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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31297 | |||||||||
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タイトル | C5 portal vertex in the enveloped virion capsid | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=16 icosahedral viral capsid / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral release from host cell / chromosome organization / viral process / virion component / viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification ...T=16 icosahedral viral capsid / viral genome packaging / viral tegument / viral capsid assembly / viral release from host cell / chromosome organization / viral process / virion component / viral capsid / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / host cell cytoplasm / cysteine-type deubiquitinase activity / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | HHV-5, Human herpesvirus 5 / Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Z / Yu X | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021 タイトル: Structural basis for genome packaging, retention, and ejection in human cytomegalovirus. 著者: Zhihai Li / Jingjing Pang / Lili Dong / Xuekui Yu / 要旨: How the human cytomegalovirus (HCMV) genome-the largest among human herpesviruses-is packaged, retained, and ejected remains unclear. We present the in situ structures of the symmetry-mismatched ...How the human cytomegalovirus (HCMV) genome-the largest among human herpesviruses-is packaged, retained, and ejected remains unclear. We present the in situ structures of the symmetry-mismatched portal and the capsid vertex-specific components (CVSCs) of HCMV. The 5-fold symmetric 10-helix anchor-uncommon among known portals-contacts the portal-encircling DNA, which is presumed to squeeze the portal as the genome packaging proceeds. We surmise that the 10-helix anchor dampens this action to delay the portal reaching a "head-full" packaging state, thus facilitating the large genome to be packaged. The 6-fold symmetric turret, latched via a coiled coil to a helix from a major capsid protein, supports the portal to retain the packaged genome. CVSCs at the penton vertices-presumed to increase inner capsid pressure-display a low stoichiometry, which would aid genome retention. We also demonstrate that the portal and capsid undergo conformational changes to facilitate genome ejection after viral cell entry. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31297.map.gz | 58.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31297-v30.xml emd-31297.xml | 20.2 KB 20.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31297.png | 33.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31297 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31297 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31297_validation.pdf.gz | 630.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31297_full_validation.pdf.gz | 630.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31297_validation.xml.gz | 5.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31297_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31297 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31297 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31297.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.625 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Human betaherpesvirus 5
全体 | 名称: Human betaherpesvirus 5 (ヘルペスウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human betaherpesvirus 5
超分子 | 名称: Human betaherpesvirus 5 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10359 / 生物種: Human betaherpesvirus 5 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Triplex capsid protein 2
分子 | 名称: Triplex capsid protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-5, Human herpesvirus 5 |
分子量 | 理論値: 34.63575 KDa |
配列 | 文字列: MAAMEANIFC TFDHKLSIAD VGKLTKLVAA VVPIPQRLHL IKHYQLGLHQ FVDHTRGYVR LRGLLRNMTL TLMRRVEGNQ ILLHVPTHG LLYTVLNTGP VTWEKGDALC VLPPLFHGPL ARENLLTLGQ WELVLPWIVP MPLALEINQR LLIMGLFSLD R SYEEVKAA ...文字列: MAAMEANIFC TFDHKLSIAD VGKLTKLVAA VVPIPQRLHL IKHYQLGLHQ FVDHTRGYVR LRGLLRNMTL TLMRRVEGNQ ILLHVPTHG LLYTVLNTGP VTWEKGDALC VLPPLFHGPL ARENLLTLGQ WELVLPWIVP MPLALEINQR LLIMGLFSLD R SYEEVKAA VQQLQTITFR DATFTIPDPV IDQHLLIDMK TACLSMSMVA NLASELTMTY VRKLALEDSS MLLVKCQELL MR LDRERSV GEPRTPARPQ HVSPDDEIAR LSALFVMLRQ LDDLIREQVV FTVCDVSPDN KSATCIFKG |
-分子 #2: Large tegument protein deneddylase
分子 | 名称: Large tegument protein deneddylase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquitinyl hydrolase 1 |
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由来(天然) | 生物種: HHV-5, Human herpesvirus 5 |
分子量 | 理論値: 253.541141 KDa |
配列 | 文字列: MKVTQASCHQ GDIARFGARA GNQCVCNGIM FLHALHLGGT SAVLQTEALD AIMEEGARLD ARLERELQKK LPAGGRLPVY RLGDEVPRR LESRFGRTVH ALSRPFNGTT ETCDLDGYMC PGIFDFLRYA HAKPRPTYVL VTVNSLARAV VFTEDHMLVF D PHSSAECH ...文字列: MKVTQASCHQ GDIARFGARA GNQCVCNGIM FLHALHLGGT SAVLQTEALD AIMEEGARLD ARLERELQKK LPAGGRLPVY RLGDEVPRR LESRFGRTVH ALSRPFNGTT ETCDLDGYMC PGIFDFLRYA HAKPRPTYVL VTVNSLARAV VFTEDHMLVF D PHSSAECH NAAVYHCEGL HQVLMVLTGF GVQLSPAFYY EALFLYMLDV ATVPEAEIAA RLVSTYRDRD IDLTGVVRES AD TAATTTT AAPSLPPLPD PIVDPGCPPG VAPSIPVYDP SSSPKKTPEK RRKDLSGSKH GGKKKPPSTT SKTLATASSS PSA IAAASS SSAVPPSYSC GEGALPALGR YQQLVDEVEQ ELKALTLPPL PANTSAWTLH AAGTESGANA ATATAPSFDE AFLT DRLQQ LIIHAVNQRS CLRRPCGPQS AAQQAVRAYL GLSKKLDAFL LNWLHHGLDL QRMHDYLSHK TTKGTYSTLD RALLE KMQV VFDPYGRQHG PALIAWVEEM LRYVESKPTN ELSQRLQRFV TKRPMPVSDS FVCLRPVDFQ RLTQVIEQRR RVLQRQ REE YHGVYEHLAG LITSIDIHDL DASDLNRREI LKALQPLDDN AKQELFRLGN AKMLELQMDL DRLSTQLLTR VHNHILN GF LPVEDLKQME RVVEQVLRLF YDLRDLKLCD GSYEEGFVVI REQLSYLMTG TVRDNVPLLQ EILQLRHAYQ QATQQNEG R LTQIHDLLHV IETLVRDPGS RGSALTLALV QEQLAQLEAL GGLQLPEVQQ RLQNAQLALS RLYEEEEETQ RFLDGLSYD DPPNEQTIKR HPQLREMLRR DEQTRLRLIN AVLSMFHTLV MRLARDESPR PTFFDAVSLL LQQLPPDSHE REDLRAANAT YAQMVKKLE QIEKAGTGAS EKRFQALREL VYFFRNHEYF FQHMVGRLGV GPQVTELYER YQHEMEEQHL ERLEREWQEE A GKLTVTSV EDVQRVLARA PSHRVMHQMQ QTLTTKMQDF LDKEKRKQEE QQRQLLDGYQ KKVQQDLQRV VDAVKGEMLS TI PHQPLEA TLELLLGLDQ RAQPLLDKFN QDLLSALQQL SKKLDGRINE CLHGVLTGDV ERRCHPHREA AMQTQASLNH LDQ ILGPQL LIHETQQALQ HAVHQAQFIE KCQQGDPTTA ITGSEFEGDF ARYRSSQQKM EEQLQETRQQ MTETSERLDR SLRQ DPGSS SVTRVPEKPF KGQELAGRIT PPPADFQQPV FKTLLDQQAD AARKALSDEA DLLNQKVQTQ LRQRDEQLST AQNLW TDLV TRHKMSGGLD VTTPDAKALM EKPLETLREL LGKATQQLPY LSAERTVRWM LAFLEEALAQ ITADPTHPHH GSRTHY RNL QQQAVESAVT LAHQIEQNAA CENFIAQHQE ATANGASTPR VDMVQAVEAV WQRLEPGRVA GGAARHQKVQ ELLQRLG QT LGDLELQETL ATEYFALLHG IQTFSYGLDF RSQLEKIRDL RTRFAELAKR RGTRLSNEGV LPNPRKPQAT TSLGAFTR G LNALERHVQL GHQYLLNKLN GSSLVYRLED IPSVLPATHE TDPALIMRDR LRRLCFARHH DTFLEVVDVF GMRQIVTQA GEPIHLVTDY GNVAFKYLAL RDDGRPLAWR RRCSGGGLKN VVTTRYKAIT VAVAVCQTLR TFWPQISQYD LRPYLTQHQS HTHPAETHT LHNLKLFCYL VSTAWHQRID TQQELTAADR VGSGEGGDVG EQRPGRGTVL RLSLQEFCVL IAALYPEYIY T VLKYPVQM SLPSLTAHLH QDVIHAVVNN THKMPPDHLP EQVKAFCITP TQWPAMQLNK LFWENKLVQQ LCQVGPQKST PP LGKLWLY AMATLVFPQD MLQCLWLELK PQYAETYASV SELVQTLFQI FTQQCEMVTE GYTQPQLPTG EPVLQMIRVP RQD TTTTDT NTTTEPGLLD VFIQTETALD YALGSWLFGI PVCLGVHVAD LLKGQRILVA RHLEYTSRDR DFLRIQRSRD LNLS QLLQD TWTETPLEHC WLQAQIRRLR DYLRFPTRLE FIPLVIYNAQ DHTVVRVLRP PSTFEQDHSR LVLDEAFPTF PLYDQ DDNS SADNIAASGA APTPPVPFNR VPVNIQFLRE NPPPIARVQQ PPRRHRHRAA AAADDDGQID HVQDDTSRTA DSALVS TAF GGSVFQENRL GETPLCRDEL VAVAPGAAST SFASPPITVL TQNVLSALEI LRLVRLDLRQ LAQSVQDTIQ HMRFLYL L |
-分子 #3: Triplex capsid protein 1
分子 | 名称: Triplex capsid protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-5, Human herpesvirus 5 |
分子量 | 理論値: 33.07127 KDa |
配列 | 文字列: MDARAVAKRP RDPADEDNEL VTALKAKREV NTISVRYLYH ADHQALTARF FVPEGLVEFE AQPGALLIRM ETGCDSPRHL YISLYLLGI RASNVSASTR CLLESVYTAS AARAALQWLD LGPHLLHRRL ETLGCVKTVS LGITSLLTCV MRGYLYNTLK T EVFALMIP ...文字列: MDARAVAKRP RDPADEDNEL VTALKAKREV NTISVRYLYH ADHQALTARF FVPEGLVEFE AQPGALLIRM ETGCDSPRHL YISLYLLGI RASNVSASTR CLLESVYTAS AARAALQWLD LGPHLLHRRL ETLGCVKTVS LGITSLLTCV MRGYLYNTLK T EVFALMIP KDMYLTWEET RGRLQYVYLI IVYDYDGPET RPGIYVLTSS IAHWQTLVDV ARGKFARERC SFVNRRITRP RQ IPLCTGV IQKLGWCLAD DIHTSFLVHK ELKLSVVRLD NFSVELGDFR EFV |
-分子 #4: Capsid vertex component 1
分子 | 名称: Capsid vertex component 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-5, Human herpesvirus 5 |
分子量 | 理論値: 68.567211 KDa |
配列 | 文字列: METHLYSDLA FEARFADDEQ LPLHLVLDQE VLSNEEAETL RYVYYRNVDS AGRSTGRAPG GDEDDAPASD DAEDAVGGDR AFDRERRTW QRACFRVLPR PLELLDYLRQ SGLTVTLEKE QRVRMFYAVF TTLGLRCPDN RLSGAQTLHL RLVWPDGSYR D WEFLARDL ...文字列: METHLYSDLA FEARFADDEQ LPLHLVLDQE VLSNEEAETL RYVYYRNVDS AGRSTGRAPG GDEDDAPASD DAEDAVGGDR AFDRERRTW QRACFRVLPR PLELLDYLRQ SGLTVTLEKE QRVRMFYAVF TTLGLRCPDN RLSGAQTLHL RLVWPDGSYR D WEFLARDL LREEMEANKR DRQHQLATTT NHRRRGGLRN NLDNGSDRRL PEAAVASLET AVSTPFFEIP NGAGTSSANG DG RFSNLEQ RVARLLRGDE EFIYHAGPLE PPSKIRGHEL VQLRLDVNPD LMYATDPHDR DEVARTDEWK GAGVSRLREV WDV QHRVRL RVLWYVNSFW RSRELSYDDH EVELYRALDA YRARIAVEYV LIRAVRDEIY AVLRRDGGAL PQRFACHVSR NMSW RVVWE LCRHALALWM DWADVRSCII KALTPRLSRG AAAAAQRARR QRERSAPKPQ ELLFGPRNES GPPAEQTWYA DVVRC VRAQ VDLGVEVRAA RCPRTGLWIV RDRRGRLRRW LSQPEVCVLY VTPDLDFYWV LPGGFAVSSR VTLHGLAQRA LRDRFQ NFE AVLARGMHVE AGRQEPETPR VSGRRLPFDD L |
-分子 #5: Capsid vertex component 2
分子 | 名称: Capsid vertex component 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-5, Human herpesvirus 5 |
分子量 | 理論値: 71.26957 KDa |
配列 | 文字列: MSLLHTFWRL PVAVFFEPHE ENVLRCPERV LRRLLEDAAV TMRGGGWRED VLMDRVRKRY LRQELRDLGH RVQTYCEDLE GRVSEAEAL LNQQCELDEG PSPRTLLQPP CRPRSSSPGT GVAGASAVPH GLYSRHDAIT GPAAAPSDVV APSDAVAASA A AGASSTWL ...文字列: MSLLHTFWRL PVAVFFEPHE ENVLRCPERV LRRLLEDAAV TMRGGGWRED VLMDRVRKRY LRQELRDLGH RVQTYCEDLE GRVSEAEAL LNQQCELDEG PSPRTLLQPP CRPRSSSPGT GVAGASAVPH GLYSRHDAIT GPAAAPSDVV APSDAVAASA A AGASSTWL AQCAERPLPG NVPSYFGITQ NDPFIRFHTD FRGEVVNTMF ENASTWTFSF GIWYYRLKRG LYTQPRWKRV YH LAQMDNF SISQELLLGV VNALENVTVY PTYDCVLSDL EAAACLLAAY GHALWEGRDP PDSVATVLGE LPQLLPRLAD DVS REIAAW EGPVAAGNNY YAYRDSPDLR YYMPLSGGRH YHPGTFDRHV LVRLFHKRGV IQHLPGYGTI TEELVQERLS GQVR DDVLS LWSRRLLVGK LGRDVPVFVH EQQYLRSGLT CLAGLLLLWK VTNADSVFAP RTGKFTLADL LGSDAVAGGG LPGGR AGGE EEGYGGRHGR VRNFEFLVRY YIGPWYARDP AVTLSQLFPG LALLAVTESV RSGWDPSRRE DSAGGGDGGG AVLMQL SKS NPVADYMFAQ SSKQYGDLRR LEVHDALLFH YEHGLGRLLS VTLPRHRVST LGSSLFNVND IYELLYFLVL GFLPSVA VL |
-分子 #6: ORFL92C_UL32
分子 | 名称: ORFL92C_UL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-5, Human herpesvirus 5 |
分子量 | 理論値: 112.829102 KDa |
配列 | 文字列: MSLQFIGLQR RDVVALVNFL RHLTQKPDVD LEAHPKILKK CGEKRLHRRT VLFNELMLWL GYYRELRFHN PDLSSVLEEF EVRCVAVAR RGYTYPFGDR GKARDHLAVL DRTEFDTDVR HDAEIVERAL VSAVILAKMS VRETLVTAIG QTEPIAFVHL K DTEVQRIE ...文字列: MSLQFIGLQR RDVVALVNFL RHLTQKPDVD LEAHPKILKK CGEKRLHRRT VLFNELMLWL GYYRELRFHN PDLSSVLEEF EVRCVAVAR RGYTYPFGDR GKARDHLAVL DRTEFDTDVR HDAEIVERAL VSAVILAKMS VRETLVTAIG QTEPIAFVHL K DTEVQRIE ENLEGVRRNM FCVKPLDLNL DRHANTALVN AVNKLVYTGR LIMNVRRSWE ELERKCLARI QERCKLLVKE LR MCLSFDS NYCRNILKHA VENGDSADTL LELLIEDFDI YVDSFPQSAH TFLGARSPSL EFDDDANLLS LGGGSAFSSV PKK HVPTQP LDGWSWIASP WKGHKPFRFE AHGSLAPAAE AHAARSAAVG YYDEEEKRRE RQKRVDDEVV QREKQQLKAW EERQ QNLQQ RQQQPPPPAR KPSASRRLFG SSADEDDDDD DDEKNIFTPI KKPGTSGKGA ASGGGVSSIF SGLLSSGSQK PTSGP LNIP QQQQRHAAFS LVSPQVTKAS PGRVRRDSAW DVRPLTETRG DLFSGDEDSD SSDGYPPNRQ DPRFTDTLVD ITDTET SAK PPVTTAYKFE QPTLTFGAGV NVPAGAGAAI LTPTPVNPST APAPAPTPTF AGTQTPVNGN SPWAPTAPLP GDMNPAN WP RERAWALKNP HLAYNPFRMP TTSTASQNTV STTPRRPSTP RAAVTQTASR DAADEVWALR DQTAESPVED SEEEDDDS S DTGSVVSLGH TTPSSDYNND VISPPSQTPE QSTPSRIRKA KLSSPMTTTS TSQKPVLGKR VATPHASARA QTVTSTPVQ GRLEKQVSGT PSTVPATLLQ PQPASSKTTS SRNVTSGAGT SSASSARQPS ASASVLSPTE DDVVSPATSP LSMLSSASPS PAKSAPPSP VKGRGSRVGV PSLKPTLGGK AVVGRPPSVP VSGSAPGRLS GSSRAASTTP TYPAVTTVYP PSSTAKSSVS N APPVASPS ILKPGASAAL QSRRSTGTAA VGSPVKSTTG MKTVAFDLSS PQKSGTGPQP GSAGMGGAKT PSDAVQNILQ KI EKIKNTE E |
-分子 #7: Small capsomere-interacting protein
分子 | 名称: Small capsomere-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-5, Human herpesvirus 5 |
分子量 | 理論値: 8.495924 KDa |
配列 | 文字列: MSNTAPGPTV ANKRDEKHRH VVNVVLELPT EISEATHPVL ATMLSKYTRM SSLFNDKCAF KLDLLRMVAV SRTRR |
-分子 #8: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: HHV-5, Human herpesvirus 5 |
分子量 | 理論値: 154.048906 KDa |
配列 | 文字列: MENWSALELL PKVGIPTDFL THVKTSAGEE MFEALRIYYG DDPERYNIHF EAIFGTFCNR LEWVYFLTSG LAAAAHAIKF HDLNKLTTG KMLFHVQVPR VASGAGLPTS RQTTIMVTKY SEKSPITIPF ELSAACLTYL RETFEGTILD KILNVEAMHT V LRALKNTA ...文字列: MENWSALELL PKVGIPTDFL THVKTSAGEE MFEALRIYYG DDPERYNIHF EAIFGTFCNR LEWVYFLTSG LAAAAHAIKF HDLNKLTTG KMLFHVQVPR VASGAGLPTS RQTTIMVTKY SEKSPITIPF ELSAACLTYL RETFEGTILD KILNVEAMHT V LRALKNTA DAMERGLIHS FLQTLLRKAP PYFVVQTLVE NATLARQALN RIQRSNILQS FKAKMLATLF LLNRTRDRDY VL KFLTRLA EAATDSILDN PTTYTTSSGA KISGVMVSTA NVMQIIMSLL SSHITKETVS APATYGNFVL SPENAVTAIS YHS ILADFN SYKAHLTSGQ PHLPNDSLSQ AGAHSLTPLS MDVIRLGEKT VIMENLRRVY KNTDTKDPLE RNVDLTFFFP VGLY LPEDR GYTTVESKVK LNDTVRNALP TTAYLLNRDR AVQKIDFVDA LKTLCHPVLH EPAPCLQTFT ERGPPSEPAM QRLLE CRFQ QEPMGGAARR IPHFYRVRRE VPRTVNEMKQ DFVVTDFYKV GNITLYTELH PFFDFTHCQE NSETVALCTP RIVIGN LPD GLAPGPFHEL RTWEIMEHMR LRPPPDYEET LRLFKTTVTS PNYPELCYLV DVLVHGNVDA FLLIRTFVAR CIVNMFH TR QLLVFAHSYA LVTLIAEHLA DGALPPQLLF HYRNLVAVLR LVTRISALPG LNNGQLAEEP LSAYVNALHD HRLWPPFV T HLPRNMEGVQ VVADRQPLNP ANIEARHHGV SDVPRLGAMD ADEPLFVDDY RATDDEWTLQ KVFYLCLMPA MTNNRACGL GLNLKTLLVD LFYRPAFLLM PAATAVSTSG TTSKESTSGV TPEDSIAAQR QAVGEMLTEL VEDVATDAHT PLLQACRELF LAVQFVGEH VKVLEVRAPL DHAQRQGLPD FISRQHVLYN GCCVVTAPKT LIEYSLPVPF HRFYSNPTIC AALSDDIKRY V TEFPHYHR HDGGFPLPTA FAHEYHNWLR SPFSRYSATC PNVLHSVMTL AAMLYKISPV SLVLQTKAHI HPGFALTAVR TD TFEVDML LYSGKSCTSV IINNPIVTKE ERDISTTYHV TQNINTVDMG LGYTSNTCVA YVNRVRTDMG VRVQDLFRVF PMN VYRHDE VDRWIRHAAG VERPQLLDTE TISMLTFGSM SERNAAATVH GQKAACELIL TPVTMDVNYF KIPNNPRGRA SCML AVDPY DTEAATKAIY DHREADAQTF AATHNPWASQ AGCLSDVLYN TRHRERLGYN SKFYSPCAQY FNTEEIIAAN KTLFK TIDE YLLRAKDCIR GDTDTQYVCV EGTEQLIENP CRLTQEALPI LSTTTLALME TKLKGGAGAF ATSETHFGNY VVGEII PLQ QSMLFNS |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 23136 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |