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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31558 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of human SGLT2-MAP17 complex bound with empagliflozin | ||||||||||||
マップデータ | postprocessed map reboxed to 100 | ||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 low-affinity glucose:sodium symporter activity / Defective SLC5A2 causes renal glucosuria (GLYS1) / alpha-glucoside transport / alpha-glucoside transmembrane transporter activity / glucose:sodium symporter activity / hexose transmembrane transport / D-glucose transmembrane transporter activity / Cellular hexose transport / renal glucose absorption / glucose import across plasma membrane ...low-affinity glucose:sodium symporter activity / Defective SLC5A2 causes renal glucosuria (GLYS1) / alpha-glucoside transport / alpha-glucoside transmembrane transporter activity / glucose:sodium symporter activity / hexose transmembrane transport / D-glucose transmembrane transporter activity / Cellular hexose transport / renal glucose absorption / glucose import across plasma membrane / sodium ion import across plasma membrane / sodium ion transport / carbohydrate metabolic process / apical plasma membrane / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Chen L / Niu Y / Liu R | ||||||||||||
資金援助 | 中国, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2022 タイトル: Structural basis of inhibition of the human SGLT2-MAP17 glucose transporter. 著者: Yange Niu / Rui Liu / Chengcheng Guan / Yuan Zhang / Zhixing Chen / Stefan Hoerer / Herbert Nar / Lei Chen / 要旨: Human sodium-glucose cotransporter 2 (hSGLT2) mediates the reabsorption of the majority of filtrated glucose in the kidney. Pharmacological inhibition of hSGLT2 by oral small-molecule inhibitors, ...Human sodium-glucose cotransporter 2 (hSGLT2) mediates the reabsorption of the majority of filtrated glucose in the kidney. Pharmacological inhibition of hSGLT2 by oral small-molecule inhibitors, such as empagliflozin, leads to enhanced excretion of glucose and is widely used in the clinic to manage blood glucose levels for the treatment of type 2 diabetes. Here we determined the cryogenic electron microscopy structure of the hSGLT2-MAP17 complex in the empagliflozin-bound state to an overall resolution of 2.95 Å. Our structure shows eukaryotic SGLT-specific structural features. MAP17 interacts with transmembrane helix 13 of hSGLT2. Empagliflozin occupies both the sugar-substrate-binding site and the external vestibule to lock hSGLT2 in an outward-open conformation, thus inhibiting the transport cycle. Our work provides a framework for understanding the mechanism of SLC5A family glucose transporters and also develops a foundation for the future rational design and optimization of new inhibitors targeting these transporters. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31558.map.gz | 3.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31558-v30.xml emd-31558.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_31558_fsc.xml | 10 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_31558.png | 68.5 KB | ||
その他 | emd_31558_additional_1.map.gz | 65.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31558 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31558 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31558_validation.pdf.gz | 485.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31558_full_validation.pdf.gz | 484.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31558_validation.xml.gz | 10.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31558_validation.cif.gz | 13.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31558 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31558 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31558.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | postprocessed map reboxed to 100 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.821 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: refined map from relion
ファイル | emd_31558_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | refined map from relion | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human soluble guanylate cyclase
全体 | 名称: human soluble guanylate cyclase |
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要素 |
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-超分子 #1: human soluble guanylate cyclase
超分子 | 名称: human soluble guanylate cyclase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Sodium/glucose cotransporter 2
分子 | 名称: Sodium/glucose cotransporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 72.949414 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MEEHTEAGSA PEMGAQKALI DNPADILVIA AYFLLVIGVG LWSMCRTNRG TVGGYFLAGR SMVWWPVGAS LFASNIGSGH FVGLAGTGA ASGLAVAGFE WNALFVVLLL GWLFAPVYLT AGVITMPQYL RKRFGGRRIR LYLSVLSLFL YIFTKISVDM F SGAVFIQQ ...文字列: MEEHTEAGSA PEMGAQKALI DNPADILVIA AYFLLVIGVG LWSMCRTNRG TVGGYFLAGR SMVWWPVGAS LFASNIGSGH FVGLAGTGA ASGLAVAGFE WNALFVVLLL GWLFAPVYLT AGVITMPQYL RKRFGGRRIR LYLSVLSLFL YIFTKISVDM F SGAVFIQQ ALGWNIYASV IALLGITMIY TVTGGLAALM YTDTVQTFVI LGGACILMGY AFHEVGGYSG LFDKYLGAAT SL TVSEDPA VGNISSFCYR PRPDSYHLLR HPVTGDLPWP ALLLGLTIVS GWYWCSDQVI VQRCLAGKSL THIKAGCILC GYL KLTPMF LMVMPGMISR ILYPDEVACV VPEVCRRVCG TEVGCSNIAY PRLVVKLMPN GLRGLMLAVM LAALMSSLAS IFNS SSTLF TMDIYTRLRP RAGDRELLLV GRLWVVFIVV VSVAWLPVVQ AAQGGQLFDY IQAVSSYLAP PVSAVFVLAL FVPRV NEQG AFWGLIGGLL MGLARLIPEF SFGSGSCVQP SACPAFLCGV HYLYFAIVLF FCSGLLTLTV SLCTAPIPRK HLHRLV FSL RHSKEEREDL DADEQQGSSL PVQNGCPESA MEMNEPQAPA PSLFRQCLLW FCGMSRGGVG SPPPLTQEEA AAAARRL ED ISEDPSWARV VNLNALLMMA VAVFLWGFYA |
-分子 #2: PDZK1-interacting protein 1
分子 | 名称: PDZK1-interacting protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 5.937134 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSALSLLILG LLTAVPPASC QQGLGNLQPW MQGLIAVAVF LVLVAIAFAV NHFWCQ |
-分子 #3: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLM: |
-分子 #4: (2S,3R,4R,5S,6R)-2-[4-chloranyl-3-[[4-[(3S)-oxolan-3-yl]oxyphenyl...
分子 | 名称: (2S,3R,4R,5S,6R)-2-[4-chloranyl-3-[[4-[(3S)-oxolan-3-yl]oxyphenyl]methyl]phenyl]-6-(hydroxymethyl)oxane-3,4,5-triol タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: 7R3 |
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分子量 | 理論値: 450.909 Da |
Chemical component information | ChemComp-7R3: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |