+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31490 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Human pannexin-1 showing a conformational change in the N-terminal domain and blocked pore | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
機能・相同性 | ![]() ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / bleb / wide pore channel activity / monoatomic anion channel activity / monoatomic anion transmembrane transport / gap junction ...ATP transmembrane transporter activity / ATP transport / Electric Transmission Across Gap Junctions / leak channel activity / positive regulation of interleukin-1 alpha production / bleb / wide pore channel activity / monoatomic anion channel activity / monoatomic anion transmembrane transport / gap junction / gap junction channel activity / positive regulation of macrophage cytokine production / response to ATP / oogenesis / monoatomic cation transport / The NLRP3 inflammasome / positive regulation of interleukin-1 beta production / response to ischemia / calcium channel activity / actin filament binding / calcium ion transport / cell-cell signaling / scaffold protein binding / protease binding / transmembrane transporter binding / signaling receptor binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Kuzuya M / Hirano H / Hayashida K / Watanabe M / Kobayashi K / Tani K / Fujiyoshi Y / Oshima A | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of human pannexin-1 in nanodiscs reveal gating mediated by dynamic movement of the N terminus and phospholipids. 著者: Maki Kuzuya / Hidemi Hirano / Kenichi Hayashida / Masakatsu Watanabe / Kazumi Kobayashi / Tohru Terada / Md Iqbal Mahmood / Florence Tama / Kazutoshi Tani / Yoshinori Fujiyoshi / Atsunori Oshima / ![]() 要旨: Pannexin (PANX) family proteins form large-pore channels that mediate purinergic signaling. We analyzed the cryo-EM structures of human PANX1 in lipid nanodiscs to elucidate the gating mechanism and ...Pannexin (PANX) family proteins form large-pore channels that mediate purinergic signaling. We analyzed the cryo-EM structures of human PANX1 in lipid nanodiscs to elucidate the gating mechanism and its regulation by the amino terminus in phospholipids. The wild-type channel has an amino-terminal funnel in the pore, but in the presence of the inhibitor probenecid, a cytoplasmically oriented amino terminus and phospholipids obstruct the pore. Functional analysis using whole-cell patch-clamp and oocyte voltage clamp showed that PANX1 lacking the amino terminus did not open and had a dominant negative effect on channel activity, thus confirming that the amino-terminal domain played an essential role in channel opening. These observations suggest that dynamic conformational changes in the amino terminus of human PANX1 are associated with lipid movement in and out of the pore. Moreover, the data provide insight into the gating mechanism of PANX1 and, more broadly, other large-pore channels. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 12.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 231.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 83.7 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 65.5 MB 65.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7f8nMC ![]() 7f8jC ![]() 7f8oC ![]() 7wsvC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 459.1 Data #1: human PANX1 in a blocked state [micrographs - multiframe]) |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_31490_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_31490_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : human pannexin-1
全体 | 名称: human pannexin-1 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: human pannexin-1
超分子 | 名称: human pannexin-1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Pannexin-1
分子 | 名称: Pannexin-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 48.093863 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MAIAQLATEY VFSDFLLKEP TEPKFKGLRL ELAVDKMVTC IAVGLPLLLI SLAFAQEISI GTQISCFSPS SFSWRQAAFV DSYCWAAVQ QKNSLQSESG NLPLWLHKFF PYILLLFAIL LYLPPLFWRF AAAPHICSDL KFIMEELDKV YNRAIKAAKS A RDLDMRDG ...文字列: MAIAQLATEY VFSDFLLKEP TEPKFKGLRL ELAVDKMVTC IAVGLPLLLI SLAFAQEISI GTQISCFSPS SFSWRQAAFV DSYCWAAVQ QKNSLQSESG NLPLWLHKFF PYILLLFAIL LYLPPLFWRF AAAPHICSDL KFIMEELDKV YNRAIKAAKS A RDLDMRDG ACSVPGVTEN LGQSLWEVSE SHFKYPIVEQ YLKTKKNSNN LIIKYISCRL LTLIIILLAC IYLGYYFSLS SL SDEFVCS IKSGILRNDS TVPDQFQCKL IAVGIFQLLS VINLVVYVLL APVVVYTLFV PFRQKTDVLK VYEILPTFDV LHF KSEGYN DLSLYNLFLE ENISEVKSYK CLKVLENIKS SGQGIDPMLL LTNLGMIKMD VVDGKTPMSA EMREEQGNQT AELQ GMNID SETKANNGEK NARQRLLDSS C |
-分子 #2: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine
分子 | 名称: 1-palmitoyl-2-oleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 49 / 式: LBN |
---|---|
分子量 | 理論値: 760.076 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-LBN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
濃度 | 3.0 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
| |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: MOLYBDENUM / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA KF80 |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 30 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 1083 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 5.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN |