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万見
- EMDB-28060: Venezuelan equine encephalitis virus-like particle in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28060
タイトルVenezuelan equine encephalitis virus-like particle in complex with Fab SKT-20, local refinement
マップデータMap obtained by post-processing with DeepEMhancer
試料
  • 複合体: Complex between Venezuelan equine encephalitis virus-like particle and Fab SKT20
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • タンパク質・ペプチド: Fab SKT20 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab SKT20 light chain
キーワードVenezuelan equine encephalitis virus / neutralizing antibody / VEEV / VIRUS LIKE PARTICLE-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell cytoplasm / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス) / Macaca fascicularis (カニクイザル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Tsybovsky Y / Pletnev S / Verardi R / Roederer M / Kwong PD
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Vaccine elicitation and structural basis for antibody protection against alphaviruses.
著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / ...著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / Raffaello Verardi / Baoshan Zhang / David Ambrozak / Margaret Beddall / Hong Lei / Eun Sung Yang / Tracy Liu / Amy R Henry / Reda Rawi / Arne Schön / Chaim A Schramm / Chen-Hsiang Shen / Wei Shi / Tyler Stephens / Yongping Yang / Maria Burgos Florez / Julie E Ledgerwood / Crystal W Burke / Lawrence Shapiro / Julie M Fox / Peter D Kwong / Mario Roederer /
要旨: Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine ...Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine encephalitis virus-like particles (VLPs), a regimen that protects against aerosol challenge with all three viruses. Single- and triple-virus-specific antibodies were isolated, and we identified 21 unique binding groups. Cryo-EM structures revealed that broad VLP binding inversely correlated with sequence and conformational variability. One triple-specific antibody, SKT05, bound proximal to the fusion peptide and neutralized all three Env-pseudotyped encephalitic alphaviruses by using different symmetry elements for recognition across VLPs. Neutralization in other assays (e.g., chimeric Sindbis virus) yielded variable results. SKT05 bound backbone atoms of sequence-diverse residues, enabling broad recognition despite sequence variability; accordingly, SKT05 protected mice against Venezuelan equine encephalitis virus, chikungunya virus, and Ross River virus challenges. Thus, a single vaccine-elicited antibody can protect in vivo against a broad range of alphaviruses.
履歴
登録2022年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月19日-
マップ公開2023年7月19日-
更新2023年7月19日-
現状2023年7月19日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28060.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28060.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map obtained by post-processing with DeepEMhancer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2315 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.05313566 - 2.0696874
平均 (標準偏差)0.0026540665 (±0.034443643)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 295.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_28060_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map before post-processing

ファイルemd_28060_additional_1.map
注釈Map before post-processing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map obtained using standard post-processing in Relion

ファイルemd_28060_additional_2.map
注釈Map obtained using standard post-processing in Relion
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1

ファイルemd_28060_half_map_1.map
注釈Half-map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 2

ファイルemd_28060_half_map_2.map
注釈Half-map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex between Venezuelan equine encephalitis virus-like particl...

全体名称: Complex between Venezuelan equine encephalitis virus-like particle and Fab SKT20
要素
  • 複合体: Complex between Venezuelan equine encephalitis virus-like particle and Fab SKT20
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • タンパク質・ペプチド: Fab SKT20 heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab SKT20 light chain

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超分子 #1: Complex between Venezuelan equine encephalitis virus-like particl...

超分子名称: Complex between Venezuelan equine encephalitis virus-like particle and Fab SKT20
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: The map was obtained after symmetry expansion and signal subtraction. Post-processing was performed with DeepEMhancer.
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 33 MDa

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分子 #1: Coat protein

分子名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Venezuelan equine encephalitis virus (ベネズエラウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 138.662531 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MFPFQPMYPM QPMPYRNPFA APRRPWFPRT DPFLAMQVQE LTRSMANLTF KQRRDAPPEG PSAKKPKKEA SQKQKGGGQG KKKKNQGKK KAKTGPPNPK AQNGNKKKTN KKPGKRQRMV MKLESDKTFP IMLEGKINGY ACVVGGKLFR PMHVEGKIDN D VLAALKTK ...文字列:
MFPFQPMYPM QPMPYRNPFA APRRPWFPRT DPFLAMQVQE LTRSMANLTF KQRRDAPPEG PSAKKPKKEA SQKQKGGGQG KKKKNQGKK KAKTGPPNPK AQNGNKKKTN KKPGKRQRMV MKLESDKTFP IMLEGKINGY ACVVGGKLFR PMHVEGKIDN D VLAALKTK KASKYDLEYA DVPQNMRADT FKYTHEKPQG YYSWHHGAVQ YENGRFTVPK GVGAKGDSGR PILDNQGRVV AI VLGGVNE GSRTALSVVM WNEKGVTVKY TPENCEQWSL VTTMCLLANV TFPCAQPPIC YDRKPAETLA MLSVNVDNPG YDE LLEAAV KCPGRKRRST EELFNEYKLT RPYMARCIRC AVGSCHSPIA IEAVKSDGHD GYVRLQTSSQ YGLDSSGNLK GRTM RYDMH GTIKEIPLHQ VSLYTSRPCH IVDGHGYFLL ARCPAGDSIT MEFKKDSVRH SCSVPYEVKF NPVGRELYTH PPEHG VEQA CQVYAHDAQN RGAYVEMHLP GSEVDSSLVS LSGSSVTVTP PDGTSALVEC ECGGTKISET INKTKQFSQC TKKEQC RAY RLQNDKWVYN SDKLPKAAGA TLKGKLHVPF LLADGKCTVP LAPEPMITFG FRSVSLKLHP KNPTYLITRQ LADEPHY TH ELISEPAVRN FTVTEKGWEF VWGNHPPKRF WAQETAPGNP HGLPHEVITH YYHRYPMSTI LGLSICAAIA TVSVAAST W LFCRSRVACL TPYRLTPNAR IPFCLAVLCC ARTARAETTW ESLDHLWNNN QQMFWIQLLI PLAALIVVTR LLRCVCCVV PFLVMAGAAA PAYEHATTMP SQAGISYNTI VNRAGYAPLP ISITPTKIKL IPTVNLEYVT CHYKTGMDSP AIKCCGSQEC TPTYRPDEQ CKVFTGVYPF MWGGAYCFCD TENTQVSKAY VMKSDDCLAD HAEAYKAHTA SVQAFLNITV GEHSIVTTVY V NGETPVNF NGVKITAGPL STAWTPFDRK IVQYAGEIYN YDFPEYGAGQ PGAFGDIQSR TVSSSDLYAN TNLVLQRPKA GA IHVPYTQ APSGFEQWKK DKAPSLKFTA PFGCEIYTNP IRAENCAVGS IPLAFDIPDA LFTRVSETPT LSAAECTLNE CVY SSDFGG IATVKYSASK SGKCAVHVPS GTATLKEAAV ELTEQGSATI HFSTANIHPE FRLQICTSYV TCKGDCHPPK DHIV THPQY HAQTFTAAVS KTAWTWLTSL LGGSAVIIII GLVLATIVAM YVLTNQKHN

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: Fab SKT20 heavy chain

分子名称: Fab SKT20 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル)
分子量理論値: 25.421338 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQVQESGPG LVKPSETLSL TCAVSSGSIN DDSYYWTWIR QSPGKGLEWL GFIHGGTGKS FYNPSLESRV TISKDTSRNQ FSLTLSSVS AADTAVYYCA RSHFCSNTFC YGWFDVWGPG IRVTVSSAST KGPSVFPLAP SSRSTSESTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN ...文字列:
QVQVQESGPG LVKPSETLSL TCAVSSGSIN DDSYYWTWIR QSPGKGLEWL GFIHGGTGKS FYNPSLESRV TISKDTSRNQ FSLTLSSVS AADTAVYYCA RSHFCSNTFC YGWFDVWGPG IRVTVSSAST KGPSVFPLAP SSRSTSESTA ALGCLVKDYF P EPVTVSWN SGSLTSGVHT FPAVLQSSGL YSLSSVVTVP SSSLGTQTYV CNVNHKPSNT KVDKRVEIKT CGGLEVLFQ

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分子 #3: Fab SKT20 light chain

分子名称: Fab SKT20 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca fascicularis (カニクイザル)
分子量理論値: 23.754445 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DVVMTQTPLS LPITPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGNTYLHW YLQKPGQSPQ LLIYGGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SKVEAEDVG VYYCVQAIAF PWTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSEDQ VKSGTVSVVC LLNNFYPREA SVKWKVDGAL K TGNSQESV ...文字列:
DVVMTQTPLS LPITPGEPAS ISCRSSQSLL HSNGNTYLHW YLQKPGQSPQ LLIYGGSNRA SGVPDRFSGS GSGTDFTLKI SKVEAEDVG VYYCVQAIAF PWTFGQGTKV EIKRTVAAPS VFIFPPSEDQ VKSGTVSVVC LLNNFYPREA SVKWKVDGAL K TGNSQESV TEQDSKDNTY SLSSTLTLSS TEYQSHKVYA CEVTHQGLSS PVTKSFNRGE C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 47.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 680160
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 28235
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-8eev:
Venezuelan equine encephalitis virus-like particle in complex with Fab SKT-20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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