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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2848 | |||||||||
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タイトル | actin-like ParM protein bound to ADP | |||||||||
マップデータ | actin-like ParM protein bound to ADP | |||||||||
試料 |
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キーワード | bacterial cytoskeleton / plasmid segregation / actin-like protein | |||||||||
機能・相同性 | Plasmid segregation protein ParM/StbA / : / Plasmid segregation protein ParM, N-terminal / Plasmid segregation protein ParM, C-terminal / ParM-like / plasmid partitioning / ATPase, nucleotide binding domain / identical protein binding / Plasmid segregation protein ParM 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Bharat TAM / Murshudov GN / Sachse C / Lowe J | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2015 タイトル: Structures of actin-like ParM filaments show architecture of plasmid-segregating spindles. 著者: Tanmay A M Bharat / Garib N Murshudov / Carsten Sachse / Jan Löwe / 要旨: Active segregation of Escherichia coli low-copy-number plasmid R1 involves formation of a bipolar spindle made of left-handed double-helical actin-like ParM filaments. ParR links the filaments with ...Active segregation of Escherichia coli low-copy-number plasmid R1 involves formation of a bipolar spindle made of left-handed double-helical actin-like ParM filaments. ParR links the filaments with centromeric parC plasmid DNA, while facilitating the addition of subunits to ParM filaments. Growing ParMRC spindles push sister plasmids to the cell poles. Here, using modern electron cryomicroscopy methods, we investigate the structures and arrangements of ParM filaments in vitro and in cells, revealing at near-atomic resolution how subunits and filaments come together to produce the simplest known mitotic machinery. To understand the mechanism of dynamic instability, we determine structures of ParM filaments in different nucleotide states. The structure of filaments bound to the ATP analogue AMPPNP is determined at 4.3 Å resolution and refined. The ParM filament structure shows strong longitudinal interfaces and weaker lateral interactions. Also using electron cryomicroscopy, we reconstruct ParM doublets forming antiparallel spindles. Finally, with whole-cell electron cryotomography, we show that doublets are abundant in bacterial cells containing low-copy-number plasmids with the ParMRC locus, leading to an asynchronous model of R1 plasmid segregation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2848.map.gz | 492 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2848-v30.xml emd-2848.xml | 8.7 KB 8.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2848-parmadp.jpg | 35.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2848 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2848 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2848_validation.pdf.gz | 189 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2848_full_validation.pdf.gz | 188.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2848_validation.xml.gz | 4.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2848 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2848 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2848.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 733.4 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | actin-like ParM protein bound to ADP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.6 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ParM bound to ADP
全体 | 名称: ParM bound to ADP |
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要素 |
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-超分子 #1000: ParM bound to ADP
超分子 | 名称: ParM bound to ADP / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: ParM was incubated with ADP / 集合状態: filamentous / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: ParM
分子 | 名称: ParM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: ParM was incubated with ADP / 集合状態: Filamentous / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 36 KDa / 理論値: 36 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 組換細胞: AI |
配列 | UniProtKB: Plasmid segregation protein ParM |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 14.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 100 mM KCl, and 1 mM MgCl2 |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper / rhodium grid with carbon support |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2014年6月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -6.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -2.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | CTF determination was conducted using CTFFIND. Data was extracted using EMAN2, and processed using SPRING. |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 23.4 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 165.1 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: CTFFIND, EMAN2, SPRING |