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- EMDB-33403: 3.1 Angstrom cryoEM icosahedral reconstruction of mud crab reovirus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-33403
タイトル3.1 Angstrom cryoEM icosahedral reconstruction of mud crab reovirus
マップデータ
試料
  • ウイルス: Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP11
    • タンパク質・ペプチド: VP12
キーワードReovirus / ds-RNA virus / VIRUS
機能・相同性VP3 / VP11 / VP12
機能・相同性情報
生物種Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang Q / Gao Y
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31570736 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31672677 中国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2023
タイトル: The structure of a 12-segmented dsRNA reovirus: New insights into capsid stabilization and organization.
著者: Qinfen Zhang / Yuanzhu Gao / Matthew L Baker / Shanshan Liu / Xudong Jia / Haidong Xu / Jianguo He / Jason T Kaelber / Shaoping Weng / Wen Jiang /
要旨: Infecting a wide range of hosts, members of Reovirales (formerly Reoviridae) consist of a genome with different numbers of segmented double stranded RNAs (dsRNA) encapsulated by a proteinaceous shell ...Infecting a wide range of hosts, members of Reovirales (formerly Reoviridae) consist of a genome with different numbers of segmented double stranded RNAs (dsRNA) encapsulated by a proteinaceous shell and carry out genome replication and transcription inside the virion. Several cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of reoviruses with 9, 10 or 11 segmented dsRNA genomes have revealed insights into genome arrangement and transcription. However, the structure and genome arrangement of 12-segmented Reovirales members remain poorly understood. Using cryo-EM, we determined the structure of mud crab reovirus (MCRV), a 12-segmented dsRNA virus that is a putative member of Reovirales in the non-turreted Sedoreoviridae family, to near-atomic resolutions with icosahedral symmetry (3.1 Å) and without imposing icosahedral symmetry (3.4 Å). These structures revealed the organization of the major capsid proteins in two layers: an outer T = 13 layer consisting of VP12 trimers and unique VP11 clamps, and an inner T = 1 layer consisting of VP3 dimers. Additionally, ten RNA dependent RNA polymerases (RdRp) were well resolved just below the VP3 layer but were offset from the 5-fold axes and arranged with D5 symmetry, which has not previously been seen in other members of Reovirales. The N-termini of VP3 were shown to adopt four unique conformations; two of which anchor the RdRps, while the other two conformations are likely involved in genome organization and capsid stability. Taken together, these structures provide a new level of understanding for capsid stabilization and genome organization of segmented dsRNA viruses.
履歴
登録2022年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月19日-
マップ公開2023年4月19日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_33403.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_33403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 800 pix.
= 872. Å		1.09 Å/pix.
x 800 pix.
= 872. Å		1.09 Å/pix.
x 800 pix.
= 872. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.0
最小 - 最大-18.669975000000001 - 33.444470000000003
平均 (標準偏差)0.060877405 (±1.5583369)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-400-400-400
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 872.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_33403_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_33403_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Scylla serrata reovirus SZ-2007

全体名称: Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP11
    • タンパク質・ペプチド: VP12

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超分子 #1: Scylla serrata reovirus SZ-2007

超分子名称: Scylla serrata reovirus SZ-2007 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 458682 / 生物種: Scylla serrata reovirus SZ-2007 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Scylla serrata (ノコギリガザミ)

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分子 #1: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
分子量理論値: 97.019383 KDa
配列文字列: MASTTRLVND RKQLEQQVKD DARILADARG LNITTVANDS ATGGQAIRNV GPNDEATIKA LDNVIKQIEA LSVIVNRSEK ADDAQILGP NTYKQLLEHL FSPEENVYIL LPIQAYTGGV IDRRDASFSN FAYSIASKLM MELSAATHNK IFTDYTRIAA S ALGPEIST ...文字列:
MASTTRLVND RKQLEQQVKD DARILADARG LNITTVANDS ATGGQAIRNV GPNDEATIKA LDNVIKQIEA LSVIVNRSEK ADDAQILGP NTYKQLLEHL FSPEENVYIL LPIQAYTGGV IDRRDASFSN FAYSIASKLM MELSAATHNK IFTDYTRIAA S ALGPEIST EGMPLFSLIE SLELTEAETS RLPVIQDSMV IQKSTATVGN AQQGISTINI KRVPFVGSAF QQVIDQLLWE YS TTSLTTK EQRRQRITEM VNDRRIMIQK LTLAEKPQVM RHVTTEINND LFFKMSPVAQ LYIYHLDRAF LDGVGFTPLA EKQ QQLQLQ LKTNILTANL IRSAINGMNT ESNLEVAIKM MQAAQLHRAS IEIAFPMNVS LSPEIIVQCF IVWMSIPEQL LSDR SNFII AAVIWAGFSA DDSYADIMRR SARASDRQNY DIIKAALSSR KFKLPRASTT LFDENEPVVR RYQIGRVYAP FPVDR YGSP VYSNCTKVEL ASDYNAEGFT IRKDDFRALQ AVLRIDEDRA ADMFTTLRIM ISSIPAVWYD AEVVHYPHTA VELEQL AAY GLTGAYPRTN HSVDTIVKTV NNISATYSTI AQMLSTIDLD PTRYGTSESI DKFKIAWENV ESVLNMEGND FVKTIMY AY EDNFPKKDFY MMLKQIASDG QGAHPIAAAI DQLRTIVYRE PERFGYIDSV ILTHNPDVDT AYNRFFHLHP IVTNQPSN T IKNAQLWNEM RLEQQVEHIK AGPVRIIGPF HVTYNYLSEE EDMPATSHII MKDNMILNDH LTFNFVKRER RNNKKRVSS FRYKAVEMYV AVRISRFQLE VLRDLHDLVR SRTYLDVSKS PLATTPIRVV EYVR

UniProtKB: VP3

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分子 #2: VP11

分子名称: VP11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
分子量理論値: 23.750701 KDa
配列文字列: MNWSKAINFQ PFMLETRPPL TTIPIMDQLV EIGERSNQKW SMTDRLFFAI RKINPIFVTS SQIPSKFDYT ILQMPTQLIA SLKETLLFL AFSYYLREYQ DKVGQMKFYP VAMKNMIPIV NYLKDRVHNN FDTTLEQAYR QNVVHTLSAS DAFDLLSGMI A TTRLDLIQ ...文字列:
MNWSKAINFQ PFMLETRPPL TTIPIMDQLV EIGERSNQKW SMTDRLFFAI RKINPIFVTS SQIPSKFDYT ILQMPTQLIA SLKETLLFL AFSYYLREYQ DKVGQMKFYP VAMKNMIPIV NYLKDRVHNN FDTTLEQAYR QNVVHTLSAS DAFDLLSGMI A TTRLDLIQ RTRICPELLN VLNKMSFILI YAPNRPSILS WKNQS

UniProtKB: VP11

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分子 #3: VP12

分子名称: VP12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Scylla serrata reovirus SZ-2007 (ウイルス)
分子量理論値: 29.730963 KDa
配列文字列: MNLEINNFAP AISSIGSQLC SLSAQKLLTC RKQYGNGAKS FEEFYAEIGG IIGMMGINSQ TPSGIREAIY RLYQSAFLFG DIFPESFGI QNTQNIKPPP GFTAPAKKLE VVLPQGGAFD LIYNNGEIRV TTTRNVQAGD LVCTVTFPIQ GSVIATRNCH V NEIGGQLT ...文字列:
MNLEINNFAP AISSIGSQLC SLSAQKLLTC RKQYGNGAKS FEEFYAEIGG IIGMMGINSQ TPSGIREAIY RLYQSAFLFG DIFPESFGI QNTQNIKPPP GFTAPAKKLE VVLPQGGAFD LIYNNGEIRV TTTRNVQAGD LVCTVTFPIQ GSVIATRNCH V NEIGGQLT TTRPEIIASV PMPARTVIVA SFDAIEIGYG EGDDLFAIGI AILSNRFNGQ ITPMSRHNYM TQMFANLPAN MS ERDSSAV LHFAQAAPVV LGMMERLTGA PKWVLDY

UniProtKB: VP12

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-16 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3595 / 平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.6 µm / 倍率（補正後）: 128440 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 58095
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: jspr (ver. 2014) / 使用した粒子像数: 58095
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: jspr (ver. 2014)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: jspr (ver. 2014)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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