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万見
- EMDB-27392: Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus VLP in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27392
タイトルCryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus VLP in complex with SKW24 fab
マップデータ
試料Homo sapiens != Western equine encephalitis virus

Homo sapiens

  • ウイルス: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: SKW24 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: SKW24 Fab light chain
キーワードWestern Equine Encephalitis Virus / virus-like particle / antibody / VLP-Fab complex / VIRUS-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / symbiont-mediated suppression of host gene expression / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / host cell nucleus / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein ...Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Pletnev S / Tsybovsky Y / Verardi R / Roedeger M / Kwong PD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Vaccine elicitation and structural basis for antibody protection against alphaviruses.
著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / ...著者: Matthew S Sutton / Sergei Pletnev / Victoria Callahan / Sungyoul Ko / Yaroslav Tsybovsky / Tatsiana Bylund / Ryan G Casner / Gabriele Cerutti / Christina L Gardner / Veronica Guirguis / Raffaello Verardi / Baoshan Zhang / David Ambrozak / Margaret Beddall / Hong Lei / Eun Sung Yang / Tracy Liu / Amy R Henry / Reda Rawi / Arne Schön / Chaim A Schramm / Chen-Hsiang Shen / Wei Shi / Tyler Stephens / Yongping Yang / Maria Burgos Florez / Julie E Ledgerwood / Crystal W Burke / Lawrence Shapiro / Julie M Fox / Peter D Kwong / Mario Roederer /
要旨: Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine ...Alphaviruses are RNA viruses that represent emerging public health threats. To identify protective antibodies, we immunized macaques with a mixture of western, eastern, and Venezuelan equine encephalitis virus-like particles (VLPs), a regimen that protects against aerosol challenge with all three viruses. Single- and triple-virus-specific antibodies were isolated, and we identified 21 unique binding groups. Cryo-EM structures revealed that broad VLP binding inversely correlated with sequence and conformational variability. One triple-specific antibody, SKT05, bound proximal to the fusion peptide and neutralized all three Env-pseudotyped encephalitic alphaviruses by using different symmetry elements for recognition across VLPs. Neutralization in other assays (e.g., chimeric Sindbis virus) yielded variable results. SKT05 bound backbone atoms of sequence-diverse residues, enabling broad recognition despite sequence variability; accordingly, SKT05 protected mice against Venezuelan equine encephalitis virus, chikungunya virus, and Ross River virus challenges. Thus, a single vaccine-elicited antibody can protect in vivo against a broad range of alphaviruses.
履歴
登録2022年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月5日-
マップ公開2023年7月5日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27392.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27392.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.245 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1
最小 - 最大-2.1312706 - 2.2717245
平均 (標準偏差)-0.0020273803 (±0.012478926)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 996.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27392_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27392_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27392_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homo sapiens

全体名称: Homo sapiens (ヒト)
要素
  • ウイルス: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E1
    • タンパク質・ペプチド: Spike glycoprotein E2
    • タンパク質・ペプチド: SKW24 Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: SKW24 Fab light chain

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超分子 #1: Western equine encephalitis virus

超分子名称: Western equine encephalitis virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 11039 / 生物種: Western equine encephalitis virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Spike glycoprotein E1

分子名称: Spike glycoprotein E1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 47.36882 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVVSSELTP STNKEYVTCR FHTVIPSPQV KCCGSLECKA SSKADYTCRV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NTQLSEAYVE FAPDCTIDHA VALKVHTAAL KVGLRIVYGN TTAHLDTFVN GVTPGSSRDL K VIAGPISA ...文字列:
FEHATTVPNV PGIPYKALVE RAGYAPLNLE ITVVSSELTP STNKEYVTCR FHTVIPSPQV KCCGSLECKA SSKADYTCRV FGGVYPFMW GGAQCFCDSE NTQLSEAYVE FAPDCTIDHA VALKVHTAAL KVGLRIVYGN TTAHLDTFVN GVTPGSSRDL K VIAGPISA AFSPFDHKVV IRKGLVYNYD FPEYGAMKPG AFGDIQASSL DATDIVARTD IRLLKPSVKN IHVPYTQAVS GY EMWKNNS GRPLQETAPF GCKIEVEPLR ASNCAYGHIP ISIDIPDAAF VRSSESPTIL EVSCTVADCI YSADFGGSLT LQY KADREG HCPVHSHSTT AVLKEATTHV TAVGSITLHF STSSPQANFI VSLCGKKTTC NAECKPPADH IIGEPHKVDQ EFQA AVSKT SWNWLLALFG GASSLIVVGL IVLVCSSMLI NTRR

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #2: Spike glycoprotein E2

分子名称: Spike glycoprotein E2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Western equine encephalitis virus (西部ウマ脳炎ウイルス)
分子量理論値: 46.374848 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SITDDFTLTS PYLGFCPYCR HSAPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSFD HDHDIKEDSM DKIAISTSG PCRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK E TSAGYITM ...文字列:
SITDDFTLTS PYLGFCPYCR HSAPCFSPIK IENVWDESDD GSIRIQVSAQ FGYNQAGTAD VTKFRYMSFD HDHDIKEDSM DKIAISTSG PCRRLGHKGY FLLAQCPPGD SVTVSITSGA SENSCTVEKK IRRKFVGREE YLFPPVHGKL VKCHVYDHLK E TSAGYITM HRPGPHAYKS YLEEASGEVY IKPPSGKNVT YECKCGDYST GIVSTRTKMN GCTKAKQCIA YKSDQTKWVF NS PDLIRHT DHSVQGKLHI PFRLTPTVCP VPLAHTPTVT KWFKGITLHL TATRPTLLTT RKLGLRADAT AEWITGTTSR NFS VGREGL EYVWGNHEPV RVWAQESAPG DPHGWPHEII IHYYHRHPVY TVIVLCGVAL AILVGTASSA ACIAKARRDC LTPY ALAPN ATVPTALAVL CCI

UniProtKB: Structural polyprotein

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分子 #3: SKW24 Fab heavy chain

分子名称: SKW24 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.170297 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCVASGFTFS DYRMAWVRQA TGKGLEWVST ISQPSGTNTY YLDPVKGRFT VSRDNAKNTL YLQMHSLRA EDTAVYYCAR VVTESRPPAA WFDVWGPGVL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG ...文字列:
EVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCVASGFTFS DYRMAWVRQA TGKGLEWVST ISQPSGTNTY YLDPVKGRFT VSRDNAKNTL YLQMHSLRA EDTAVYYCAR VVTESRPPAA WFDVWGPGVL VTVSSASTKG PSVFPLAPSS RSTSESTAAL GCLVKDYFPE P VTVSWNSG SLTSGVHTFP AVLQSSGLYS LSSVVTVPSS SLGTQTYVCN VNHKPSNTKV DKRVEIKTCG GLEVLFQ

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分子 #4: SKW24 Fab light chain

分子名称: SKW24 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.888145 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYELTQPPSV SASPGQTARI TCGGINIGSE LVHWYQQKPP QAPVLVIYAN GERPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISGVEAG DEADYYCQL WDISSDHNYI FGDGTRLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVEV AWKADGSAVN A GVETTKPS ...文字列:
SYELTQPPSV SASPGQTARI TCGGINIGSE LVHWYQQKPP QAPVLVIYAN GERPSGIPER FSGSNSGNTA TLTISGVEAG DEADYYCQL WDISSDHNYI FGDGTRLTVL GQPKAAPSVT LFPPSSEELQ ANKATLVCLI SDFYPGAVEV AWKADGSAVN A GVETTKPS KQSNNKYAAS SYLSLTSDQW KSHKSYSCQV THEGSTVEKT VAPAECS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5220 / 平均電子線量: 46.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 33238 / 詳細: VLPs
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 1994280
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-8def:
Cryo-EM Structure of Western Equine Encephalitis Virus VLP in complex with SKW24 fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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