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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31552 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the nonameric SsaV cytosolic domain with C9 symmetry | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | transporter / PROTEIN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.64 Å | |||||||||
データ登録者 | Xu JH / Zhang YQ | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Microbiol Spectr / 年: 2021 タイトル: Structural and Functional Analysis of SsaV Cytoplasmic Domain and Variable Linker States in the Context of the InvA-SsaV Chimeric Protein. 著者: Jinghua Xu / Jiuqing Wang / Aijun Liu / Yanqing Zhang / Xiang Gao / 要旨: The type III secretion (T3S) injectisome is a syringe-like protein-delivery nanomachine widely utilized by Gram-negative bacteria. It can deliver effector proteins directly from bacteria into ...The type III secretion (T3S) injectisome is a syringe-like protein-delivery nanomachine widely utilized by Gram-negative bacteria. It can deliver effector proteins directly from bacteria into eukaryotic host cells, which is crucial for the bacterial-host interaction. Intracellular pathogen Salmonella enterica serovar Typhimurium encodes two sets of T3S injectisomes from Salmonella pathogenicity islands 1 and 2 (SPI-1 and SPI-2), which are critical for its host invasion and intracellular survival, respectively. The inner membrane export gate protein, SctV (InvA in SPI-1 and SsaV in SPI-2), is the largest component of the injectisome and is essential for assembly and function of T3SS. Here, we report the 2.11 Å cryo-EM structure of the SsaV cytoplasmic domain (SsaV) in the context of a full-length SctV chimera consisting of the transmembrane region of InvA, the linker of SsaV (SsaV) and SsaV. The structural analysis shows that SsaV exists in a semi-open state and SsaV exhibits two major orientations, implying a highly dynamic process of SsaV for the substrate selection and secretion in a full-length context. A biochemical assay indicates that SsaV plays an essential role in maintaining the nonameric state of SsaV. This study offers near atomic-level insights into how SsaV and SsaV facilitate the assembly and function of SsaV and may lead to the development of potential anti-virulence therapeutics against T3SS-mediated bacterial infection. Type III secretion system (T3SS) is a multicomponent nanomachine and a critical virulence factor for a wide range of Gram-negative bacterial pathogens. It can deliver numbers of effectors into the host cell to facilitate the bacterial host infection. Export gate protein SctV, as one of the engines of T3SS, is at the center of T3SS assembly and function. In this study, we show the high-resolution atomic structure of the cytosolic domain of SctV in the nonameric state with variable linker conformations. Our first observation of conformational changes of the linker region of SctV and the semi-open state of the cytosolic domain of SctV in the full-length context further support that the substrate selection and secretion process of SctV is highly dynamic. These findings have important implications for the development of therapeutic strategies targeting SctV to combat T3SS-mediated bacterial infection. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31552.map.gz | 230 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31552-v30.xml emd-31552.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31552.png | 28.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31552.cif.gz | 5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31552 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31552 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31552_validation.pdf.gz | 474.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31552_full_validation.pdf.gz | 474.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31552_validation.xml.gz | 7.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31552_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31552 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31552 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31552.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8433 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : export gate protein of type III secretion system
全体 | 名称: export gate protein of type III secretion system |
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要素 |
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-超分子 #1: export gate protein of type III secretion system
超分子 | 名称: export gate protein of type III secretion system / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) |
-分子 #1: Secretion system apparatus protein SsaV
分子 | 名称: Secretion system apparatus protein SsaV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌) 株: LT2 |
分子量 | 理論値: 38.12418 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVPGACPLIL RLSPTLHSAD LIRDIDAMRW FLFEDTGVPL PEVNIEVLPE PTEKLTVLLY QEPVFSLSIP AQADYLLIGA DASVVGDSQ TLPNGMGQIC WLTKDMAHKA QGFGLDVFAG SQRISALLKC VLLRHMGEFI GVQETRYLMN AMEKNYSELV K ELQRQLPI ...文字列: MVPGACPLIL RLSPTLHSAD LIRDIDAMRW FLFEDTGVPL PEVNIEVLPE PTEKLTVLLY QEPVFSLSIP AQADYLLIGA DASVVGDSQ TLPNGMGQIC WLTKDMAHKA QGFGLDVFAG SQRISALLKC VLLRHMGEFI GVQETRYLMN AMEKNYSELV K ELQRQLPI NKIAETLQRL VSERVSIRDL RLIFGTLIDW APREKDVLML TEYVRIALRR HILRRLNPEG KPLPILRIGE GI ENLVRES IRQTAMGTYT ALSSRHKTQI LQLIEQALKQ SAKLFIVTSV DTRRFLRKIT EATLFDVPIL SWQELGEESL IQV VESIDL SEEELADNEE UniProtKB: Secretion system apparatus protein SsaV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 90916 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |