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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State D1) - Composite map | |||||||||
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![]() | Pre-60S ribosomal subunit / Assembly intermediate / ![]() ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() RNA 2'-O-methyltransferase activity / Noc1p-Noc2p complex / Noc2p-Noc3p complex / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / positive regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / RNA metabolic process / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / negative regulation of collagen binding / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity ...RNA 2'-O-methyltransferase activity / Noc1p-Noc2p complex / Noc2p-Noc3p complex / TFAP2A acts as a transcriptional repressor during retinoic acid induced cell differentiation / positive regulation of protein localization to chromosome, telomeric region / RNA metabolic process / basal RNA polymerase II transcription machinery binding / negative regulation of collagen binding / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / rRNA (guanine) methyltransferase activity / rRNA (cytosine-C5-)-methyltransferase activity / dendrite extension / preribosome binding / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Vanden Broeck A / Klinge S | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Principles of human pre-60 biogenesis. 著者: Arnaud Vanden Broeck / Sebastian Klinge / ![]() 要旨: During the early stages of human large ribosomal subunit (60) biogenesis, an ensemble of assembly factors establishes and fine-tunes the essential RNA functional centers of pre-60 particles by an ...During the early stages of human large ribosomal subunit (60) biogenesis, an ensemble of assembly factors establishes and fine-tunes the essential RNA functional centers of pre-60 particles by an unknown mechanism. Here, we report a series of cryo-electron microscopy structures of human nucleolar and nuclear pre-60 assembly intermediates at resolutions of 2.5 to 3.2 angstroms. These structures show how protein interaction hubs tether assembly factor complexes to nucleolar particles and how guanosine triphosphatases and adenosine triphosphatase couple irreversible nucleotide hydrolysis steps to the installation of functional centers. Nuclear stages highlight how a conserved RNA-processing complex, the rixosome, couples large-scale RNA conformational changes with pre-ribosomal RNA processing by the RNA degradation machinery. Our ensemble of human pre-60 particles provides a rich foundation with which to elucidate the molecular principles of ribosome formation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 207.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 91.5 KB 91.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 149.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 421.9 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 391.1 MB 391.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8fkvMC ![]() 8fkpC ![]() 8fkqC ![]() 8fkrC ![]() 8fksC ![]() 8fktC ![]() 8fkuC ![]() 8fkwC ![]() 8fkxC ![]() 8fkyC ![]() 8fkzC ![]() 8fl0C ![]() 8fl2C ![]() 8fl3C ![]() 8fl4C ![]() 8fl6C ![]() 8fl7C ![]() 8fl9C ![]() 8flaC ![]() 8flbC ![]() 8flcC ![]() 8fldC ![]() 8fleC ![]() 8flfC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.072 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_29258_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_29258_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State D1)
+超分子 #1: Human nucleolar pre-60S ribosomal subunit (State D1)
+分子 #1: 60S ribosomal protein L12
+分子 #2: 60S ribosomal protein L10a
+分子 #6: 60S ribosomal protein L13
+分子 #7: 60S ribosomal protein L13a
+分子 #8: 60S ribosomal protein L14
+分子 #9: 60S ribosomal protein L15
+分子 #10: 60S ribosomal protein L17
+分子 #11: 60S ribosomal protein L18
+分子 #12: 60S ribosomal protein L18a
+分子 #13: 60S ribosomal protein L21
+分子 #14: 60S ribosomal protein L23
+分子 #15: 60S ribosomal protein L23a
+分子 #16: 60S ribosomal protein L26
+分子 #17: 60S ribosomal protein L27a
+分子 #18: 60S ribosomal protein L3
+分子 #19: 60S ribosomal protein L31
+分子 #20: 60S ribosomal protein L32
+分子 #21: 60S ribosomal protein L35
+分子 #22: 60S ribosomal protein L35a
+分子 #23: 60S ribosomal protein L36
+分子 #24: 60S ribosomal protein L37
+分子 #25: Nucleolar complex protein 2 homolog
+分子 #26: Guanine nucleotide-binding protein-like 3
+分子 #27: Ribosome biogenesis protein NSA2 homolog
+分子 #28: 60S ribosome subunit biogenesis protein NIP7 homolog
+分子 #29: ATP-dependent RNA helicase DDX54
+分子 #30: Protein LLP homolog
+分子 #31: Protein MAK16 homolog
+分子 #32: Ribosomal RNA processing protein 1 homolog A
+分子 #33: WD repeat-containing protein 74
+分子 #34: Ribosome production factor 1
+分子 #35: 60S ribosomal protein L4
+分子 #36: 60S ribosomal protein L6
+分子 #37: 60S ribosomal protein L7
+分子 #38: 60S ribosomal protein L7a
+分子 #39: 60S ribosomal protein L9
+分子 #40: MKI67 FHA domain-interacting nucleolar phosphoprotein
+分子 #41: 60S ribosomal protein L7-like 1
+分子 #42: pre-rRNA 2'-O-ribose RNA methyltransferase FTSJ3
+分子 #43: Eukaryotic translation initiation factor 6
+分子 #44: Ribosomal L1 domain-containing protein 1
+分子 #45: Pescadillo homolog
+分子 #46: Probable rRNA-processing protein EBP2
+分子 #47: Ribosome biogenesis protein BRX1 homolog
+分子 #48: mRNA turnover protein 4 homolog
+分子 #49: GTP-binding protein 4
+分子 #50: Ribosome biogenesis protein BOP1
+分子 #51: Ribosome biogenesis regulatory protein homolog
+分子 #52: Nucleolar complex protein 3 homolog
+分子 #53: Probable ribosome biogenesis protein RLP24
+分子 #54: ATP-dependent RNA helicase DDX18
+分子 #55: Probable 28S rRNA (cytosine(4447)-C(5))-methyltransferase
+分子 #56: Nucleolar protein 16
+分子 #3: 5.8S rRNA
+分子 #4: ITS2 rRNA
+分子 #5: 28S rRNA
+分子 #57: MAGNESIUM ION
+分子 #58: ZINC ION
+分子 #59: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #60: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #61: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #62: POTASSIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R3.5/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Four applications with manual blotting before last blotting with the vitrobot.. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 172699 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8fkv: |