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- EMDB-32465: Subcomplexes A and E in NDH complex from Arabidopsis -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32465
タイトルSubcomplexes A and E in NDH complex from Arabidopsis
マップデータ
試料
  • 複合体: Subcomplex A and E in NDH complex from Arabidopsis
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NdhO
    • タンパク質・ペプチド: NdhT
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードSubcomplex A / subcomplex E / supercomplex / Arabidopsis / plant / cyclic electron transport / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / NADH dehydrogenase complex (plastoquinone) assembly / cellular response to sulfate starvation / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADPH dehydrogenase activity / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plastid ...NAD(P)H dehydrogenase complex (plastoquinone) / NADH dehydrogenase complex (plastoquinone) assembly / cellular response to sulfate starvation / thylakoid membrane / chloroplast thylakoid / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADPH dehydrogenase activity / chloroplast envelope / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / plastid / chloroplast stroma / photosynthesis, light reaction / : / photosynthetic electron transport in photosystem I / mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / chloroplast thylakoid membrane / mitochondrial respiratory chain complex I assembly / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / defense response to fungus / electron transport coupled proton transport / photosynthesis / aerobic respiration / chloroplast / NAD binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / iron ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / Cyanobacterial and plastid NDH-1 subunit M / NADH dehydrogenase transmembrane subunit / NADH-quinone oxidoreductase cyanobacterial subunit N / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / 4Fe-4S dicluster domain ...NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit O / Cyanobacterial and plant NDH-1 subunit O / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L / NAD(P)H-quinone oxidoreductase, subunit N / Cyanobacterial and plastid NDH-1 subunit M / NADH dehydrogenase transmembrane subunit / NADH-quinone oxidoreductase cyanobacterial subunit N / NADH-plastoquinone oxidoreductase, subunit I / 4Fe-4S dicluster domain / Respiratory-chain NADH dehydrogenase 20 Kd subunit signature. / NADH-ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / NADH-quinone oxidoreductase, chain I / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit D/H / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 49kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 49 Kd subunit signature. / NADH-quinone oxidoreductase, subunit D / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 49 Kd subunit / NADH dehydrogenase, subunit C / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit, conserved site / Respiratory chain NADH dehydrogenase 30 Kd subunit signature. / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase, 30kDa subunit superfamily / Respiratory-chain NADH dehydrogenase, 30 Kd subunit / NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit / NADH ubiquinone oxidoreductase, 20 Kd subunit / [NiFe]-hydrogenase, large subunit / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NdhO / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic / NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.33 Å
データ登録者Pan XW / Li M
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0503702 中国
Chinese Academy of SciencesXDB27020106 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770778 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31930064 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31970264 中国
引用ジャーナル: Mol Plant / 年: 2022
タイトル: Supramolecular assembly of chloroplast NADH dehydrogenase-like complex with photosystem I from Arabidopsis thaliana.
著者: Xiaodong Su / Duanfang Cao / Xiaowei Pan / Lifang Shi / Zhenfeng Liu / Luca Dall'Osto / Roberto Bassi / Xinzheng Zhang / Mei Li /
要旨: Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane- ...Cyclic electron transport/flow (CET/CEF) in chloroplasts is a regulatory process essential for the optimization of plant photosynthetic efficiency. A crucial CEF pathway is catalyzed by a membrane-embedded NADH dehydrogenase-like (NDH) complex that contains at least 29 protein subunits and associates with photosystem I (PSI) to form the NDH-PSI supercomplex. Here, we report the 3.9 Å resolution structure of the Arabidopsis thaliana NDH-PSI (AtNDH-PSI) supercomplex. We constructed structural models for 26 AtNDH subunits, among which 11 are unique to chloroplasts and stabilize the core part of the NDH complex. In the supercomplex, one NDH can bind up to two PSI-light-harvesting complex I (PSI-LHCI) complexes at both sides of its membrane arm. Two minor LHCIs, Lhca5 and Lhca6, each present in one PSI-LHCI, interact with NDH and contribute to supercomplex formation and stabilization. Collectively, our study reveals the structural details of the AtNDH-PSI supercomplex assembly and provides a molecular basis for further investigation of the regulatory mechanism of CEF in plants.
履歴
登録2021年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7wfg
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7wfg
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_32465.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32465.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.026721116 - 0.123644345
平均 (標準偏差)0.00014574431 (±0.0020968139)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-200-200-200
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 416.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z416.000416.000416.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ139118109
NX/NY/NZ123164187
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-200-200-200
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0270.1240.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Subcomplex A and E in NDH complex from Arabidopsis

全体名称: Subcomplex A and E in NDH complex from Arabidopsis
要素
  • 複合体: Subcomplex A and E in NDH complex from Arabidopsis
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic
    • タンパク質・ペプチド: NdhO
    • タンパク質・ペプチド: NdhT
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Subcomplex A and E in NDH complex from Arabidopsis

超分子名称: Subcomplex A and E in NDH complex from Arabidopsis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

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分子 #1: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 45.553637 KDa
配列文字列: MKRPVTGKDL MIVNMGPHHP SMHGVLRLIV TLDGEDVVDC EPILGYLHRG MEKIAENRAI IQYLPYVTRW DYLATMFTEA ITVNGPEQL GNIQVPKRAS YIRVIMLELS RIASHLLWLG PFMADIGAQT PFFYIFRERE FVYDLFEAAT GMRMMHNFFR I GGIAADLP ...文字列:
MKRPVTGKDL MIVNMGPHHP SMHGVLRLIV TLDGEDVVDC EPILGYLHRG MEKIAENRAI IQYLPYVTRW DYLATMFTEA ITVNGPEQL GNIQVPKRAS YIRVIMLELS RIASHLLWLG PFMADIGAQT PFFYIFRERE FVYDLFEAAT GMRMMHNFFR I GGIAADLP YGWIDKCLDF CDYFLTEVVE YQKLITRNPI FLERVEGVGI IGGEEAINWG LSGPMLRASG IPWDLRKIDR YE SYDEFEW EIQWQKQGDS LARYLVRLSE MTESIKIIQQ ALEGLPGGPY ENLESRGFDR KRNPEWNDFE YRFISKKPSP TFE LSKQEL YVRVEAPKGE LGIFLIGDQS GFPWRWKIRP PGFINLQILP ELVKRMKLAD IMTILGSIDI IMGEVDR

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit H, chloroplastic

+
分子 #2: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 20.107314 KDa
配列文字列:
MLPMITGFMN YGQQTLRAAR YIGQGFMITL SHTNRLPVTI QYPYEKLITS ERFRGRIHFE FDKCIACEVC VRVCPIDLPV VDWKLETNI RKKRLLNYSI DFGICIFCGN CVEYCPTNCL SMTEEYEFST YDRHELNYNQ IALGRLPMSV IDDYTIRTIW N SPQTKNGV NPLI

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit I, chloroplastic

+
分子 #3: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 18.57916 KDa
配列文字列:
MQGTLSVWLA KRGLVHRSLG FDYQGIETLQ IKPEDWHSIA VILYVYGYNY LRSQCAYDVA PGGLLASVYH LTRIEYGVNQ AEEVCIKVF THRSNPRIPS VFWVWKSTDF QERESYDMLG ITYDSHPRLK RILMPESWIG WPLRKDYIAP NFYEIQDAY

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit J, chloroplastic

+
分子 #4: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 25.39627 KDa
配列文字列: MNSIKFPILD RTTKNSVIST TLNDLSNWSR LSSLWPLLYG TSCCFIEFAS LIGSRFDFDR YGLVPRSSPR QADLILTAGT VTMKMAPSL VRLYEQMPEP KYVIAMGACT ITGGMFSTDS YSTVRGVDKL IPVDVYLPGC PPKPEAVIDA ITKLRKKIAR E IYKDRIRP ...文字列:
MNSIKFPILD RTTKNSVIST TLNDLSNWSR LSSLWPLLYG TSCCFIEFAS LIGSRFDFDR YGLVPRSSPR QADLILTAGT VTMKMAPSL VRLYEQMPEP KYVIAMGACT ITGGMFSTDS YSTVRGVDKL IPVDVYLPGC PPKPEAVIDA ITKLRKKIAR E IYKDRIRP QQGNRCFTTN HKFFVVRSPH IGNYDQELLY PPSSTSEIST ETFFKYKSPV SSHELVN

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit K, chloroplastic

+
分子 #5: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 21.98785 KDa
配列文字列: MSRCGSLGLY APNALPSLSL KPRSVKSPFC ITSHTKPNDT LLHNVNKMRA KACDILGAKK TILAAQLGAV LATIDHPALA ITGVNNQQE LSSVVLDIGI ISVWYFLVMP PIIMNWLRVR WYRRKFFEMY LQFMFVFMFF PGLLLWAPFL NFRKFPRDPN M KNPWDKPT ...文字列:
MSRCGSLGLY APNALPSLSL KPRSVKSPFC ITSHTKPNDT LLHNVNKMRA KACDILGAKK TILAAQLGAV LATIDHPALA ITGVNNQQE LSSVVLDIGI ISVWYFLVMP PIIMNWLRVR WYRRKFFEMY LQFMFVFMFF PGLLLWAPFL NFRKFPRDPN M KNPWDKPT DPDSIKNVYL KYPYATPEDY DLD

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit L, chloroplastic

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分子 #6: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 24.820828 KDa
配列文字列: MVAAFSYTAC TKLSLLHPSM VAQIRPRTTQ KAFVVTNPEQ DSTLEVQETE TLKEEQSTEK MKKQPTPLRP VEKQLNVKSK GMGDFGGQW LSSVTRHVRI YAAYIDPETC EFDQSQMDKL TLILDPTEEF VWDDESCNKV YSYFQELVDH YEGAPLTEYT L RLIGSDVE ...文字列:
MVAAFSYTAC TKLSLLHPSM VAQIRPRTTQ KAFVVTNPEQ DSTLEVQETE TLKEEQSTEK MKKQPTPLRP VEKQLNVKSK GMGDFGGQW LSSVTRHVRI YAAYIDPETC EFDQSQMDKL TLILDPTEEF VWDDESCNKV YSYFQELVDH YEGAPLTEYT L RLIGSDVE HYIRKMLFDG EIQYNMDARV LNFSMGKPRV QFNTSNIEGG GDGQPQEDA

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit M, chloroplastic

+
分子 #7: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic

分子名称: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 23.430254 KDa
配列文字列: MGSRAICIQR VAPPCFEASQ VKKIKTVGSF LVNTRSKRRR STGVKCSSIA DYIGGDLVKP DIGQWLQDVE EHKAIAIYAP HEGGYEGRY LNRLKMQGYY FLDISARGLG DPETTLLKNY PVCPAHLGKQ PIARWYYPPE VDYRLAALPP SAKGLVVWVL E AKVLSKSE ...文字列:
MGSRAICIQR VAPPCFEASQ VKKIKTVGSF LVNTRSKRRR STGVKCSSIA DYIGGDLVKP DIGQWLQDVE EHKAIAIYAP HEGGYEGRY LNRLKMQGYY FLDISARGLG DPETTLLKNY PVCPAHLGKQ PIARWYYPPE VDYRLAALPP SAKGLVVWVL E AKVLSKSE LQFLALLPSL RPNVRVIAEC GNWRKFVWKP LAEIANLAAQ E

UniProtKB: NAD(P)H-quinone oxidoreductase subunit N, chloroplastic

+
分子 #8: NdhO

分子名称: NdhO / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 17.679381 KDa
配列文字列:
MAFSATLSQL SSLSTISSSL PISSRRLPHR SLPQFTVKAE AEKEKQSAQA KSDGEASPAA TKTPKTLPKK PVYSMKKGQI VRVEKEKYL NSINYLSVGH PPFYKGLDYI YEDRGEVLDL RVFETGEYAL VGWVGIPTAP AWLPTDMLIK CEKLVYERM

UniProtKB: NdhO

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分子 #9: NdhT

分子名称: NdhT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9
詳細: All Residues in NdhT were modeled as UNK. The real sequence of the entity is: ...詳細: All Residues in NdhT were modeled as UNK. The real sequence of the entity is: MAYATSTYARTSCIILPKIQNGAHFTDNTKAFRRITARRVTRISSQGPTKPPKPSPGVDTRIHWESPDEGWIGGRSDPAKSVDEDKTNLLSDEKFAELIKDSFDSHYQFLGVSTDAHLEEIKSAYRRLSKEYHPDTTSLPLKTASEKFMKLREVYNVLSDEETRRFYDWTLAQEVASRQAEKMRMKLEDPKEQDFRGYESIPDMVDRLGGRNMELSDQAMTALTFDILIVLFAVCCIVFVIVFKDPSY
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
分子量理論値: 10.400812 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #10: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6khj

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 76085
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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