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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31681 | ||||||||||||
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タイトル | DENV2:F(ab')2-local | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | complex / antibody / VIRUS / IMMUNE SYSTEM-VIRUS complex | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / channel activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / flavivirin / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / channel activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Dengue virus 2 Thailand/NGS-C/1944 (デング熱ウイルス) / Dengue virus type 2 (strain Thailand/NGS-C/1944) (デング熱ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Shu B / Zhang S | ||||||||||||
資金援助 | シンガポール, 3件
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引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2021 タイトル: Human antibody C10 neutralizes by diminishing Zika but enhancing dengue virus dynamics. 著者: Xin-Xiang Lim / Bo Shu / Shuijun Zhang / Aaron W K Tan / Thiam-Seng Ng / Xin-Ni Lim / Valerie S-Y Chew / Jian Shi / Gavin R Screaton / Shee-Mei Lok / Ganesh S Anand / 要旨: The human monoclonal antibody (HmAb) C10 potently cross-neutralizes Zika virus (ZIKV) and dengue virus. Analysis of antibody fragment (Fab) C10 interactions with ZIKV and dengue virus serotype 2 ...The human monoclonal antibody (HmAb) C10 potently cross-neutralizes Zika virus (ZIKV) and dengue virus. Analysis of antibody fragment (Fab) C10 interactions with ZIKV and dengue virus serotype 2 (DENV2) particles by cryoelectron microscopy (cryo-EM) and amide hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry (HDXMS) shows that Fab C10 binding decreases overall ZIKV particle dynamics, whereas with DENV2, the same Fab causes increased dynamics. Testing of different Fab C10:DENV2 E protein molar ratios revealed that, at higher Fab ratios, especially at saturated concentrations, the Fab enhanced viral dynamics (detected by HDXMS), and observation under cryo-EM showed increased numbers of distorted particles. Our results suggest that Fab C10 stabilizes ZIKV but that with DENV2 particles, high Fab C10 occupancy promotes E protein dimer conformational changes leading to overall increased particle dynamics and distortion of the viral surface. This is the first instance of a broadly neutralizing antibody eliciting virus-specific increases in whole virus particle dynamics. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31681.map.gz | 30.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31681-v30.xml emd-31681.xml | 15.6 KB 15.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31681.png | 112.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31681.cif.gz | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31681 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31681 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31681_validation.pdf.gz | 538.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31681_full_validation.pdf.gz | 538.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31681_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31681_validation.cif.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31681 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31681 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31681.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.392 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dengue virus 2 Thailand/NGS-C/1944
全体 | 名称: Dengue virus 2 Thailand/NGS-C/1944 (デング熱ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Dengue virus 2 Thailand/NGS-C/1944
超分子 | 名称: Dengue virus 2 Thailand/NGS-C/1944 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Fab_C10
超分子 | 名称: Fab_C10 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus 2 Thailand/NGS-C/1944 (デング熱ウイルス) |
-超分子 #3: Dengue virus 2 Thailand/NGS-C/1944
超分子 | 名称: Dengue virus 2 Thailand/NGS-C/1944 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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-分子 #1: Fab_C10_heavy_chain
分子 | 名称: Fab_C10_heavy_chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 25.857861 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVESGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYAMHWVRQA PGQRLEWMGW INAGNGNTKY SQKFQDRVTI TRDTSASTAY MELSSLRSE DTAIYYCARD KVDDYGDYWF PTLWYFDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列: EVQLVESGAE VKKPGASVKV SCKASGYTFT SYAMHWVRQA PGQRLEWMGW INAGNGNTKY SQKFQDRVTI TRDTSASTAY MELSSLRSE DTAIYYCARD KVDDYGDYWF PTLWYFDYWG QGTLVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSCDKTHTC |
-分子 #2: Fab_C10_light_chain
分子 | 名称: Fab_C10_light_chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 22.497818 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: SALTQPASVS GSPGQSITIS CTGTSSDVGG FNYVSWFQQH PGKAPKLMLY DVTSRPSGVS SRFSGSKSGN TASLTISGLQ AEDEADYYC SSHTSRGTWV FGGGTKLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS ...文字列: SALTQPASVS GSPGQSITIS CTGTSSDVGG FNYVSWFQQH PGKAPKLMLY DVTSRPSGVS SRFSGSKSGN TASLTISGLQ AEDEADYYC SSHTSRGTWV FGGGTKLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVTV AWKADSSPVK A GVETTTPS KQSNNKYAAS SYLSLTPEQW KSHRSYSCQV THEGSTVEKT VAPTEC |
-分子 #3: Envelope protein E
分子 | 名称: Envelope protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus type 2 (strain Thailand/NGS-C/1944) (デング熱ウイルス) 株: Thailand/NGS-C/1944 |
分子量 | 理論値: 54.363734 KDa |
組換発現 | 生物種: Aedes albopictus C6/36 cell densovirus (ウイルス) |
配列 | 文字列: MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIETEA KQPATLRKYC IEAKLTNTTT DSRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMKGKV VQPENLEYTI VITPHSGEEH AVGNDTGKHG K EIKITPQS ...文字列: MRCIGISNRD FVEGVSGGSW VDIVLEHGSC VTTMAKNKPT LDFELIETEA KQPATLRKYC IEAKLTNTTT DSRCPTQGEP SLNEEQDKR FVCKHSMVDR GWGNGCGLFG KGGIVTCAMF TCKKNMKGKV VQPENLEYTI VITPHSGEEH AVGNDTGKHG K EIKITPQS SITEAELTGY GTVTMECSPR TGLDFNEMVL LQMENKAWLV HRQWFLDLPL PWLPGADTQG SNWIQKETLV TF KNPHAKK QDVVVLGSQE GAMHTALTGA TEIQMSSGNL LFTGHLKCRL RMDKLQLKGM SYSMCTGKFK VVKEIAETQH GTI VIRVQY EGDGSPCKIP FEIMDLEKRH VLGRLITVNP IVTEKDSPVN IEAEPPFGDS YIIIGVEPGQ LKLNWFKKGS SIGQ MIETT MRGAKRMAIL GDTAWDFGSL GGVFTSIGKA LHQVFGAIYG AAFSGVSWIM KILIGVIITW IGMNSRSTSL SVSLV LVGV VTLYLGVMVQ A UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: Small envelope protein M
分子 | 名称: Small envelope protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dengue virus type 2 (strain Thailand/NGS-C/1944) (デング熱ウイルス) 株: Thailand/NGS-C/1944 |
分子量 | 理論値: 8.026385 KDa |
組換発現 | 生物種: Aedes albopictus C6/36 cell densovirus (ウイルス) |
配列 | 文字列: SVALVPHVGM GLETRTETWM SSEGAWKHAQ RIETWILRHP GFTIMAAILA YTIGTTHFQR ALIFILLTAV AP UniProtKB: Genome polyprotein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK II | |||||||||
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 93432 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |