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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Stationary phase of growth | |||||||||||||||
![]() | Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Stationary Phase of growth | |||||||||||||||
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![]() | 50S Subunit / Domain IV of 23S rRNA / Alternate conformation / Helix 68 / RIBOSOME | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome ...large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||
![]() | Sengupta J / Baid P | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM captures a unique conformational rearrangement in 23S rRNA helices of the Mycobacterium 50S subunit. 著者: Priya Baid / Jayati Sengupta / ![]() 要旨: Structural investigations of the ribosomes isolated from pathogenic and non-pathogenic Mycobacterium species have identified several mycobacteria-specific structural features of ribosomal RNA and ...Structural investigations of the ribosomes isolated from pathogenic and non-pathogenic Mycobacterium species have identified several mycobacteria-specific structural features of ribosomal RNA and proteins. Here, we report structural evidence of a hitherto unknown conformational switch of mycobacterium 23S rRNA helices (H54a and H67-H71). Cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures (~3-4 Å) of the M. smegmatis (Msm) log-phase 50S ribosomal subunit revealed conformational variability in H67-H71 region of the 23S rRNA, and manifested that, while H68 possesses the usual stretched conformation in one class of the maps, another one exhibits a bulge-out, fused density of H68-H69 at the inter-subunit surface, indicating an intrinsic dynamics of these rRNA helices. Remarkably, altered conformation of H68 forming a more prominent bulge-out structure at the inter-subunit surface of the 50S subunit due to the conformational rearrangements of 23S rRNA H67-H71 region was clearly visualized in a 3 Å cryo-EM map of the 50S subunit obtained from the stationary phase ribosome dataset. The Msm50S subunit having such bulge-out conformation at the intersubunit surface would be incompatible for associating with the 30S subunit due to its inability to form major inter-subunit bridges. Evidently, availability of active 70S ribosome pool can be modulated by stabilizing either one of the H68 conformation. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 9.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 52.5 KB 52.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 134.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 10.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 128.9 MB 128.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 725.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 725.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7xamMC ![]() 7y41C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Stationary Phase of growth | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.38 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Stationary Phase...
ファイル | emd_33096_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Stationary Phase of growth Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Stationary Phase...
ファイル | emd_33096_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Stationary Phase of growth Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Stationary Pha...
+超分子 #1: Mycobacterium smegmatis 50S ribosomal subunit from Stationary Pha...
+分子 #1: 50S ribosomal protein bL37
+分子 #4: 50S ribosomal protein L2
+分子 #5: 50S ribosomal protein L3
+分子 #6: 50S ribosomal protein L4
+分子 #7: 50S ribosomal protein L5
+分子 #8: 50S ribosomal protein L6
+分子 #9: 50S ribosomal protein L9
+分子 #10: 50S ribosomal protein L10
+分子 #11: 50S ribosomal protein L11
+分子 #12: 50S ribosomal protein L13
+分子 #13: 50S ribosomal protein L14
+分子 #14: 50S ribosomal protein L15
+分子 #15: 50S ribosomal protein L16
+分子 #16: 50S ribosomal protein L17
+分子 #17: 50S ribosomal protein L18
+分子 #18: 50S ribosomal protein L19
+分子 #19: 50S ribosomal protein L20
+分子 #20: 50S ribosomal protein L21
+分子 #21: 50S ribosomal protein L22
+分子 #22: 50S ribosomal protein L23
+分子 #23: 50S ribosomal protein L24
+分子 #24: 50S ribosomal protein L25
+分子 #25: 50S ribosomal protein L27
+分子 #26: 50S ribosomal protein L28
+分子 #27: 50S ribosomal protein L29
+分子 #28: 50S ribosomal protein L30
+分子 #29: 50S ribosomal protein L32
+分子 #30: 50S ribosomal protein L33 1
+分子 #31: 50S ribosomal protein L34
+分子 #32: 50S ribosomal protein L35
+分子 #33: 50S ribosomal protein L36
+分子 #34: 50S ribosomal protein L31
+分子 #2: 23S rRNA
+分子 #3: 5S rRNA
+分子 #35: MAGNESIUM ION
+分子 #36: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 54.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 3.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |