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- EMDB-3001: MicroED structure of the segment, GVVHGVTTVA, from the A53T famil... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3001
タイトルMicroED structure of the segment, GVVHGVTTVA, from the A53T familial mutant of Parkinson's disease protein, alpha-synuclein, residues 47-56
マップデータ2mFo-dFc map covering multiple unit cells. Structure factors measured from micro electron diffraction (microED) methods.
試料
  • 試料: GVVHGVTTVA, a segment from the A53T familial mutant of Parkinson's disease protein, alpha-synuclein, residues 47-56
  • タンパク質・ペプチド: alpha synuclein residues 47-56
キーワードAmyloid fibrils / alpha-synuclein / MicroED Crystallography / Parkinson's Disease / Peptide / familial mutation A53T
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / response to desipramine / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / regulation of synaptic vesicle recycling ...negative regulation of mitochondrial electron transport, NADH to ubiquinone / neutral lipid metabolic process / regulation of acyl-CoA biosynthetic process / negative regulation of dopamine uptake involved in synaptic transmission / negative regulation of norepinephrine uptake / response to desipramine / positive regulation of SNARE complex assembly / positive regulation of hydrogen peroxide catabolic process / supramolecular fiber / regulation of synaptic vesicle recycling / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / positive regulation of protein localization to cell periphery / mitochondrial membrane organization / negative regulation of exocytosis / regulation of glutamate secretion / dopamine biosynthetic process / response to iron(II) ion / positive regulation of neurotransmitter secretion / regulation of macrophage activation / negative regulation of dopamine metabolic process / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / SNARE complex assembly / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / Lewy body / regulation of locomotion / negative regulation of microtubule polymerization / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / synaptic vesicle priming / regulation of norepinephrine uptake / transporter regulator activity / protein kinase inhibitor activity / synaptic vesicle transport / dopamine uptake involved in synaptic transmission / regulation of dopamine secretion / positive regulation of receptor recycling / positive regulation of exocytosis / cuprous ion binding / mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / nuclear outer membrane / dynein complex binding / response to magnesium ion / synaptic vesicle exocytosis / positive regulation of endocytosis / negative regulation of serotonin uptake / response to type II interferon / kinesin binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of presynapse assembly / synaptic vesicle endocytosis / alpha-tubulin binding / beta-tubulin binding / phospholipase binding / phospholipid metabolic process / supramolecular fiber organization / behavioral response to cocaine / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / inclusion body / cellular response to epinephrine stimulus / Hsp70 protein binding / enzyme inhibitor activity / response to interleukin-1 / axon terminus / cellular response to copper ion / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of microtubule cytoskeleton organization / SNARE binding / adult locomotory behavior / glutathione metabolic process / protein tetramerization / excitatory postsynaptic potential / protein sequestering activity / tubulin binding / phosphoprotein binding / microglial cell activation / ferrous iron binding / fatty acid metabolic process / PKR-mediated signaling / receptor internalization / phospholipid binding / synapse organization / regulation of long-term neuronal synaptic plasticity / protein destabilization / tau protein binding / enzyme activator activity / terminal bouton / positive regulation of inflammatory response / long-term synaptic potentiation / synaptic vesicle membrane / actin cytoskeleton / growth cone / actin binding / cellular response to oxidative stress / neuron apoptotic process / cell cortex / histone binding / response to lipopolysaccharide / microtubule binding / amyloid fibril formation / chemical synaptic transmission
類似検索 - 分子機能
Synuclein / Alpha-synuclein / Synuclein
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Rodriguez JA / Ivanova M / Sawaya MR / Cascio D / Reyes F / Shi D / Johnson L / Guenther E / Sangwan S / Hattne J ...Rodriguez JA / Ivanova M / Sawaya MR / Cascio D / Reyes F / Shi D / Johnson L / Guenther E / Sangwan S / Hattne J / Nannenga B / Gonen T / Eisenberg D
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structure of the toxic core of α-synuclein from invisible crystals.
著者: Jose A Rodriguez / Magdalena I Ivanova / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Francis E Reyes / Dan Shi / Smriti Sangwan / Elizabeth L Guenther / Lisa M Johnson / Meng Zhang / Lin Jiang / Mark ...著者: Jose A Rodriguez / Magdalena I Ivanova / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / Francis E Reyes / Dan Shi / Smriti Sangwan / Elizabeth L Guenther / Lisa M Johnson / Meng Zhang / Lin Jiang / Mark A Arbing / Brent L Nannenga / Johan Hattne / Julian Whitelegge / Aaron S Brewster / Marc Messerschmidt / Sébastien Boutet / Nicholas K Sauter / Tamir Gonen / David S Eisenberg /
要旨: The protein α-synuclein is the main component of Lewy bodies, the neuron-associated aggregates seen in Parkinson disease and other neurodegenerative pathologies. An 11-residue segment, which we term ...The protein α-synuclein is the main component of Lewy bodies, the neuron-associated aggregates seen in Parkinson disease and other neurodegenerative pathologies. An 11-residue segment, which we term NACore, appears to be responsible for amyloid formation and cytotoxicity of human α-synuclein. Here we describe crystals of NACore that have dimensions smaller than the wavelength of visible light and thus are invisible by optical microscopy. As the crystals are thousands of times too small for structure determination by synchrotron X-ray diffraction, we use micro-electron diffraction to determine the structure at atomic resolution. The 1.4 Å resolution structure demonstrates that this method can determine previously unknown protein structures and here yields, to our knowledge, the highest resolution achieved by any cryo-electron microscopy method to date. The structure exhibits protofibrils built of pairs of face-to-face β-sheets. X-ray fibre diffraction patterns show the similarity of NACore to toxic fibrils of full-length α-synuclein. The NACore structure, together with that of a second segment, inspires a model for most of the ordered portion of the toxic, full-length α-synuclein fibril, presenting opportunities for the design of inhibitors of α-synuclein fibrils.
履歴
登録2015年5月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年5月20日-
マップ公開2015年9月9日-
更新2015年10月7日-
現状2015年10月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-4znn
  • 表面レベル: 0.16
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_3001.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3001.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 300.8 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2mFo-dFc map covering multiple unit cells. Structure factors measured from micro electron diffraction (microED) methods.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
0.39 Å/pix.
x 25 pix.
= 4.71 Å		0.45 Å/pix.
x 43 pix.
= 17.93 Å		0.46 Å/pix.
x 73 pix.
= 33.03 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.44825 Å / Y: 0.3925 Å / Z: 0.45875 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.15 / ムービー #1: 0.16
最小 - 最大-0.36814296 - 0.72161025
平均 (標準偏差)0.00053297 (±0.15705723)
対称性空間群: 4
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-210-12
サイズ437325
Spacing124072
セルA: 17.93 Å / B: 4.71 Å / C: 33.03 Å
α: 90.0 ° / β: 94.326 ° / γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.448250.39250.45875
M x/y/z401272
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z17.9304.71033.030
α/β/γ90.00094.32690.000
start NX/NY/NZ-21-120
NX/NY/NZ432573
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS0-21-12
NC/NR/NS734325
D min/max/mean-0.3680.7220.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : GVVHGVTTVA, a segment from the A53T familial mutant of Parkinson'...

全体名称: GVVHGVTTVA, a segment from the A53T familial mutant of Parkinson's disease protein, alpha-synuclein, residues 47-56
要素
  • 試料: GVVHGVTTVA, a segment from the A53T familial mutant of Parkinson's disease protein, alpha-synuclein, residues 47-56
  • タンパク質・ペプチド: alpha synuclein residues 47-56

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超分子 #1000: GVVHGVTTVA, a segment from the A53T familial mutant of Parkinson'...

超分子名称: GVVHGVTTVA, a segment from the A53T familial mutant of Parkinson's disease protein, alpha-synuclein, residues 47-56
タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: crystalline fibrils / 集合状態: crystalline fibrils / Number unique components: 1

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分子 #1: alpha synuclein residues 47-56

分子名称: alpha synuclein residues 47-56 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: a-syn
詳細: alpha synuclein residues 47-56 with A53T mutation. Synthesized chemically.
コピー数: 1 / 集合状態: fibril / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7 / 詳細: 50 mM phosphate, 0.1% w/v DMSO
グリッド詳細: quantifoil holey-carbon EM grid, 300 mesh copper
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
手法: Nanocrystals were deposited onto a quantifoil holey-carbon EM grid in a 2-3 microliter drop after appropriate dilution, which optimized for crystal density on the grid. All grids were then ...手法: Nanocrystals were deposited onto a quantifoil holey-carbon EM grid in a 2-3 microliter drop after appropriate dilution, which optimized for crystal density on the grid. All grids were then blotted and vitrified by plunging into liquid ethane using a Vitrobot Mark IV (FEI), then transferring to liquid nitrogen for storage.
詳細Crystals grew in batch. In a microcentrifuge tube at 37 degrees C with shaking.
結晶化詳細: Crystals grew in batch. In a microcentrifuge tube at 37 degrees C with shaking.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 99 K / 最高: 101 K / 平均: 100 K
詳細very low dose data collection. Spot size 11.
日付2015年4月20日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
実像数: 343 / 平均電子線量: 0.10000000000000001 e/Å2 / カメラ長: 2230 / 詳細: Diffraction images are available upon request. / ビット/ピクセル: 16
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: DIFFRACTION
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen cooled / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt angle min: -66 / Tilt angle max: 66 / Tilt series - Axis1 - Min angle: -66 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 66 °
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Diffraction images were processed with XDS and XSCALE. Please note that the unit cell length B is 4.71 A. This value was not accepted as valid on the web submission page.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.4 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
詳細: The diffraction data set contains intensities measured from three crystals.
結晶パラメータ単位格子 - A: 17.930 Å / 単位格子 - B: 4.71 Å / 単位格子 - C: 33.030 Å / 単位格子 - γ: 90.0 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 94.33 ° / 空間群: P 1 21 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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