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万見- EMDB-33251: Nucleotide-depleted F1 domain of FoF1-ATPase from Bacillus PS3, state1 -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33251 | |||||||||||||||
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タイトル | Nucleotide-depleted F1 domain of FoF1-ATPase from Bacillus PS3, state1 | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ATP synthase F1 ATPase FoF1 / MOTOR PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 proton motive force-driven plasma membrane ATP synthesis / proton-transporting ATP synthase complex, catalytic core F(1) / H+-transporting two-sector ATPase / proton-transporting ATPase activity, rotational mechanism / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / ADP binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Bacillus sp. PS3 (バクテリア) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Nakano A / Kishikawa J / Nakanishi A / Mitsuoka K / Yokoyama K | |||||||||||||||
資金援助 | 日本, 4件
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引用 | ジャーナル: PNAS Nexus / 年: 2022 タイトル: Structural basis of unisite catalysis of bacterial FF-ATPase. 著者: Atsuki Nakano / Jun-Ichi Kishikawa / Atsuko Nakanishi / Kaoru Mitsuoka / Ken Yokoyama / 要旨: Adenosine triphosphate (ATP) synthases (FF-ATPases) are crucial for all aerobic organisms. F, a water-soluble domain, can catalyze both the synthesis and hydrolysis of ATP with the rotation of the ...Adenosine triphosphate (ATP) synthases (FF-ATPases) are crucial for all aerobic organisms. F, a water-soluble domain, can catalyze both the synthesis and hydrolysis of ATP with the rotation of the central rotor inside a cylinder made of in three different conformations (referred to as , , and ). In this study, we determined multiple cryo-electron microscopy structures of bacterial FF exposed to different reaction conditions. The structures of nucleotide-depleted FF indicate that the ε subunit directly forces to adopt a closed form independent of the nucleotide binding to . The structure of FF under conditions that permit only a single catalytic subunit per enzyme to bind ATP is referred to as unisite catalysis and reveals that ATP hydrolysis unexpectedly occurs on instead of , where ATP hydrolysis proceeds in the steady-state catalysis of FF. This indicates that the unisite catalysis of bacterial FF significantly differs from the kinetics of steady-state turnover with continuous rotation of the shaft. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33251.map.gz | 140.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33251-v30.xml emd-33251.xml | 22.8 KB 22.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_33251_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_33251.png | 106.1 KB | ||
マスクデータ | emd_33251_msk_1.map | 178 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-33251.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_33251_additional_1.map.gz emd_33251_half_map_1.map.gz emd_33251_half_map_2.map.gz | 166.8 MB 140.8 MB 140.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33251 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33251 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33251_validation.pdf.gz | 1004.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33251_full_validation.pdf.gz | 1004.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33251_validation.xml.gz | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33251_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33251 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33251 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33251.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.01 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_33251_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_33251_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33251_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33251_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FoF1 from Bacillus PS3
全体 | 名称: FoF1 from Bacillus PS3 |
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要素 |
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-超分子 #1: FoF1 from Bacillus PS3
超分子 | 名称: FoF1 from Bacillus PS3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 530 KDa |
-分子 #1: ATP synthase subunit alpha
分子 | 名称: ATP synthase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 54.848598 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSIRAEEISA LIKQQIENYE SQIQVSDVGT VIQVGDGIAR AHGLDNVMSG ELVEFANGVM GMALNLEENN VGIVILGPYT GIKEGDEVR RTGRIMEVPV GEALIGRVVN PLGQPVDGLG PVETTETRPI ESPAPGVMDR RSVHEPLQTG IKAIDALVPI G RGQRELII ...文字列: MSIRAEEISA LIKQQIENYE SQIQVSDVGT VIQVGDGIAR AHGLDNVMSG ELVEFANGVM GMALNLEENN VGIVILGPYT GIKEGDEVR RTGRIMEVPV GEALIGRVVN PLGQPVDGLG PVETTETRPI ESPAPGVMDR RSVHEPLQTG IKAIDALVPI G RGQRELII GDRQTGKTSV AIDTIINQKD QNMISIYVAI GQKESTVRTV VETLRKHGAL DYTIVVTASA SQPAPLLFLA PY AGVAMGE YFMYKGKHVL VVYDDLSKQA AAYRELSLLL RRPPGREAYP GDIFYLHSRL LERAAKLSDA KGGGSLTALP FVE TQAGDI SAYIPTNVIS ITDGQIFLQS DLFFSGVRPA INAGLSVSRV GGAAQIKAMK KVAGTLRLDL AAYRELEAFA QFGS DLDKA TQAKLARGAR TVEVLKQDLH QPIPVEKQVL IIYALTRGFL DDIPVEDVRR FEKEFYLFLD QNGQHLLEHI RTTKD LPNE DDLNKAIEAF KKTFVVSQ UniProtKB: ATP synthase subunit alpha |
-分子 #2: ATP synthase subunit beta
分子 | 名称: ATP synthase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO / EC番号: H+-transporting two-sector ATPase |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 53.424625 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHHHHHHHHH HMTRGRVIQV MGPVVDVKFE NGHLPAIYNA LKIQHKARNE NEVDIDLTLE VALHLGDDTV RTIAMASTDG LIRGMEVID TGAPISVPVG EVTLGRVFNV LGEPIDLEGD IPADARRDPI HRPAPKFEEL ATEVEILETG IKVVDLLAPY I KGGKIGLF ...文字列: MHHHHHHHHH HMTRGRVIQV MGPVVDVKFE NGHLPAIYNA LKIQHKARNE NEVDIDLTLE VALHLGDDTV RTIAMASTDG LIRGMEVID TGAPISVPVG EVTLGRVFNV LGEPIDLEGD IPADARRDPI HRPAPKFEEL ATEVEILETG IKVVDLLAPY I KGGKIGLF GGAGVGKTVL IQELIHNIAQ EHGGISVFAG VGERTREGND LYHEMKDSGV ISKTAMVFGQ MNEPPGARMR VA LTGLTMA EYFRDEQGQD VLLFIDNIFR FTQAGSEVSA LLGRMPSAVG YQPTLATEMG QLQERITSTA KGSITSIQAI YVP ADDYTD PAPATTFSHL DATTNLERKL AEMGIYPAVD PLASTSRALA PEIVGEEHYQ VARKVQQTLQ RYKELQDIIA ILGM DELSD EDKLVVHRAR RIQFFLSQNF HVAEQFTGQP GSYVPVKETV RGFKEILEGK YDHLPEDAFR LVGRIEEVVE KAKAM GVEV UniProtKB: ATP synthase subunit beta |
-分子 #3: ATP synthase gamma chain
分子 | 名称: ATP synthase gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 31.859523 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MASLRDIKTR INATKKTSQI TKAMEMVSTS KLNRAEQNAK SFVPYMEKIQ EVVANVALGA GGASHPMLVS RPVKKTGYLV ITSDRGLAG AYNSNVLRLV YQTIQKRHAS PDEYAIIVIG RVGLSFFRKR NMPVILDITR LPDQPSFADI KEIARKTVGL F ADGTFDEL ...文字列: MASLRDIKTR INATKKTSQI TKAMEMVSTS KLNRAEQNAK SFVPYMEKIQ EVVANVALGA GGASHPMLVS RPVKKTGYLV ITSDRGLAG AYNSNVLRLV YQTIQKRHAS PDEYAIIVIG RVGLSFFRKR NMPVILDITR LPDQPSFADI KEIARKTVGL F ADGTFDEL YMYYNHYVSA IQQEVTERKL LPLTDLAENK QRTVYEFEPS QEEILDVLLP QYAESLIYGA LLDAKASEHA AR MTAMKNA TDNANELIRT LTLSYNRARQ AAITQEITEI VAGANALQ UniProtKB: ATP synthase gamma chain |
-分子 #4: ATP synthase epsilon chain
分子 | 名称: ATP synthase epsilon chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bacillus sp. PS3 (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 14.585905 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKTIHVSVVT PDGPVYEDDV EMVSVKAKSG ELGILPGHIP LVAPLEISAA RLKKGGKTQY IAVSGGFLEV RPDKVTILAQ AAERAEDID VLRAKAAKER AERRLQSQQD DIDFKRAELA LKRAMNRLSV AEMK UniProtKB: ATP synthase epsilon chain |
-分子 #5: HYDROGENPHOSPHATE ION
分子 | 名称: HYDROGENPHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: PI |
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分子量 | 理論値: 95.979 Da |
Chemical component information | ChemComp-PI: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9625 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |