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- EMDB-31944: Pentacylindrical allophycocyanin core from Thermosynechococcus vu... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31944
タイトルPentacylindrical allophycocyanin core from Thermosynechococcus vulcanus
マップデータCryo-EM map
試料
  • 複合体: Phycobilisome core complex from Thermosynechococcus vulcanus
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Phycobiliprotein ApcE
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome core component
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN
機能・相同性
機能・相同性情報


: / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane / photosynthesis / lyase activity
類似検索 - 分子機能
Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. ...Allophycocyanin linker protein / Allophycocyanin linker chain / Allophycocyanin, beta subunit / Phycobilisome linker domain / Phycobilisome linker domain superfamily / Phycobilisome Linker polypeptide / Phycobilisome (PBS) linker domain profile. / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Phycobilisome, alpha/beta subunit / Phycobilisome, alpha/beta subunit superfamily / Phycobilisome protein / Globin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Allophycocyanin alpha chain / Allophycocyanin beta chain / Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core / Phycobiliprotein ApcE / Phycobilisome core component
類似検索 - 構成要素
生物種Thermosynechococcus vulcanus NIES-2134 (バクテリア) / Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Kawakami K / Hamaguchi T / Hirose Y / Kosumi D / Miyata M / Kamiya N / Yonekura K
資金援助 日本, 3件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20H05109 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)20K06528 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17H06434 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Core and rod structures of a thermophilic cyanobacterial light-harvesting phycobilisome.
著者: Keisuke Kawakami / Tasuku Hamaguchi / Yuu Hirose / Daisuke Kosumi / Makoto Miyata / Nobuo Kamiya / Koji Yonekura /
要旨: Cyanobacteria, glaucophytes, and rhodophytes utilize giant, light-harvesting phycobilisomes (PBSs) for capturing solar energy and conveying it to photosynthetic reaction centers. PBSs are ...Cyanobacteria, glaucophytes, and rhodophytes utilize giant, light-harvesting phycobilisomes (PBSs) for capturing solar energy and conveying it to photosynthetic reaction centers. PBSs are compositionally and structurally diverse, and exceedingly complex, all of which pose a challenge for a comprehensive understanding of their function. To date, three detailed architectures of PBSs by cryo-electron microscopy (cryo-EM) have been described: a hemiellipsoidal type, a block-type from rhodophytes, and a cyanobacterial hemidiscoidal-type. Here, we report cryo-EM structures of a pentacylindrical allophycocyanin core and phycocyanin-containing rod of a thermophilic cyanobacterial hemidiscoidal PBS. The structures define the spatial arrangement of protein subunits and chromophores, crucial for deciphering the energy transfer mechanism. They reveal how the pentacylindrical core is formed, identify key interactions between linker proteins and the bilin chromophores, and indicate pathways for unidirectional energy transfer.
履歴
登録2021年9月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月22日-
マップ公開2022年6月22日-
更新2022年8月17日-
現状2022年8月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31944.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31944.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00612
最小 - 最大-0.15001369 - 0.24053703
平均 (標準偏差)0.00014635992 (±0.0060940995)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 372.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Phycobilisome core complex from Thermosynechococcus vulcanus

全体名称: Phycobilisome core complex from Thermosynechococcus vulcanus
要素
  • 複合体: Phycobilisome core complex from Thermosynechococcus vulcanus
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin alpha chain
    • タンパク質・ペプチド: Allophycocyanin beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Phycobiliprotein ApcE
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome core component
    • タンパク質・ペプチド: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
  • リガンド: PHYCOCYANOBILIN

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超分子 #1: Phycobilisome core complex from Thermosynechococcus vulcanus

超分子名称: Phycobilisome core complex from Thermosynechococcus vulcanus
タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vulcanus NIES-2134 (バクテリア)

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分子 #1: Allophycocyanin alpha chain

分子名称: Allophycocyanin alpha chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 40 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 17.555926 KDa
配列文字列:
MSVVTKSIVN ADAEARYLSP GELDRIKNFV STGERRLRIA QTLTENRERI VKQAGDQLFQ KRPDVVSPGG NAYGEEMTAT CLRDLDYYL RLVTYGIVAG DVTPIEEIGL VGVREMYNSL GTPIPAVAEG IRAMKNVACS LLSAEDAAEA GSYFDFVIGA M Q

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分子 #2: Allophycocyanin beta chain

分子名称: Allophycocyanin beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 40 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 17.388877 KDa
配列文字列:
MQDAITAVIN ASDVQGKYLD TAAMEKLKAY FATGELRVRA ASVISANAAN IVKEAVAKSL LYSDITRPGG (MEN)MYTTR RYA ACIRDLDYYL RYATYAMLAG DPSILDERVL NGLKETYNSL GVPIAATVQA IQAMKEVTAS LVGADAGKEM GIYFDYI CS GLS

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分子 #3: Phycobiliprotein ApcE

分子名称: Phycobiliprotein ApcE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 127.772922 KDa
配列文字列: MVVKASGGSS VARPQLYQTV PVSTIIQAEQ QDRFLNRGEL DELAVYLRSG AKRLEIATTL TRNADIIVSR AANRIFVGGS PMAFLSRPQ TEEAPQFTTG ARGEAIDIKE AMKLGTATYV DTRGGFLEGL RSIFSASSGG APVGFKPINI ARYGPARMEK S LRDLDWFL ...文字列:
MVVKASGGSS VARPQLYQTV PVSTIIQAEQ QDRFLNRGEL DELAVYLRSG AKRLEIATTL TRNADIIVSR AANRIFVGGS PMAFLSRPQ TEEAPQFTTG ARGEAIDIKE AMKLGTATYV DTRGGFLEGL RSIFSASSGG APVGFKPINI ARYGPARMEK S LRDLDWFL RYTTYAIVAG DPNILAVNTR GLREIIEAAC SSDATIAALQ EMRRAALSYF EKDAEAKGIV ETYFDVLINE FI APAPSDK VRQRNSTDLQ GLQLPQIYFN AAERRPKFVM KPGLSAAEKN EVVKAAYRQI FERDISRAYG LGISDLESKV KNG SISMKE FIRQLAKSPL YRKNFYEPYI NSRALELAFR HILGRGPSSR EEVQTYFAII SKGGLPALVD ALVDSKEYSD YFGE ETVPY LRGLGQEAQE CRNWGAQQDL FKYSAPFRKV PQFITTFAAQ DQPLPDQHPY GSGNDPLEIQ FGAIFPKEKK NPSAR PQPF NKDTRRILIA RGPGINNQVS NPGARGLTPG TLGPKVFKLD QLPSINARIG KRSIATGTDS VKFAESSTQR VIRAAY LQV FGRDVYEGQR QKVAEIKLEN GEISVREFVR ILAKSNLFRS LYWTPLYVTK AIEYIHRRLL GRPTYGRQEM NAYFDIA SK KGLYGLVDAI IDSQEYSEAF GEDTVPYERY ITPQGLALRS LRVGTIGETG VPPEKEETPR FVELGAVTEL RTEPAIQF R ANQGVSKRRE QTKVFKLTDL NDKQNLQLVI QAAYRQVFER DVAPYIVRDE FTALESKLSN GEITLKEFIE ALGCSELYQ KEFYTPYPNT KVIELGTKHF LGRAPLDQAE IRRYNQILAT QGLKAFVQAL VSSAEYAQAF GEDTVPYRRF PTLPAANFPN TEKLHNQLT KQSDAIVVPS FAPVKPRLDN TKLPLLSRAI AEQEAKARQA DPSKPRFIEL GRSFRNGDGQ SVEVGVGTTR R RPARIFRM TVGAPSAEVE LVINAIYCQV MDVFSGQVPS QFRRPDLESR LRNGEITVRE FVRTLASSEI YRNRFYTPYP NT KVIEFLF RHLLGRAPAT QAEIRQYNKI LADQGLKTAV ETMVNSPEYS RYFGEDVVPY KRFPTLPAGN YIGSVKADAD LVK QSWSSL SPSLVGIQPS HRD

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分子 #4: Phycobilisome core component

分子名称: Phycobilisome core component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 18.757221 KDa
配列文字列:
MRDAVTTLIK NYDSTGRYLD RDAVDRLRSY FNSGAARVKA AAVINANAAA IVKEAASALF TEQPELIQPG G(MEN)AYTT RRY ATCLRDMDYY LRYASYAIVA GDVDVLNERV LEGLRETYNS LGVPIGPTVR GIQIMKEIVR DRVAAAGIED TGIVEQP FD YMCRQLSEVN I

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分子 #5: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associa...

分子名称: Phycobilisome 7.8 kDa linker polypeptide, allophycocyanin-associated, core
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus vestitus BP-1 (バクテリア)
株: BP-1
分子量理論値: 7.876255 KDa
配列文字列:
MRMFKITACV PSQTRIRTQR ELQNTYFTKL VPYENWFREQ QRIQKMGGKI VKVELFTGKP GVNTGLA

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分子 #6: PHYCOCYANOBILIN

分子名称: PHYCOCYANOBILIN / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 84 / 式: CYC
分子量理論値: 588.694 Da
Chemical component information

ChemComp-CYC:
PHYCOCYANOBILIN

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 84.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 150.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.0) / 使用した粒子像数: 25532
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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