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- EMDB-27385: Oligomeric C9 in complex with aE11 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27385
タイトルOligomeric C9 in complex with aE11 Fab
マップデータSharpened filtered map
試料
  • 複合体: Quaternary complex of aE11 Fab and polyC9
    • タンパク質・ペプチド: aE11 Fab VH
    • タンパク質・ペプチド: aE11 Fab VL
    • タンパク質・ペプチド: Complement component C9
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: beta-D-mannopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / other organism cell membrane / complement activation, alternative pathway / complement activation / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / positive regulation of immune response ...cell killing / Terminal pathway of complement / membrane attack complex / other organism cell membrane / complement activation, alternative pathway / complement activation / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / protein homooligomerization / positive regulation of immune response / killing of cells of another organism / blood microparticle / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily ...Membrane attack complex component/perforin/complement C9 / Membrane attack complex component/perforin domain, conserved site / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain signature. / membrane-attack complex / perforin / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Thrombospondin type 1 domain / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A, conserved site / LDL-receptor class A (LDLRA) domain signature. / LDL-receptor class A (LDLRA) domain profile. / Low-density lipoprotein receptor domain class A / Low-density lipoprotein (LDL) receptor class A repeat / LDL receptor-like superfamily / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement component C9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / mouse (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Bayly-Jones C
資金援助 オーストラリア, 2件
OrganizationGrant number国
Australian Research Council (ARC)DP180100040 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT150100049 オーストラリア
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: The neoepitope of the complement C5b-9 Membrane Attack Complex is formed by proximity of adjacent ancillary regions of C9.
著者: Charles Bayly-Jones / Bill H T Ho / Corinna Lau / Eleanor W W Leung / Laura D'Andrea / Christopher J Lupton / Susan M Ekkel / Hariprasad Venugopal / James C Whisstock / Tom E Mollnes / ...著者: Charles Bayly-Jones / Bill H T Ho / Corinna Lau / Eleanor W W Leung / Laura D'Andrea / Christopher J Lupton / Susan M Ekkel / Hariprasad Venugopal / James C Whisstock / Tom E Mollnes / Bradley A Spicer / Michelle A Dunstone /
要旨: The Membrane Attack Complex (MAC) is responsible for forming large β-barrel channels in the membranes of pathogens, such as gram-negative bacteria. Off-target MAC assembly on endogenous tissue is ...The Membrane Attack Complex (MAC) is responsible for forming large β-barrel channels in the membranes of pathogens, such as gram-negative bacteria. Off-target MAC assembly on endogenous tissue is associated with inflammatory diseases and cancer. Accordingly, a human C5b-9 specific antibody, aE11, has been developed that detects a neoepitope exposed in C9 when it is incorporated into the C5b-9 complex, but not present in the plasma native C9. For nearly four decades aE11 has been routinely used to study complement, MAC-related inflammation, and pathophysiology. However, the identity of C9 neoepitope remains unknown. Here, we determined the cryo-EM structure of aE11 in complex with polyC9 at 3.2 Å resolution. The aE11 binding site is formed by two separate surfaces of the oligomeric C9 periphery and is therefore a discontinuous quaternary epitope. These surfaces are contributed by portions of the adjacent TSP1, LDLRA, and MACPF domains of two neighbouring C9 protomers. By substituting key antibody interacting residues to the murine orthologue, we validated the unusual binding modality of aE11. Furthermore, aE11 can recognise a partial epitope in purified monomeric C9 in vitro, albeit weakly. Taken together, our results reveal the structural basis for MAC recognition by aE11.
履歴
登録2022年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月25日-
マップ公開2023年1月25日-
更新2023年1月25日-
現状2023年1月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27385.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27385.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened filtered map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.893
最小 - 最大-3.492268 - 6.0409937
平均 (標準偏差)0.0005079184 (±0.14423886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 358.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_27385_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened filtered map

ファイルemd_27385_additional_1.map
注釈Unsharpened filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A, unfiltered

ファイルemd_27385_half_map_1.map
注釈Half-map A, unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B, unfiltered

ファイルemd_27385_half_map_2.map
注釈Half-map B, unfiltered
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Quaternary complex of aE11 Fab and polyC9

全体名称: Quaternary complex of aE11 Fab and polyC9
要素
  • 複合体: Quaternary complex of aE11 Fab and polyC9
    • タンパク質・ペプチド: aE11 Fab VH
    • タンパク質・ペプチド: aE11 Fab VL
    • タンパク質・ペプチド: Complement component C9
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: beta-D-mannopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Quaternary complex of aE11 Fab and polyC9

超分子名称: Quaternary complex of aE11 Fab and polyC9 / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Fab fragment of aE11 generated by proteolytic cleavage of aE11 IgG antibody, in complex with recombinant human C9 incubated at 37 degrees Celsius to form homo-oligomeric C9.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 2.6 MDa

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分子 #1: aE11 Fab VH

分子名称: aE11 Fab VH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Papain-treated IgG / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: mouse (ネズミ)
分子量理論値: 15.21931 KDa
配列文字列:
MAVLALLFCL VTFPSCILSQ VQLKESGPGL VAPSQSLSIT CTVSGFSLTV YGVNWIRQPP GKGLEWLGMI WGDGSTDYNS ALKSRLSIT KDNSKSQVFL KMNSLQTDDT ARYYCARDRS YGGSSAWFGY WGQGTLVTVS A

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分子 #2: aE11 Fab VL

分子名称: aE11 Fab VL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Papain-digested IgG / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: mouse (ネズミ)
分子量理論値: 13.927579 KDa
配列文字列:
MSSAQFLGLL LLCFQGTRCD IQMTQTTSSL SASLGDRVTI SCRASHDISN YLNWYQQKPD GTLKLLIYYT SRLHSGVPSR FSGSGSGTD YSLTISNLEQ EDVATYFCQQ GNYLPYTFGG GTKLEIK

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分子 #3: Complement component C9

分子名称: Complement component C9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 63.836809 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: METDTLLLWV LLLWVPGSTG DAAQPAQYTT SYDPELTESS GSASHIDCRM SPWSEWSQCD PCLRQMFRSR SIEVFGQFNG KRCTDAVGD RRQCVPTEPC EDAEDDCGND FQCSTGRCIK MRLRCNGDND CGDFSDEDDC ESEPRPPCRD RVVEESELAR T AGYGINIL ...文字列:
METDTLLLWV LLLWVPGSTG DAAQPAQYTT SYDPELTESS GSASHIDCRM SPWSEWSQCD PCLRQMFRSR SIEVFGQFNG KRCTDAVGD RRQCVPTEPC EDAEDDCGND FQCSTGRCIK MRLRCNGDND CGDFSDEDDC ESEPRPPCRD RVVEESELAR T AGYGINIL GMDPLSTPFD NEFYNGLCNR DRDGNTLTYY RRPWNVASLI YETKGEKNFR TEHYEEQIEA FKSIIQEKTS NF NAAISLK FTPTETNKAE QCCEETASSI SLHGKGSFRF SYSKNETYQL FLSYSSKKEK MFLHVKGEIH LGRFVMRNRD VVL TTTFVD DIKALPTTYE KGEYFAFLET YGTHYSSSGS LGGLYELIYV LDKASMKRKG VELKDIKRCL GYHLDVSLAF SEIS VGAEF NKDDCVKRGE GRAVNITSEN LIDDVVSLIR GGTRKYAFEL KEKLLRGTVI DVTDFVNWAS SINDAPVLIS QKLSP IYNL VPVKMKNAHL KKQNLERAIE DYINEFSVRK CHTCQNGGTV ILMDGKCLCA CPFKFEGIAC EISKQKISEG LPALEF PNE K

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #5: beta-D-mannopyranose

分子名称: beta-D-mannopyranose / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: BMA
分子量理論値: 180.156 Da
Chemical component information

ChemComp-BMA:
beta-D-mannopyranose / β-D-マンノピラノ-ス

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分子 #6: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPEShepes buffer
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 0-40 / 平均露光時間: 16.0 sec. / 平均電子線量: 52.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 48248
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AB INITIO
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C22 (22回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 10061
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6dlw

,

3bae

)
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 163
得られたモデル

PDB-8de6:
Oligomeric C9 in complex with aE11 Fab

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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