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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | STRUCTURE OF PHOTOSYNTHETIC LH1-RC SUPER-COMPLEX OF RHODOBACTER SPHAEROIDES DIMER | |||||||||||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() organelle inner membrane / plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Tani K / Kanno R / Kawamura S / Kikuchi R / Nagashima KVP / Hall M / Takahashi A / Yu L-J / Kimura Y / Madigan MT ...Tani K / Kanno R / Kawamura S / Kikuchi R / Nagashima KVP / Hall M / Takahashi A / Yu L-J / Kimura Y / Madigan MT / Mizoguchi A / Humbel BM / Wang-Otomo Z-Y | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Asymmetric structure of the native Rhodobacter sphaeroides dimeric LH1-RC complex. 著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Riku Kikuchi / Saki Kawamura / Kenji V P Nagashima / Malgorzata Hall / Ai Takahashi / Long-Jiang Yu / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / ...著者: Kazutoshi Tani / Ryo Kanno / Riku Kikuchi / Saki Kawamura / Kenji V P Nagashima / Malgorzata Hall / Ai Takahashi / Long-Jiang Yu / Yukihiro Kimura / Michael T Madigan / Akira Mizoguchi / Bruno M Humbel / Zheng-Yu Wang-Otomo / ![]() ![]() ![]() 要旨: Rhodobacter sphaeroides is a model organism in bacterial photosynthesis, and its light-harvesting-reaction center (LH1-RC) complex contains both dimeric and monomeric forms. Here we present cryo-EM ...Rhodobacter sphaeroides is a model organism in bacterial photosynthesis, and its light-harvesting-reaction center (LH1-RC) complex contains both dimeric and monomeric forms. Here we present cryo-EM structures of the native LH1-RC dimer and an LH1-RC monomer lacking protein-U (ΔU). The native dimer reveals several asymmetric features including the arrangement of its two monomeric components, the structural integrity of protein-U, the overall organization of LH1, and rigidities of the proteins and pigments. PufX plays a critical role in connecting the two monomers in a dimer, with one PufX interacting at its N-terminus with another PufX and an LH1 β-polypeptide in the other monomer. One protein-U was only partially resolved in the dimeric structure, signaling different degrees of disorder in the two monomers. The ΔU LH1-RC monomer was half-moon-shaped and contained 11 α- and 10 β-polypeptides, indicating a critical role for protein-U in controlling the number of αβ-subunits required for dimer assembly and stabilization. These features are discussed in relation to membrane topology and an assembly model proposed for the native dimeric complex. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 325.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 24.3 KB 24.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 108.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 565.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 565 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7vy2MC ![]() 7vy3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacter...
+超分子 #1: Photosynthetic LH1-RC complex from the purple phototrophic bacter...
+超分子 #2: Rhodobacter sphaeroides Dimeric LH1-RC Complex
+分子 #1: Photosynthetic reaction center L subunit
+分子 #2: Reaction center protein M chain
+分子 #3: Photosynthetic reaction center subunit H
+分子 #4: Antenna pigment protein alpha chain
+分子 #5: Antenna pigment protein beta chain
+分子 #6: PufX
+分子 #7: protein-U
+分子 #8: BACTERIOCHLOROPHYLL A
+分子 #9: BACTERIOPHEOPHYTIN A
+分子 #10: UBIQUINONE-10
+分子 #11: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
+分子 #12: (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
+分子 #13: FE (III) ION
+分子 #14: SPHEROIDENE
+分子 #15: CARDIOLIPIN
+分子 #16: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
+分子 #17: LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP |
詳細 | This sample was monodisperse. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 1.275 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |