid stimulating hormone-Gs-ML109 complex
    • タンパク質・ペプチド: Thyrotropin receptor
  • タンパク質・ペプチド: K1-70 scFv

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超分子 #1: TSHR-thyroid stimulating hormone-Gs-ML109 complex

超分子名称: TSHR-thyroid stimulating hormone-Gs-ML109 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo (哺乳類)

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分子 #1: K1-70 scFv

分子名称: K1-70 scFv / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.400182 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EVQLVQSGAE VKKPGQSLKI SCKASGYSLT DNWIGWVRQK PGKGLEWMGI IYPGDSDTRY SPSFQGQVTI SADKSINTAY LQWSSLKAS DTAIYYCVGL DWNYNPLRYW GPGTLVTVSS VLTQPPSVSA APGQKVTISC SGSSSDIGSN YVSWYQQFPG T APKLLIYD ...文字列:
EVQLVQSGAE VKKPGQSLKI SCKASGYSLT DNWIGWVRQK PGKGLEWMGI IYPGDSDTRY SPSFQGQVTI SADKSINTAY LQWSSLKAS DTAIYYCVGL DWNYNPLRYW GPGTLVTVSS VLTQPPSVSA APGQKVTISC SGSSSDIGSN YVSWYQQFPG T APKLLIYD NNKRPSAIPD RFSGSKSGTS ATLGITGLQT GDEADYYCGT WDSRLGIAVF GGGTQLTVL

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分子 #2: Thyrotropin receptor

分子名称: Thyrotropin receptor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 79.894734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GMGCSSPPCE CHQEEDFRVT CKDIQRIPSL PPSTQTLKLI ETHLRTIPSH AFSNLPNISR IYVSIDVTLQ QLESHSFYNL SKVTHIEIR NTRNLTYIDP DALKELPLLK FLGIFNTGLK MFPDLTKVYS TDIFFILEIT DNPYMTSIPV NAFQGLCNET L TLKLYNNG ...文字列:
GMGCSSPPCE CHQEEDFRVT CKDIQRIPSL PPSTQTLKLI ETHLRTIPSH AFSNLPNISR IYVSIDVTLQ QLESHSFYNL SKVTHIEIR NTRNLTYIDP DALKELPLLK FLGIFNTGLK MFPDLTKVYS TDIFFILEIT DNPYMTSIPV NAFQGLCNET L TLKLYNNG FTSVQGYAFN GTKLDAVYLN KNKYLTVIDK DAFGGVYSGP SLLDVSQTSV TALPSKGLEH LKELIARNTW TL KKLPLSL SFLHLTRADL SYPSHCCAFK NQKKIRGILE SLMCNESSMQ SLRQRKSVNN KTLKNPQEET LQAFDSHYDY TIC GDSEDM VCTPKSDEFN PCEDIMGYKF LRIVVWFVSL LALLGNVFVL LILLTSHYKL NVPRFLMCNL AFADFCMGMY LLLI ASVDL YTHSEYYNHA IDWQTGPGCN TAGFFTVFAS ELSVYTLTVI TLERWYAITF AMRLDRKIRL RHACAIMVGG WVCCF LLAL LPLVGISSYA KVSICLPMDT ETPLALAYIV FVLTLNIVAF VIVCCCYVKI YITVRNPQYN PGDKDTKIAK RMAVLI FTD FICMAPISFY ALSAILNKPL ITVSNSKILL VLFYPLNSCA NPFLYAIFTK AFQRDVFILL SKFGICKRQA QAYRGQR VP PKNSTDIQVQ KVTHDMRQGL HNMEDVYELI ENSHLTPKKQ GQISEEYMQT VLHHHHHHHH

UniProtKB: Thyrotropin receptor

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

31598

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 52479
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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