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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2996 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 complexed with human antibody 2D22 Fab at 37 degrees C | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 complexed with human antibody 2D22 Fab at 37 degrees C | |||||||||
試料 |
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キーワード | dengue virus / human antibody / cryo-EM / neutralization | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / viral life cycle / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity ...symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / viral life cycle / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / viral capsid / double-stranded RNA binding / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / membrane => GO:0016020 / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / serine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Dengue Virus serotype 2 (デング熱ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Fibriansah G / Ibarra KD / Ng TS / Smith SA / Tan JL / Lim XN / Ooi JSG / Kostyuchenko VA / Wang J / de Silva AM ...Fibriansah G / Ibarra KD / Ng TS / Smith SA / Tan JL / Lim XN / Ooi JSG / Kostyuchenko VA / Wang J / de Silva AM / Harris E / Crowe JE / Lok SM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2015 タイトル: DENGUE VIRUS. Cryo-EM structure of an antibody that neutralizes dengue virus type 2 by locking E protein dimers. 著者: Guntur Fibriansah / Kristie D Ibarra / Thiam-Seng Ng / Scott A Smith / Joanne L Tan / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Victor A Kostyuchenko / Jiaqi Wang / Aravinda M de Silva / Eva Harris / ...著者: Guntur Fibriansah / Kristie D Ibarra / Thiam-Seng Ng / Scott A Smith / Joanne L Tan / Xin-Ni Lim / Justin S G Ooi / Victor A Kostyuchenko / Jiaqi Wang / Aravinda M de Silva / Eva Harris / James E Crowe / Shee-Mei Lok / 要旨: There are four closely-related dengue virus (DENV) serotypes. Infection with one serotype generates antibodies that may cross-react and enhance infection with other serotypes in a secondary infection. ...There are four closely-related dengue virus (DENV) serotypes. Infection with one serotype generates antibodies that may cross-react and enhance infection with other serotypes in a secondary infection. We demonstrated that DENV serotype 2 (DENV2)-specific human monoclonal antibody (HMAb) 2D22 is therapeutic in a mouse model of antibody-enhanced severe dengue disease. We determined the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of HMAb 2D22 complexed with two different DENV2 strains. HMAb 2D22 binds across viral envelope (E) proteins in the dimeric structure, which probably blocks the E protein reorganization required for virus fusion. HMAb 2D22 "locks" two-thirds of or all dimers on the virus surface, depending on the strain, but neutralizes these DENV2 strains with equal potency. The epitope defined by HMAb 2D22 is a potential target for vaccines and therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2996.map.gz | 160.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2996-v30.xml emd-2996.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_2996.png | 399.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2996 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2996 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2996.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 500 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 complexed with human antibody 2D22 Fab at 37 degrees C | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.69 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) comp...
全体 | 名称: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) complexed with Fab fragments of human antibody 2D22. |
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要素 |
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-超分子 #1000: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) comp...
超分子 | 名称: Dengue virus serotype 2 strain PVP94/07 (a clinical isolate) complexed with Fab fragments of human antibody 2D22. タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The complex was incubated at 37 degrees C for 30 min Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Dengue Virus serotype 2
超分子 | 名称: Dengue Virus serotype 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 生物種: Dengue Virus serotype 2 / Sci species strain: PVP94/07 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES |
Host system | 生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 組換細胞: C6/36 |
-分子 #1: Antigen-binding fragment of human antibody 2D22
分子 | 名称: Antigen-binding fragment of human antibody 2D22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: 180 copies of Fab 2D22 molecule bind to virus surface コピー数: 180 / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: memory B-cell |
分子量 | 理論値: 50 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl pH 8.0, 120 mM NaCl and 1 mM EDTA |
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グリッド | 詳細: ultra-thin carbon-coated lacey carbon grid |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: blotted with filter paper for 2 seconds prior to snap freezing |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2014年2月27日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 177 / 平均電子線量: 18 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.0042 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0011 µm / 倍率(公称値): 47000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | The particles were manually selected |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN, EMAN2, MPSA / 使用した粒子像数: 3435 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B / Chain - #2 - Chain ID: C / Chain - #3 - Chain ID: D / Chain - #4 - Chain ID: E / Chain - #5 - Chain ID: F |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, NAMD/MDFF |
詳細 | Initially fitted in Chimera and refined using NAMD/MDFF |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: real-space correlation |
得られたモデル | PDB-5a1z: |