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- EMDB-28544: Structure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like envi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28544
タイトルStructure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, MSP1D1 nanodisc
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, MSP1D1 nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: ORF3a protein
    • タンパク質・ペプチド: Apolipoprotein A-I
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
キーワードMembrane protein / SARS-CoV / SARS-CoV-2 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Maturation of protein 3a / cellular response to lipoprotein particle stimulus / Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / apolipoprotein receptor binding / spherical high-density lipoprotein particle / positive regulation of hydrolase activity / regulation of intestinal cholesterol absorption ...Maturation of protein 3a / cellular response to lipoprotein particle stimulus / Defective ABCA1 causes TGD / high-density lipoprotein particle receptor binding / Scavenging by Class B Receptors / HDL clearance / apolipoprotein receptor binding / spherical high-density lipoprotein particle / positive regulation of hydrolase activity / regulation of intestinal cholesterol absorption / negative regulation of response to cytokine stimulus / protein oxidation / vitamin transport / cholesterol import / high-density lipoprotein particle binding / HDL assembly / Microbial modulation of RIPK1-mediated regulated necrosis / negative regulation of heterotypic cell-cell adhesion / blood vessel endothelial cell migration / ABC transporters in lipid homeostasis / apolipoprotein A-I receptor binding / negative regulation of cytokine production involved in immune response / negative regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of very-low-density lipoprotein particle remodeling / peptidyl-methionine modification / phosphatidylcholine biosynthetic process / glucocorticoid metabolic process / acylglycerol homeostasis / Translation of Structural Proteins / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / Virion Assembly and Release / Chylomicron remodeling / phosphatidylcholine-sterol O-acyltransferase activator activity / positive regulation of phospholipid efflux / Chylomicron assembly / positive regulation of cholesterol metabolic process / lipid storage / high-density lipoprotein particle clearance / chylomicron / phospholipid homeostasis / high-density lipoprotein particle remodeling / phospholipid efflux / cholesterol transfer activity / chemorepellent activity / reverse cholesterol transport / high-density lipoprotein particle assembly / cholesterol transport / very-low-density lipoprotein particle / low-density lipoprotein particle / lipoprotein biosynthetic process / positive regulation of CoA-transferase activity / high-density lipoprotein particle / regulation of Cdc42 protein signal transduction / triglyceride homeostasis / inorganic cation transmembrane transport / HDL remodeling / endothelial cell proliferation / Scavenging by Class A Receptors / cholesterol efflux / voltage-gated calcium channel complex / negative regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of Rho protein signal transduction / adrenal gland development / negative chemotaxis / cholesterol binding / cholesterol biosynthetic process / host cell Golgi membrane / endocytic vesicle / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of cholesterol efflux / Scavenging of heme from plasma / voltage-gated potassium channel complex / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / Retinoid metabolism and transport / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of phagocytosis / heat shock protein binding / positive regulation of stress fiber assembly / Attachment and Entry / endocytic vesicle lumen / cholesterol metabolic process / monoatomic ion channel activity / cholesterol homeostasis / integrin-mediated signaling pathway / Post-translational protein phosphorylation / regulation of protein phosphorylation / Heme signaling / PPARA activates gene expression / phospholipid binding / negative regulation of inflammatory response / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / extracellular vesicle / Platelet degranulation / amyloid-beta binding / cytoplasmic vesicle / collagen-containing extracellular matrix / secretory granule lumen / blood microparticle / early endosome
類似検索 - 分子機能
Protein 3a, betacoronavirus / 3a-like viroporin, transmembrane domain, alpha/betacoronavirus / 3a-like viroporin, cytosolic domain, alpha/betacoronavirus / Betacoronavirus viroporin / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin trans-membrane (TM) domain profile. / Coronavirus (CoV) 3a-like viroporin cytosolic (CD) domain profile. / Apolipoprotein A/E / : / Apolipoprotein A1/A4/E domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Apolipoprotein A-I / ORF3a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Miller AN / Houlihan PR / Matamala E / Cabezas-Bratesco D / Lee GY / Cristofori-Armstrong B / Dilan TL / Sanchez-Martinez S / Matthies D / Yan R ...Miller AN / Houlihan PR / Matamala E / Cabezas-Bratesco D / Lee GY / Cristofori-Armstrong B / Dilan TL / Sanchez-Martinez S / Matthies D / Yan R / Yu Z / Ren D / Brauchi SE / Clapham DE
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2022
タイトル: The SARS-CoV-2 accessory protein Orf3a is not an ion channel, but does interact with trafficking proteins.
著者: Alexandria N Miller / Patrick R Houlihan / Ella Matamala / Deny Cabezas-Bratesco / Gi Young Lee / Ben Cristofori-Armstrong / Tanya L Dilan / Silvia Sanchez-Martinez / Doreen Matthies / Rui ...著者: Alexandria N Miller / Patrick R Houlihan / Ella Matamala / Deny Cabezas-Bratesco / Gi Young Lee / Ben Cristofori-Armstrong / Tanya L Dilan / Silvia Sanchez-Martinez / Doreen Matthies / Rui Yan / Zhiheng Yu / Dejian Ren / Sebastian E Brauchi / David E Clapham
要旨: The severe acute respiratory syndrome associated coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and SARS-CoV-1 accessory protein Orf3a colocalizes with markers of the plasma membrane, endocytic pathway, and Golgi ...The severe acute respiratory syndrome associated coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and SARS-CoV-1 accessory protein Orf3a colocalizes with markers of the plasma membrane, endocytic pathway, and Golgi apparatus. Some reports have led to annotation of both Orf3a proteins as a viroporin. Here we show that neither SARS-CoV-2 nor SARS-CoV-1 form functional ion conducting pores and that the conductances measured are common contaminants in overexpression and with high levels of protein in reconstitution studies. Cryo-EM structures of both SARS-CoV-2 and SARS-CoV-1 Orf3a display a narrow constriction and the presence of a basic aqueous vestibule, which would not favor cation permeation. We observe enrichment of the late endosomal marker Rab7 upon SARS-CoV-2 Orf3a overexpression, and co-immunoprecipitation with VPS39. Interestingly, SARS-CoV-1 Orf3a does not cause the same cellular phenotype as SARS-CoV-2 Orf3a and does not interact with VPS39. To explain this difference, we find that a divergent, unstructured loop of SARS-CoV-2 Orf3a facilitates its binding with VPS39, a HOPS complex tethering protein involved in late endosome and autophagosome fusion with lysosomes. We suggest that the added loop enhances SARS-CoV-2 Orf3a ability to co-opt host cellular trafficking mechanisms for viral exit or host immune evasion.
履歴
登録2022年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月8日-
マップ公開2023年2月8日-
更新2024年6月19日-
現状2024年6月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28544.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28544.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.064 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.064 Å		0.84 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.064 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.844 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.018
最小 - 最大-0.045289513 - 0.096237026
平均 (標準偏差)0.000116909934 (±0.0018406784)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 216.064 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_28544_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_28544_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like envi...

全体名称: Structure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, MSP1D1 nanodisc
要素
  • 複合体: Structure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, MSP1D1 nanodisc
    • タンパク質・ペプチド: ORF3a protein
    • タンパク質・ペプチド: Apolipoprotein A-I
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

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超分子 #1: Structure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like envi...

超分子名称: Structure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, MSP1D1 nanodisc
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: ORF3a protein

分子名称: ORF3a protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS コロナウイルス)
分子量理論値: 36.268219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDLFMRFFTL GSITAQPVKI DNASPASTVH ATATIPLQAS LPFGWLVIGV AFLAVFQSAT KIIALNKRWQ LALYKGFQFI CNLLLLFVT IYSHLLLVAA GMEAQFLYLY ALIYFLQCIN ACRIIMRCWL CWKCKSKNPL LYDANYFVCW HTHNYDYCIP Y NSVTDTIV ...文字列:
MDLFMRFFTL GSITAQPVKI DNASPASTVH ATATIPLQAS LPFGWLVIGV AFLAVFQSAT KIIALNKRWQ LALYKGFQFI CNLLLLFVT IYSHLLLVAA GMEAQFLYLY ALIYFLQCIN ACRIIMRCWL CWKCKSKNPL LYDANYFVCW HTHNYDYCIP Y NSVTDTIV VTEGDGISTP KLKEDYQIGG YSEDRHSGVK DYVVVHGYFT EVYYQLESTQ ITTDTGIENA TFFIFNKLVK DP PNVQIHT IDGSSGVANP AMDPIYDEPT TTTSVPLGGR GLEVLFQGPG SGQLVGSGGL EGGGGWSHPQ FEKGGGSGGG SGG GSWSHP QFEK

UniProtKB: ORF3a protein

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分子 #2: Apolipoprotein A-I

分子名称: Apolipoprotein A-I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.704729 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GHHHHHHHDY DIPTTENLYF QGSTFSKLRE QLGPVTQEFW DNLEKETEGL RQEMSKDLEE VKAKVQPYLD DFQKKWQEEM ELYRQKVEP LRAELQEGAR QKLHELQEKL SPLGEEMRDR ARAHVDALRT HLAPYSDELR QRLAARLEAL KENGGARLAE Y HAKATEHL ...文字列:
GHHHHHHHDY DIPTTENLYF QGSTFSKLRE QLGPVTQEFW DNLEKETEGL RQEMSKDLEE VKAKVQPYLD DFQKKWQEEM ELYRQKVEP LRAELQEGAR QKLHELQEKL SPLGEEMRDR ARAHVDALRT HLAPYSDELR QRLAARLEAL KENGGARLAE Y HAKATEHL STLSEKAKPA LEDLRQGLLP VLESFKVSFL SALEEYTKKL NTQ

UniProtKB: Apolipoprotein A-I

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分子 #3: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13970 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

7kjr

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 162607
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8eqs:
Structure of SARS-CoV-1 Orf3a in late endosome/lysosome-like environment, MSP1D1 nanodisc

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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