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万見
- EMDB-27335: The Cryo-EM structure of Drosophila Cryptochrome in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27335
タイトルThe Cryo-EM structure of Drosophila Cryptochrome in complex with Timeless
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of Drosophila Cryptochrome and Timeless
    • タンパク質・ペプチド: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cryptochrome-1 fusion
  • タンパク質・ペプチド: Protein timeless,Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase fusion
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
キーワードFlavoprotein / Nuclear import / Light-sensor / Armadillo-repeat protein / CIRCADIAN CLOCK PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear import of PER and TIM / Dephosphorylation of TIM / circadian regulation of heart rate / eclosion rhythm / negative phototaxis / Transcription repression by PER and activation by PDP1 / Dephosphorylation of PER / UV-A, blue light phototransduction / photoperiodism / regulation of circadian sleep/wake cycle ...Nuclear import of PER and TIM / Dephosphorylation of TIM / circadian regulation of heart rate / eclosion rhythm / negative phototaxis / Transcription repression by PER and activation by PDP1 / Dephosphorylation of PER / UV-A, blue light phototransduction / photoperiodism / regulation of circadian sleep/wake cycle / magnetoreception / detection of light stimulus involved in magnetoreception / gravitaxis / Phosphorylation of PER and TIM / copulation / Degradation of CRY / Degradation of TIM / circadian temperature homeostasis / rhythmic behavior / blue light signaling pathway / regulation of protein import into nucleus / response to magnetism / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase / methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase activity / replication fork arrest / response to blue light / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / cellular response to light stimulus / blue light photoreceptor activity / entrainment of circadian clock / regulation of phagocytosis / DNA replication checkpoint signaling / replication fork protection complex / circadian behavior / mating behavior / entrainment of circadian clock by photoperiod / locomotor rhythm / phototransduction / photoreceptor activity / response to light stimulus / positive regulation of phagocytosis / FAD binding / circadian regulation of gene expression / regulation of circadian rhythm / circadian rhythm / flavin adenine dinucleotide binding / methylation / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Timeless, C-terminal / Timeless PAB domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Timeless / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Timeless, N-terminal / Timeless protein / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. ...Timeless, C-terminal / Timeless PAB domain / Methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, ribonuclease-like domain / Timeless / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase domain superfamily / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, active site / Timeless, N-terminal / Timeless protein / Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase active site. / Methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase, DNA binding / Methylated DNA-protein cysteine methyltransferase, DNA binding domain / 6-O-methylguanine DNA methyltransferase, DNA binding domain / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase / Cryptochrome-1 / Protein timeless
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Feng S / Lin C / DeOliveira CC / Crane BR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM122535 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Cryptochrome-Timeless structure reveals circadian clock timing mechanisms.
著者: Changfan Lin / Shi Feng / Cristina C DeOliveira / Brian R Crane /
要旨: Circadian rhythms influence many behaviours and diseases. They arise from oscillations in gene expression caused by repressor proteins that directly inhibit transcription of their own genes. The fly ...Circadian rhythms influence many behaviours and diseases. They arise from oscillations in gene expression caused by repressor proteins that directly inhibit transcription of their own genes. The fly circadian clock offers a valuable model for studying these processes, wherein Timeless (Tim) plays a critical role in mediating nuclear entry of the transcriptional repressor Period (Per) and the photoreceptor Cryptochrome (Cry) entrains the clock by triggering Tim degradation in light. Here, through cryogenic electron microscopy of the Cry-Tim complex, we show how a light-sensing cryptochrome recognizes its target. Cry engages a continuous core of amino-terminal Tim armadillo repeats, resembling how photolyases recognize damaged DNA, and binds a C-terminal Tim helix, reminiscent of the interactions between light-insensitive cryptochromes and their partners in mammals. The structure highlights how the Cry flavin cofactor undergoes conformational changes that couple to large-scale rearrangements at the molecular interface, and how a phosphorylated segment in Tim may impact clock period by regulating the binding of Importin-α and the nuclear import of Tim-Per. Moreover, the structure reveals that the N terminus of Tim inserts into the restructured Cry pocket to replace the autoinhibitory C-terminal tail released by light, thereby providing a possible explanation for how the long-short Tim polymorphism adapts flies to different climates.
履歴
登録2022年6月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27335.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27335.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 309.6 Å		1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 309.6 Å		1.03 Å/pix.
x 300 pix.
= 309.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.032 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 12.4
最小 - 最大-21.703703000000001 - 53.328440000000001
平均 (標準偏差)-0.000000000005797 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 309.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_27335_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_27335_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_27335_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of Drosophila Cryptochrome and Timeless

全体名称: Complex of Drosophila Cryptochrome and Timeless
要素
  • 複合体: Complex of Drosophila Cryptochrome and Timeless
    • タンパク質・ペプチド: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cryptochrome-1 fusion
  • タンパク質・ペプチド: Protein timeless,Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase fusion
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

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超分子 #1: Complex of Drosophila Cryptochrome and Timeless

超分子名称: Complex of Drosophila Cryptochrome and Timeless / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 264 KDa

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分子 #1: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cryptochrome-1...

分子名称: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase,Cryptochrome-1 fusion
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 83.838617 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: MEQKLISEED LGGGEQKLIS EEDLGGGEQK LISEEDLGGG MDKDCEMKRT TLDSPLGKLE LSGCEQGLHR IIFLGKGTSA ADAVEVPAP AAVLGGPEPL IQATAWLNAY FHQPEAIEEF PVPALHHPVF QQESFTRQVL WKLLKVVKFG EVISESHLAA L VGNPAATA ...文字列:
MEQKLISEED LGGGEQKLIS EEDLGGGEQK LISEEDLGGG MDKDCEMKRT TLDSPLGKLE LSGCEQGLHR IIFLGKGTSA ADAVEVPAP AAVLGGPEPL IQATAWLNAY FHQPEAIEEF PVPALHHPVF QQESFTRQVL WKLLKVVKFG EVISESHLAA L VGNPAATA AVNTALDGNP VPILIPCHRV VQGDSDVGPY LGGLAVKEWL LAHEGHRLGK PGLGGGSGMA TRGANVIWFR HG LRLHDNP ALLAALADKD QGIALIPVFI FDGESAGTKN VGYNRMRFLL DSLQDIDDQL QAATDGRGRL LVFEGEPAYI FRR LHEQVR LHRICIEQDC EPIWNERDES IRSLCRELNI DFVEKVSHTL WDPQLVIETN GGIPPLTYQM FLHTVQIIGL PPRP TADAR LEDATFVELD PEFCRSLKLF EQLPTPEHFN VYGDNMGFLA KINWRGGETQ ALLLLDERLK VEQHAFERGF YLPNQ ALPN IHDSPKSMSA HLRFGCLSVR RFYWSVHDLF KNVQLRACVR GVQMTGGAHI TGQLIWREYF YTMSVNNPNY DRMEGN DIC LSIPWAKPNE NLLQSWRLGQ TGFPLIDGAM RQLLAEGWLH HTLRNTVATF LTRGGLWQSW EHGLQHFLKY LLDADWS VC AGNWMWVSSS AFERLLDSSL VTCPVALAKR LDPDGTYIKQ YVPELMNVPK EFVHEPWRMS AEQQEQYECL IGVHYPER I IDLSMAVKRN MLAMKSLRNS LITPP

UniProtKB: Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase, Cryptochrome-1

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分子 #2: Protein timeless,Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransfera...

分子名称: Protein timeless,Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase fusion
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: methylated-DNA-[protein]-cysteine S-methyltransferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 179.996109 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
配列文字列: MDWLLATPQL YSAFSSLGCL EGDTYVVNPN ALAILEEINY KLTYEDQTLR TFRRAIGFGQ NVRSDLIPLL ENAKDDAVLE SVIRILVNL TVPVECLFSV DVMYRTDVGR HTIFELNKLL YTSKEAFTEA RSTKSVVEYM KHILESDPKL SPHKCDQINN C LLLLRNIL ...文字列:
MDWLLATPQL YSAFSSLGCL EGDTYVVNPN ALAILEEINY KLTYEDQTLR TFRRAIGFGQ NVRSDLIPLL ENAKDDAVLE SVIRILVNL TVPVECLFSV DVMYRTDVGR HTIFELNKLL YTSKEAFTEA RSTKSVVEYM KHILESDPKL SPHKCDQINN C LLLLRNIL HIPETHAHCV MPMMQSMPHG ISMQNTILWN LFIQSIDKLL LYLMTCPQRA FWGVTMVQLI ALIYKDQHVS TL QKLLSLW FEASLSESSE DNESNTSPPK QGSGDSSPML TSDPTSDSSD NGSNGRGMGG GMREGTAATL QEVSRKGQEY QNA MARVPA DKPDGSEEAS DMTGNDSEQP GSPEQSQPAG ESMDDGDYED QRHRQLNEHG EEDEDEDEVE EEEYLQLGPA SEPL NLTQQ PADKVNNTTN PTSSAPQGCL GNEPFKPPPP LPVRASTSAH AQMQKFNESS YASHVSAVKL GQKSPHAGQL QLTKG KCCP QKRECPSSQS ELSDCGYGTQ VENQESISTS SNDDDGPQGK PQHQKPPCNT KPRNKPRTIM SPMDKKELRR KKLVKR SKS SLINMKGLVQ HTPTDDDISN LLKEFTVDFL LKGYSYLVEE LHMQLLSNAK VPIDTSHFFW LVTYFLKFAA QLELDME HI DTILTYDVLS YLTYEGVSLC EQLELNARQE GSDLKPYLRR MHLVVTAIRE FLQAIDTYNK VTHLNEDDKA HLRQLQLQ I SEMSDLRCLF VLLLRRFNPS IHSKQYLQDL VVTNHILLLI LDSSAKLGGC QTIRLSEHIT QFATLEVMHY YGILLEDFN NNGEFVNDCI FTMMHHIGGD LGQIGVLFQP IILKTYSRIW EADYELCDDW SDLIEYVIHK FMNTPPKSPL TIPTTSLTEM TKEHNQEHT VCSWSQEEMD TLYWYYVQSK KNNDIVGKIV KLFSNNGNKL KTRISIIQQL LQQDIITLLE YDDLMKFEDA E YQRTLLTT PTSATTESGI EIKECAYGKP SDDVQILLDL IIKENKAQHL LWLQRILIEC CFVKLTLRSG LKVPEGDHIM EP VAYHCIC KQKSIPVVQW NNEQSTTMLY QPFVLLLHKL GIQLPADAGS IFARIPDYWT PETMYGLAKK LGPLDKLNLK FDA SELEDA TASSPSRYHH TGPRNSLSSV SSLDVDLGDT EELALIPEVD AAVEKAHAMA STPSPSEIFA VPKTKHCNSI IRYT PDPTP PVPNWLQLVM RSKCNHRTGP SGDPSDCIGS SSTTVDDEGF GKSISAATSQ AASTSMSTVN PTTTLSLNML NTFMG SHNE NSSSSGCGGT VSSLSMVALM STGAAGGGGN TSGLEMDVDA SMKSSFERLE VNGSHFSRAN NLDQEYSAMV ASVYEK EKE LNSDNVSLAS DLTRMYVSDE DDRLERTEIR VPHYHLEGGS GMDKDCEMKR TTLDSPLGKL ELSGCEQGLH RIIFLGK GT SAADAVEVPA PAAVLGGPEP LMQATAWLNA YFHQPEAIEE FPVPALHHPV FQQESFTRQV LWKLLKVVKF GEVISYSH L AALAGNPAAT AAVKTALSGN PVPILIPCHR VVQGDLDVGG YEGGLAVKEW LLAHEGHRLG KPGLGGGGYP YDVPDYART GGGSGSRLEE ELRRRLTE

UniProtKB: Protein timeless, Methylated-DNA--protein-cysteine methyltransferase

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分子 #3: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 53.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4gu5

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 160000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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