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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-26998 | |||||||||
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タイトル | Human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) protomer in an outward facing apo state in 300 mM KCl | |||||||||
マップデータ | human Excitatory amino acid transporter3 protomer at outward facing (OFS) Apo state, from 300 mM potassium data set. | |||||||||
試料 |
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キーワード | TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-aspartate transmembrane transport / response to anesthetic / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / response to decreased oxygen levels / distal dendrite / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity ...D-aspartate transmembrane transport / response to anesthetic / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / response to decreased oxygen levels / distal dendrite / cysteine transmembrane transporter activity / cysteine transport / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / L-glutamate import / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / cellular response to mercury ion / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / zinc ion transmembrane transport / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / cellular response to bisphenol A / L-aspartate transmembrane transport / D-aspartate import across plasma membrane / cellular response to ammonium ion / proximal dendrite / glutathione biosynthetic process / righting reflex / monoatomic anion channel activity / grooming behavior / L-aspartate transmembrane transporter activity / intracellular glutamate homeostasis / L-aspartate import across plasma membrane / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / L-glutamate import across plasma membrane / conditioned place preference / transepithelial transport / apical dendrite / intracellular zinc ion homeostasis / glutamate receptor signaling pathway / response to morphine / neurotransmitter transport / cellular response to cocaine / blood vessel morphogenesis / motor behavior / motor neuron apoptotic process / chloride transmembrane transporter activity / glutamate binding / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / positive regulation of heart rate / adult behavior / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / dopamine metabolic process / maintenance of blood-brain barrier / heart contraction / superoxide metabolic process / perisynaptic space / glial cell projection / cellular response to organic cyclic compound / transport across blood-brain barrier / asymmetric synapse / response to axon injury / behavioral fear response / neurogenesis / monoatomic ion transport / synaptic cleft / axon terminus / chloride transmembrane transport / response to amphetamine / dendritic shaft / locomotory behavior / cell periphery / long-term synaptic potentiation / synapse organization / regulation of protein phosphorylation / brain development / Schaffer collateral - CA1 synapse / memory / cytokine-mediated signaling pathway / recycling endosome membrane / early endosome membrane / late endosome membrane / presynapse / gene expression / cellular response to oxidative stress / chemical synaptic transmission / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / dendritic spine / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / axon / neuronal cell body / dendrite / cell surface / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å | |||||||||
データ登録者 | Qiu B / Boudker O | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Symport and antiport mechanisms of human glutamate transporters. 著者: Biao Qiu / Olga Boudker / 要旨: Excitatory amino acid transporters (EAATs) uptake glutamate into glial cells and neurons. EAATs achieve million-fold transmitter gradients by symporting it with three sodium ions and a proton, and ...Excitatory amino acid transporters (EAATs) uptake glutamate into glial cells and neurons. EAATs achieve million-fold transmitter gradients by symporting it with three sodium ions and a proton, and countertransporting a potassium ion via an elevator mechanism. Despite the availability of structures, the symport and antiport mechanisms still need to be clarified. We report high-resolution cryo-EM structures of human EAAT3 bound to the neurotransmitter glutamate with symported ions, potassium ions, sodium ions alone, or without ligands. We show that an evolutionarily conserved occluded translocation intermediate has a dramatically higher affinity for the neurotransmitter and the countertransported potassium ion than outward- or inward-facing transporters and plays a crucial role in ion coupling. We propose a comprehensive ion coupling mechanism involving a choreographed interplay between bound solutes, conformations of conserved amino acid motifs, and movements of the gating hairpin and the substrate-binding domain. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_26998.map.gz | 96.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-26998-v30.xml emd-26998.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_26998_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_26998.png | 34.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-26998.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_26998_half_map_1.map.gz emd_26998_half_map_2.map.gz | 80.6 MB 80.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26998 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-26998 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_26998_validation.pdf.gz | 843.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_26998_full_validation.pdf.gz | 843.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_26998_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_26998_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26998 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-26998 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8cudMC 8ctcC 8ctdC 8cuaC 8cuiC 8cujC 8cv2C 8cv3C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_26998.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | human Excitatory amino acid transporter3 protomer at outward facing (OFS) Apo state, from 300 mM potassium data set. | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.852 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half Map 1
ファイル | emd_26998_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half Map 2
ファイル | emd_26998_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half Map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human Excitatory amino acid transporter3 protomer at outward faci...
全体 | 名称: human Excitatory amino acid transporter3 protomer at outward facing (OFS) Apo state, from 300 mM potassium data set |
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要素 |
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-超分子 #1: human Excitatory amino acid transporter3 protomer at outward faci...
超分子 | 名称: human Excitatory amino acid transporter3 protomer at outward facing (OFS) Apo state, from 300 mM potassium data set タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: Human EAAT3 in 300mM KCl
超分子 | 名称: Human EAAT3 in 300mM KCl / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Excitatory amino acid transporter 3
分子 | 名称: Excitatory amino acid transporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 57.120863 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GPMGKPARKG AEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PLIISSMITG VAALDSNVS GKIGLRAVVY YFATTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVDAMLDLIR NMFPENLVQA A FQQYKTKR ...文字列: GPMGKPARKG AEWKRFLKNN WVLLSTVAAV VLGITTGVLV REHSNLSTLE KFYFAFPGEI LMRMLKLIIL PLIISSMITG VAALDSNVS GKIGLRAVVY YFATTLIAVI LGIVLVVSIK PGVTQKVGEI ARTGSTPEVS TVDAMLDLIR NMFPENLVQA A FQQYKTKR EEVKPPSDPE MTMTEESFTA VMTTAISKTK TKEYKIVGMY SDGINVLGLI VFALVFGLVI GKMGEKGQIL VD FFNALSD ATMKIVQIIM WYMPLGILFL IAGCIIEVED WEIFRKLGLY MATVLTGLAI HSIVILPLIY FIVVRKNPFR FAM GMAQAL LTALMISSSS ATLPVTFRCA EENNQVDKRI TRFVLPVGAT INMDGTALYE AVAAVFIAQL NDLDLGIGQI ITIS ITATS ASIGAAGVPQ AGLVTMVIVL SAVGLPAEDV TLIIAVDCLL DRFRTMVNVL GDAFGTGIVE KLSKKELEQM DVSSE VNIV NPFALESTIL DNEDSDTKKS YVNGGFAVDK SDTISFTQTS QF UniProtKB: Excitatory amino acid transporter 3 |
-分子 #2: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6.2 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Tris was used for adjusting pH | ||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 3s. | ||||||||||||
詳細 | the sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 51.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |