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- EMDB-28833: Cryo-EM structure of X6 COBRA (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28833
タイトルCryo-EM structure of X6 COBRA (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab
マップデータMain map
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of X6 COBRA (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab
    • タンパク質・ペプチド: CR6261 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: CR6261 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: hemagglutinin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water
キーワードNIAID hemagglutinin stalk binding antibody / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.64 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2024
タイトル: Structural basis for the broad antigenicity of the computationally optimized influenza hemagglutinin X6.
著者: Kaito A Nagashima / John V Dzimianski / Meng Yang / Jan Abendroth / Giuseppe A Sautto / Ted M Ross / Rebecca M DuBois / Thomas E Edwards / Jarrod J Mousa /
要旨: Influenza causes significant morbidity and mortality. As an alternative approach to current seasonal vaccines, the computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) platform has been ...Influenza causes significant morbidity and mortality. As an alternative approach to current seasonal vaccines, the computationally optimized broadly reactive antigen (COBRA) platform has been previously applied to hemagglutinin (HA). This approach integrates wild-type HA sequences into a single immunogen to expand the breadth of accessible antibody epitopes. Adding to previous studies of H1, H3, and H5 COBRA HAs, we define the structural features of another H1 subtype COBRA, X6, that incorporates HA sequences from before and after the 2009 H1N1 influenza pandemic. We determined structures of this antigen alone and in complex with COBRA-specific as well as broadly reactive and functional antibodies, analyzing its antigenicity. We found that X6 possesses features representing both historic and recent H1 HA strains, enabling binding to both head- and stem-reactive antibodies. Overall, these data confirm the integrity of broadly reactive antibody epitopes of X6 and contribute to design efforts for a next-generation vaccine.
履歴
登録2022年11月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月13日-
マップ公開2023年12月13日-
更新2024年6月26日-
現状2024年6月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28833.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28833.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 662.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.675 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.75
最小 - 最大-2.5526536 - 3.7533712
平均 (標準偏差)-0.00050466415 (±0.079270884)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ558558558
Spacing558558558
セルA=B=C: 376.65 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: handedness corrected half map B

ファイルemd_28833_half_map_1.map
注釈handedness corrected half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: handedness corrected half map A

ファイルemd_28833_half_map_2.map
注釈handedness corrected half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of X6 COBRA (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab

全体名称: Cryo-EM structure of X6 COBRA (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of X6 COBRA (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab
    • タンパク質・ペプチド: CR6261 Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: CR6261 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: hemagglutinin
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cryo-EM structure of X6 COBRA (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab

超分子名称: Cryo-EM structure of X6 COBRA (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
分子量理論値: 450 KDa

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分子 #1: CR6261 Fab light chain

分子名称: CR6261 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.257783 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSVLTQPPSV SAAPGQKVTI SCSGSSSNIG NDYVSWYQQL PGTAPKLLIY DNNKRPSGIP DRFSGSKSGT SATLGITGLQ TGDEANYYC ATWDRRPTAY VVFGGGTKLT VLGAAAGQPK AAPSVTLFPP SSEELQANKA TLVCLISDFY PGAVTVAWKA D SSPVKAGV ...文字列:
QSVLTQPPSV SAAPGQKVTI SCSGSSSNIG NDYVSWYQQL PGTAPKLLIY DNNKRPSGIP DRFSGSKSGT SATLGITGLQ TGDEANYYC ATWDRRPTAY VVFGGGTKLT VLGAAAGQPK AAPSVTLFPP SSEELQANKA TLVCLISDFY PGAVTVAWKA D SSPVKAGV ETTTPSKQSN NKYAASSYLS LTPEQWKSHR SYSCQVTHEG STVEKTVAPT ECS

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分子 #2: CR6261 Fab heavy chain

分子名称: CR6261 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.810018 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGAE VKKPGSSVKV SCKASGGPFR SYAISWVRQA PGQGPEWMGG IIPIFGTTKY APKFQGRVTI TADDFAGTVY MELSSLRSE DTAMYYCAKH MGYQVRETMD VWGKGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT ...文字列:
EVQLVESGAE VKKPGSSVKV SCKASGGPFR SYAISWVRQA PGQGPEWMGG IIPIFGTTKY APKFQGRVTI TADDFAGTVY MELSSLRSE DTAMYYCAKH MGYQVRETMD VWGKGTTVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT V SWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKR VEPKSCDKHH HHHH

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分子 #3: hemagglutinin

分子名称: hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: X6 COBRA (H1N1) hemagglutinin construct / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 63.171098 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEARLLVLLC AFAATNADTI CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDSHNGKLCL LKGIAPLQLG NCSVAGWILG NPECELLIS KESWSYIVET PNPENGTCYP GYFADYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKESS WPNHTVTGVS ASCSHNGKSS F YRNLLWLT ...文字列:
MEARLLVLLC AFAATNADTI CIGYHANNST DTVDTVLEKN VTVTHSVNLL EDSHNGKLCL LKGIAPLQLG NCSVAGWILG NPECELLIS KESWSYIVET PNPENGTCYP GYFADYEELR EQLSSVSSFE RFEIFPKESS WPNHTVTGVS ASCSHNGKSS F YRNLLWLT GKNGLYPNLS KSYANNKEKE VLVLWGVHHP PNIGDQRALY HTENAYVSVV SSHYSRKFTP EIAKRPKVRD QE GRINYYW TLLEPGDTII FEANGNLIAP RYAFALSRGF GSGIITSNAP MDECDAKCQT PQGAINSSLP FQNVHPVTIG ECP KYVRSA KLRMVTGLRN IPSIQSRGLF GAIAGFIEGG WTGMVDGWYG YHHQNEQGSG YAADQKSTQN AINGITNKVN SVIE KMNTQ FTAVGKEFNK LERRMENLNK KVDDGFLDIW TYNAELLVLL ENERTLDFHD SNVKNLYEKV KSQLKNNAKE IGNGC FEFY HKCNNECMES VKNGTYDYPK YSEESKLNRE KIDGVKLESM GVYQILAIYS TVASSLVLLV SLGAISFWMC SNGSLQ CRI CI

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 18 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 50 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium Chloride
25.0 mMTris(hydroxymethyl)aminomethane hydrochloride
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: LACEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 8973 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 385474
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6uyn

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.2.0) / 使用した粒子像数: 385474
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6uyn


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 115.1
得られたモデル

PDB-8f38:
Cryo-EM structure of X6 COBRA (H1N1) hemagglutinin bound to CR6261 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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