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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-31079 | |||||||||
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タイトル | Cyanophage Pam1 portal-adaptor complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 | Pam1 != unidentified Pam1
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キーワード | Portal and adaptor proteins / VIRUS | |||||||||
生物種 | unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Zhang JT / Jiang YL | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Structure and assembly pattern of a freshwater short-tailed cyanophage Pam1. 著者: Jun-Tao Zhang / Feng Yang / Kang Du / Wei-Fang Li / Yuxing Chen / Yong-Liang Jiang / Qiong Li / Cong-Zhao Zhou / 要旨: Despite previous structural analyses of bacteriophages, quite little is known about the structures and assembly patterns of cyanophages. Using cryo-EM combined with crystallography, we solve the near- ...Despite previous structural analyses of bacteriophages, quite little is known about the structures and assembly patterns of cyanophages. Using cryo-EM combined with crystallography, we solve the near-atomic-resolution structure of a freshwater short-tailed cyanophage, Pam1, which comprises a 400-Å-long tail and an icosahedral capsid of 650 Å in diameter. The outer capsid surface is reinforced by trimeric cement proteins with a β-sandwich fold, which structurally resemble the distal motif of Pam1's tailspike, suggesting its potential role in host recognition. At the portal vertex, the dodecameric portal and connected adaptor, followed by a hexameric needle head, form a DNA ejection channel, which is sealed by a trimeric needle. Moreover, we identify a right-handed rifling pattern that might help DNA to revolve along the wall of the ejection channel. Our study reveals the precise assembly pattern of a cyanophage and lays the foundation to support its practical biotechnological and environmental applications. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_31079.map.gz | 95.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-31079-v30.xml emd-31079.xml | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_31079.png | 102.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-31079.cif.gz | 5.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31079 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-31079 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_31079_validation.pdf.gz | 662.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_31079_full_validation.pdf.gz | 661.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_31079_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_31079_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31079 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-31079 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_31079.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.013 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Pam1
全体 | 名称: Pam1 |
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要素 |
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-超分子 #1: unidentified
超分子 | 名称: unidentified / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 32644 / 生物種: unidentified / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Pseudanabaena mucicola (バクテリア) |
-分子 #1: Pam1 portal proteins
分子 | 名称: Pam1 portal proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 67.483438 KDa |
配列 | 文字列: MEDTMTMPSH AQLKAYFEEA RDANEEYRKE AFIDRDYFDG HQWTEEELQK LEARKQPATY FNEVKLSIRG LVGVFEQGDS DPRAWPRNP QDEDSADIAT KALRYVKDYS EWSDERSRAA LNYFVEGTCA AIVGVDENGR PEIEPIRFEE FFHDPRSREL D FSDARFKG ...文字列: MEDTMTMPSH AQLKAYFEEA RDANEEYRKE AFIDRDYFDG HQWTEEELQK LEARKQPATY FNEVKLSIRG LVGVFEQGDS DPRAWPRNP QDEDSADIAT KALRYVKDYS EWSDERSRAA LNYFVEGTCA AIVGVDENGR PEIEPIRFEE FFHDPRSREL D FSDARFKG VAKWRFADEV GMEYGIKGEI DGALDGDSEG LSIGGDTFGD RPDGKISSWI DSKLRRVFVV EMYVRWNGVW IR ALFWGRG ILEMSVSAYL DRNGKPTCPI EARSCYIDRE NRRYGEVRDL RSPQDAINKR ESKLLHMLNN RQAIATNPEY AYN SDAEMV RKEMSKPDGI IPPGWQPASM TDLANGQFAL LSSAREFIQR IGQNPSVLAA QSASASGRAQ LARQQAGMVD SAMA LNGLR RFELAVYRQA WLRCRQFWKA PDYIRVTDDE GAPQFVGINQ PIKGPPQPVL NEMGQVVIAE PILGYENALA ELDVD INID AVPDTANLAQ EQFLQLTELA RLYGPQEVPF DDLLELSSMP EKTKLIAKRR ERSEQMAQVQ AQQGQMQEQI AMQGAM AEI ENTQADTAYL AARAQNEMLK PQIEAFKAGF GAA |
-分子 #2: Pam1 adaptor proteins
分子 | 名称: Pam1 adaptor proteins / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 19.901504 KDa |
配列 | 文字列: MITCRDIITL GLQQARVVPL GREPKAKEAD AGLTVLQSIY DSMFADGPLG PFTEVYATSA YTAQENERIV TNGAAITIPQ TITEGNETR KPYDLTAIIV INGAAQENHV FSLGRWQTAH DLTLNSEAPL AERDKAGLAA LFAMEFAEMF GAELPPRTTA R GFRFKGAI SQKLATKRDD PVYY |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 300 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 21762 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |