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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | DNA initiation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase | ||||||||||||
![]() | DNA initiation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase | ||||||||||||
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![]() | Primase / DNA polymerase / chimeric RNA-DNA primer / RNA/DNA hybrid / DNA replication / DNA synthesis / REPLICATION / TRANSFERASE-DNA-RNA complex | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() alpha DNA polymerase:primase complex / lagging strand elongation / DNA replication, synthesis of primer / mitotic DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / leading strand elongation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining ...alpha DNA polymerase:primase complex / lagging strand elongation / DNA replication, synthesis of primer / mitotic DNA replication initiation / DNA strand elongation involved in DNA replication / leading strand elongation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / nuclear matrix / double-strand break repair via nonhomologous end joining / nuclear envelope / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / nucleotide binding / chromatin binding / chromatin / nucleolus / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||
![]() | Mullins EA / Durie CL / Ohi MD / Chazin WJ / Eichman BF | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A mechanistic model of primer synthesis from catalytic structures of DNA polymerase α-primase. 著者: Elwood A Mullins / Lauren E Salay / Clarissa L Durie / Noah P Bradley / Jane E Jackman / Melanie D Ohi / Walter J Chazin / Brandt F Eichman 要旨: The mechanism by which polymerase α-primase (polα-primase) synthesizes chimeric RNA-DNA primers of defined length and composition, necessary for replication fidelity and genome stability, is ...The mechanism by which polymerase α-primase (polα-primase) synthesizes chimeric RNA-DNA primers of defined length and composition, necessary for replication fidelity and genome stability, is unknown. Here, we report cryo-EM structures of polα-primase in complex with primed templates representing various stages of DNA synthesis. Our data show how interaction of the primase regulatory subunit with the primer 5'-end facilitates handoff of the primer to polα and increases polα processivity, thereby regulating both RNA and DNA composition. The structures detail how flexibility within the heterotetramer enables synthesis across two active sites and provide evidence that termination of DNA synthesis is facilitated by reduction of polα and primase affinities for the varied conformations along the chimeric primer/template duplex. Together, these findings elucidate a critical catalytic step in replication initiation and provide a comprehensive model for primer synthesis by polα-primase. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 140.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28.6 KB 28.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 21.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 157.9 MB 140.6 MB 140.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 766 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 765.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8g9lMC ![]() 8g99C ![]() 8g9fC ![]() 8g9nC ![]() 8g9oC ![]() 8ucuC ![]() 8ucvC ![]() 8ucwC ![]() 8v5mC ![]() 8v5nC ![]() 8v5oC ![]() 8v6gC ![]() 8v6hC ![]() 8v6iC ![]() 8v6jC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | DNA initiation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: DNA initiation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase...
ファイル | emd_29871_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | DNA initiation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase (locally sharpened) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: DNA initiation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase...
ファイル | emd_29871_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | DNA initiation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase (half 2) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: DNA initiation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase...
ファイル | emd_29871_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | DNA initiation subcomplex of Xenopus laevis DNA polymerase alpha-primase (half 1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Polymerase alpha-primase with a DNA initiation substrate
+超分子 #1: Polymerase alpha-primase with a DNA initiation substrate
+超分子 #2: Polymerase alpha
+超分子 #3: Primase
+超分子 #4: DNA initiation substrate
+分子 #1: DNA polymerase alpha catalytic subunit
+分子 #2: DNA primase large subunit
+分子 #3: DNA template
+分子 #4: RNA primer
+分子 #5: 2'-DEOXYGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #6: MAGNESIUM ION
+分子 #7: IRON/SULFUR CLUSTER
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 12845 / 平均電子線量: 50.7 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 45000 |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |