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万見
- EMDB-32476: Apo human Nav1.8 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32476
タイトルApo human Nav1.8
マップデータ
試料
  • 複合体: sodium channel II
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 10 subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
機能・相同性
機能・相同性情報


bundle of His cell action potential / AV node cell action potential / clathrin complex / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / sensory perception / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of monoatomic ion transmembrane transport ...bundle of His cell action potential / AV node cell action potential / clathrin complex / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / sensory perception / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / membrane depolarization during action potential / voltage-gated sodium channel complex / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / Interaction between L1 and Ankyrins / voltage-gated sodium channel activity / odontogenesis of dentin-containing tooth / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of cardiac muscle contraction / sodium ion transmembrane transport / regulation of heart rate / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / axon / glutamatergic synapse / extracellular exosome / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / Sodium ion transport-associated / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Sodium channel protein type 10 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yan N / Pan XJ / Huang XS / Huang GX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Other government 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2022
タイトル: Structural basis for high-voltage activation and subtype-specific inhibition of human Na1.8.
著者: Xiaoshuang Huang / Xueqin Jin / Gaoxingyu Huang / Jian Huang / Tong Wu / Zhangqiang Li / Jiaofeng Chen / Fang Kong / Xiaojing Pan / Nieng Yan /
要旨: The dorsal root ganglia-localized voltage-gated sodium (Na) channel Na1.8 represents a promising target for developing next-generation analgesics. A prominent characteristic of Na1.8 is the ...The dorsal root ganglia-localized voltage-gated sodium (Na) channel Na1.8 represents a promising target for developing next-generation analgesics. A prominent characteristic of Na1.8 is the requirement of more depolarized membrane potential for activation. Here we present the cryogenic electron microscopy structures of human Na1.8 alone and bound to a selective pore blocker, A-803467, at overall resolutions of 2.7 to 3.2 Å. The first voltage-sensing domain (VSD) displays three different conformations. Structure-guided mutagenesis identified the extracellular interface between VSD and the pore domain (PD) to be a determinant for the high-voltage dependence of activation. A-803467 was clearly resolved in the central cavity of the PD, clenching S6. Our structure-guided functional characterizations show that two nonligand binding residues, Thr397 on S6 and Gly1406 on S6, allosterically modulate the channel's sensitivity to A-803467. Comparison of available structures of human Na channels suggests the extracellular loop region to be a potential site for developing subtype-specific pore-blocking biologics.
履歴
登録2021年12月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月3日-
マップ公開2022年8月3日-
更新2022年9月21日-
現状2022年9月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32476.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32476.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.12 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.12 Å		1.08 Å/pix.
x 256 pix.
= 277.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0249
最小 - 最大-0.15255815 - 0.22494137
平均 (標準偏差)0.00017945854 (±0.005713336)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 277.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : sodium channel II

全体名称: sodium channel II
要素
  • 複合体: sodium channel II
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 10 subunit alpha
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine

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超分子 #1: sodium channel II

超分子名称: sodium channel II / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium channel protein type 10 subunit alpha

分子名称: Sodium channel protein type 10 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 220.9035 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEFPIGSLET NNFRRFTPES LVEIEKQIAA KQGTKKAREK HREQKDQEEK PRPQLDLKAC NQLPKFYGEL PAELIGEPLE DLDPFYSTH RTFMVLNKGR TISRFSATRA LWLFSPFNLI RRTAIKVSVH SWFSLFITVT ILVNCVCMTR TDLPEKIEYV F TVIYTFEA ...文字列:
MEFPIGSLET NNFRRFTPES LVEIEKQIAA KQGTKKAREK HREQKDQEEK PRPQLDLKAC NQLPKFYGEL PAELIGEPLE DLDPFYSTH RTFMVLNKGR TISRFSATRA LWLFSPFNLI RRTAIKVSVH SWFSLFITVT ILVNCVCMTR TDLPEKIEYV F TVIYTFEA LIKILARGFC LNEFTYLRDP WNWLDFSVIT LAYVGTAIDL RGISGLRTFR VLRALKTVSV IPGLKVIVGA LI HSVKKLA DVTILTIFCL SVFALVGLQL FKGNLKNKCV KNDMAVNETT NYSSHRKPDI YINKRGTSDP LLCGNGSDSG HCP DGYICL KTSDNPDFNY TSFDSFAWAF LSLFRLMTQD SWERLYQQTL RTSGKIYMIF FVLVIFLGSF YLVNLILAVV TMAY EEQNQ ATTDEIEAKE KKFQEALEML RKEQEVLAAL GIDTTSLHSH NGSPLTSKNA SERRHRIKPR VSEGSTEDNK SPRSD PYNQ RRMSFLGLAS GKRRASHGSV FHFRSPGRDI SLPEGVTDDG VFPGDHESHR GSLLLGGGAG QQGPLPRSPL PQPSNP DSR HGEDEHQPPP TSELAPGAVD VSAFDAGQKK TFLSAEYLDE PFRAQRAMSV VSIITSVLEE LEESEQKCPP CLTSLSQ KY LIWDCCPMWV KLKTILFGLV TDPFAELTIT LCIVVNTIFM AMEHHGMSPT FEAMLQIGNI VFTIFFTAEM VFKIIAFD P YYYFQKKWNI FDCIIVTVSL LELGVAKKGS LSVLRSFRLL RVFKLAKSWP TLNTLIKIIG NSVGALGNLT IILAIIVFV FALVGKQLLG ENYRNNRKNI SAPHEDWPRW HMHDFFHSFL IVFRILCGEW IENMWACMEV GQKSICLILF LTVMVLGNLV VLNLFIALL LNSFFADNLT APEDDGEVNN LQVALARIQV FGHRTKQALC SFFSRSCPFP QPKAEPELVV KLPLSSSKAE N HIAANTAR GSSGGLQAPR GPRDEHSDFI ANPTVWVSVP IAEGESDLDD LEDDGGEDAQ SFQQEVIPKG QQEQLQQVER CG DHLTPRS PGTGTSSEDL APSLGETWKD ESVPQVPAEG VDDTSSSEGS TVDCLDPEEI LRKIPELADD LEEPDDCFTE GCI RHCPCC KLDTTKSPWD VGWQVRKTCY RIVEHSWFES FIIFMILLSS GSLAFEDYYL DQKPTVKALL EYTDRVFTFI FVFE MLLKW VAYGFKKYFT NAWCWLDFLI VNISLISLTA KILEYSEVAP IKALRTLRAL RPLRALSRFE GMRVVVDALV GAIPS IMNV LLVCLIFWLI FSIMGVNLFA GKFWRCINYT DGEFSLVPLS IVNNKSDCKI QNSTGSFFWV NVKVNFDNVA MGYLAL LQV ATFKGWMDIM YAAVDSREVN MQPKWEDNVY MYLYFVIFII FGGFFTLNLF VGVIIDNFNQ QKKKLGGQDI FMTEEQK KY YNAMKKLGSK KPQKPIPRPL NKFQGFVFDI VTRQAFDITI MVLICLNMIT MMVETDDQSE EKTKILGKIN QFFVAVFT G ECVMKMFALR QYYFTNGWNV FDFIVVVLSI ASLIFSAILK SLQSYFSPTL FRVIRLARIG RILRLIRAAK GIRTLLFAL MMSLPALFNI GLLLFLVMFI YSIFGMSSFP HVRWEAGIDD MFNFQTFANS MLCLFQITTS AGWDGLLSPI LNTGPPYCDP NLPNSNGTR GDCGSPAVGI IFFTTYIIIS FLIMVNMYIA VILENFNVAT EESTEPLSED DFDMFYETWE KFDPEATQFI T FSALSDFA DTLSGPLRIP KPNRNILIQM DLPLVPGDKI HCLDILFAFT KNVLGESGEL DSLKANMEEK FMATNLSKSS YE PIATTLR WKQEDISATV IQKAYRSYVL HRSMALSNTP CVPRAEEEAA SLPDEGFVAF TANENCVLPD KSETASATSF PPS YESVTR GLSDRVNMRT SSSIQNEDEA TSMELIAPGP

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #5: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 3 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジオレオイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン / DOPC, リン脂質*YM

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分子 #6: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 8 / 式: LPE
分子量理論値: 510.708 Da
Chemical component information

ChemComp-LPE:
1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O-オクタデシル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン

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分子 #7: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 410478
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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