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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubliized C11 multimer | |||||||||
![]() | Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubilized C11 multimer. | |||||||||
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![]() | Nodavirus RNA replication and RNA capping complex / Outer mitochondrial membrane protein complex / VIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Nodavirus methyltransferase domain / Nodavirus Vmethyltransferase / host cell mitochondrial outer membrane / RNA-directed RNA polymerase / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / membrane / RNA-directed RNA polymerase![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Zhan H / Unchwaniwala N / Rebolledo Viveros A / Pennington J / Horswill M / Broadberry R / Myers J / den Boon J / Grant T / Ahlquist P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Nodavirus RNA replication crown architecture reveals proto-crown precursor and viral protein A conformational switching. 著者: Hong Zhan / Nuruddin Unchwaniwala / Andrea Rebolledo-Viveros / Janice Pennington / Mark Horswill / Roma Broadberry / Jonathan Myers / Johan A den Boon / Timothy Grant / Paul Ahlquist / ![]() 要旨: Positive-strand RNA viruses replicate their genomes in virus-induced membrane vesicles, and the resulting RNA replication complexes are a major target for virus control. Nodavirus studies first ...Positive-strand RNA viruses replicate their genomes in virus-induced membrane vesicles, and the resulting RNA replication complexes are a major target for virus control. Nodavirus studies first revealed viral RNA replication proteins forming a 12-fold symmetric "crown" at the vesicle opening to the cytosol, an arrangement recently confirmed to extend to distantly related alphaviruses. Using cryoelectron microscopy (cryo-EM), we show that mature nodavirus crowns comprise two stacked 12-mer rings of multidomain viral RNA replication protein A. Each ring contains an ~19 nm circle of C-proximal polymerase domains, differentiated by strikingly diverged positions of N-proximal RNA capping/membrane binding domains. The lower ring is a "proto-crown" precursor that assembles prior to RNA template recruitment, RNA synthesis, and replication vesicle formation. In this proto-crown, the N-proximal segments interact to form a toroidal central floor, whose 3.1 Å resolution structure reveals many mechanistic details of the RNA capping/membrane binding domains. In the upper ring, cryo-EM fitting indicates that the N-proximal domains extend radially outside the polymerases, forming separated, membrane-binding "legs." The polymerase and N-proximal domains are connected by a long linker accommodating the conformational switch between the two rings and possibly also polymerase movements associated with RNA synthesis and nonsymmetric electron density in the lower center of mature crowns. The results reveal remarkable viral protein multifunctionality, conformational flexibility, and evolutionary plasticity and insights into (+)RNA virus replication and control. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 677.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.7 KB 18.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 19.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 202.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 675 MB 675 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fmaMC ![]() 8fm9C ![]() 8fmbC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubilized C11 multimer. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.833 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubilized C11 multimer, unmasked...
ファイル | emd_29290_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubilized C11 multimer, unmasked and unfiltered half map1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubilized C11 multimer, unmasked...
ファイル | emd_29290_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubilized C11 multimer, unmasked and unfiltered half map2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubliized C11 ...
全体 | 名称: Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubliized C11 multimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubliized C11 ...
超分子 | 名称: Nodavirus RNA replication proto-crown, detergent-solubliized C11 multimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: RNA-directed RNA polymerase
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 22 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 113.996586 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MTLKVILGEH QITRTELLVG IATVSGCGAV VYCISKFWGY GAIAPYPQSG GNRVTRALQR AVIDKTKTPI ETRFYPLDSL RTVTPKRVA DNGHAVSGAV RDAARRLIDE SITAVGGSKF EVNPNPNSST GLRNHFHFAV GDLAQDFRND TPADDAFIVG V DVDYYVTE ...文字列: MTLKVILGEH QITRTELLVG IATVSGCGAV VYCISKFWGY GAIAPYPQSG GNRVTRALQR AVIDKTKTPI ETRFYPLDSL RTVTPKRVA DNGHAVSGAV RDAARRLIDE SITAVGGSKF EVNPNPNSST GLRNHFHFAV GDLAQDFRND TPADDAFIVG V DVDYYVTE PDVLLEHMRP VVLHTFNPKK VSGFDADSPF TIKNNLVEYK VSGGAAWVHP VWDWCEAGEF IASRVRTSWK EW FLQLPLR MIGLEKVGYH KIHHCRPWTD CPDRALVYTI PQYVIWRFNW IDTELHVRKL KRIEYQDETK PGWNRLEYVT DKN ELLVSI GREGEHAQIT IEKEKLDMLS GLSATQSVNA RLIGMGHKDP QYTSMIVQYY TGKKVVSPIS PTVYKPTMPR VHWP VTSDA DVPEVSARQY TLPIVSDCMM MPMIKRWETM SESIERRVTF VANDKKPSDR IAKIAETFVK LMNGPFKDLD PLSIE ETIE RLNKPSQQLQ LRAVFEMIGV KPRQLIESFN KNEPGMKSSR IISGFPDILF ILKVSRYTLA YSDIVLHAEH NEHWYY PGR NPTEIADGVC EFVSDCDAEV IETDFSNLDG RVSSWMQRNI AQKAMVQAFR PEYRDEIISF MDTIINCPAK AKRFGFR YE PGVGVKSGSP TTTPHNTQYN GCVEFTALTF EHPDAEPEDL FRLIGPKCGD DGLSRAIIQK SINRAAKCFG LELKVERY N PEIGLCFLSR VFVDPLATTT TIQDPLRTLR KLHLTTRDPT IPLADAACDR VEGYLCTDAL TPLISDYCKM VLRLYGPTA STEQVRNQRR SRNKEKPYWL TCDGSWPQHP QDAHLMKQVL IKRTAIDEDQ VDALIGRFAA MKDVWEKITH DSEESAAACT FDEDGVAPN SVDESLPLLN DAKQTRANPG TSRPHSNGGG SSHGNELPRR TEQRAQGPRQ PARLPKQGKT NGKSDGNITA G ETQRGGIP RGKGPRGGKT NTRRTPPKAG AQPQPSNNRK SRLEEELRRR LTE UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 2 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 100.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | The final model includes 22 chains representing 11 protein A polypeptides. Chains A-K represent the N-terminal floor segment built into the high-resolution EM density. Chains L-V represent a mainchain trace of the polymerase segment rigid body fit into the map and are included to give a more complete picture of the molecule. The polymerase mainchain trace was refined from an Alphafold prediction into a map obtained by symmetry expansion with subtraction. The polymerase map is uploaded as a separate entry. The two segments have separate chain IDs as it is unclear from the density which polymerase connects to which floor segment. |
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精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | ![]() PDB-8fma: |