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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3222 | |||||||||
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タイトル | Structure of a Chaperone-Usher pilus reveals the molecular basis of rod uncoilin | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of P pilus | |||||||||
試料 |
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キーワード | helical polymer / strand donation | |||||||||
機能・相同性 | : / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / Adhesion domain superfamily / pilus / extracellular region / Pap fimbrial major pilin protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Hospenthal MK / Redzej A / Dodson K / Ukleja M / Frenz B / Hultgren SJ / DiMaio F / Egelman EH / Waksman G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2016 タイトル: Structure of a Chaperone-Usher Pilus Reveals the Molecular Basis of Rod Uncoiling. 著者: Manuela K Hospenthal / Adam Redzej / Karen Dodson / Marta Ukleja / Brandon Frenz / Catarina Rodrigues / Scott J Hultgren / Frank DiMaio / Edward H Egelman / Gabriel Waksman / 要旨: Types 1 and P pili are prototypical bacterial cell-surface appendages playing essential roles in mediating adhesion of bacteria to the urinary tract. These pili, assembled by the chaperone-usher ...Types 1 and P pili are prototypical bacterial cell-surface appendages playing essential roles in mediating adhesion of bacteria to the urinary tract. These pili, assembled by the chaperone-usher pathway, are polymers of pilus subunits assembling into two parts: a thin, short tip fibrillum at the top, mounted on a long pilus rod. The rod adopts a helical quaternary structure and is thought to play essential roles: its formation may drive pilus extrusion by preventing backsliding of the nascent growing pilus within the secretion pore; the rod also has striking spring-like properties, being able to uncoil and recoil depending on the intensity of shear forces generated by urine flow. Here, we present an atomic model of the P pilus generated from a 3.8 Å resolution cryo-electron microscopy reconstruction. This structure provides the molecular basis for the rod's remarkable mechanical properties and illuminates its role in pilus secretion. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3222.map.gz | 3.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3222-v30.xml emd-3222.xml | 8.5 KB 8.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3222_EMDB.jpg | 113.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3222 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3222 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3222_validation.pdf.gz | 310.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3222_full_validation.pdf.gz | 309.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3222_validation.xml.gz | 5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3222 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3222 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3222.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of P pilus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : P pilus
全体 | 名称: P pilus |
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要素 |
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-超分子 #1000: P pilus
超分子 | 名称: P pilus / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: PapA
分子 | 名称: PapA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: helical polymer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2015年7月8日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 90 / 平均電子線量: 17 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | IHRSR |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 7.7 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 109.8 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Spider |
CTF補正 | 詳細: Each image |