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万見
- EMDB-30495: Cryo-EM structure of human TMEM120A/TACAN -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30495
タイトルCryo-EM structure of human TMEM120A/TACAN
マップデータ
試料
  • 複合体: Homodimer of human TMEM120A
    • タンパク質・ペプチド: MCherry fluorescent protein,Ion channel TACAN
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme A binding / protein heterooligomerization / nuclear inner membrane / monoatomic ion channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / fat cell differentiation / antiviral innate immune response / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / protein homooligomerization ...coenzyme A binding / protein heterooligomerization / nuclear inner membrane / monoatomic ion channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / fat cell differentiation / antiviral innate immune response / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / protein homooligomerization / monoatomic ion transmembrane transport / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ion channel TACAN/TMEM120B / TMEM120A/B / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protein 120A / MCherry fluorescent protein
類似検索 - 構成要素
生物種Anaplasma marginale (バクテリア) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yan Z / Wu J
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of human TMEM120A and TMEM120B.
著者: Meng Ke / Yue Yu / Changjian Zhao / Shirong Lai / Qiang Su / Weidan Yuan / Lina Yang / Dong Deng / Kun Wu / Weizheng Zeng / Jia Geng / Jianping Wu / Zhen Yan /
履歴
登録2020年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年9月1日-
マップ公開2021年9月1日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7cxr
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30495.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30495.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 220 pix.
= 239.14 Å		1.09 Å/pix.
x 220 pix.
= 239.14 Å		1.09 Å/pix.
x 220 pix.
= 239.14 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-3.3260713 - 8.23244
平均 (標準偏差)0.002515657 (±0.08435696)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 239.14 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z220220220
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z239.140239.140239.140
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ535455
NX/NY/NZ134138134
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS220220220
D min/max/mean-3.3268.2320.003

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_30495_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_30495_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_30495_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_30495_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homodimer of human TMEM120A

全体名称: Homodimer of human TMEM120A
要素
  • 複合体: Homodimer of human TMEM120A
    • タンパク質・ペプチド: MCherry fluorescent protein,Ion channel TACAN

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超分子 #1: Homodimer of human TMEM120A

超分子名称: Homodimer of human TMEM120A / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Anaplasma marginale (バクテリア)

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分子 #1: MCherry fluorescent protein,Ion channel TACAN

分子名称: MCherry fluorescent protein,Ion channel TACAN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 72.643555 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDYKDDDDKG SDYKDDDDKG SDYKDDDDKG SDEVDAMVSK GEEDNMAIIK EFMRFKVHME GSVNGHEFEI EGEGEGRPYE GTQTAKLKV TKGGPLPFAW DILSPQFMYG SKAYVKHPAD IPDYLKLSFP EGFKWERVMN FEDGGVVTVT QDSSLQDGEF I YKVKLRGT ...文字列:
MDYKDDDDKG SDYKDDDDKG SDYKDDDDKG SDEVDAMVSK GEEDNMAIIK EFMRFKVHME GSVNGHEFEI EGEGEGRPYE GTQTAKLKV TKGGPLPFAW DILSPQFMYG SKAYVKHPAD IPDYLKLSFP EGFKWERVMN FEDGGVVTVT QDSSLQDGEF I YKVKLRGT NFPSDGPVMQ KKTMGWEASS ERMYPEDGAL KGEIKQRLKL KDGGHYDAEV KTTYKAKKPV QLPGAYNVNI KL DITSHNE DYTIVEQYER AEGRHSTGGM DELYKLEVLF QGPEFMQPPP PGPLGDCLRD WEDLQQDFQN IQETHRLYRL KLE ELTKLQ NNCTSSITRQ KKRLQELALA LKKCKPSLPA EAEGAAQELE NQMKERQGLF FDMEAYLPKK NGLYLSLVLG NVNV TLLSK QAKFAYKDEY EKFKLYLTII LILISFTCRF LLNSRVTDAA FNFLLVWYYC TLTIRESILI NNGSRIKGWW VFHHY VSTF LSGVMLTWPD GLMYQKFRNQ FLSFSMYQSF VQFLQYYYQS GCLYRLRALG ERHTMDLTVE GFQSWMWRGL TFLLPF LFF GHFWQLFNAL TLFNLAQDPQ CKEWQVLMCG FPFLLLFLGN FFTTLRVVHH KFHSQRHGSK KD

UniProtKB: MCherry fluorescent protein, Transmembrane protein 120A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab Initio
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 79080
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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